一、比较人、哺乳动物和果蝇性别决定的差异（论文文献综述）
渠宏雁[1]（2021）在《抑制脂肪酸合成酶对高脂和高糖膳食诱导的肥胖血糖水平、氧化稳态和代谢的影响》文中研究说明肥胖已成为威胁人类健康的主要因素之一,通常认为,导致大多数肥胖的重要原因是摄入过量的高能量饮食。而体重超重和葡萄糖耐量减低则是饮食诱导的肥胖的两个关键特征。摄入膳食脂肪不仅可以通过不同的分子途径来实现对脂质代谢相关基因的表达调控,还能影响食欲相关激素的信号传导。另外,这些参与脂质代谢的分子途径还与慢性炎症和胰岛素抵抗有关。但高糖饮食在代谢综合征研究方面的应用则较为少见。作为机体中由糖合成脂肪所必经的酶,脂肪酸合成酶（fatty acid synthase,FASN）参与脂肪酸从头合成,是该过程的关键酶类,可作为突破点研究高糖和高脂膳食对肥胖小鼠的不同影响。本课题分别以高糖和高脂饲料饲喂小鼠,以研究膳食能量密度恒定时精制糖和脂肪为主要供能物质时所引起的肥胖在表型、血糖水平、氧化应激和代谢等方面的异同,以期为通过改善膳食结构来辅助调控肥胖及其相关代谢综合征提供另一种思路和可能。本文的主要研究结果如下:（1）高糖和高脂膳食均能诱导小鼠出现肥胖表型,但高脂膳食和高糖膳食诱导的肥胖小鼠在体重和血糖紊乱进程、肠道微生物区系三方面都有明显差异。以C57BL/6J小鼠为实验对象,分别饲喂精制糖和脂肪供能占比不同但能量密度一致的饲料11周,各组小鼠均出现了肥胖和血糖紊乱的症状,但饲喂6周时高脂组（High fat diet,HFD）就已超重20%,且其空腹血糖和对照组（Negtive control,NC）存在明显差异,而中度糖脂组（Middle fat and sucrose diet,MFSD）和高糖组（High sugar diet,HSD）仅糖耐量明显下降。此外,HFD和HSD还分别诱导了糖尿病前期小鼠肥胖相关肠道微生物区系的不同模式。（2）构建脂肪代谢抑制系统,筛选脂肪酸合成酶抑制剂。在这项研究中,我们通过基于结构的虚拟筛选得到一种可在KR-domain（β-酮脂酰ACP还原酶结构域,β-ketoacyl ACP reductase,KR）和FASN结合的新型小分子抑制剂前体PFI09。其化学性质稳定的结构改性物MFI03可抑制FASN活性,减少前列腺癌细胞PC3在体外和体内的增殖,影响细胞脂肪酸组成,抑制胞内脂质蓄积,诱导细胞凋亡。因此,MFI03是有效的FASN抑制剂,具有抗肿瘤增殖和抗脂质生成的能力。（3）FASN小分子抑制剂可干预高糖膳食诱导的肥胖小鼠炎症和氧化稳态。FASN作为机体内从糖合成脂质必经的酶,当其功能受到抑制时,HFD组和HSD组小鼠受到的影响不同,且以HSD组所受影响最为明显。腹腔注射浅蓝菌素和MFI03的HSD诱导的肥胖鼠不仅体重和脂肪质量明显低于HSD对照组,其肝脏质量、炎症水平和氧化程度与HSD对照组相比也得到了明显改善。（4）FASN小分子抑制剂可干预高糖膳食诱导的肥胖小鼠代谢紊乱。抑制FASN活性可抑制内源性脂肪酸的合成,进而减少HSD组小鼠肝脏中总脂含量和甘油三酯（Triglyceride,TG）水平,而对HFD组无明显影响。非靶向代谢组分析结果也表明抑制FASN可通过甘油磷脂代谢、丙酸代谢、组氨酸代谢等多种代谢通路调控高脂膳食诱导的肥胖小鼠肝脏代谢紊乱。综上所述,本研究筛选得到了稳定且有效的新型FASN小分子抑制剂,并发现抑制FASN活性可以有效改善高糖膳食导致的肥胖和代谢紊乱。这为通过改善膳食结构辅助调控肥胖及其相关代谢综合征提供了理论依据。
敖大[2]（2021）在《猪Toll样受体8型（TLR8）信号机制和抗感染作用研究》文中进行了进一步梳理天然免疫由相关细胞内一系列能够识别病原相关模式分子（PAMP）的模式识别受体（PRR）所介导。这些模式识别受体包括Toll样受体（TLR）、RIG-I样受体（RLR）、NOD样受体（NLR）、C型凝集素受体（CLR）和胞质DNA受体（CDR）。这些PRR激活下游信号通路,通过产生炎症细胞因子、Ⅰ型干扰素和其他介质诱导先天免疫应答。Toll样受体（TLR）是最早发现的天然免疫受体家族,其中TLR1、TLR2、TLR4、TLR5和TLR6主要位于细胞表面质膜,负责识别脂质、脂蛋白和蛋白质等微生物膜成分,而TLR3、TLR7、TLR8和TLR9定位于内体,主要参与微生物核酸的识别。TLR8属于TLR7/8/9亚家族。该亚家族不同成员之间具有保守的结构、细胞定位和激活机制,但具体功能仍具有较大差异。由于TLR8信号通路信息相对缺乏,以及TLR8与TLR7的相似性,在大多数情况下,TLR8信号通路信息都是参考TLR7相关信息。另外动物TLR8相关信息尤其缺乏,特别需要系统深入研究。因此,本项课题针对猪TLR8受体蛋白,分别从配体识别、膜外域（ECD）定位、信号通路调控及抗感染等方面进行初步探索,以丰富猪TLR8信号通路机制及抗感染作用信息。具体内容如下:1.猪TLR8与小分子配体咪唑喹啉衍生物互作位点鉴定及其种属特异性研究人TLR8（hTLR8）晶体结构已解析,其ECD与小分子配体作用位点也已清晰,而猪TLR8（pTLR8）ECD结构和小分子作用位点都不清楚,其小分子作用位点是否与hTLR8位点存在差异值得研究。以hTLR8（PDB ID:3W3J）为模板构建pTLR8三维结构模型,并进行进一步优化。Ramachandran图分析评价模型质量。接着用该模型与小分子配体咪唑喹啉衍生物R837和R848进行分子对接,将得到的9个识别位点中8个位点成功构建突变体:Y336A、Q340A、K341A、K342A、Y343A、F395A、I560A和G562A。hTLR8小分子识别重要保守位点对应pTLR8同源位点Y338、F395、V510、D533和T564,与前面预测位点重叠或接近,显示了分子对接有效性。考虑到TLR8受体Z-loop区域的重要作用,我们根据之前报道的Z-loop相关序列,同时构建了 Z-loop相关序列缺失、置换突变体:hTLR8-ΔRQSYA、hTLR8-sub-pGQKNG、pTLR8-ΔGQKNG、pTLR8-sub-hRQSYA,及 pTLR8 Z-loop 相关序列点突变体:G428A、K430A、N431A、G432A。将野生型TLR8和各个突变体质粒分别转染HEK-293T细胞,Western blotting检测其表达。结果显示,所有蛋白表达均符合预期。共聚焦免疫荧光观察结果显示,所有TLR8蛋白均能够与转染表达内体蛋白Rab5共定位,表明所有TLR8蛋白均定位于内体。将TLR8和各个突变体分别与NF-κB-启动子虫萤光素酶报告基因、Actin-启动子海肾荧光素报告基因共转染HEK-293T细胞,并用小分子配体R837、R848、CL075刺激。双荧光素酶报告实验结果显示,Y336、K341、K342、F395和G562对R837、R848和CL075刺激pTLR8信号通路至关重要。另外之前报道的hTLR8 Z-loop相关序列RQSYA尽管是CL075刺激活性所必需,但不是R848刺激活性所必需。与此对照,pTLR8相应的Z-loop相关序列GQKNG对CL075、R837和R848刺激活性都不重要。以上结果均显示了 pTLR8和hTLR8之间在识别小分子配体激活下游信号方面尽管具有相似性,但也有细微差异,显示了种属特异性。2.猪TLR8膜外域（ECD）的细胞内定位及其细胞内体定位机制分析我们之前研究发现TLR8膜外域（ECD）在细胞内定位,但其细胞内亚定位及其机制不清楚,需要探究。首先将猪pTLR8、pTLR8-ECD、pTLR3-ECD、pTLR5-ECD、牛 bTLR8-ECD、人 hTLR8-ECD、牛疱疹病毒 1（BHV-1）糖蛋白 gD、gD-ECD等表达质粒分别转染HEK-293T细胞,Western blotting和荧光显微镜分别检测细胞上清和细胞内蛋白表达情况。结果显示,除gD-ECD能够分泌到细胞上清之外,其它所有蛋白均在细胞质内表达,表明不同种属和类别TLRECD细胞质内定位具有普遍性。此外,pTLR8-ECD、bTLR8-ECD、hTLR8-ECD均能够在细胞内质网和内体定位,而在高尔基体和溶酶体没有定位。为探测蛋白信号肽和各种翻译后修饰可能对TLR8-ECD细胞内体亚定位的影响,利用在线预测工具对pTLR8-ECD的信号肽、磷酸化、泛素化、糖基化、乙酰化、泛素化和棕榈酰化等翻译后修饰位点进行预测,并构建相应突变体pEGFP-C1或pEGFP-N1表达质粒。将野生型pTLR8-ECD、信号肽缺失体和各种翻译后修饰位点突变体分别与内体定位蛋白表达质粒（pDsRed-C1-pRab5）共转染转染HEK-293T细胞。共聚焦荧光显微镜观察结果显示,磷酸化、泛素化、糖基化、乙酰化和棕榈酰化都不影响pTLR8-ECD在细胞内体的定位,而信号肽缺失的pTLR8-ECD在细胞内体定位消失。为研究细胞伴侣转运蛋白UNC93B1对TLR8-ECD细胞内体定位的影响,用CRISPR-Cas9方法制备UNC93B1基因敲除（KO）的猪肺泡巨噬细胞（PAM）。将 pTLR8-ECD、bTLR8-ECD、hTLR8-ECD 分别和 pDsRed-C1-pRab5 转染 PAM细胞及UNC93B1 KO PAM细胞。共聚焦荧光显微镜结果显示,所有ECD蛋白均能定位于PAM细胞内体,而在UNC93B1 KOPAM细胞,不同种类ECD蛋白细胞内体定位消失,显示了 UNC93B1对TLR8-ECD在细胞内体定位的重要性。3.猪TLR8信号通路特异性表达基因、负反馈调控及抗感染作用研究为研究pTLR8和hTLR8信号通路的种属特异性,我们筛选并构建出hTLR8-NF-κB和pTLR8-NF-κB信号报告细胞。用R848分别刺激两种细胞,提取总RNA进行转录组测序分析。结果显示,R848激活的pTLR8细胞中有502个差异表达基因（DEG）,而hTLR8细胞中有1157个DEG。其中149个是pTLR8特异性DEG,804个是hTLR8特异性DEG,353个是hTLR8和pTLR8共有DEG。挑取部分上调DEG分别在两种信号报告细胞、PAM细胞和THP-1细胞进行RT-qPCR验证,表达结果与测序结果一致。在pTLR8特异性DEG中,GO功能富集分析表明生物过程类别的细胞识别项显着富集,该细胞识别项包含7个pTLR8特异性DEG,其中3个上调DEG:CATSPERG、HAVCR2、CNTN2。这三种上调DEG在PAM细胞中得到验证,其中HAVCR2（TIM-3）为免疫抑制基因,其表达上调可能对pTLR8信号通路存在负反馈调控作用。基于此,构建pTIM-3表达载体。将pTIM-3和pTLR8表达质粒共转染HEK-293T细胞,R848刺激12小时后,启动子试验检测NF-κB活性,Western blotting检测pTIM-3对pTLR8信号下游AKT、p-AKT、p65、p-p65等信号蛋白表达的影响。另外用AKT抑制剂A-443654处理转染细胞,检查其对pTLR8下游NF-κB活性的影响。结果显示,pTIM-3可通过抑制AKT磷酸化进而抑制R848刺激pTLR8信号通路引起的NF-κB活化。不同浓度R848（0,5,10,20,30μg/mL）刺激处理PAM细胞,表现对鼠伤寒沙门氏菌的剂量依赖性抑制作用,表明TLR8信号的抗感染作用。分别在PAM细胞中表达或者沉默pTIM-3基因,并用不同浓度R848（0,5,10,20,30 μg/mL）刺激TLR8信号,观察TIM-3负反馈调控对TLR8信号抗鼠伤寒沙门氏菌的影响。结果显示,表达TIM-3显着减弱了 R848刺激PAM细胞对鼠伤寒沙门氏菌的抑制效果,而沉默TIM-3则增强了 R848刺激PAM细胞对鼠伤寒沙门氏菌的抑制效果。上述结果表明,免疫抑制基因TIM-3负反馈干扰了 TLR8信号的抗感染作用,这一发现为TLR8信号抗感染研究提供了新靶标。
韩晓松[3]（2021）在《CD163基因敲除猪制备及对PRRSV不同易感细胞调控元件鉴定和差异分析》文中提出我国是传统的养猪业大国,每年的生猪出栏量和存栏量均稳居世界第一位。然而,困扰养猪业的一大问题是如何防治层出不穷的传染性疾病,因为这些传染疾病每年都会给养猪业带来巨大的经济利益损失。这些具有传染性的病毒特别是一些RNA病毒在猪只传播过程中容易发生重组和突变,因此传统的疫苗和兽药并不能完全解决这些问题。近年来利用分子生物学技术,在猪基因组水平鉴定抗病毒关键因子,进而对发现的抗病基因进行修饰,使猪只获得抗病能力的研究越来越受到科研人员的重视。然而,如何有效快速准确地鉴定出抗病候选基因,是目前该研究领域的一个难点。作为第三代基因编辑技术,CRISPR/Cas9系统自从诞生以来迅速应用到生命科学的各个领域,尤其是该技术获得了2020年度诺贝尔化学奖,就愈发使得该技术变得炙手可热,在农业动物遗传育种领域也大显身手。其次,三维基因组技术的快速发展使得在细胞水平对基因组的三维结构变化进行研究并鉴定调控元件成为可能。本研究首先利用CRISPR/Cas9系统制备了猪繁殖与呼吸综合征病毒受体CD163基因SRCR5序列缺失的克隆猪;其次在猪基因组中鉴定了新型友好位点,并构建了对猪繁殖与呼吸综合征病毒易感的细胞系,并利用CUT&Tag技术对PRRSV敏感度不同细胞的调控元件进行了鉴定,并分析了影响3D4/21-CD163细胞对PRRSV易感的潜在原因,具体结果如下:（1）采用不同分离方法对猪胎儿成纤维细胞系的分离和培养方法进行了比较和摸索,确定了最佳方法;针对猪CD163基因SRCR5结构域,设计并构建了配对的sgRNA进行敲除,并结合胚胎移植和体细胞核移植技术获得了一头CD163基因SRCR5序列缺失的克隆猪。（2）通过CRISPR/Cas9系统介导的同源重组技术,将GFP基因定点整合至猪基因组内源GAPDH基因的下游,成功使GFP蛋白在内源GAPDH基因启动子的驱动下表达。进一步分析发现,定点敲入GFP基因后,不会影响GAPDH基因及相邻基因的表达。因此,GAPDH基因可以视为一种新型的友好基因座。（3）通过CRISPR/Cas9系统介导的同源重组技术,将猪CD163基因编码区序列定点整合至猪3D4/21细胞基因组Rosa26位点;后续实验证明,CD163蛋白在3D4/21细胞系中成功表达;攻毒实验证明,3D4/21-CD163细胞系对猪繁殖与呼吸综合征病毒敏感。（4）在全基因组范围内,对3D4/21细胞和3D4/21-CD163细胞的启动子和增强子信号进行鉴定,进行了H3K4me3、H3K27ac和CTCF的CUT&Tag实验,并分析了这些组蛋白因子的信号富集情况。在3D4/21细胞和3D4/21-CD163细胞中分别鉴定了32786、35790个启动子和22520、29248个增强子,其中活跃启动子数目为12372、15751个。（5）通过联合分析RNA-seq和CUT&Tag数据,发现3D4/21-CD163细胞与3D4/21细胞差异表达基因中,组蛋白H3K4me3和H3K27ac信号显着富集于上调表达基因中。这些说明,3D4/21细胞在超表达CD163基因后,激活了部分调控元件,使细胞趋于活跃状态。（6）发现在3D4/21细胞和3D4/21-CD163细胞中CTCF信号的变化对基因表达有影响,即CTCF信号减少会导致基因表达量下降;进一步分析发现,与3D4/21细胞相比,CTCF信号在3D4/21-CD163细胞免疫基因启动子区域下降可能导致了免疫基因表达量下降,进而增加对PRRSV敏感性。（7）在3D4/21细胞和3D4/21-CD163细胞中,分别鉴定到了总loop数是6292个和10981个,其中启动子和启动子之间互作的loop数目分别为362个和1662个,启动子和增强子之间的互作数为434和1283个;进一步分析发现,3D4/21细胞中loop主要发生地是短距离互作,3D4/21-CD163细胞则主要发生长距离互作;说明在整合CD163基因后,3D4/21-CD163细胞结构更为松散。
徐艾诗[4]（2021）在《漏检蛋白质的基因表达模式与进化特征分析》文中研究指明2010年,人类蛋白质组组织（Human Proteome Organization,HUPO）开展了大型国际合作项目:人类蛋白质组计划（Human Proteome Project,HPP）。HPP的一个分支就是以染色体为中心的人类蛋白质组计划（Chromosome-Centric Human Proteome Project,C-HPP）,C-HPP的主要任务是绘制并注释每个染色体编码的整个人类蛋白质组。该计划的主要研究对象就是漏检蛋白质（missing protein,MP）,即该蛋白缺乏在蛋白质水平上的可查证据。MP是neXtProt数据库中蛋白存在证据PE2-4的蛋白质,它们缺乏可靠的质谱（Mass Spectrometry,MS）证据或任何抗体验证,但可能存在转录组证据或基于序列比对的其它证据。目前,约有10%的蛋白质被定义为漏检蛋白质。以往对漏检蛋白质的研究表明,在开发可以提高MP的搜索灵敏度和准确性的MS方法的同时,结合RNA-Seq鉴定出不常用于MS分析但对于检测MP具有很高实验价值的组织或细胞样本,能更好地指导MS样本的选择和制备。另外,因为基因进化与基因在发育/分化调控及肿瘤发生调控中的作用有密切相关,并且漏检蛋白质编码基因经常出现在某些染色体基因簇中,所以结合染色体定位、基因进化和基因表达调控的规律性分析,将对漏检蛋白质的鉴定和功能研究提供高效的支持。本研究中,我们首先对人类全部蛋白质编码基因进行了统计分析,根据neXtProt数据库给出的蛋白存在标准,得到了人全部染色体上的漏检蛋白质,并将漏检蛋白编码基因分为两类:编码PE2蛋白的基因（有转录本证据）和编码PE3/4蛋白的基因（无转录本证据）。我们对32个人体器官、组织和细胞系的转录组数据进行了分析,获得了器官、组织和细胞特异性基因集（Organ Tissue and Cell type-specific Genes,OTCSGs）。OTCSG具有普通的时空特异性表达特征,以该基因集为对照,我们定义了PE3/4类基因的更极端的时空特异性表达模式。然后,我们对10个物种的染色体数据进行了比较染色体分析,结果得到了10个物种的染色体同源同线性块（Multispecies homologous synteny block,ms HSB）。根据全基因组染色体定位数据,分析了基因与ms HSBs的相对位置关系,得到了全部编码基因的染色体进化特征。同时,我们利用Ensembl Compara构建基因的进化树,结合Blast P对基因进行年龄校正,得到了人全基因组的基因年龄特征;基于分子进化理论,用人和黑猩猩的DNA分子直系同源物的数据,计算了同源对之间的同义替代和非同义替代之比,得到了人全基因组的进化速率;以及通过对人全部旁系同源基因数据的分析,得到了人旁系同源家族和家族内成员的最近倍增时间特征。接下来,我们对不同类型MP的进化特征进行了规律性分析。结果表明:不同类别的MP基因在不同的染色体之间分布不均;与所有PCG（蛋白质编码基因,protein-coding genes）相比,MP基因倾向于出现在端粒和着丝粒区域,且更倾向于分布在每个染色体的ms HSB之外;从基因的邻接趋势角度来看,MP基因倾向于与非MP编码基因相邻,而非MP间彼此相邻,同时染色体上包含MP基因的基因簇往往具有相似的功能描述。从进化特征来看,PE3/4基因倾向于更年轻,分布在染色体同源同线性块之外,并以更快的速率进化。有趣的是,PE3/4基因中的Singleton比例要高于全部编码基因和OTCSG中的Singleton比例,这可能是由PE3/4 Singleton存在大量新基因导致的。更重要的是,大多数PE3/4基因属于旁系同源基因家族新倍增出来的成员,这些成员主要富集在特殊的生物学功能,例如“嗅觉”。这些功能被严格限制在特定类型的细胞、组织或特定发育阶段,作为新的功能需求,促进了进化过程中漏检蛋白质编码基因的出现。另外,我们首次根据PE2蛋白的物理化学性质建立了极端理化性质的标准,并探索了这些蛋白的进化特征。综上所述,本文诠释了漏检蛋白质的极端时空特异性表达模式并得到了漏检蛋白质的进化模型。本文的结论对基因进化与基因表达调控的关联给出了新的见解,同时也对未来漏检蛋白质的组学和功能研究有重要的指导意义。
何妤如[5]（2021）在《渔业伦理视角下的现代渔业治理研究》文中指出中国渔业经过数年发展,先后解决了“捕鱼难”、“养鱼难”及“吃鱼难”等问题,奠定了渔业持续稳定发展的经济基础,相关治理手段也不断完善。渔业领域主要矛盾已从基本温饱和生计问题,转向更高层次的生境、人权、产权和公平等维度。然而,作为上层建筑的渔业伦理研究并尚未得到应有重视。我国现代渔业治理体系中更强调管理和法律等“硬”手段,忽视了伦理道德的“软法”作用。当前政府和民间推行的多项渔业活动已呈现出鲜明的伦理特征,现代多目标治理场景需要引入价值判断加以权衡。如果说关涉伦理的讨论在中国过去的渔业治理中只是镜花水月、空中楼阁,那么到了新时代,伦理研究就好比是万事俱备下的那股“东风”。传统渔业管理关注政策和法律层面的制度突破。政策和法律固然重要,但不能包治百病,尤其是充满不确定性的“现代病”。它可以将电鱼、毒鱼、偷渔者绳之以法,却无法强制要求渔民必须善待生态环境、关心鱼类福祉。它可以明示、预防、规范和校正渔业的行为和后果,却无法指导渔业利益相关方的道德行为选择。它可以为失海渔民提供各类政策保障,却无法弥合渔民海洋纽带被切断后的心理创伤。它可以依照科学模型和数据制定总可捕量（TAC）目标,却无法对渔家妇女在职业、情感和生活上的遭遇加以同情和关心。正如决定技术的往往是非技术因素,涉渔法律和政策不应被指望能解决所有问题。倘若文化、伦理不能发挥价值规训作用,那么政策和法律也终将失范。当前,养护渔业资源、维护渔业公正已为时代大势所趋,现代渔业治理不仅要务实,也要务虚,以便从战略全局高度推进治理措施的正当性和合法性。实际上,人们的道德伦理价值观影响会渗透到公共政策过程的各个环节。可持续、负责任渔业的发展依赖于一个具有明确性的规则指引,在治理中开展价值性分析显得十分重要。国内外渔业资源的衰退趋势,以及不断涌现的现代性社会问题,让形而上学的价值回溯变得更为必要而迫切:渔业行为的善恶是非是什么?伦理判断有哪些原则和标准?何种治理才是伦理意义上具备正当性和合法性的治理?如何破解渔业治理中存在的伦理困境?中国怎样利用已有道德资源和智慧应对渔业发展中的不确定性风险?基于此种认识,本文从伦理视角出发,反思当前出现渔业生态和社会危机的根本原因,尝试建构渔业伦理的理论体系,详述渔业伦理的由来、定义、主要原则和类别。将抽象的伦理考量运用于对治理问题的具体分析,提出符合渔业价值的治理范式,从渔业治理的“元层次”,谈到相关现代治理理论,再到针对治理实践的分析评估。现代渔业治理在追求各类目标时,容易陷入价值冲突的困境。本文针对治理实践中的普遍问题,提出“应然”层面的解决方案。伦理分析的最终目的是服务于我国现代渔业治理。因此,文章结合中国本土的涉渔道德资源和渔业实际状况,探索符合中国特色的现代渔业治理路径,以渔业领域的价值尺度和伦理基础为导向,为推动渔业的“天人合一”和协调发展提供了一种新视角、新理念和新思路。伦理学是哲学中关于道德的价值系统。生态伦理学的兴起从根本上触及了“为什么要对鱼谈伦理?”这一问题。“人类中心主义”和“自然中心主义”的论辩突破了传统伦理学的“人伦”语境,让“渔业”和“伦理”的结合有了学理上的支撑。道德共同体得到拓展,将包括渔业资源在内的自然资源纳入道德考量范畴。但完全以生态为中心又会减损人类福祉,人与自然应当被视作一个以人类为中心的价值整体。“为己利TA”的价值取向既能为己谋福,也能在此基础上考虑利TA（既有属人的“他/她”,又有属自然的“它”）因素,因而是渔业伦理所追求的最重要、最基本的善。渔业资源是渔业存在的基础,具有不确定性、波动性、竞争性、整体性、多样性等五大特性。从价值构成上看,它在使用、生态和选择等层面具有功效价值,在政治、社会、哲学、宗教、伦理、文化等层面具有非功效的内在价值。对渔业资源价值的充分认识是现代文明进步的标志,而鱼类为人类所提供的多元价值是人类养护渔业资源的基础。养护伦理强调的是如何科学人道地利用水生动植物资源。鱼类是否能够成为道德主体、权利主体甚至是诉讼主体成为环境伦理学讨论的重要内容之一,而鱼的道德地位与福利越来越被认为是一个重要的社会问题。渔业的伦理维度涉及“渔业”和“伦理”的互动关系。鱼类依次满足了人类基本需要、安全需要、社交需要、尊重需要和自我实现需要。人类在享受水生动物开发权利的同时,理应履行与之对等的责任和义务。为了人类自身和生态系统的长期福祉,须建立一套指导渔业行为、受到大众认可、经得起实践检验的渔业伦理规范。渔业伦理以渔业现象的合理性和正当性为研究对象,是指导渔业行为的规范和原则的总和。涉渔法律和伦理可共同为基于价值的渔业治理策略提供依据。渔业伦理学主要任务是通过得到普遍认可并经过实践检验的道德原则,对渔业行为的善恶是非开展事前指导和事后评判。在渔业伦理中,渔业正义是最高原则;渔业福祉、渔业自由和渔业公平是三大基本原则;而以《负责任渔业行为守则》为代表的伦理性国际文书,以及符合国家/地区具体渔况的纲要构成了具体原则。根据渔业伦理学研究对象的关系属性和所涉问题的不同特征,可将其分为生态伦理、社会伦理、产业伦理和科技伦理四大类别,这四大类在伦理要求上存在差异、各具特色,但都应服从上述伦理原则。将伦理原则和要求融合进现代渔业战略管理过程,可能会产生“为善者诸事顺”的良心效应,从而实现治理的最终目的——“善治”。为克服多元价值冲突带来的治理障碍,元治理理论应运而生。该理论研究治理现象背后的治理逻辑,寻求协同发展科层、市场和网络治理组合的最优解:当参与式治理导致监管过于复杂、进入无休止协商状态时,就启动科层模式;当科层模式无法触及所有渔业问题或获得渔业利益相关方广泛接受时,就开启市场或参与式模式;在此过程中,政府应当承担起作出最终决策的元治理者的角色。可持续渔业治理研究中涌现出诸多符合伦理的现代渔业治理理论,其中基于“生态整体主义”的管理和基于“价值平衡原则”的管理成为研究热点,前者主要聚焦渔业生态系统方法、预防性原则等整体思维,而后者主要涉及管理策略评估,正当性理论,系统治理等理念工具。在构建起理念框架的基础上,根据新生物技术的实践伦理发展出的伦理分析矩阵,以及Rapfish评估工具,促进了对伦理原则遵守情况的考察,有助于为负责任渔业实践提供“良善之策”。现代渔业治理时常陷入一种伦理意义上的权利困境,众渔业利益相关方不得不在多项行动方针之间艰难行使选择权。遵循特定伦理原则选择其中任何一项,都可能涉及违反其他某项伦理原则。可持续渔业发展面临的挑战主要出现在追求“天时”、“地利”、“人和”三大目标的决策选择过程之中。如何平衡现代人和未来人的资源利益是最首要、最核心的议题;渔业所涉水陆空间差异和相关社会生态问题构成了空间正义研究的一个典型样本;而人际关系中整体、长远利益与个体、短期利益的冲突影响到资源的公平分配,渔家妇女和小型渔业等弱势参与方应当得到更多的道德注意力。导致上述困境的原因既有人与人因抢夺野生资源所导致的公地悲剧或囚徒困境,又有在人与鱼道德地位孰高孰低的辩难中掉入的激进环保主义陷阱,还有理论与实践脱节的执行障碍。上述困境的破解之道不仅具有制度属性,也深刻地蕴含着价值属性。从制定目标,到开展决策,再到执行、监督和评估,伦理视角可渗透至治理的全部流程。治理者和被治理者可从制定伦理目标和开展伦理决策着手。作为社会主义国家,中国全面深化改革的根本目标是增进民生福祉。我国的渔业发展取得了举世瞩目的成就,这些成就离不开丰富道德资源的支持。生态方面,我国渔业治理史就是一部鱼类资源养护史,古今实践中折射出关怀鱼类福利、师法自然等生态感悟。社会方面,我国传统乡土社会文化里蕴含着包括群体意识和互助伦理、涉渔组织的参与式伦理在内的道德及礼俗规范。“三渔”问题是中国渔业发展面临的伦理性挑战,其本质是渔业的过密化,渔民的过溺化,以及渔村的过疏化。为解决渔业渔民渔村的问题,新中国开展了各项改革措施。新中国绿色渔业治理制度体系构建历程大体上可分为萌芽探索、改革攻坚与走向成熟三大阶段。在气候变化、疫情冲击、渔业资源衰退、全球不确定性风险日益增加的背景下,我国渔业治理者迎难而上,实现生计型治理→发展型治理→可持续治理的价值飞跃,积极探索出一条符合伦理的中国特色可持续渔业发展道路,培育出政府元治理者主导下,科层、市场和参与式治理协同开合的多元治理形态,形成了顺应自然、生态优先、以养为主、立体复合、科技导向、体系健全、应兜尽兜的发展模式。随着治理能力和治理体系的不断提升,中国渔业发展在收获伟大果实的同时,也为未来可持续、负责任渔业发展积累了大量可贵的实践经验。在今后的渔业治理中,我国各渔业利益相关方应本着福祉、自由和公正的原则,进一步促进渔业的绿色转型发展。
罗晓彤[6]（2021）在《猪卵母细胞成熟前后卵丘细胞转录组及相关基因的研究》文中研究表明为了了解猪卵母细胞成熟前后卵丘细胞转录组的差异,本研究在前期预实验比较正常卵巢和异常卵巢中脂质代谢相关基因的基础上,收集了生发泡期（GV期）和第二次减数分裂中期（MⅡ）卵母细胞周围的卵丘细胞,采用RNA测序技术比较了两个阶段m RNA和micro RNA转录本的差异,对差异候选基因进行了生物信息学分析和体外验证,探索了骨形态蛋白2（BMP2）、ssc-mi R-101、ssc-mi R-155-5p在卵丘细胞扩散中所起的作用。具体研究结果如下:1.为了研究正常卵巢和囊肿卵巢中脂类代谢相关基因的表达,分别收集卵巢组织、颗粒细胞、卵母细胞,运用实时荧光定量PCR技术对脂肪代谢相关基因的表达进行比较。结果显示;囊肿卵巢组织中FABP3和CPT1表达水平显着高于正常卵巢组织,囊肿卵巢组颗粒细胞中FABP3表达水平极显着高于正常卵巢组;囊肿卵巢卵母细胞中CPT1、FABP4的表达极显着高于正常卵巢GV期和MⅡ期卵母细胞。2.通过RNA-Seq技术对GV期和MⅡ卵母细胞周围的卵丘细胞进行编码转录本测序,对候选基因进行了验证,进而在成熟培养液中添加不同浓度的BMP2,检测卵母细胞成熟效果。结果显示:与MⅡ期卵母细胞周围卵丘细胞相比,GV期卵母细胞周围的卵丘细胞中存在3 789个差异表达基因,其中2 085个上调基因,1 704个下调基因;采用q PCR对候选差异表达基因HAS、PTX3、TNFAIP6、CPT1、CD36、BMP2、FOXO1进行验证,结果与RNA-Seq的结果变化趋势基本一致;在成熟培养液中添加50 ng/ml的BMP2可显着促进卵母细胞的成熟,显着提高了卵母细胞中成熟促进因子MPF的转录水平,但添加100 ng/ml的BMP2反而抑制了卵母细胞的体外成熟;在缺乏卵泡液的条件下,50 ng/ml的BMP2可促进卵母细胞的成熟和成熟24 h时卵母细胞中MPF的转录,显示BMP2与卵泡液可能存在一定的拮抗作用。3.通过RNA-Seq技术对GV期和MⅡ卵母细胞周围的卵丘细胞进行micro RNA测序,在对部分候选mi RNA进行验证后,选择ssc-mi R-101、ssc-mi R-155-5p为研究对象,利用靶基因预测网站预测其靶基因,采用q RT-PCR、Western blot、荧光素酶报告载体等方法对靶基因进行验证,并对上述两个基因在卵母细胞成熟中的作用进行了研究。结果显示:与MⅡ期卵母细胞周围卵母细胞相比,GV期卵母细胞周围的卵丘细胞中存在40个差异表达micro RNA基因,其中13个上调,27下调基因;采用q PCR对候选差异表达基因ssc-mi R-101、ssc-mi R-130b-5p、ssc-mi R-140-5p、ssc-mi R-155-5p、ssc-mi R-let-7f进行验证,结果与与RNA-Seq的结果变化趋势基本一致;mi RNA靶基因预测网站显示,HAS2和PTGS2基因可能是mi R-101的靶基因,而SOCS1可能是ssc-mi R-155-5p的靶基因;荧光素酶报告载体分析结果表明了预测的准确性。在体外分离培养的卵丘细胞中转染ssc-mi R-101和ssc-mi R-155模拟物可显着抑制预测靶基因的表达,而转染抑制它们的抑制物则促进预测靶基因的表达;利用脂质体介导ssc-mi R-101和ssc-mi R-155-5p模拟物和抑制物转染卵母细胞-卵丘细胞复合体,发现与抑制物相比,模拟物组卵母细胞成熟后卵丘细胞的扩散受到抑制。
漆良波[7]（2020）在《人源线粒体转位酶TIM22复合物结构与功能研究》文中认为线粒体对众多的细胞进程至关重要,包括能量代谢、细胞程序性死亡、氨基酸生物合成、蛋白质质量控制和降解等。大多数的线粒体蛋白需要在胞质中合成,然后通过特异性蛋白转位酶转运到特定的线粒体亚结构区域。蛋白转位酶复合物包括:线粒体外膜转位酶（TOM复合物）、线粒体外膜分选和装配机器（SAM复合物）、线粒体转运复合物（MIA复合物）、线粒体膜间隙转运与装配机器（MIA复合物）、线粒体内膜载体蛋白转位酶（TIM22复合物）和线粒体内膜前导序列转位酶（TIM23复合物）。TIM22复合物负责疏水性膜蛋白的转运和插膜,包括线粒体载体蛋白和转位酶亚基（Tim17、Tim22和Tim23）。人源TIM22复合物包含至少6个组分:Tim22（假设的通道形成蛋白）、Tim29、Tim9、Tim10a、Tim10b和AGK。尽管在TIM22复合物的功能和疾病发生研究中取得了很大进展,但是TIM22复合物的结构特征和载体蛋白的转运机制依然不清楚。本研究围绕人源线粒体转位酶TIM22复合物的结构与功能展开,取得以下3个方面的进展:1、体外重组共表达获得性质均一的人源线粒体转位酶TIM22复合物在本课题研究中,我们利用p MLink体外重组共表达系统,将TIM22复合物6个亚基在Expi293F细胞系中共表达。通过Flag标签亲和纯化和分子筛层析纯化,我们获得性质均一的TIM22复合物。质谱分析证实纯化TIM22复合物含有已知的6种组分。2、通过单颗粒冷冻电镜技术解析了人源线粒体转位酶TIM22复合物结构通过去垢剂筛选、p H缓冲体系筛选、冷冻电镜制样条件筛选,我们获得了可用于300 k V冷冻电镜数据收集的样品。我们共收集14105张照片,从中自动挑选2401464个单颗粒进行后续2维分类、3维分类,以及最后的3维重构和模型搭建与优化。最后解析了人源TIM22复合物结构,整体分辨率为3.73埃,复合物膜间隙区域分辨率为3.53埃。3、人源线粒体转位酶TIM22复合物结构分析和生化验证在人源TIM22复合物结构中,含有1分子Tim22、1分子Tim29、1分子AGK、2个分子伴侣六聚体复合物Tim9-Tim10a（3:3）和Tim9-Tim10a-Tim10b（2:3:1）。核心亚基Tim22包含4个跨膜螺旋,这些跨膜螺旋形成1个开口朝向脂双层的腔。我们推测Tim22的功能可能类似于Yid C插入酶家族。Tim29是1个单次跨膜蛋白,通过其N端螺旋来稳定Tim22蛋白;同时通过其C端膜间隙结构域与AGK和2个分子伴侣六聚体复合物相互作用来维持TIM22复合物的完整性。BN-PAGE分析和体外蛋白转运生化分析结果显示分离的TIM22复合物是一种有功能的形式。突变分析结果证实解析的人源TIM22复合物结构的正确性。这一系列研究成果揭示了TIM22复合物的装配和详细的结构信息,为我们理解TIM22复合物转运载体蛋白的分子机制提供结构基础。同时也为线粒体转运系统相关疾病提供潜在的药物靶点。
任悦[8]（2020）在《中美初中主流生物教材生命科学史内容的比较研究》文中认为伴随着教育改革的深化,素质教育理念的盛行,提高学生科学素养,理解自然科学的本质日益成为初中生物教育教学的核心目标。而生命科学史内容作为重要的教学资源也被广泛吸纳进入初中生物教材之中,有效发挥其多方面的教育价值,从而帮助学生领悟科学的本质,促进其生物学素养水平的提升。因此,从教材环节入手分析生命科学史内容的呈现特点能帮助教师充分理解教材,从而更好的在教学中渗透生命科学史的教育。本研究以我国人教版《生物学》教材与美国《科学探索者》的生物学部分为研究对象,采用文献研究法、内容分析法、比较研究法以及案例分析法,从内容选择、版面编排以及对科学本质的反映三个层面建立分析维度量表,以量性分析与质性分析相结合的方式对两国教材中的生命科学史内容展开比较研究,并在此基础上,选取两国教材中相同科学史主题内容进行具体的案例比较分析。得出结论如下:在科学史内容选择上,两国教材中科学史的时代分布与演进类型均具一致性,并且对生物学各分支学科群覆盖情况良好;对科学家的选择均体现为男多女少,科学家的国别分布具一定协调性。二者差异体现在,我国教材更注重对本国古代和现代科学成就的呈现,注重将遗传学方向科学史内容注入教材,重视描述某一主题下不连续的科学发现。而美国教材无论是科学史数量还是科学家数量均多于我国教材,并且更注重将生态学和微生物科学与免疫学方向科学史内容注入教材,重视简单描述生命科学发展史上某一科学发现,更注重对女性科学家与欠发达国家或地区科学家的选择与呈现。在科学史版面编排方面,两国教材均注重图文并茂的表现方式,能在教材的多位置、多栏目中呈现科学史内容。不同之处在于,我国教材中科学史内容的文字表达更具引导性与科学性;注重以“正文后”的课外阅读栏目呈现科学史内容。而美国教材中科学史内容有关图表更加丰富多样,注重详细题注的呈现;文字表达更加生活化,强调情景性与叙事性;注重在“正文”、“课后习题”以及“正文前”栏目中呈现科学史内容,并能通过科学事业向学生渗透职业理想教育。在反映科学本质方面,两国教材中科学史内容对三个主维度及下属各子类目的反映情况不够均衡,并且美国教材的反映情况缺乏全面性。具体来看,两国教材均在科学知识本质层面反映情况良好;我国教材更注重对科学文化本质的体现,而美国教材更加重视通过科学史反映科学过程本质方面的特征。在“孟德尔的豌豆杂交实验”这一科学史主题的案例呈现方面,两国教材各具特色。总体来讲,我国教材更注重向学生传递生命科学史教育的知识价值。而美国教材的内容呈现更加具体深入,能兼顾知识、技能、方法、态度等多方位学习目标的实现。最后分别从教材编写与教师教学两个角度提出几点建议。在教材生命科学史内容编写方面:1.扩充科学史内容,增加科学家数量;2.丰富图表选材,拓展图表功能;3.文字表达注重科学性,兼顾趣味性;4.提高科学史内容在正文与课后习题中的地位;5.注重科学史教育与职业理想教育的有机结合;6.注重反映科学本质的均衡性。在生物学教师开展生命科学史教育方面:1.加强科学史知识积累,提高教师科学本质观;2.善用科学史素材,开展生命科学史显性教学。
李昌[9]（2020）在《单细胞测序解析体外特化的猴原始生殖细胞样细胞发育路径》文中提出生殖细胞谱系起源于发育早期,经历了一系列复杂的发育过程,最终产生完全成熟的配子（精子和卵母细胞）。在哺乳动物中,生殖细胞谱系在发育早期通过信号分子诱导成多能前体细胞。原始生殖细胞（PGCs）是生殖细胞谱系的基础群体,随后在胚胎和出生后经历高度复杂的发育,最终根据个体的性别分化为卵母细胞或精子。生殖细胞发育过程中发生的关键事件包括表观遗传重编程和减数分裂重组,它们分别创造了新一代的表观遗传和遗传多样性。值得注意的是,研究人员一直在利用老鼠和人类的多能干细胞（PSCs）重述这些发育途径,这些研究清晰的解析了小鼠和人类生殖细胞发育机制的关键物种差异,突显了在其他哺乳动物（如非人类灵长类）中建立体外生殖细胞发育系统的必要性。随着进一步的研究,包括那些涉及非人类灵长类动物模型的研究,人类配子发生可能完全由多能干细胞重构,这将深刻地促进我们对人类生殖细胞发育和不孕不育的理解。研究目的:1)从灵长类多能干细胞中诱导出原始生殖样细胞为研究难以在体内研究的生殖谱系分化的细胞和分子机制提供了有力的系统。2)对原始生殖样细胞分化的发育轨迹进行全面的单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析。3)解析原始生殖样细胞特化所需的微环境。结果显示:应用拟胚体（EB）分化系统从雄性和雌性猴的na?ve状态的多能干细胞中诱导出原始生殖样细胞,用高通量scRNA-seq分析方法对na?ve细胞和拟胚体内的细胞类型进行分析。解释了拟胚体通过分泌对PGCLCs特化至关重要的生长因子,如BPM2、BMP4和WNT3,为原始生殖样细胞的分化提供了一个有利环境。此外,本论文重建了原始生殖样细胞的发育轨迹,揭示了基因表达的动态变化。
窦嘉佳[10]（2020）在《ATAC测序鉴定牦牛基因组非编码保守元件》文中提出非编码保守元件（conserved non-coding elements,CNEs）是指在基因组中不编码蛋白质、也不编码rRNA或tRNA,但是在进化过程中极为保守的非编码序列。CNEs普遍存在于基因组中,多聚集在发育相关基因附近,在基因组中扮演着多种调控元件角色,直接或间接参与基因表达调控,影响物种的发育、表型和适应性进化。牦牛作为青藏高原特有畜种,对青藏高原的极端环境具有极强的适应能力。近来多组学研究已经从不同层面对牦牛的高原适应机制进行了研究,鉴定到一批与高原适应性相关的基因,但是相关的调控元件及其调控机制仍然缺乏系统研究。本论文通过比较基因组学鉴定牦牛基因组CNEs,并对牦牛心脏组织进行ATAC测序揭示全基因组中具有调控活性的序列,最后综合鉴定在牦牛基因组中与高原适应性相关的保守调控元件,为理解牦牛高原适应机制提供新的候选元件和新视角。首先,基于比较基因组学的方法对牛科的黄牛、欧洲野牛、北美野牛、瘤牛、大额牛、水牛、牦牛七个物种基因组序列进行多重比对,基于PhastCons软件,鉴定了3,653个具有调控功能的候选非编码保守元件,对这些CNEs附近的基因进行GO富集分析,发现有富集在出芽式血管生成、胚胎心血管发育以及血管内皮生长因子等与高原适应相关的通路上;进一步对这些CNEs相关基因进行功能注释,发现有33个与高原适应性相关,包括已被报道的与缺氧诱导途径相关基因ARNT、与血管内皮生成相关基因ANGPTL4、VAV3以及与心脏调节相关基因CAMK2D。这些CNEs可能参与调控以上基因的表达调控,从而在牦牛适应高原极端环境中发挥重要作用。其次,使用ATAC-seq技术对三个牦牛心脏组织进行了全基因组染色质开放区测序,共产生28G的原始数据,平均产出216,178,322条原始reads。进行质控和比对之后,在三个样本中共获得具有调控活性的332,265个peak,其中超过60%的peak落在基因间区,超过20%的peak落在内含子区域,表明数据质量较高且鉴定出的染色质开放区域具有功能性。最后,通过整合比较基因组鉴定的非编码保守元件和ATAC-seq的分析结果,共获得具有调控功能的252个CNEs。这些CNEs不仅是牦牛基因组中最保守的序列,而且有心脏ATAC数据的支持,因而可能具有重要的功能。对这些CNE附近的基因进行富集分析,发现主要与氧活性反应、单加氧酶活性调节、一氧化氮合酶活性调节、心脏收缩调节、以及血管紧张素受体活性等功能相关,表明这部分CNEs极有可能作为重要功能元件在牦牛适应高原环境中参与靶基因的调控表达。本研究通过比较基因组学手段系统地鉴定了牦牛基因组CNEs,借助ATAC测序技术构建了牦牛心脏全基因组染色质开放图谱,并鉴定出牦牛在适应高原极端环境中具有调控功能的CNEs。本研究从调控元件角度探究高原适应性调控机制,不仅为高原适应性调控元件的研究提供了新的遗传数据,并为理解牦牛高原适应机制提供了新的见解。
二、比较人、哺乳动物和果蝇性别决定的差异（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、比较人、哺乳动物和果蝇性别决定的差异（论文提纲范文）
（1）抑制脂肪酸合成酶对高脂和高糖膳食诱导的肥胖血糖水平、氧化稳态和代谢的影响（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 中英文缩略词对照表 |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 肥胖 |
| 1.1.1 肥胖概述 |
| 1.1.2 肥胖的诱因 |
| 1.1.3 肥胖的发病机制 |
| 1.1.4 肥胖的主要评判指标 |
| 1.1.5 肥胖的危害 |
| 1.1.6 肥胖的影响因素 |
| 1.1.7 肥胖常见动物模型 |
| 1.2 饮食结构 |
| 1.2.1 我国居民饮食结构的变化 |
| 1.2.2 高碳水化合物饮食和高糖饮食 |
| 1.2.3 高脂饮食 |
| 1.3 肝脏糖代谢和脂代谢 |
| 1.3.1 糖代谢 |
| 1.3.2 脂代谢 |
| 1.4 脂肪酸合成酶 |
| 1.4.1 脂肪酸合成酶概述 |
| 1.4.2 脂肪酸合成酶的作用 |
| 1.4.3 脂肪酸合成酶的抑制剂 |
| 1.4.4 脂肪酸合成酶的研究进展 |
| 1.5 计算机辅助药物设计 |
| 1.5.1 计算机辅助药物设计概述 |
| 1.5.2 计算机辅助药物设计软件MOE简介 |
| 1.5.3 计算机辅助药物设计的优势及应用 |
| 1.6 课题立题依据 |
| 1.7 课题主要研究内容 |
| 第二章 主要供能物质不同的膳食诱导的肥胖小鼠的差异 |
| 2.1 引言 |
| 2.2 实验试剂与仪器 |
| 2.3 实验方法 |
| 2.3.1 实验动物和饲料配方 |
| 2.3.2 糖耐量测定 |
| 2.3.3 数据统计与分析 |
| 2.4 结果与讨论 |
| 2.4.1 主要供能物质不同的膳食诱导的肥胖小鼠的体重变化 |
| 2.4.2 主要供能物质不同的膳食诱导的肥胖小鼠的血糖变化 |
| 2.4.3 主要供能物质不同的膳食诱导的肥胖小鼠的肠道菌群变化 |
| 2.5 本章小结 |
| 第三章 脂肪酸合成酶抑制剂的筛选和功能验证 |
| 3.1 引言 |
| 3.2 实验材料与设备 |
| 3.2.1 实验试剂 |
| 3.2.2 实验仪器与设备 |
| 3.3 实验方法 |
| 3.3.1 细胞培养 |
| 3.3.2 MTT比色法 |
| 3.3.3 耐酸性实验 |
| 3.3.4 Western blot分析 |
| 3.3.5 油红O染色 |
| 3.3.6 移植瘤 |
| 3.3.7 细胞凋亡测定 |
| 3.3.8 免疫组化 |
| 3.3.9 FASN酶活测定 |
| 3.3.10 GC-MS脂肪酸含量测定 |
| 3.3.11 数据统计与分析 |
| 3.4 结果与讨论 |
| 3.4.1 FASN在多种组织和细胞系中过表达 |
| 3.4.2 PFI09 能有效抑制多种细胞增殖 |
| 3.4.3 PFI09 能有效抑制脂质合成 |
| 3.4.4 PFI09在KR-domain和 FASN结合 |
| 3.4.5 PFI09 稳定性评估 |
| 3.4.6 改性结构MFI03 能抑制细胞增殖和脂质合成 |
| 3.4.7 MFI03 稳定性评估 |
| 3.5 本章小结 |
| 第四章 FASN抑制对高脂和高糖膳食诱导的肥胖小鼠血糖水平和氧化稳态的影响 |
| 4.1 引言 |
| 4.2 实验材料与设备 |
| 4.2.1 实验试剂与耗材 |
| 4.2.2 实验仪器与设备 |
| 4.3 实验方法 |
| 4.3.1 实验动物和饲料配方 |
| 4.3.2 糖耐量和空腹血糖的测定 |
| 4.3.3 ROS检测 |
| 4.3.4 TBARS测定 |
| 4.3.5 蛋白质羰基的测定 |
| 4.3.6 ELISA |
| 4.3.7 RNA提取与q PCR |
| 4.3.8 还原型谷胱甘肽(GSH)的测定 |
| 4.3.9 数据统计与分析 |
| 4.4 结果与讨论 |
| 4.4.1 不同膳食对小鼠肥胖和血糖的影响 |
| 4.4.2 FASN抑制剂对不同膳食诱导的肥胖小鼠体重和脂肪含量的影响 |
| 4.4.3 抑制FASN活性对不同膳食诱导的肥胖小鼠血糖的影响 |
| 4.4.4 抑制FASN活性对不同膳食诱导的肥胖小鼠肝脏的影响 |
| 4.4.5 FASN小分子抑制剂对不同膳食诱导的肥胖小鼠炎症的影响 |
| 4.4.6 FASN小分子抑制剂对氧化还原稳态的影响 |
| 4.5 本章小结 |
| 第五章 FASN抑制对高脂和高糖膳食构建的肥胖小鼠肝脏代谢的影响 |
| 5.1 引言 |
| 5.2 实验材料与设备 |
| 5.2.1 实验试剂与耗材 |
| 5.2.2 实验仪器与设备 |
| 5.3 实验方法 |
| 5.3.1 实验动物和饲料配方 |
| 5.3.2 血生化指标测定 |
| 5.3.3 脂质组学测定 |
| 5.3.4 代谢组学测定 |
| 5.4 结果与讨论 |
| 5.4.1 FASN抑制对小鼠肝脏脂质组成的影响 |
| 5.4.2 FASN抑制对小鼠肝脏脂质组成的影响 |
| 5.4.3 FASN抑制对小鼠肝脏代谢的影响 |
| 5.5 本章小结 |
| 主要结论与展望 |
| 主要结论 |
| 展望 |
| 论文创新点 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 附录 Ⅰ:攻读博士学位期间论文发表及专利申请情况 |
| 附录 Ⅱ:FASN抑制剂的合成及结构鉴定 |
| 附录 Ⅲ:潜在FASN抑制剂的对不同细胞的抑制作用 |
（2）猪Toll样受体8型（TLR8）信号机制和抗感染作用研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 缩略词表 |
| 缩略词(续) |
| 第一章 文献综述 |
| 1. Toll样受体研究进展 |
| 1.1 Toll样受体的发现 |
| 1.2 TLR的结构、生物合成和转运机制 |
| 1.3 TLR与PAMP相互识别和作用 |
| 1.4 TLR信号转导机制 |
| 1.5 TLR相关转录因子及其作用 |
| 2. TLR8的结构、功能与细胞信号通路研究进展 |
| 2.1 TLR8的分子结构与活化机制 |
| 2.2 TLR8激活剂及其种属特异性 |
| 2.3 TLR8的细胞内定位、细胞分布和信号通路 |
| 2.4 TLR8与免疫治疗 |
| 参考文献 |
| 第二章 猪TLR8与咪唑喹啉衍生物互作位点的鉴定及其种属特异性研究 |
| 1 材料 |
| 1.1 质粒和细胞 |
| 1.2 主要试剂 |
| 2 方法 |
| 2.1 细胞培养 |
| 2.2 生物信息学分析 |
| 2.3 分子克隆和突变体构建 |
| 2.3.1 PAM细胞总RNA提取 |
| 2.3.2 反转录cDNA第一链的合成 |
| 2.3.3 猪Rab5编码基因的PCR扩增 |
| 2.3.4 猪Rab5编基因(pRab5)的表达质粒构建 |
| 2.3.6 猪TLR8编基因(pTLR8)的突变体表达质粒构建 |
| 2.4 Western blot分析TLR8蛋白表达水平 |
| 2.5 TLR8蛋白细胞内定位分析 |
| 2.6 NF-κB基因启动子双荧光素酶报告实验 |
| 2.7 统计学分析 |
| 3 结果 |
| 3.1 猪TLR8三维结构的同源建模 |
| 3.2 pTLR8与咪唑喹啉衍生物(IQD)识别结合位点生物信息学分析 |
| 3.3 IQD与pTLR8相互作用氨基酸位点的实验验证 |
| 3.4 hTLR8的RQSYA基序为CL075激活必需,为R848激活非必需 |
| 3.5 pTLR8的GQKNG基序对于三种IQD激活都不重要 |
| 4 讨论 |
| 第三章 猪TLR8-ECD细胞内定位及其内体定位机制分析 |
| 1 材料 |
| 1.1 质粒和细胞 |
| 1.2 主要试剂 |
| 2 方法 |
| 2.1 细胞培养 |
| 2.2 TLR8-ECD蛋白信号肽和翻译后修饰位点预测 |
| 2.3 分子克隆和突变体构建 |
| 2.3.1 GFP标签表达载体的构建 |
| 2.4 Western blot分析 |
| 2.5 ECD蛋白细胞内定位分析 |
| 2.6 NF-κB基因启动子双荧光素酶报告实验 |
| 2.7 UNC93B1基因敲除的PAM细胞系构建 |
| 2.7.1 设计针对猪UNC93B1基因的CRISPR gRNA编码序列(guideRNA,gRNA) |
| 2.7.2 构建pLenti CRISPRv2-gRNA重组载体 |
| 2.7.3 pLenti CRISPRv2-gRNA重组载体的功能鉴定 |
| 2.7.4 猪UNC93B1基因敲除(Knockout,KO) PAM稳定细胞系构建 |
| 2.8 统计学分析 |
| 3 结果 |
| 3.1 猪TLR8及其ECD的表达检测 |
| 3.2 GFP蛋白标签位置对猪TLR8活性的影响 |
| 3.3 猪TLR8-ECD的亚细胞定位 |
| 3.3.1 猪TLR8-ECD在内质网中的定位 |
| 3.3.2 猪TLR8-ECD在高尔基体中的定位 |
| 3.3.3 猪TLR8-ECD在溶酶体中的定位 |
| 3.3.4 TLR8-ECD在内体中的定位 |
| 3.4 蛋白翻译后修饰对pTLR8-ECD亚细胞定位的影响 |
| 3.4.1 N-糖基化修饰对pTLR8-ECD亚细胞定位的影响 |
| 3.4.2 磷酸化修饰对pTLR8-ECD亚细胞定位的影响 |
| 3.4.3 泛素化修饰对pTLR8-ECD亚细胞定位的影响 |
| 3.4.4 棕榈酰化修饰对pTLR8-ECD亚细胞定位的影响 |
| 3.4.5 乙酰化修饰对pTLR8-ECD亚细胞定位的影响 |
| 3.4.6 信号肽对pTLR8-ECD亚细胞定位的影响 |
| 3.5 CRISPR/Cas9技术敲除PAM细胞中UNC93B1基因效果 |
| 3.6 UNC93B1对猪TLR8-ECD亚细胞定位的影响 |
| 4 讨论 |
| 参考文献 |
| 第四章 猪TLR8信号特异性表达基因、负反馈调控及其抗感染作用 |
| 1 材料 |
| 1.1 质粒和细胞 |
| 1.2 主要试剂 |
| 2 方法 |
| 2.1 TLR8-NF-κB双荧光报告细胞系制备 |
| 2.2 TLR8信号激活基因的转录组分析 |
| 2.3 NF-κB荧光素酶报告基因实验分析 |
| 2.4 荧光定量PCR |
| 2.5 猪HAVCR2 (TIM-3)表达载体构建及功能验证 |
| 2.6 猪TIM-3对TLR8-NF-κB通路信号蛋白活化的影响 |
| 2.7 AKT抑制剂A-443654对TLR8-NF-kB的影响 |
| 2.8 TLR8信号对鼠伤寒沙门氏菌的抑制效果 |
| 2.9 TIM-3对TLR8信号抗鼠伤寒沙门氏菌感染的调控 |
| 2.9.1 过表达TIM-3对TLR8信号抗鼠伤寒沙门氏菌感染的影响 |
| 2.9.2 沉默猪TIM-3对TLR8信号抗鼠伤寒沙门氏菌感染的影响 |
| 2.10 TLR8信号对金黄色葡萄球菌的抑制效果 |
| 2.11 TIM-3对TLR8信号抗金黄色葡萄球菌感染的调控 |
| 2.11.1 过表达TIM-3对TLR8信号抗金黄色葡萄球菌感染的影响 |
| 2.11.2 沉默猪TIM-3对TLR8信号抗金黄色葡萄球菌感染的影响 |
| 2.12 统计分析 |
| 3 结果 |
| 3.1 NF-κB及TLR8-NF-κB双荧光素酶报告细胞系构建 |
| 3.2 转录组分析和比较pTLR8和hTLR8激活细胞下游差异表达基因(DEG) |
| 3.3 pTLR8和hTLR8下游DEG的功能富集分析 |
| 3.4 猪TIM-3 (HAVCR2)基因的克隆及功能验证 |
| 3.5 猪TIM-3抑制AKT磷酸化 |
| 3.6 猪TLR8信号对鼠伤寒沙门氏菌的抑制 |
| 3.7 猪TIM-3对TLR8信号抑制鼠伤寒沙门氏菌的影响 |
| 3.8 猪TIM-3对TLR8信号抑制金黄色葡萄球菌的影响 |
| 4 讨论 |
| 参考文献 |
| 全文结论 |
| 附录: 基本实验技术 |
| 攻读学位期间取得的成果 |
| 致谢 |
（3）CD163基因敲除猪制备及对PRRSV不同易感细胞调控元件鉴定和差异分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 缩略词表(Abbreviations) |
| 前言 |
| 1.1 研究问题的由来 |
| 1.2 文献综述 |
| 1.2.1 CRISPR/Cas基因组编辑技术的发展 |
| 1.2.2 CRISPR/Cs9 技术在猪遗传育种中的应用 |
| 1.2.3 基因组调控元件研究进展 |
| 1.3 本研究的目的及意义 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 本研究的技术路线 |
| 2.2 实验材料 |
| 2.2.1 实验动物 |
| 2.2.2 细胞与病毒 |
| 2.2.3 质粒与菌株 |
| 2.2.4 主要试剂 |
| 2.2.5 主要试剂的配制 |
| 2.2.6 主要仪器 |
| 2.3 方法 |
| 2.3.1 载体构建 |
| 2.3.1.1 sgRNA设计 |
| 2.3.1.2 寡核苷酸序列合成 |
| 2.3.1.3 sgRNA表达载体构建 |
| 2.3.1.4 Donor载体构建 |
| 2.3.1.5 质粒提取 |
| 2.3.2 sgRNA表达载体活性鉴定 |
| 2.3.2.1 细胞培养及转染 |
| 2.3.2.2 细胞有限稀释 |
| 2.3.2.3 基因修饰细胞初步鉴定 |
| 2.3.2.4 单克隆细胞的获得 |
| 2.3.2.5 单克隆细胞基因型鉴定 |
| 2.3.2.6 细胞基因组DNA提取 |
| 2.3.2.7 sgRNA靶位点PCR扩增 |
| 2.3.2.8 sgRNA脱靶位点验证 |
| 2.3.2.9 细胞总RNA提取与检测 |
| 2.3.2.10 RNA反转录 |
| 2.3.2.11 实时荧光定量PCR(Q-PCR) |
| 2.3.2.12 细胞免疫荧光 |
| 2.3.2.13 实时无标记动态细胞分析技术(RTCA) |
| 2.3.2.14 PRRSV病毒增值培养 |
| 2.3.2.15 慢病毒包装 |
| 2.3.2.16 CUT＆Tag 实验流程 |
| 2.3.3 克隆猪制备 |
| 2.3.3.1 猪胎儿成纤维细胞(PFF)分离培养 |
| 2.3.3.2 代孕母猪同期发情 |
| 2.3.3.3 核移植和胚胎移植 |
| 2.3.3.4 克隆猪的获得 |
| 2.3.4 高通量数据分析 |
| 2.3.5 主要分子生物学软件及数据库 |
| 3 结果 |
| 3.1 CD163 基因SRCR5 序列敲除猪制备 |
| 3.1.1 猪成纤维细胞系分离方法比较 |
| 3.1.2 猪胎儿成纤维细胞分离培养及性别鉴定 |
| 3.1.3 sgRNA表达载体构建与活性评估 |
| 3.1.4 CD163 基因SRCR5 序列敲除单克隆细胞系筛选 |
| 3.1.5 CD163 基因SRCR5 序列敲除克隆猪的制备 |
| 3.2 鉴定GAPDH基因为猪基因组新型友好基因座 |
| 3.2.1 CRISPR系统介导的荧光报告定载体构建 |
| 3.2.2 荧光报告系统在猪不同细胞系中验证 |
| 3.2.3 验证GAPDH基因表达的影响 |
| 3.3 利用CRISPR系统制备PRRSV易感细胞系 |
| 3.3.1 CRISPR介导的CD163 基因整合载体构建 |
| 3.3.2 CD163 基因定点整合3D4/21 细胞系筛选及鉴定 |
| 3.3.3 3D4-CD163 定点敲入细胞系表型鉴定 |
| 3.4 高通量文库构建数据质量检测 |
| 3.4.1 3D4/21 细胞与3D4/21-CD163 细胞转录组测序 |
| 3.4.2 3D4/21 细胞与3D4/21-CD163 细胞转录组测序数据比对 |
| 3.4.3 3D4/21 细胞与3D4/21-CD163 细胞CUT&Tag文库构建 |
| 3.4.4 3D4/21 细胞与3D4/21-CD163 细胞CUT&Tag文库数据质量检测 |
| 3.5 3D4/21 细胞与3D4/21-CD163 细胞差异表达基因分析与调控元件鉴定 |
| 3.5.1 3D4/21 细胞与3D4/21-CD163 细胞表达差异基因分析 |
| 3.5.2 3D4/21 细胞与3D4/21-CD163 细胞启动子与增强子鉴定 |
| 3.5.3 3D4/21 细胞与3D4/21-CD163 细胞差异基因调控元件比较 |
| 3.6 3D4/21 细胞与3D4/21-CD163 细胞差异loop鉴定 |
| 4 讨论 |
| 4.1 利用基因编辑技术制备克隆猪 |
| 4.1.1 制备CD163 基因SRCR5 序列敲除猪(抗PRRSV克隆猪) |
| 4.1.2 CRISPR系统在猪抗病育种中的应用 |
| 4.1.3 猪基因组友好位点鉴定 |
| 4.2 CRISPR系统的编辑效率和脱靶问题 |
| 4.3 3D4/21 细胞与3D4/21-CD163 细胞调控元件鉴定 |
| 5 小结 |
| 5.1 本研究的主要结论 |
| 5.2 本研究的创新点 |
| 5.3 本研究的不足及进一步建议 |
| 参考文献 |
| 附录一 |
| 附录二 |
| 攻读学位期间发表论文题录 |
| 致谢 |
（4）漏检蛋白质的基因表达模式与进化特征分析（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| abstract |
| 英文缩略词表 |
| 引言 |
| 第一篇 文献综述 |
| 第一章 漏检蛋白质 |
| 1.1 人类蛋白质组计划 |
| 1.2 漏检蛋白质的研究进展 |
| 1.3 漏检蛋白质研究遇到的问题 |
| 1.4 漏检蛋白质研究的展望 |
| 第二章 染色体进化与基因进化 |
| 2.1 染色体进化 |
| 2.2 新基因的起源与倍增 |
| 2.3 进化与发育/分化调控的关系 |
| 2.4 进化与肿瘤发生调控的关系 |
| 第二篇 研究内容 |
| 第一章 漏检蛋白质及OTCSG |
| 1.1 材料 |
| 1.1.1 蛋白质存在证据 |
| 1.1.2 转录组数据 |
| 1.1.3 人类参考基因组及基因注释 |
| 1.2 方法 |
| 1.2.1 漏检蛋白质的收集与分类 |
| 1.2.2 转录组数据的处理与分析 |
| 1.3 结果 |
| 1.3.1 漏检蛋白质的分类及统计结果 |
| 1.3.2 OTCSGs基因集 |
| 1.4 讨论 |
| 1.5 小结 |
| 第二章 全基因组的进化特征分析 |
| 2.1 材料 |
| 2.1.1 多物种的染色体及基因组数据 |
| 2.1.2 直系同源基因与旁系同源基因 |
| 2.2 方法 |
| 2.2.1 染色体同源同线性分析 |
| 2.2.2 基因年龄分析 |
| 2.2.3 基因进化速率分析 |
| 2.2.4 基因的旁系同源家族及最近倍增时间分析 |
| 2.3 结果 |
| 2.3.1 基因的染色体同源同线性定位 |
| 2.3.2 基因年龄特征 |
| 2.3.3 基因进化速率特征 |
| 2.3.4 旁系同源基因的倍增特征 |
| 2.4 讨论 |
| 2.5 小结 |
| 第三章 漏检蛋白质的进化特征规律分析 |
| 3.1 材料 |
| 3.2 方法 |
| 3.2.1 基于超几何分布的富集缺失分析 |
| 3.2.2 重复KS-检验 |
| 3.3 结果 |
| 3.3.1 漏检蛋白质编码基因的染色体分布规律 |
| 3.3.2 PE3/4 基因的进化特征 |
| 3.3.3 PE3/4 基因的倍增事件 |
| 3.3.4 PE3/4 基因进化的功能约束作用 |
| 3.3.5 PE2 蛋白质的极端物理化学性质及进化特征 |
| 3.4 讨论 |
| 3.5 小结 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 导师简介 |
| 作者简介及在学期间所取得的科研成果 |
| 致谢 |
（5）渔业伦理视角下的现代渔业治理研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 问题的提出 |
| 1.2 国内外研究现状评述 |
| 1.2.1 国外研究现状 |
| 1.2.2 国内研究现状 |
| 1.2.3 研究现状评述 |
| 1.3 研究方法及内容框架 |
| 第二章 渔业伦理的理论建构 |
| 2.1 渔业伦理的立论基础 |
| 2.1.1 逻辑起点 |
| 2.1.2 资源养护 |
| 2.1.3 可持续利用 |
| 2.2 渔业伦理的概念、地位和原则 |
| 2.2.1 概念溯源及研判 |
| 2.2.2 学科关联 |
| 2.2.3 相关原则 |
| 2.3 基本分类 |
| 2.3.1 渔业生态伦理 |
| 2.3.2 渔业社会伦理 |
| 2.3.3 渔业产业伦理 |
| 2.3.4 渔业科技伦理 |
| 第三章 基于伦理的渔业治理范式分析 |
| 3.1 渔业治理的元层次 |
| 3.1.1 合法性与正当性 |
| 3.1.2 渔业元治理 |
| 3.2 符合伦理的现代渔业治理理论 |
| 3.2.1 基于“生态整体主义”的治理理论 |
| 3.2.2 基于“价值平衡原则”的治理理论 |
| 3.3 渔业伦理分析和评估 |
| 3.3.1 伦理分析矩阵 |
| 3.3.2 伦理评估工具 |
| 第四章 现代渔业治理的伦理进程 |
| 4.1 可持续渔业中的维度指向 |
| 4.1.1 时间维度 |
| 4.1.2 空间维度 |
| 4.1.3 人际维度 |
| 4.2 渔业治理之伦理难题 |
| 4.2.1 人与人的博弈 |
| 4.2.2 人与鱼的博弈 |
| 4.2.3 知与行的脱节 |
| 4.3 渔业治理之伦理突围 |
| 4.3.1 制定渔业伦理目标 |
| 4.3.2 开展渔业伦理决策 |
| 第五章 中国渔业治理的伦理议题 |
| 5.1 中国渔业道德基础与现代问题 |
| 5.1.1 中国传统智慧中的渔业伦理元素 |
| 5.1.2 中国现代渔业问题的伦理之维 |
| 5.2 中国现代渔业治理的绿色转型 |
| 5.2.1 发展阶段与模式进化 |
| 5.2.2 基于伦理的转型实践 |
| 5.2.3 未来发展的伦理展望 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 附录:缩略语 |
| 博士期间科研成果 |
| 致谢 |
（6）猪卵母细胞成熟前后卵丘细胞转录组及相关基因的研究（论文提纲范文）
| 缩略词表 |
| 摘要 |
| Abstract |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 卵母细胞的成熟过程 |
| 1.2 卵母细胞与卵丘细胞的互作 |
| 1.3 脂质代谢在猪卵母细胞成熟过程中的作用 |
| 1.4 卵母细胞脂质代谢相关通路 |
| 1.5 RNA-seq技术在卵丘细胞和卵母细胞研究领域中的应用 |
| 第二章 脂质代谢相关基因在猪正常卵巢与异常卵巢中的表达 |
| 2.1 前言 |
| 2.2 材料与方法 |
| 2.3 结果与分析 |
| 2.4 讨论 |
| 2.5 小结 |
| 第三章 利用RNA-Seq比较成熟前后卵丘细胞编码基因表达的差异 |
| 3.1 前言 |
| 3.2 材料与方法 |
| 3.3 结果 |
| 3.4 讨论 |
| 3.5 小结 |
| 第四章 利用RNA-Seq比较成熟前后卵丘细胞mi RNA的差异及靶基因验证 |
| 4.1 前言 |
| 4.2 材料与方法 |
| 4.3 结果 |
| 4.4 讨论 |
| 4.5 小结 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 附录 A(攻读学位期间发表论文目录) |
（7）人源线粒体转位酶TIM22复合物结构与功能研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 缩略语表 |
| 第一章 前言 |
| 1.1 线粒体 |
| 1.1.1 线粒体起源 |
| 1.1.2 线粒体结构与功能 |
| 1.2 线粒体蛋白转运通路 |
| 1.3 线粒体前体蛋白识别和分选信号 |
| 1.4 线粒体载体蛋白转运通路 |
| 1.4.1 线粒体载体蛋白 |
| 1.4.2 线粒体载体蛋白通路其他底物 |
| 1.4.3 线粒体载体蛋白转运通路 |
| 1.5 线粒体内膜蛋白转位酶TIM22 |
| 1.5.1 酵母yTIM22复合物亚基鉴定和功能研究 |
| 1.5.1.1 yTim22蛋白鉴定和功能研究 |
| 1.5.1.2 Tim54蛋白鉴定和功能研究 |
| 1.5.1.3 小Tim分子伴侣蛋白鉴定和功能研究 |
| 1.5.1.4 Tim18和Sdh3 蛋白鉴定和功能研究 |
| 1.5.2 人源TIM22复合物亚基鉴定和功能研究 |
| 1.5.2.1 h Tim22 和小Tim分子伴侣蛋白鉴定和功能研究 |
| 1.5.2.2 Tim29蛋白鉴定和功能研究 |
| 1.5.2.3 AGK蛋白鉴定和功能研究 |
| 1.6 TIM22复合物结构生物学研究 |
| 1.6.1 TIM22复合物负染电镜结构研究 |
| 1.6.2 小Tim分子伴侣复合物的结构研究 |
| 1.6.3 Tim9-Tim10 结合载体蛋白的结构研究 |
| 1.7 线粒体蛋白转运与疾病发生 |
| 1.8 本研究目的和意义 |
| 第二章 实验材料与方法 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.1.1 实验菌株和细胞系 |
| 2.1.2 实验载体 |
| 2.1.3 实验试剂及配置 |
| 2.2 实验仪器 |
| 2.3 实验方法 |
| 2.3.1 分子克隆 |
| 2.3.2 多基因重组共表达载体p MLink的组装 |
| 2.3.3 无内毒素质粒提取 |
| 2.3.4 哺乳动物细胞培养和转染 |
| 2.3.5 线粒体提取与纯化 |
| 2.3.6 目的蛋白的表达和纯化 |
| 2.3.7 电泳分析实验 |
| 2.3.8 免疫共沉淀实验 |
| 2.3.9 蛋白免疫印迹分析实验 |
| 2.3.10 体外蛋白转运实验 |
| 2.3.11 电镜样品制备 |
| 2.3.12 冷冻电镜数据收集、处理和模型搭建 |
| 第三章 人源TIM22复合物冷冻电镜结构解析 |
| 3.1 线粒体的分离与纯化 |
| 3.2 人源TIM22复合物亚基的确认 |
| 3.3 外源重组共表达人源TIM22复合物的初期探索 |
| 3.4 人源TIM22复合物的表达与纯化 |
| 3.5 人源TIM22复合物冷冻电镜样品优化 |
| 3.5.1 化学交联试剂与方法筛选 |
| 3.5.2 蛋白纯化缓冲液pH筛选 |
| 3.6 冷冻电镜数据收集、处理和结构解析 |
| 3.6.1 人源TIM22复合物冷冻电镜数据收集和处理 |
| 3.6.2 人源TIM22复合物原子模型的搭建 |
| 第四章 人源TIM22复合物的结构分析与功能研究 |
| 4.1 人源和酵母TIM22复合物整体结构分析与比较 |
| 4.2 人源和酵母Tim22蛋白结构分析与比较 |
| 4.3 Tim29 蛋白作为脚手架蛋白组织TIM22 复合物 |
| 4.4 AGK蛋白结构分析 |
| 4.5 小Tim蛋白在TIM22 复合物中的组织形式 |
| 4.7 人源TIM22复合物的功能研究 |
| 4.7.1 体外纯化的TIM22复合物形成一个完整、稳定的复合物 |
| 4.7.2 突变分析验证人源TIM22复合物结构的正确性 |
| 4.7.3 过表达人源TIM22复合物能够增加底物蛋白转运效率 |
| 第五章 讨论与展望 |
| 5.1 总结与讨论 |
| 5.1.1 TIM22复合物结构生物学的研究总结 |
| 5.1.2 TIM22复合物转运底物分子机制的研究总结 |
| 5.2 论文展望 |
| 5.2.1 新TIM22复合物亚基的鉴定 |
| 5.2.2 TIM22复合物体外功能研究体系的建立 |
| 参考文献 |
| 附录 个人简历及在校期间发表的学术论文与研究成果 |
| 致谢 |
（8）中美初中主流生物教材生命科学史内容的比较研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第一章 绪论 |
| 一、研究背景 |
| 二、研究意义 |
| 三、研究内容 |
| 四、研究方法 |
| 五、概念界定 |
| 六、研究现状 |
| 第二章 研究设计 |
| 一、研究对象的选取 |
| 二、研究工具的制定 |
| 三、分析单位的确定 |
| 四、资料分析与处理 |
| 五、信度分析 |
| 第三章 中美初中主流生物教材生命科学史内容的比较 |
| 一、中美初中主流生物教材生命科学史内容选择的比较与分析 |
| 二、中美初中主流生物教材生命科学史版面编排的比较与分析 |
| 三、中美初中主流生物教材生命科学史反映科学本质的比较与分析 |
| 第四章 中美初中主流生物教材中相同生命科学史案例比较 |
| 一、两国教材中科学史案例具体比较与分析 |
| 二、分析结果与启示 |
| 第五章 结论与建议 |
| 一、结论 |
| 二、建议 |
| 三、反思与展望 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 致谢 |
| 作者简介 |
| 石河子大学硕士研究生学位论文导师评阅表 |
（9）单细胞测序解析体外特化的猴原始生殖细胞样细胞发育路径（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 缩略语索引 |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 引言 |
| 1.2 PGC体内特化和体外诱导 |
| 1.2.1 PGC体内特化 |
| 1.2.2 PGC体外诱导 |
| 1.3 PGC特化的转录调节 |
| 1.3.1 Wnt信号和BMP信号 |
| 1.3.2 转录调节因子 |
| 1.4 PGC发育的表观遗传重编程 |
| 1.4.1 组蛋白修饰 |
| 1.4.2 甲基化 |
| 第二章 猴胚胎干细胞的培养和鉴定 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.1.1 细胞系 |
| 2.1.2 实验用到的仪器设备 |
| 2.1.3 实验用到的试剂 |
| 2.1.4 实验用到的溶液及培养液配置 |
| 2.2 实验方法 |
| 2.2.1 细胞计数 |
| 2.2.2 小鼠成纤维细胞培养 |
| 2.2.3 利用小鼠成纤维细胞制作饲养层细胞 |
| 2.2.4 na(?)ve状态的胚胎干细胞培养 |
| 2.2.5 胚胎干细胞的免疫荧光检测 |
| 2.2.6 细胞培养支原体检测的方法 |
| 2.3 实验结果 |
| 2.4 本章小结 |
| 第三章 猴原始生殖细胞的体外特化和鉴定 |
| 3.1 实验材料 |
| 3.1.1 细胞系 |
| 3.1.2 实验所用到的设备和耗材 |
| 3.1.3 实验试剂 |
| 3.1.4 实验用到的培养液配制 |
| 3.2 实验方法 |
| 3.2.1 分化前na(?)ve状态的细胞准备 |
| 3.2.2 PGCLCs体外特化 |
| 3.2.3 EB球的收集和免疫荧光染色鉴定 |
| 3.2.4 EB球realtime鉴定原始生殖细胞样细胞相关标记物 |
| 3.3 实验结果 |
| 3.4 本章小结 |
| 第四章 单细胞测序解析猴原始生殖细胞发育 |
| 4.1 实验材料 |
| 4.1.1 细胞系 |
| 4.1.2 实验仪器及耗材 |
| 4.1.3 实验试剂 |
| 4.2 实验方法 |
| 4.2.1 细胞准备 |
| 4.2.2 10X方法 |
| 4.2.3 测序 |
| 4.2.4 生物信息分析方法 |
| 4.3 实验结果 |
| 4.3.1 原始生殖细胞特化期间的细胞类型 |
| 4.3.2 原始生殖细胞特化期间的转录调节 |
| 4.3.3 原始生殖细胞特化期间雌、雄转录调控 |
| 4.3.4 原始生殖细胞样细胞发育轨迹解析 |
| 4.4 本章小结 |
| 第五章 结论与讨论 |
| 第六章 展望 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 附录 攻读硕士期间发表的论文目录 |
（10）ATAC测序鉴定牦牛基因组非编码保守元件（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| Abstract |
| 第一章 研究背景 |
| 1.1 牦牛 |
| 1.1.1 牦牛的分类和起源 |
| 1.1.2 牦牛对高原环境的适应性 |
| 1.1.3 牦牛高原适应性分子机制相关研究 |
| 1.2 非编码保守元件 |
| 1.2.1 非编码保守元件简介 |
| 1.2.2 非编码保守元件鉴定 |
| 1.2.3 非编码保守元件的特征和功能 |
| 1.2.4 非编码保守元件的来源 |
| 1.2.5 非编码保守元件研究现状 |
| 1.3 调控元件鉴定与ATAC-seq |
| 1.3.1 基因组中的调控元件检测 |
| 1.3.2 ATAC-seq研究策略 |
| 1.3.3 ATAC-seq研究现状 |
| 1.4 研究意义和科学问题 |
| 第二章 材料和方法 |
| 2.1 基因组数据集 |
| 2.2 牦牛基因组非编码保守元件识别 |
| 2.2.1 系统发育分析 |
| 2.2.2 PhastCons识别保守元件 |
| 2.2.3 牦牛非编码保守元件识别 |
| 2.3 非编码保守元件分析 |
| 2.3.1 基因组功能元件分布注释 |
| 2.3.2 motif分析 |
| 2.3.3 非编码保守元件相关基因 |
| 2.3.4 非编码保守元件相关基因功能注释 |
| 2.4 ATAC-seq与功能元件的评估 |
| 2.4.1 样本采集与处理 |
| 2.4.2 ATAC-seq实验流程 |
| 2.4.3 数据过滤与质量评估 |
| 2.4.4 序列比对 |
| 2.4.5 peak扫描 |
| 2.4.6 IDR分析 |
| 2.4.7 peak在基因功能元件上的分布 |
| 2.4.8 peak相关基因及功能注释 |
| 2.5 CNE与 ATAC-seq结果的整合分析 |
| 2.5.1 CNE和 peak整合分析 |
| 2.5.2 motif分析 |
| 2.5.3 overlap相关基因及GO分析 |
| 第三章 研究结果 |
| 3.1 牦牛基因组中的非编码保守元件分析 |
| 3.1.1 非编码保守元件结果统计 |
| 3.1.2 非编码保守元件在基因组中的分布 |
| 3.1.3 motif注释 |
| 3.1.4 非编码保守元件相关基因及GO分析 |
| 3.2 ATAC-seq分析 |
| 3.2.1 数据基本处理与质控 |
| 3.2.2 peak结果 |
| 3.2.3 IDR分析 |
| 3.2.4 peak在基因功能元件上的分布 |
| 3.2.5 peak相关基因富集分析 |
| 3.3 CNE与 ATAC-seq结果的整合分析 |
| 3.3.1 overlap整合结果 |
| 3.3.2 motif分析 |
| 3.3.3 overlap相关基因GO分析 |
| 第四章 讨论与展望 |
| 4.1 讨论 |
| 4.1.1 高原适应性相关的非编码保守元件 |
| 4.1.2 ATAC-seq鉴定牦牛基因组功能元件 |
| 4.2 展望 |
| 参考文献 |
| 在学期间的研究成果 |
| 致谢 |
四、比较人、哺乳动物和果蝇性别决定的差异（论文参考文献）
- [1]抑制脂肪酸合成酶对高脂和高糖膳食诱导的肥胖血糖水平、氧化稳态和代谢的影响[D]. 渠宏雁. 江南大学, 2021(01)
- [2]猪Toll样受体8型（TLR8）信号机制和抗感染作用研究[D]. 敖大. 扬州大学, 2021
- [3]CD163基因敲除猪制备及对PRRSV不同易感细胞调控元件鉴定和差异分析[D]. 韩晓松. 华中农业大学, 2021
- [4]漏检蛋白质的基因表达模式与进化特征分析[D]. 徐艾诗. 吉林大学, 2021(01)
- [5]渔业伦理视角下的现代渔业治理研究[D]. 何妤如. 上海海洋大学, 2021(01)
- [6]猪卵母细胞成熟前后卵丘细胞转录组及相关基因的研究[D]. 罗晓彤. 延边大学, 2021
- [7]人源线粒体转位酶TIM22复合物结构与功能研究[D]. 漆良波. 华中农业大学, 2020(05)
- [8]中美初中主流生物教材生命科学史内容的比较研究[D]. 任悦. 石河子大学, 2020(08)
- [9]单细胞测序解析体外特化的猴原始生殖细胞样细胞发育路径[D]. 李昌. 昆明理工大学, 2020(05)
- [10]ATAC测序鉴定牦牛基因组非编码保守元件[D]. 窦嘉佳. 兰州大学, 2020(01)