一、1994~2000年579株副溶血性弧菌肠道感染检测回顾(论文文献综述)
陈嘉惠[1](2020)在《国内市售乳制品及上海等地市售水产品质量安全的风险分析》文中认为乳制品和水产品质量安全已成为全球食品质量安全重点关注的问题之一。因此,对影响乳制品和水产品质量安全的危害因素进行分析并开展相应的风险评估工作,可为食品相关监管部门提供科学的预警信息,从而预防乳制品和水产品安全事件的发生,保证人们的饮食安全。本论文采用蒙特卡罗模拟、定量风险评估和故障树分析(Fault tree analysis,FTA)等方法,对国内市售液态乳中致病性微生物和化学危害因素进行了风险评估;在此基础上,通过机器学习算法构建了乳制品安全风险预警模型,可定性预测中国市售乳制品的安全性。同时,针对上海等地区市售动物源性水产品(以下简称水产品)面临的质量安全问题,采用风险评估方法对中国东部沿海地区水产品中化学污染物及副溶血性弧菌(Vibrio parahaemolyticus,Vp)的风险进行了研究,构建了相应的风险评估模型;使用全局空间自相关、热点分析和时空扫描等方法分析了中国长三角地区兽药残留的空间分布格局及时空分布特征。主要研究内容和结论如下:1国内市售乳制品质量安全的风险评估及预警首先,对液态乳中致病性微生物的危害进行了研究,分析了温度和时间对液态乳供应链环节中金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus,S.aureus)和大肠杆菌(Escherichia coli,E.coli)生长的影响,分别建立了市售液态乳中这两种菌污染的定量风险评估模型。结果表明,在未热处理途径和热处理途径中,不同p H液态乳(6.4-6.8)中金黄色葡萄球菌的最终平均污染浓度较高,大于105 CFU/m L的概率均在3.9%以上,对人体存在一定的健康风险影响;不同p H液态乳中大肠杆菌的最终平均污染浓度超过106 CFU/m L的概率均为0.1%,所造成的健康风险较低。此外,还构建了生牛乳中牛结核杆菌(Mycobacterium bovis)的风险评估模型,结果显示,生牛乳携带牛结核杆菌的平均概率为4.75×10-4,人均消费1kg生牛乳,携带牛结核杆菌的平均概率为0.016,存在一定健康风险。在评估了液态乳中致病性微生物的风险之后,进一步分析了供应链中可能导致液态乳化学危害事件发生的因素,并构建了液态乳化学危害事件的故障树。结果显示,影响液态乳中化学危害事件的关键因素有生产企业反馈机制不完善、政府部门忽视或者没有良好的监控、食品药品监督管理局未进行抽检。此外,还分析了液态乳供应链中化学危害因素脆弱性的差异,结果显示,三组人群(消费者、生产企业和食品监管部门)都认为液态乳供应链容易受到化学危害因素的影响。针对乳制品中存在的各种潜在风险,采用2014-2017年中国乳制品抽检数据结合机器学习算法构建了乳制品安全定性预测模型,结果显示使用集成算法Adaboost构建的模型效果优于其他算法,模型的灵敏度、特异性和准确率分别为62.50%、91.67%和72.22%,表明该模型预测效果较好,可用于乳制品质量安全的定性预测;基于该预测模型,我们还构建了在线预测系统,用户可通过http://www.biotechshu.com:8080/Mpredict访问该系统。2上海等地市售水产品质量安全的风险评估统计分析东部沿海地区居民水产品的膳食摄入情况,采用膳食暴露评估方法对水产品中的镉、铅、汞、孔雀石绿、硝基呋喃进行风险评估。结果显示,2-4岁男性儿童和4-7岁女性儿童由于食用水产品摄入的镉、汞和铅的平均暴露量均高于其他年龄组。所有年龄组居民每日因食用鱼类摄入的孔雀石绿的含量在安全范围内(暴露边界值大于10000),因食用鱼类摄入的硝基呋喃具有一定的健康风险(硝基呋喃代谢物的暴露边界值小于10000)。根据文献调查的副溶血性弧菌在水产品中的污染情况,评估了东部沿海地区居民生食水产品可能引发副溶血性弧菌食物中毒的风险,结果表明,东部沿海地区居民因生食水产品而患病的概率为8.34×10-7,风险较低。采用地理信息系统(Geographic Information System,GIS)方法分别对2017-2019年上海、江苏、浙江和安徽(长三角城市群)水产品中兽药残留的超标率和检出率的时空分布情况、聚类情况等进行了研究,结果显示2017-2019年水产品中兽药残留的总体超标率和检出率呈现空间随机性分布,热点分析和时空扫描分析结果显示水产品中兽药检出和超标情况存在聚集性。
张昭寰[2](2019)在《副溶血性弧菌风险评估关键技术及重要毒力蛋白VopA结晶条件筛选的研究》文中进行了进一步梳理中国是水产品生产与消费的大国,研究数据显示,2001年至今,我国的水产品生产与消费均在逐年递增,生产与消费量常年位于世界第一。副溶血性弧菌是水产品中最为常见的食源性致病菌,严重威胁着水产品质量与安全,制约着水产行业的健康可持续发展。微生物风险评估是控制水产品中副溶血性弧菌危害的重要手段和工具,可有效控制副溶血性弧菌的潜在风险。本文针对副溶血性弧菌风险评估中危害识别、暴露评估、危害特征描述这3大核心部分的缺陷与不足展开攻关,进行了基于活菌DNA的副溶血性弧菌危害识别新技术研究、基于概率分布构建副溶血性弧菌暴露评估中描述细菌生长速率和浓度的随机模型研究、以及副溶血性弧菌关键危害特征的毒力蛋白VopA晶体学的初步研究。主要研究内容和研究结果如下:1.基于活菌DNA的副溶血性弧菌危害识别新技术研究传统副溶血性弧菌危害识别技术较少关注水产品中死活菌的问题,常把死活菌的数量共同计算入风险评估中,导致其患病风险的错误估计,造成了副溶血性弧菌风险评估的不确定性。为了更准确地识别副溶血性弧菌的实际危害,亟需发展一套基于活菌DNA的副溶血性弧菌危害识别新技术,用以正确评估副溶血性弧菌的真实风险。叠氮溴化丙锭(PMA)是一种光敏型核酸染料,其与q PCR技术相结合,可以选择性地识别水产品中副溶血性弧菌的活菌DNA,从而达到活菌定量检测的目的。PMA-q PCR的前处理过程包括两个关键步骤:暗处理和光交联,这样的操作方法较为繁琐,不符合现今快速检测技术的发展趋势。本研究针对这一弊端,构建了一种新型的可用于PMA-q PCR前处理的活菌DNA筛选仪器,将暗处理和光交联两个核心步骤合二为一。结果显示:该仪器可根据自身实验需求选择不同的PMA前处理条件,包括PMA暗处理时间、光处理时间以及混匀速度的设定。通过温度检测器进行实际测量,在该仪器连续使用的6h内,腔体温度没有明显的变化,不会损伤待测样品中的活菌DNA。该仪器实现了PMA前处理过程的一体化和全自动化,在源头上简化了PMA-q PCR的前处理过程,提升了PMA的处理效率,能够用于活菌DNA的高效筛选,为活菌定量技术提供了可靠的工具保障。本研究进一步基于该活菌DNA筛选仪器,结合PMA和多重q PCR的优点,针对两种常见的水产源致病菌副溶血性弧菌和霍乱弧菌,构建了PMA两重q PCR技术,可以用于定量检测水产品及水产相关环境中副溶血性弧菌和霍乱活菌的活菌细胞。结果表明:本研究所构建的PMA两重q PCR技术在不同样品中的扩增效率均能保持在90%-110%之间,并具有较低的检测限:在对虾养殖环境水体中,最低定量限可达到101-102 CFU/m L,在南美白对虾和太平洋牡蛎中,最低定量限为102-103 CFU/g。该方法具备良好的区分死活菌的能力,能够在106 CFU/m L(g)死菌存在的情况下,准确定量水产品中副溶血性弧菌和霍乱弧菌的活菌。进一步将该方法应用于真实水产样品中弧菌的检测,结果显示该技术的检测结果与ISO方法保持一致。本部分研究构建了一种用于PMA-q PCR前处理的活菌DNA筛选仪器,并基于该仪器构建了水产品中常见弧菌的活菌定量检测技术,为副溶血性弧菌的危害识别提供了新的检测与分析工具。2.基于概率分布构建副溶血性弧菌暴露评估中描述细菌生长速率和浓度的随机模型研究运用数学模型描述细菌的生长速率和浓度,是风险评估中暴露评估的两大核心组成部分。然而现阶段描述的副溶血性弧菌生长速率和浓度的模型大多为确定性模型,缺少基于概率分布的随机模型研究。将概率分布应用于暴露评估之中以开发新的随机模型,是准确评估副溶血性弧菌风险的关键。本部分研究首先收集了最为全面的副溶血性弧菌生长数据,构建了弧菌生长特性信息数据库。并基于该数据库,整合了5组南美白对虾中副溶血性弧菌生长传统模型和分子模型的数据,探究了最适合描述平方根模型参数b和T0的概率分布。结果表明,最适合描述平方根模型参数b的概率分布为Normal分布,其分布拟合公式为Normal(0.0342,0.0068)。最适合描述平方根模型参数T0的概率分布为Uniform分布,其分布拟合公式为Uniform(-9.7625,3.6925)。并以此为基础,修正了传统的平方根模型,构建了副溶血性弧菌在南美白对虾中生长的随机模型。进一步针对992份来自于上海大型超市的水产品,运用MPN-PCR计数法进行副溶血性弧菌污染情况分析。同时,选用两个常用于暴露评估中的概率分布:Lognormal分布和整合概率分布,来描述水产品中细菌的浓度。结果表明:上海大型超市中的水产品致病性副溶血性弧菌检出率(1.71%)与几何平均浓度相对较低(0.1581 MPN/g)。运用Lognormal分布和整合概率分布描述副溶血性弧菌的结果没有明显差异,建议在今后的副溶血性弧菌的暴露评估中,运用更为简单有效的Lognormal分布来描述副溶血性弧菌在水产品中的浓度。本部分研究构建了副溶血性弧菌生长速率随机模型和浓度最适概率分布模型,弥补了传统确定性模型的不足,为解决副溶血性弧菌暴露评估的不确定性和变异性问题提供了技术支持,为提升副溶血性弧菌风险评估的准确性奠定了模型基础。3.副溶血性弧菌危害特征关键毒力蛋白VopA表达纯化与结晶条件的筛选微生物风险评估中危害特征描述的关键在于定性或定量地分析致病菌的危害程度,副溶血性弧菌致病机理的研究有助于更好地理解该菌的危害特征。VopA是副溶血性弧菌三型分泌系统II重要的毒力效应蛋白,属于Yop J家族。目前VopA蛋白的具体三维结构尚属未知,大大制约了人们对其致病机制的理解。本部分研究首先采用生物信息学的方法对副溶血性弧菌危害特征关键毒力蛋白VopA理化性质、跨膜结构区域、信号肽、二级结构、三级结构等进行了预测分析。结果显示:VopA蛋白由289个氨基酸组成,分子结构式为C1410H2311N401O439S20,相对分子质量为32.55 KDa,原子总数为4581,平均亲水性为-0.404,为亲水性蛋白,摩尔吸收系数为0.286 m2/mol。该蛋白无显着的信号肽切割位点,无跨膜区域。二级结构的主要由α-螺旋和延伸链构成。通过三级结构分析可知,该蛋白与六磷酸肌醇(IP6)可能会形成较为稳定的晶体结构。进一步通过SLIC分子克隆技术构建了VopA蛋白的重组表达载体6His-MBP-TEV-VopA和6His-TEV-VopA,将其导入大肠杆菌BL21(DE3)中,在诱导剂IPTG的作用下进行异源蛋白的诱导表达。运用超声波技术破碎菌体,并提取上清液中的目的蛋白。再通过运用凝胶层析技术对VopA蛋白进行纯化,获得了高纯度的VopA蛋白。并利用蛋白质结晶条件筛选机器人结合常用结晶条件筛选试剂盒,对VopA蛋白的结晶条件进行了初步筛选,在JCSG-plus?试剂盒的C3孔中获得了VopA-IP6复合物的蛋白结晶条件:0.2M硝酸铵、20%(w/v)PEG3350。后续研究可基于该结晶条件进行进一步的优化,以获得更高质量的蛋白晶体。本部分研究为副溶血性弧菌三型分泌系统II效应蛋白VopA结构和功能的进一步揭示提供了重要的数据支持,为副溶血性弧菌危害特征的描述和致病机理的揭示奠定了基础。结论:本研究针对微生物风险评估中危害识别、暴露评估、危害特征描述3方面展开研究,系统地构建了水产品中致病性弧菌的危害识别新技术,探究了可服务于暴露评估的随机模型,提升了暴露评估模型的准确性,为副溶血性弧菌的风险评估提供了关键的技术支撑;并进行了副溶血性弧菌重要毒力效应蛋白VopA的表达纯化与结晶条件的筛选,为副溶血性弧菌危害特征描述及致病机理的揭示奠定基础。本研究的结论,可为更有效地评估和控制副溶血性弧菌的风险提供技术上和理论上支持,从而达到保障水产行业健康发展、提升水产品质量与品质、维护公众免遭致病菌侵害的目的。
李飞[3](2019)在《新型噬菌体vBValPIME271的分离、鉴定、基因组学分析及其内溶素Lys271抗菌活性的研究》文中提出随着抗生素药物越来越广泛的应用,临床多重耐药细菌逐渐增多,当前抗生素药物研发的速度远不及细菌获得抗生素耐药的速度,从而导致了多重耐药细菌的产生,给临床抗感染治疗带来了极大挑战。噬菌体是病毒中的一个特殊的群体,他们针对性的寄生到特定宿主体内,进行自我复制,繁殖生存,从而在细菌内部将其蚕食瓦解。因此,相应的噬菌体治疗多重耐药致病细菌感染作为一种潜在的治疗方案,重新引起了人们的关注;然而,噬菌体用于耐药菌感染的治疗尚有诸多问题需要解决,包括细菌能否对噬菌体产生耐受,噬菌体哪些组分参与了对细菌的裂解。因此,寻找抗生素的可替代品以用于耐药细菌的防控和治疗已迫在眉睫。本研究选用了副溶血弧菌、溶藻弧菌、创伤弧菌、河流弧菌、弗尼斯弧菌作为宿主菌,从青岛黄海海域海水中筛选出了裂解性溶藻弧菌噬菌体vBValPIME271(简称IME271),该噬菌体的生物特性如下:潜伏期为90min,裂解期约60min,暴发量为40 pfu,对紫外线和高温比较敏感,对氯仿不敏感。噬菌体IME271在pH值为7.0-9.0范围内具有良好的裂解活性。此外,电镜结果显示,噬菌体IME271属于有尾噬菌体目短尾噬菌体科。全基因组分析表明,该噬菌体与弧菌噬菌体VPp1只有87%的同源性,95.93%相似度,但是VPp1尚未分类,表明IME271是一株新发现的噬菌体;通过对噬菌体IME271进行全基因组功能注释和进化分析,结果显示,IME271基因组共有67个开放阅读框(ORFs),其中45个开放阅读框(ORFs)为假想蛋白序列,其余22个ORF功能已知。通过利用质谱仪对其蛋白质组进行鉴定,共鉴定出17个蛋白氨基酸序列,CDS64为噬菌体内溶素蛋白,未鉴定到细菌毒力因子和相关蛋白。为进一步研究噬菌体IME271对溶藻弧菌的裂解机制,本研究以pET28a作为表达载体,利用基因工程技术对噬菌体IME271进行了内溶素的克隆表达,并获得有活性的重组蛋白Lys271,经过条件的筛选,确定最佳表达温度为37℃,诱导时间为4h,IPTG最佳诱导浓度为1 mmol/L,生成可溶性蛋白,经过蛋白纯化后脱盐处理并浓缩后的蛋白浓度为4.74 mg/mL;继而对重组内溶素Lys271的生物学活性采用浊度法和平板法同时进行鉴定,结果显示Lys271具有裂解活性,这也是国内外首例溶藻弧菌噬菌体内溶素克隆表达成功。通过酶学活性分析并与原噬菌体IME271相比较,Lys271不仅能够裂解不同血清型的溶藻弧菌,还能够裂解副溶血弧菌和创伤弧菌,比原噬菌体IME271的裂解谱更宽泛。Lys271在pH值为6.0~9.0和55℃的条件下都可以保持较高活性,在-80℃条件下保存16个月仍有80%的活性。上述研究不仅为溶藻弧菌噬菌体基因组和噬菌体受体的多样性提供了数据资源,也为利用内溶素防控耐药性弧菌提供了理论依据。研究结果表明,Lys271填补了溶藻弧菌噬菌体内溶素研究的空白,显示其作为革兰阴性细菌的抗菌剂具有良好的应用前景。
甄晓然[4](2019)在《凡纳滨对虾急性肝胰腺坏死症弧菌江苏株的分子分型及其拮抗菌筛选》文中提出急性肝胰腺坏死合综合症(Acute hepatopancreas necrosis syndrome,AHPNS)是近年来影响凡纳滨对虾养殖业发展的重要疾病之一。2009年以来,AHPNS使得亚洲对虾产量大幅下降,给亚洲养虾业带来了巨大的经济损失,我国以凡纳滨对虾养殖为主的对虾养殖业亦受到较大冲击。2013年,全球水产养殖联盟(Global Aquaculture Alliance,GAA)发表声明,明确了AHPNS的病原体是副溶血弧菌。据报道,该病原菌通过效应蛋白PirA与PirB产生毒力,病虾消化器官颜色苍白,肝胰腺萎缩,空肠空胃,发病13天内死亡率可达到100%。目前对于AHPNS的致病机理尚未研究清楚,尚无有效的防治手段见诸报道。本文通过分离得到了不同来源的凡纳滨对虾AHPNS致病菌,进行了分子分型,获得江苏地区急性肝胰腺坏死综合症的分子流行病学资料;通过致病性弧菌拮抗菌的筛选相关研究,为该病的生态防控提供技术资料。20172018年间,江苏省沿海地区连云港、盐城和南通等市部分养殖场出现不同程度的凡纳滨对虾急性死亡,发病对虾呈现为空肠空胃,肝胰胰萎缩或肿涨,表现出AHPNS发病的典型症状。从上述数十家养殖场采集不同苗种来源、不同生长阶段、不同发病特点以及不同养殖模式的健康和疑似患AHPNS的凡纳滨对虾,无菌解剖其肝胰腺,分离得到642株细菌,分别采用急性肝胰腺坏死合综合症致病性相关基因pirAvp引物AP3以及细菌16S rRNA通用引物进行扩增,确认并获得28株凡纳滨对虾AHPNS致病性副溶血弧菌,根据不同的来源、模式等对所得菌株进行了分类。应用脉冲场电泳(PFGE)技术,对28株分离自江苏省内不同地区、不同养殖模式、不同生长阶段的对虾AHPNS发病个体肝胰腺的致病性副溶血弧菌进行分子分型研究,最终得到了副溶血弧菌的4个主要的PFGE簇(G 1-G4),24个谱型,带型间相似性达到86.1%-100%,表明各菌株亲源关系较近,PFGE的分型结果与样品来源的生长地点、养殖模式、发病症状、苗种来源、对虾生长阶段等具有相关性,说明在江苏省内由副溶血弧菌引起的凡纳滨对虾急性肝胰腺坏死综合症的发生已经存在流行趋势。4个不同PFGE聚类簇的谱型存在一定的差异,这与28株菌的来源、养殖模式、发病症状以及发病对虾不同生长阶段有关。本研究初步建立了江苏省内凡纳滨对虾急性肝胰腺坏死症弧菌的PFGE数据资料,以便在预警防控过程中快速将不同发病样品或可疑对虾样品的副溶血性弧菌PFGE谱带与本研究结果进行比较。根据同一来源对虾个体具有共同的遗传物质,在PFGE谱带中表现出相同的指纹图谱这一原理,分析菌株间的亲缘关系,研究某疾病的传染源、流行范围等,并在此基础上进行疾病的预警预控,采取有效措施防控凡纳滨对虾急性肝胰腺坏死综合症。从江苏南部沿海滩涂沉积物中分离得到252株细菌,以14株凡纳滨对虾急性肝胰腺坏死症致病性副溶血弧菌为指示菌,初筛和复筛后,获得1株拮抗效果较好的菌株H 0011;通过形态观察、生理生化特性和16S rRNA基因序列鉴定为普罗威登斯菌。利用普罗威登斯菌H 0011对凡纳滨对虾进行高密度胁迫安全性试验结果,试验期间浸浴组和投喂组对虾状态良好,没有发病和死亡现象,该菌株对凡纳滨对虾是安全的。菌株H 0011的发酵工艺结果,该菌最佳发酵生长条件为温度为30℃、盐度为10‰、pH为8、培养时间为20 h。本文首次对江苏地区不同苗种、不同地区、不同生长时期、不同养殖模式、不同死亡特点的凡纳滨对虾进行了AHPNS致病性弧菌收集及分子分型,认为江苏省内凡纳滨对虾急性肝胰腺坏死综合症已形成流行趋势,为进一步开展江苏地区急性肝胰腺坏死综合症的分子流行病学研究提供技术资料;首次获得了对凡纳滨对虾急性肝胰腺坏死症具有防控作用的高效拮抗作用菌,为该病的防控提供了新的思路。
魏大伟[5](2018)在《中国沿海地区副溶血弧菌流行病学调查及遗传多样性分析》文中提出副溶血弧菌(Vibrio parahaemolyticus)是引起人类食源性疾病和水产养殖中南美白对虾急性肝胰腺坏死病(AHPND,又被称为早期死亡综合征)的条件性致病菌,是食源性肠胃炎最主要的病原之一,为人类和水产养殖带来了巨大的灾难和损失。本研究首先建立了基于PCR快速检测副溶血弧菌的方法。由于弧菌属尤其是哈维氏弧菌群的基因组具有很高的相似度,16S rDNA无法将之区分,因此对于副溶血弧菌检测的核心就是找到有效的靶标。而对于目前报道的副溶血弧菌鉴定和筛选的靶标基因一直没有一个有效的特异性评估,因此存在特异性不高的问题。为了避免假阳性,本研究通过生物信息分析找到了3个分布在两个染色体上的靶序列,对比之前报道的特异性基因,这3个靶序列同时具备种间特异性和种内保守性的特点。为了探究水产养殖中副溶血弧菌的毒力、耐药和遗传多样性等特点,本研究分别在天津(2016年6月、9月和2017年4月)、南通(2016年9月)、杭州(2016年9月)、湛江(2016年11月)和海南地区(2016年8月)进行了样品的采集,然后利用TCBS和LB培养基共分离纯化了1045株细菌。基于本研究建立的检测方法,共筛选出209株副溶血弧菌,其中海南地区0株、天津74株(22.2%)、南通52株(28.3%)、杭州42株(30.7%)以及湛江41株(12.5%)。在此基础上,本研究分别从副溶血弧菌毒力基因的检测,水产常用抗生素的耐药性分析,多位点序列分型,对南美白对虾的致病性以及基因组的分析等方面进行进一步探究。通过主要毒力基因的检测,我们发现人类临床上常见的毒力基因trh存在于水产养殖中,比例很低只有3例,只在天津检测出。南美白对虾毒力因子PirAB检测率为9.57%,共有20例,其中杭州18例,南通2例,其他地区均未检测出。通过南美白对虾的浸泡攻毒实验证明PirAB具有极强致病性,致死率能在24 h达到80%,同时验证新出现在副溶血弧菌的类Tc毒力对南美白对虾不具有致病性。水产常用四种抗生素耐药分析,发现土霉素的耐药比率最高为17.22%,接着是氟苯尼考9.57%,恩诺沙星3.83%和阿米卡星0.48%,并且发现5株宿主为鱼的副溶血弧菌表现为多重耐药性(土霉素、氟苯尼考和恩诺沙星),土霉素和氟苯尼考是水产上使用最普遍的抗生素,其耐药率的增加可能与使用情况相关。从结果来看,携带毒力基因的菌株对四种抗生素均表现为敏感,因此药物预防和治疗依然是有效的手段,尤其是阿米卡星。综上所述,本研究通过流行病学调查发现,水产养殖中存在携带人类和南美白对虾致病因子的副溶血弧菌,并且检测到耐药甚至多重耐药的菌株,这对于疾病的监测、预防和治疗具有重要的指导意义。通过MLST分型,选出的168株副溶血弧菌共得到44个ST型,其中只包含1株菌的ST型有16个,其余的28个ST型都至少包含两个菌株,新获得的ST型共有24个,这个比例超过50%。结合系统发育分析证明水产养殖中的副溶血弧菌具有高度的遗传多样性,地域的差异是副溶血弧菌遗传多样性的重要原因之一。利用全基因组测序分析发现移动元件介导的基因组的变化具有普遍性。对看家基因recA变化的分析证实了一个携带外源recA的基因岛的插入;通过探究看家基因dtdS的丢失我们发现,插入序列ISVal1在整个已测序株菌的基因组中共有27个插入,并且导致多处的缺失和获得,之后我们通过进化实验证明ISVal1具有插入活性。我们猜测ISVal1可能通过同源重组等机制塑造基因组使细菌适应更复杂的环境,这一研究结果表明移动元件对于基因组的多样性具有重要的作用,并且为进化基因组学提供了新的思路。
林佳琪[6](2016)在《水产品中两种食源性致病菌的快速检测技术研究》文中研究指明副溶血性弧菌(Vibrio parahaemolyticus,Vp)和霍利斯格里蒙特氏菌(Grimontia hollisae,Gh)是水产品中的存在的两种食源性致病菌,均可产耐热溶血毒素,使患者引发腹泻、恶心、呕吐等肠胃炎症状。目前对这两种菌的检测标准以常规培养分离方法为主,存在操作复杂、耗时长、工作量大等问题。本研究结合免疫学和分子生物学技术,建立了两种致病菌的快速检测方法,对提高食品安全监控效率,保障食品安全具有重要的意义。本文以副溶血性弧菌和霍利斯格里蒙特氏菌为研究对象,利用免疫磁性分离、多重PCR、实时荧光定量PCR、LAMP以及数字PCR技术,建立起副溶血性弧菌和霍利斯格里蒙特氏菌的快速检测方法。主要研究内容及结果如下:1、针对副溶血性弧菌tdh、trh、toxR和tlh基因建立四重PCR反应体系,经过引物浓度优化、退火温度优化,建立四重PCR体系,对副溶血性弧菌DNA模板的检测灵敏度为50 pg/μL;纯培养条件下,tdh、trh、tlh和toxR四个基因同时检测的灵敏度为6.7×103CFU/mL。副溶血性弧菌含量为1.36 CFU/g的人工模拟样品增菌6 h后,可用该体系检出副溶血性弧菌携带的tdh、trh、tlh、toxR基因。该方法可实现同时检测携带toxR、tdh、trh、tlh四种基因的副溶血性弧菌,对开展副溶血弧菌及其毒力基因检测筛查具有实际意义。2、优化制备特异性捕获副溶血性弧菌的免疫磁珠,同时对Vp的toxR、tdh和tlh三个重要基因建立Taqman三重实时荧光定量PCR,反应体系在菌浓度103108 CFU/mL之间存在良好的线性关系。采用IMS-realtime mPCR对人工污染的海产品中的副溶血性弧菌进行检测,toxR、tlh、tdh的检出限分别为1.6×103、1.6×104、1.6×103 CFU/mL3、针对副溶血性弧菌toxR和tdh基因建立双重ddPCR体系,同时对PMA进行优化得到最佳添加浓度为10μM和最佳光照时间为15 min,建立起PMA-ddPCR体系。该体系测得拷贝浓度在菌浓度102106 CFU/mL之间存在良好的线性关系。该方法为对实现副溶血性弧菌活菌绝对定量提供重要基础。4、优化制备特异性捕获霍利斯格里蒙特氏的免疫磁珠,同时对Gh的fur基因设计特异性引物,成功建立LAMP法检测体系,反应在40 min内完成。采用IMS-LAMP法对人工污染的海产品中的霍利斯格里蒙特氏菌的检测限为1.10×104 CFU/mL,比用离心法-LAMP检出限降低一个数量级。5、针对Vp的toxR种特异基因、Gh的recA种特异基因以及两种菌的高同源性tdh毒力基因设计三对引物对,优化反应体系后,对Vp和Gh基因组DNA的检测灵敏度均为0.5pg/μL,对Vp和Gh悬液的检出灵敏度均为103 CFU/mL。
齐学明[7](2013)在《宁波市售血蚶中副溶血性弧菌污染分析及其膳食风险初步评价》文中认为副溶血性弧菌是一种嗜盐菌,无盐不生长,属于革兰氏阴性细菌。副溶血性弧菌是世界公认的海产品致病菌,美国将其确认为食用海产品而致病的首要病因。我国海产品中副溶血性弧菌的污染率较高,其中以浙江省海产品的污染率为最高。血蚶,又称泥蚶,是我国浙江、广东等地的传统养殖贝类。其味道鲜美,可补气益血,一直作为宁波人过节、待客首选。由于生长环境适宜,血蚶生长过程中,会伴以多种致病菌的生长和繁殖,尤以副溶血性弧菌为甚。宁波地区百姓在消费血蚶时,喜欢半生,甚至70-80%生的状态食用,膳食致病风险较为严重。生食或进食未充分煮熟的海产品,易引起相关食源性疾病。当前,对于宁波市售血蚶的副溶血性弧菌污染状况,缺乏系统整体的了解。本课题以宁波市居民为目标人群,通过充分的产业链调查和农贸市场分布科学确定取样方案,定量检测和分析,对宁波市售血蚶中副溶血性弧菌的污染情况进行了调查;并且在膳食调查的基础上,进一步运用通用风险分析软件@Risk建模,以血蚶购买为起点,食用为终点,定量评估了宁波居民血蚶消费的风险。其结果如下:1.宁波市售血蚶副溶血性弧菌检出率为50%;2.阳性样品中副溶血性型弧菌的污染浓度分布于0.48log10(MPN/g)~3.04log10(MPN/g)之间;3.商场销售的血蚶中副溶血性弧菌污染浓度要明显高于农贸市场(平均高出42%):4.单次血蚶膳食的年平均致病风险是1.465×10-5;春季单次血蚶膳食的平均致病风险为4.035×10-5;冬季单次血蚶膳食的平均致病风险是6.122×10-6;5.通过敏感度分析知,有效降低血蚶中副溶血性弧菌的初始污染水平,是控制因其引起致病的关键所在。根据调查和评估结果,研究给出如下风险管理意见和居民血蚶膳食建议:1.做好全面而深入的宣传,尽量避免相对易感人群(婴幼儿、儿童、孕妇、老年人以及免疫力缺陷人群)食用血蚶;2.建立包括血蚶在内的海产品冷链运输,积极、有效控制血蚶中副溶血性弧菌的初始污染;3.加大农贸市场监管力度和惩治力度,消除市场中存在的一些商贩同一批产品由于压货而反复售卖的现象;4.教育、引导消费者:在购买血蚶时要注意辨别,尤其注意一些明显的不新鲜特征,如蚶肉泛黄、双壳松弛;烹食时,在不影响口感的前提下,尽量增加烫漂时间;储存时,避免交叉污染。
马月姣,孙晓红,赵勇,卢瑛,吴启华,潘迎捷[8](2012)在《不同样品副溶血性弧菌多样性分析》文中研究说明采用肠细菌基因外重复回文序列扩增(REP-PCR)和肠道细菌基因间重复序列扩增(ERIC-PCR)2种方法,对从3种不同样品中分离得到的副溶血性弧菌进行分型分析;通过REP和ERIC-PCR指纹图谱扩增,利用NT-SYS-pc软件,并采用Dice系数对指纹图谱进行聚类分析。结果显示:55株副溶血性弧菌REP-PCR指纹图聚谱共分为3大类,其中底泥中的优势谱型为Ⅰ类型,海水中的优势谱型为Ⅱ类型,虾样品中的优势谱型为Ⅰ类型;ERIC-PCR指纹谱型也聚类为3大类,在海水和底泥中的优势谱型均为Ⅰ类型,但底泥中副溶血性弧菌多样性较海水中丰富,虾样品中副溶血性弧菌优势谱型为Ⅱ类型。表明不同样品中副溶血性弧菌优势型不同,进而推测不同类型谱型的菌株耐冷特性不同。
高翔[9](2013)在《副溶血弧菌LAMP检测法的建立及纳米材料应用》文中认为副溶血性弧菌是一种重要的食品致病菌,在我国沿海地区广泛流行,危害很大,因此,建立完善的检测方法非常重要。本研究选择了在副溶血性弧菌中高度保守的Pr72H基因作为靶基因,建立了一种快速、灵敏、直观的检测水产品中副溶血性弧菌的环介导等温扩增法(loop-mediated isothermal amplification,LAMP),并对镁离子、酶、引物浓度及反应时间、反应温度等反应条件进行了优化,确定了最终反应条件。通过沉淀法、荧光法进行结果观察,通过电泳法、酶切法、实物检测进行验证,并对该方法的特异性和灵敏度进行了分析探讨。所建立的检测方法可检测到1fg/μl的DNA分子,灵敏度高于PCR法3个数量级,且特异性强,与其他实验菌株无交叉反应。对53份水产品样品的检测结果显示,与PCR法完全吻合。以所建立的LAMP检测方法为平台,本研究将纳米材料引入对LAMP反应的优化实验。并建立了荧光定量检测法对LAMP反应进行观察分析,使研究纳米材料对LAMP反应的影响变得直观、快捷。通过所建立的LAMP法对纳米金、纳米银、纳米二氧化钛、纳米碳粉、碳纳米管进行筛选发现,纳米金对LAMP反应的速率有一定促进作用,尤其以10nm的纳米金对反应的促进作用最佳,但对反应的终产量没有明显影响。纳米银对LAMP反应有明显的抑制作用,且抑制作用与纳米银的浓度成正比关系。对于水不溶性的纳米二氧化钛、纳米碳粉、碳纳米管,由于在反应体系中会出现分布不均匀的状况,无法采用荧光定量检测法和电泳法检测到准确结果。通过以纳米金为例的对LAMP反应的温度影响实验可知,纳米金并不能扩大LAMP反应的反应温度范围。本研究以纳米金为例对LAMP反应的影响机理进行了初步研究,发现反应前后纳米金的吸收峰发生明显红移,说明纳米金与体系中的一些组分发生了结合作用。通过进一步研究,认为纳米金与酶有较强的结合作用,与dNTPs和单链DNA的结合作用较弱。
褚发军[10](2012)在《深圳市副溶血性弧菌散发病例感染危险因素和临床特征调查》文中进行了进一步梳理1.调查目的1、调查深圳副溶血性弧菌感染的传播途径和危险因素,探索控制副溶血性弧菌感染的有效干预措施;2、分析副溶血性弧菌病例临床特征,为临床医生和暴发调查提供参考。2.方法:采用病例对照研究。从2011年5月到9月,选取宝安区西乡人民医院和龙岗区龙岗人民医院为深圳市副溶血性弧菌感染危险因素2个哨点医院,收集副溶血性弧菌感染病例,其他腹泻病例和健康对照,通过性别、年龄进行的总体频数配对,进行问卷调查和实验室检查数据分析。病例访谈使用统一的标准问卷,在门诊检验科收样处待病人粪便留样后进行病例访谈。3.统计方法:用Epidata3.0建立数据库,用SPSS16.0软件进行数据分析,数据采用双录入。先应用单因素分析方法对调查表中所有的研究项目进行筛选。对单因素分析中显着性水平小于0.05的变量再进行多因素非条件Logisite回归分析,多分类变量设置哑变量,最终筛选出有统计学意义的因素,并计算OR值和95%可信区间。4.结果:从2011年5月到9月,在深圳共调查366人,男性210人,女性156人。副溶血性弧菌感染患者101人(占27.6%);其他腹泻病人181人(占49.5%);健康对照84人(23.0%)。副溶血性感染感染危险因素:病前3日食用海鲜(OR为4.48,95%CI:1.09-18.38);病前3日大排档就餐(OR为6.26,95%CI:1.50-26.21);VP感染保护因素:散装畜肉(OR为0.05,95%CI:0.01-0.52);5.结论:研究证实食用海鲜和外出大排档就餐是副溶血性弧菌腹泻的主要危险因素,为了预防和控制副溶血性弧菌腹泻,必须提高居民对副溶血性弧菌的了解和认识,开展健康教育,海产品要尽量煮熟后食用,杜绝食用腐败变质食物,加强大排档和流动摊点的监管力度。
二、1994~2000年579株副溶血性弧菌肠道感染检测回顾(论文开题报告)
(1)论文研究背景及目的
此处内容要求:
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景,再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题,并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例:
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
(2)本文研究方法
调查法:该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法:用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法:通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法:通过调查文献来获得资料,从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法:依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法:对研究对象进行“质”的方面的研究,这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法:通过具体的数字,使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法:运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法:这是社会科学用来分析社会现象的一种方法,从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法:通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、1994~2000年579株副溶血性弧菌肠道感染检测回顾(论文提纲范文)
(1)国内市售乳制品及上海等地市售水产品质量安全的风险分析(论文提纲范文)
摘要 |
Abstract |
第一章 文献综述 |
1 乳制品质量安全的概述 |
1.1 乳制品质量安全的现状 |
1.2 乳制品质量安全的主要危害因素 |
1.3 乳制品质量安全的常见风险分析方法 |
2 水产品质量安全的风险监测 |
2.1 水产品质量安全的现状 |
2.2 水产品质量安全的主要污染物 |
2.3 水产品质量安全的常见风险分析方法 |
3 本研究的目的和意义 |
第二章 市售乳制品质量安全的风险评估及预警 |
1 数据与方法 |
1.1 数据的收集与预处理 |
1.2 计算方法 |
2 结果与分析 |
2.1 液态乳中致病性微生物的风险评估 |
2.2 液态乳中化学危害事件的风险分析 |
2.3 基于机器学习的乳制品安全预警 |
3 讨论 |
4 本章小结 |
第三章 上海等地市售水产品质量安全的风险分析 |
1 数据与方法 |
1.1 数据的收集与预处理 |
1.2 计算方法 |
2 结果与分析 |
2.1 东部沿海地区水产品中化学污染物及副溶血性弧菌的风险评估 |
2.2 长三角地区水产品中兽药残留的风险分析 |
3 讨论 |
4 本章小结 |
第四章 全文总结 |
附录 |
参考文献 |
作者在攻读硕士学位期间公开发表的论文 |
作者在攻读硕士学位期间所参与的课题 |
致谢 |
(2)副溶血性弧菌风险评估关键技术及重要毒力蛋白VopA结晶条件筛选的研究(论文提纲范文)
摘要 |
ABSTRACT |
英文缩写词表 |
第一章 文献综述 水产品中副溶血性弧菌风险评估研究现状及展望 |
1.1 中国水产品生产与消费现状 |
1.2 水产品中常见食源性致病菌 |
1.3 副溶血性弧菌风险评估研究现状 |
1.3.1 国外副溶血性弧菌风险评估研究现状 |
1.3.2 国内副溶血性弧菌风险评估研究现状 |
1.4 副溶血性弧菌风险评估三大核心步骤的研究现状与展望 |
1.5 副溶血性弧菌危害识别技术的研究现状与展望 |
1.5.1 平板计数法 |
1.5.2 最大或然数方法 |
1.5.3 免疫试纸条 |
1.5.4 基于RNA的检测方法 |
1.5.5 qPCR活菌定量方法 |
1.5.6 副溶血性弧菌危害识别技术研究的展望 |
1.6 副溶血性弧菌暴露评估模型的研究现状与展望 |
1.6.1 预测微生物学研究进展 |
1.6.2 副溶血性弧菌预测微生物学研究进展与展望 |
1.6.3 应用概率分布描述副溶血性弧菌浓度的研究现状与展望 |
1.7 副溶血性弧菌危害特征描述的研究现状与展望 |
1.7.1 副溶血性弧菌致病性相关毒力蛋白结构生物学研究现状 |
1.7.1.1 耐热直接溶血素蛋白(TDH) |
1.7.1.2 幼虾急性肝胰腺坏死病致病蛋白pirA/B |
1.7.1.3 三型分泌系统结构蛋白VtrA/VtrB/VtrC |
1.7.1.4 三型分泌系统效应蛋白VopL |
1.7.2 副溶血性弧菌致病性相关毒力蛋白结构生物学展望 |
1.7.2.1 耐热相关溶血素蛋白(TRH) |
1.7.2.2 三型分泌系统(T3SS)及其效应物蛋白(T3SE) |
1.7.2.3 外膜生物合成转运系统 |
1.8 本课题的研究方案 |
参考文献 |
第二章 基于活菌DNA的副溶血性弧菌危害识别新技术研究 |
2.1 引言 |
2.2 实验材料与方法 |
2.2.1 实验材料 |
2.2.2 副溶血性弧菌和霍乱弧菌菌株 |
2.2.3 活菌DNA快速筛选仪器的设计图 |
2.2.4 基于活菌DNA筛选仪器的PMA前处理过程 |
2.2.5 引物、探针及PCR反应条件 |
2.2.6 PMA两重qPCR技术的特异性分析 |
2.2.7 PMA两重qPCR技术标准曲线的构建 |
2.2.8 致病性弧菌死菌的制备 |
2.2.9 PMA两重qPCR在人工接种样品中的应用 |
2.2.10 PMA两重qPCR在实际水产样品中的应用 |
2.3 结果与讨论 |
2.3.1 活菌DNA快速筛选仪器的构建 |
2.3.2 PMA两重qPCR的特异性分析 |
2.3.3 PMA两重qPCR的扩增效率 |
2.3.4 PMA两重qPCR最低定量限 |
2.3.5 PMA两重qPCR在人工接种样本中区分死活菌的研究 |
2.3.6 PMA两重qPCR在实际水产样本中的应用 |
2.4 本章小结 |
参考文献 |
第三章 基于概率分布构建副溶血性弧菌暴露评估中描述细菌生长速率和浓度的随机模型研究 |
第一节 南美白对虾中副溶血性弧菌随机预测生长模型的研究 |
3.1.1 引言 |
3.1.2 材料与方法 |
3.1.2.1 副溶血性弧菌菌株生长信息的收集 |
3.1.2.2 南美白对虾中副溶血性弧菌生长数据的整合及二级模型的构建及验证 |
3.1.2.3 南美白对虾中副溶血性弧菌随机预测生长模型的构建 |
3.1.3 结果与分析 |
3.1.3.1 副溶血性弧菌生长特性信息库构建 |
3.1.3.2 副溶血性弧菌最大比生长速率二级模型的构建与验证 |
3.1.3.3 副溶血性弧菌最大比生长速率的随机预测模型 |
3.1.4 讨论 |
3.1.5 小结 |
第二节 水产品中副溶血性弧菌污染量描述的概率评估模型研究 |
3.2.1 引言 |
3.2.2 材料与方法 |
3.2.2.1 样品采集 |
3.2.2.2 MPN-PCR法 |
3.2.2.3 统计分析 |
3.2.2.4 使用概率分布描述细菌污染 |
3.2.3 结果和讨论 |
3.2.3.1 上海市大型超市水产品中副溶血性弧菌的污染情况分析 |
3.2.3.2 最适概率分布的选择 |
3.2.4 小结 |
参考文献 |
第四章 副溶血性弧菌危害特征关键毒力蛋白VopA表达纯化与结晶条件的筛选 |
4.1 引言 |
4.2 材料与方法 |
4.2.1 材料与试剂 |
4.2.2 VopA蛋白的生物信息学分析 |
4.2.3 6His-MBP-TEV-VopA重组表达载体的构建 |
4.2.4 6His-TEV-VopA重组表达载体的构建 |
4.2.5 VopA重组蛋白的诱导表达 |
4.2.6 VopA重组蛋白的提取 |
4.2.7 VopA重组蛋白的纯化 |
4.2.8 Tev酶切及VopA重组蛋白的二次纯化 |
4.2.9 VopA蛋白结晶条件的筛选 |
4.3 结果与讨论 |
4.3.1 VopA蛋白的生物信息学分析结果 |
4.3.1.1 VopA蛋白理化性质分析 |
4.3.1.2 VopA蛋白信号肽与跨膜区域预测与分析 |
4.3.1.3 VopA蛋白的二级结构预测与分析 |
4.3.1.4 VopA蛋白的三级结构预测与分析 |
4.3.2 VopA表达载体构建结果 |
4.3.3 6His-MBP-Tev-VopA重组蛋白的表达与纯化 |
4.3.4 6His-Tev-VopA重组蛋白的表达与纯化 |
4.3.5 6His-Tev-VopA重组蛋白的大规模制备 |
4.3.6 VopA蛋白结晶条件的筛选 |
4.4 本章小结 |
参考文献 |
全文总结 |
本研究不足与展望 |
附录 |
在上海海洋大学就读博士期间取得的科研成果 |
致谢 |
(3)新型噬菌体vBValPIME271的分离、鉴定、基因组学分析及其内溶素Lys271抗菌活性的研究(论文提纲范文)
摘要 |
ABSTRACT |
第一章 引言 |
1.1 溶藻弧菌(V.alino lyticus)简述 |
1.2 噬菌体治疗细菌的研究进展 |
1.3 本实验研究的内容 |
1.4 本实验研究路线 |
第二章 溶藻弧菌噬菌体vB_ValP_IME271的分离、鉴定及生物学特性分析 |
2.1 实验材料 |
2.1.1 菌株 |
2.1.2 主要试剂与仪器 |
2.1.3 主要溶液配制 |
2.2 实验方法 |
2.2.1 弧菌的种属鉴定 |
2.2.2 PCR产物纯化回收 |
2.2.3 溶藻弧菌噬菌体IME271的分离 |
2.2.4 溶藻弧菌噬菌体IME271的纯化 |
2.2.5 溶藻弧菌噬菌体IME271的效价 |
2.2.6 溶藻弧菌噬菌体IME271的大量培养 |
2.2.7 溶藻弧菌噬菌体IME271的浓缩与纯化 |
2.2.8 溶藻弧菌噬菌体IME271的形态 |
2.2.9 溶藻弧菌耐药谱的鉴定 |
2.2.10 溶藻弧菌噬菌体IME271的最佳感染复数 |
2.2.11 溶藻弧菌噬菌体IME271的一步生长曲线 |
2.2.12 溶藻弧菌噬菌体IME271的宽噬实验 |
2.2.13 溶藻弧菌噬菌体IME271对紫外线的敏感性实验 |
2.2.14 溶藻弧菌噬菌体IME271对氯仿的敏感性实验 |
2.2.15 溶藻弧菌噬菌体IME271的热敏感性实验 |
2.2.16 溶藻弧菌噬菌体IME271对pH的敏感性实验 |
2.2.17 统计学分析 |
2.3 实验结果 |
2.3.1 弧菌的种属鉴定 |
2.3.2 溶藻弧菌噬菌体IME271的效价 |
2.3.3 溶藻弧菌噬菌体IME271的形态 |
2.3.4 溶藻弧菌耐药谱的鉴定 |
2.3.5 溶藻弧菌噬菌体IME271的最佳感染复数 |
2.3.6 溶藻弧菌噬菌体IME271一步生长曲线 |
2.3.7 溶藻弧菌噬菌体IME271的宽噬实验 |
2.3.8 溶藻弧菌噬菌体IME271对紫外线敏感性实验 |
2.3.9 溶藻弧菌噬菌体IME271对氯仿的敏感性实验 |
2.3.10 溶藻弧菌噬菌体IME271的热敏感性实验 |
2.3.11 溶藻弧菌噬菌体IME271的pH敏感性实验 |
2.4 讨论 |
第三章 溶藻弧菌噬菌体vB VALP IME271的基因组学及蛋白质组学研究 |
3.1 实验材料与方法 |
3.1.1 实验材料 |
3.1.2 溶藻弧菌噬菌体IME271噬菌体基因组的提取 |
3.1.3 溶藻弧菌噬菌体IME271全基因组测序 |
3.1.4 溶藻弧菌噬菌体IME271全基因组测序的生物信息学分析 |
3.1.5 溶藻弧菌噬菌体IME271全基因组的组装及进化树分析 |
3.1.6 溶藻弧菌噬菌体IME271蛋白质组学分析 |
3.2 实验结果 |
3.2.1 溶藻弧菌噬菌体IME271全基因组分析概述及功能分析 |
3.2.2 溶藻弧菌噬菌体IME271功能性开放阅读框分析 |
3.2.3 溶藻弧菌噬菌体IME271基因组末端分析 |
3.2.4 溶藻弧菌噬菌体IME271进化树分析 |
3.2.5 溶藻弧菌噬菌体IME271比较基因组分析 |
3.2.6 溶藻弧菌噬菌体IME271蛋白质组学分析 |
3.3 讨论 |
第四章 溶藻弧菌噬菌体vB ValP IME271内溶素重组蛋白Lys 的基因克隆、表达与纯化 |
4.1 实验材料 |
4.1.1 表达质粒与菌株 |
4.1.2 试剂 |
4.1.3 试剂配置 |
4.1.4 主要仪器 |
4.2 实验方法 |
4.2.1 噬菌体内溶素基因的克隆与表达 |
4.2.1.1 引物设计及序列扩增 |
4.2.1.2 PCR片段的酶切与回收 |
4.2.1.3 pET28a质粒的制备 |
4.2.1.4 重组质粒的构建 |
4.2.2 单克隆阳性菌落鉴定 |
4.2.3 内溶素重组蛋白Lys271小量表达及SDS-PAGE验证 |
4.2.4 内溶素重组蛋白Lys271的表达条件及表达方式的确定 |
4.2.4.1 内溶素重组蛋白Lys271最佳诱导时间的确定 |
4.2.4.2 内溶素重组蛋白Lys271最佳诱导浓度的确定 |
4.2.4.3 内溶素重组蛋白Lys271最佳诱导温度的确定 |
4.2.4.4 内溶素重组蛋白Lys271表达形式的确定 |
4.2.5 内溶素重组蛋白Lys271的大量培养 |
4.2.6 内溶素重组蛋白Lys271的纯化 |
4.2.7 内溶素重组蛋白Lys271的超滤浓缩 |
4.2.8 内溶素重组蛋白Lys271蛋白浓度测定 |
4.3 实验结果 |
4.3.1 内溶素基因的PCR扩增和重组质粒的鉴定 |
4.3.2 内溶素重组蛋白Lys271初步小量表达及SDS-PAGE验证 |
4.3.3 内溶素重组蛋白Lys271表达条件及表达形式的确定 |
4.3.4 内溶素重组蛋白Lys271的纯化和浓度测定 |
4.4 讨论 |
第五章 内溶素重组蛋白Lys271的活性鉴定及其抗菌活性研究 |
5.1 实验材料及仪器 |
5.1.1 实验试剂 |
5.1.2 实验仪器 |
5.2 实验方法 |
5.2.1 平板扩散法检测内溶素重组蛋白Lys271酶活性 |
5.2.2 浊度法检测内溶素重组蛋白Lys271裂解活性 |
5.2.3 内溶素重组蛋白Lys271的宽噬实验 |
5.2.4 去污剂检测对内溶素重组蛋白Lys271的裂解性能 |
5.2.5 确定内溶素重组蛋白Lys271的最适pH值实验 |
5.2.6 确定内溶素重组蛋白Lys271的最适温度实验 |
5.2.7 不同离子浓度下内溶素重组蛋白Lys271的稳定性实验 |
5.2.8 储存温度对内溶素重组蛋白Lys271酶活性的影响 |
5.2.9 统计学分析 |
5.3 实验结果 |
5.3.1 内溶素重组蛋白Lys271对细菌的裂解性能 |
5.3.2 内溶素重组蛋白Lys271的宽噬实验 |
5.3.3 去污剂对内溶素重组蛋白Lys271的裂解性能影响 |
5.3.4 内溶素重组蛋白Lys271最适pH值的确定 |
5.3.5 内溶素重组蛋白Lys271最佳温度的确定 |
5.3.6 不同离子浓度下内溶素重组蛋白Lys271的稳定性 |
5.3.7 储存温度对内溶素重组蛋白Lys271酶活性的影响 |
5.4 讨论 |
第六章 论文结论及不足 |
6.1 论文结论 |
6.2 论文不足之处 |
参考文献 |
综述: 回顾过去十年的当代噬菌体的研究进展 |
参考文献 |
附录 |
攻读学位期间成果 |
致谢 |
(4)凡纳滨对虾急性肝胰腺坏死症弧菌江苏株的分子分型及其拮抗菌筛选(论文提纲范文)
摘要 |
ABSTRACT |
第一章 引言 |
1.1 分子分型技术 |
1.1.1 质粒酶谱分型法 |
1.1.2 DNA限制性内切酶法 |
1.1.3 核糖体分型(Ribotyping) |
1.1.4 扩增片段长度多态性(AFLP)分析 |
1.1.5 随机扩增多态性DNA片段(RAPD) |
1.1.6 基因外重复回文序列PCR(Rep-PCR) |
1.1.7 多位点序列分型(MLST) |
1.1.8 脉冲场凝胶电泳(PFGE) |
1.2 微生物防治对虾病害的研究进展 |
1.2.1 分泌抗菌物质 |
1.2.2 微生物改变对虾体内外环境 |
1.2.2.1 微生物作为水质改良剂 |
1.2.2.2 微生物调节对虾体内微生态平衡 |
1.2.3 提高对虾免疫力 |
1.2.4 营养争夺 |
1.2.5 展望 |
1.3 本论文的研究目的意义和主要内容 |
第二章 凡纳滨对虾AHPNS致死性弧菌的分离与鉴定 |
2.1 材料与方法 |
2.1.1 实验材料 |
2.1.2 实验培养基及试剂配制 |
2.1.3 主要器材及设备 |
2.1.4 主要试剂 |
2.1.5 病原菌的分离纯化与保存 |
2.1.6 AHPNS病原菌的确认及鉴定 |
2.2 结果 |
2.2.1 病原菌的分离纯化与保存 |
2.2.2 AHPNS病原菌的确认及鉴定 |
2.3 讨论 |
小结 |
第三章 凡纳滨对虾AHPNS副溶血弧菌的PFGE分子分型 |
3.1 实验仪器和材料 |
3.1.1 实验所用菌株 |
3.1.2 主要试剂 |
3.1.3 实验仪器 |
3.1.4 实验试剂及其配制 |
3.2 实验方法 |
3.2.1 细菌培养 |
3.2.2 胶块的制备 |
3.2.3 细胞的裂解 |
3.2.4 洗胶块 |
3.2.5 胶块内DNA的酶切 |
3.2.6 制胶和加样 |
3.2.7 电泳 |
3.2.8 获取图像 |
3.2.9 数据的分析 |
3.3 结果 |
3.3.1 28株副溶血弧菌的PFGE分子分型结果 |
3.3.2 28株副溶血弧菌PFGE簇不同地点的分布 |
3.3.3 28株副溶血弧菌PFGE簇不同生长时期的分布 |
3.3.4 28株副溶血弧菌PFGE簇不同养殖模式的分布 |
3.3.5 28株副溶血弧菌PFGE簇不同发病特点的分布 |
3.3.6 28株副溶血弧菌PFGE簇不同苗种分布 |
3.4 讨论 |
小结 |
第四章 对虾致病性弧菌拮抗菌的筛选 |
4.1 材料与方法 |
4.1.1 实验材料 |
4.1.2 所用仪器及设备 |
4.1.3 主要生化试剂 |
4.1.4 培养基及主要试剂配置 |
4.1.5 实验方法 |
4.1.5.1 拮抗菌分离与筛选 |
4.1.5.2 菌株鉴定 |
4.1.5.3 菌株安全性试验 |
4.1.5.4 菌株生长特性 |
4.1.6 结果 |
4.1.6.1 拮抗菌的分离筛选 |
4.1.6.2 菌株鉴定 |
4.1.6.2.1 菌株的形态特征 |
4.1.6.2.2 生理生化结果 |
4.1.6.2.3 16SrDNA基因序列分析以及系统发育树的构建 |
4.1.6.3 安全性实验 |
4.1.6.4 菌株的生长特性 |
4.3 讨论 |
小结 |
参考文献 |
附录 |
致谢 |
(5)中国沿海地区副溶血弧菌流行病学调查及遗传多样性分析(论文提纲范文)
摘要 |
abstract |
第一章 文献综述 |
1.1 副溶血弧菌的概况 |
1.1.1 副溶血弧菌 |
1.1.2 副溶血弧菌的毒力 |
1.1.3 副溶血弧菌的耐药情况 |
1.1.4 副溶血弧菌的检测方法 |
1.2 副溶血弧菌的多位点序列分型 |
1.3 副溶血弧菌的遗传多样性 |
1.4 高通量测序技术在副溶血弧菌中的应用 |
1.5 细菌中重要的移动元件 |
1.5.1 质粒 |
1.5.2 插入序列 |
1.5.3 基因岛 |
1.6 课题目的和意义 |
1.7 技术路线 |
第二章 实验材料和方法 |
2.1 实验材料 |
2.1.1 菌株和质粒 |
2.1.2 所用仪器设备和试剂 |
2.2 实验方法 |
2.2.1 样品采集和弧菌的分离纯化和鉴定 |
2.2.2 提取副溶血弧菌基因组 |
2.2.3 毒力基因的检测 |
2.2.4 最小抑菌浓度测定 |
2.2.5 MLST分型 |
2.2.6 高通量测序及生物信息学方法 |
2.2.7 副溶血弧菌攻毒实验 |
2.2.8 基因克隆 |
2.2.9 副溶血弧菌的生长曲线和传代实验 |
第三章 实验结果 |
3.1 副溶血弧菌快速检测方法的建立 |
3.2 副溶血弧菌在不同采样点的分布特征 |
3.3 副溶血弧菌毒力基因分布特点 |
3.4 副溶血弧菌耐药水平分析 |
3.5 我国沿海地区副溶血弧菌的遗传多样性分析 |
3.5.1 通过ST型证明副溶血弧菌遗传多样性 |
3.5.2 通过亲缘关系分析证明副溶血弧菌遗传多样性 |
3.6 移动元件对副溶血弧菌遗传多样性的影响 |
3.6.1 质粒和转座子介导的pirAB的传播 |
3.6.2 插入序列导致的看家基因的丢失 |
3.6.3 基因岛的插入破坏recA基因 |
3.7 副溶血弧菌的传代实验证明ISVal1具有插入活性 |
3.7.1 质粒的选择和改造结果 |
3.7.2 不同盐度和温度对副溶血弧菌生长的影响 |
3.7.3 传代实验证明ISVal1可以插入到染色体上 |
3.8 攻毒实验验证pirAB和tc-like毒力 |
第四章 分析与讨论 |
第五章 结论与展望 |
参考文献 |
致谢 |
作者简介 |
(6)水产品中两种食源性致病菌的快速检测技术研究(论文提纲范文)
摘要 |
abstract |
主要符号表 |
第1章 引言 |
1.1 水产品中的主要食源性致病菌 |
1.2 本文涉及的两种食源性致病菌 |
1.2.1 副溶血性弧菌 |
1.2.2 霍利斯格里蒙特氏菌 |
1.3 食源性致病的检测方法的研究进展 |
1.3.1 传统培养法 |
1.3.2 以DNA为检测靶点的分子生物学检测方法 |
1.3.3 以抗原为靶点的免疫学检测方法 |
1.3.4 其他 |
1.4 环介导等温扩增技术及其在水产品中微生物检测的应用 |
1.4.1 LAMP反应原理 |
1.4.2 LAMP在微生物检测中的应用 |
1.5 活菌检测技术研究 |
1.5.1 荧光染料法 |
1.5.2 mRNA逆转录法 |
1.5.3 核酸染料抑制剂法 |
1.6 数字PCR及其应用 |
1.6.1 数字PCR的概述 |
1.6.2 数字PCR的优势 |
1.6.3 数字PCR的应用 |
1.7 本论文研究的目的与内容 |
1.7.1 研究目的 |
1.7.2 研究内容 |
1.7.3 创新点 |
1.7.4 本研究技术路线图 |
第2章 四重PCR检测副溶血性弧菌及其毒力基因方法的建立 |
2.1 材料和方法 |
2.1.1 实验菌株 |
2.1.2 主要仪器设备 |
2.1.3 主要试剂 |
2.2 试验方法 |
2.2.1 副溶血性弧菌的活化及培养 |
2.2.2 引物设计与合成 |
2.2.3 基因组DNA的制备 |
2.2.4 纯菌悬液DNA模板的提取 |
2.2.5 四重PCR体系的建立 |
2.2.6 四重PCR体系灵敏度试验 |
2.2.7 四重PCR体系特异性试验 |
2.2.8 人工污染样品检测 |
2.3 试验结果 |
2.3.1 四重体系中的各单重PCR及四重PCR实验结果 |
2.3.2 四重PCR体系特异性试验结果 |
2.3.3 四重PCR体系灵敏度试验结果 |
2.3.4 模拟样品检测及基因携带判定 |
2.4 本章结果及讨论 |
第3章 副溶血性弧菌IMS-realtime mPCR法的建立及其在水产品中的检测应用 |
3.1 试验材料 |
3.1.1 试验菌株 |
3.1.2 主要仪器设备 |
3.1.3 主要试剂 |
3.1.4 主要溶液配制 |
3.2 试验方法 |
3.2.1 副溶血性弧菌免疫磁珠的制备 |
3.2.2 引物设计与合成 |
3.2.3 实时多重荧光PCR体系的建立 |
3.2.4 引物和探针浓度的优化 |
3.2.5 三重荧光PCR灵敏度试验 |
3.2.6 三重荧光PCR特异性试验 |
3.2.7 IMS-realtime mPCR在人工污染样品的检测应用 |
3.3 试验结果 |
3.3.1 副溶血性弧菌免疫磁珠优化结果 |
3.3.2 引物和探针浓度优化结果 |
3.3.3 灵敏度试验结果 |
3.3.4 特异性试验结果 |
3.3.5 人工污染样品检测结果 |
3.4 本章小结及讨论 |
第4章 建立PMA-ddPCR用于副溶血性弧菌活菌绝对定量检测方法 |
4.1 试验材料 |
4.1.1 试验菌株 |
4.1.2 主要仪器设备 |
4.1.3 试验试剂 |
4.2 试验方法 |
4.2.1 引物和探针的设计与合成 |
4.2.2 反应体系及反应程序 |
4.2.3 退火温度的优化 |
4.2.4 PMA浓度及处理时间的优化 |
4.2.5 PMA-ddPCR活菌定量线性范围 |
4.3 试验结果 |
4.3.1 双重ddPCR反应体系的建立 |
4.3.2 退火温度优化结果 |
4.3.3 PMA条件优化 |
4.3.4 PMA-ddPCR方法线性范围研究结果 |
4.4 本章小结及讨论 |
第5章 霍利斯格里蒙特氏菌IMS-LAMP快速检测法的建立及初步应用 |
5.1 试验材料 |
5.1.1 试验菌株 |
5.1.2 主要仪器设备 |
5.1.3 主要试剂 |
5.2 试验方法 |
5.2.1 霍利斯格里蒙特氏菌的活化及培养 |
5.2.2 霍利斯格里蒙特氏菌免疫磁珠的制备 |
5.2.3 LAMP引物的设计和合成 |
5.2.4 LAMP反应体系及反应程序 |
5.2.5 Realtime-PCR反应体系及程序 |
5.2.6 特异性试验 |
5.2.7 灵敏度试验 |
5.2.8 人工污染样品的检测 |
5.3 试验结果 |
5.3.1 霍利斯格里蒙特氏菌免疫磁珠优化结果 |
5.3.2 LAMP扩增结果 |
5.3.3 特异性试验结果 |
5.3.4 灵敏度实验结果 |
5.3.5 人工模拟样品检测结果 |
5.4 本章小结 |
第6章 多重PCR同时检测副溶血弧菌和霍利斯格里蒙霍特氏菌及其致病因子 |
6.1 试验材料 |
6.1.1 试验菌株 |
6.1.2 主要仪器设备 |
6.1.3 主要试剂 |
6.2 试验方法 |
6.2.1 引物设计 |
6.2.2 基因组DNA的提取 |
6.2.3 菌液中DNA的提取 |
6.2.4 单重PCR体系的建立 |
6.2.5 多重PCR体系的建立 |
6.2.6 多重PCR灵敏度检测 |
6.2.7 多重PCR特异性检测 |
6.2.8 实际样品的初步应用 |
6.3 试验结果 |
6.3.1 单重PCR扩增结果 |
6.3.2 多重PCR退火温度优化结果 |
6.3.3 多重PCR体系引物浓度优化 |
6.3.4 灵敏度试验结果 |
6.3.5 特异性的测定 |
6.3.6 实际样品检测结果 |
6.4 本章小结 |
第7章 结论与展望 |
7.1 结论 |
7.2 展望 |
致谢 |
参考文献 |
在学期间科研成果情况 |
(7)宁波市售血蚶中副溶血性弧菌污染分析及其膳食风险初步评价(论文提纲范文)
致谢 |
摘要 |
Abstract |
缩写语 |
目录 |
前言 |
1.1 研究背景 |
1.1.1 食品安全风险分析概述 |
1.1.2 食品微生物风险评估概述 |
1.1.3 微生物风险评估的评估框架 |
1.1.4 食品中副溶血性弧菌风险评估研究进展 |
1.2 研究意义 |
1.3 研究内容 |
材料与方法 |
2.1 居民血蚶膳食调查 |
2.1.1 调查方案 |
2.1.2 调查人群 |
2.2 市售血蚶副溶血性弧菌污染检测 |
2.2.1 取样 |
2.2.2 检测 |
2.3 血蚶膳食风险评价 |
2.3.1 危害识别 |
2.3.2 危害特征描述 |
2.3.3 暴露评估 |
2.3.4 风险特征描述 |
结果与分析 |
3.1 居民血蚶膳食调查 |
3.2 市售血蚶副溶血性弧菌污染情况 |
3.3 血蚶膳食风险评价 |
3.3.1 危害识别 |
3.3.2 危害特征描述 |
3.3.3 暴露评估 |
3.3.4 风险特征描述 |
3.3.5 敏感性分析 |
3.3.6 不确定性分析 |
讨论 |
4.1 评估结果及膳食建议 |
4.2 评估意义及创新 |
4.3 不足及展望 |
参考文献 |
作者简介及科研成果 |
(8)不同样品副溶血性弧菌多样性分析(论文提纲范文)
1 材料与方法 |
1.1 材料与仪器 |
1.1.1 供试菌株 |
1.1.2 培养基 |
1.1.3试剂 |
1.1.4 主要仪器 |
1.2 方法 |
1.2.1 DNA提取 |
1.2.2 DNA质量检测及浓度测定 |
1.2.3 REP-PCR引物及体系 |
1.2.3.1 REP-PCR扩增引物[10] |
1.2.3.2 REP-PCR体系及扩增条件 |
1.2.4 ERIC-PCR引物及体系 |
1.2.4.1 ERIC-PCR扩增引物[10] |
1.2.4.2 ERIC-PCR体系及扩增条件 |
1.2.5 数据处理 |
2 结果与分析 |
2.1 DNA质量检测及定量 |
2.2 REP-PCR分型结果 |
2.3 ERIC-PCR分型结果 |
3 讨论 |
(9)副溶血弧菌LAMP检测法的建立及纳米材料应用(论文提纲范文)
摘要 |
ABSTRACT |
1 前言 |
1.1 研究背景 |
1.2 LAMP简介 |
1.2.1 LAMP的特点 |
1.2.2 LAMP的引物设计 |
1.2.3 LAMP反应原理 |
1.2.4 LAMP反应产物的一般检测方法 |
1.2.5 LAMP的实际应用 |
1.3 副溶血性弧菌简介 |
1.3.1 副溶血性弧菌的分布及危害 |
1.3.2 副溶血性弧菌的检测方法发展 |
1.4 纳米材料及其特性 |
1.4.1 纳米材料的一般特性 |
1.4.2 常用纳米材料举例 |
1.5 纳米材料在生物医学领域的应用 |
1.5.1 纳米材料在医学检测中的应用 |
1.5.2 纳米材料在生物传感领域中的应用 |
1.5.3 纳米材料在药物定向输送领域中的应用 |
1.6 纳米材料在PCR扩增中的应用 |
1.6.1 PCR技术基本原理 |
1.6.2 纳米材料对PCR扩增的优化 |
1.6.3 纳米材料优化PCR的机理研究 |
1.7 本研究的目的与意义 |
2 材料与方法 |
2.1 实验材料 |
2.1.1 实验菌株 |
2.1.2 实验试剂 |
2.1.3 实验仪器 |
2.1.4 主要溶液及培养基的配制 |
2.2 实验方法 |
2.2.1 副溶血性弧菌环介导等温扩增检测方法的建立 |
2.2.2 纳米材料筛选 |
2.2.3 纳米材料对LAMP反应影响机理的分析 |
3 结果与讨论 |
3.1 副溶血性弧菌LAMP反应方法的建立 |
3.1.1 副溶血性弧菌生长曲线 |
3.1.2 LAMP反应条件的选择 |
3.1.3 LAMP反应结果观察 |
3.1.4 LAMP扩增产物的酶切鉴定 |
3.1.5 LAMP反应的特异性分析 |
3.1.6 LAMP与PCR反应的灵敏度分析 |
3.1.7 水产品样本检测 |
3.2 纳米材料对LAMP反应的影响 |
3.2.1 荧光定量LAMP反应体系的建立 |
3.2.2 10nmAuNPs对LAMP反应的影响 |
3.2.3 20nmAuNPs对LAMP反应的影响 |
3.2.4 10nmAgNPs对LAMP反应的影响 |
3.2.5 纳米TiO_2、纳米碳粉、碳纳米管对LAMP反应的影响 |
3.2.6 纳米金对LAMP反应温度的影响 |
3.3 纳米材料对LAMP反应影响机理的分析 |
3.3.1 LAMP反应前后红移现象观察分析 |
3.3.2 纳米金与LAMP各组分的结合作用 |
4 结论 |
5 展望 |
6 参考文献 |
7 攻读硕士学位期间论文发表情况 |
8 致谢 |
(10)深圳市副溶血性弧菌散发病例感染危险因素和临床特征调查(论文提纲范文)
中文摘要 |
Abstract |
背景 |
研究目的 |
对象与方法 |
结果 |
讨论 |
结论 |
建议 |
参考文献 |
综述 |
参考文献 |
附 发表论文 |
致谢 |
个人简历 |
四、1994~2000年579株副溶血性弧菌肠道感染检测回顾(论文参考文献)
- [1]国内市售乳制品及上海等地市售水产品质量安全的风险分析[D]. 陈嘉惠. 上海大学, 2020(02)
- [2]副溶血性弧菌风险评估关键技术及重要毒力蛋白VopA结晶条件筛选的研究[D]. 张昭寰. 上海海洋大学, 2019(03)
- [3]新型噬菌体vBValPIME271的分离、鉴定、基因组学分析及其内溶素Lys271抗菌活性的研究[D]. 李飞. 南方医科大学, 2019
- [4]凡纳滨对虾急性肝胰腺坏死症弧菌江苏株的分子分型及其拮抗菌筛选[D]. 甄晓然. 上海海洋大学, 2019(03)
- [5]中国沿海地区副溶血弧菌流行病学调查及遗传多样性分析[D]. 魏大伟. 西北农林科技大学, 2018(11)
- [6]水产品中两种食源性致病菌的快速检测技术研究[D]. 林佳琪. 集美大学, 2016(05)
- [7]宁波市售血蚶中副溶血性弧菌污染分析及其膳食风险初步评价[D]. 齐学明. 浙江大学, 2013(06)
- [8]不同样品副溶血性弧菌多样性分析[J]. 马月姣,孙晓红,赵勇,卢瑛,吴启华,潘迎捷. 江苏农业科学, 2012(12)
- [9]副溶血弧菌LAMP检测法的建立及纳米材料应用[D]. 高翔. 天津科技大学, 2013(05)
- [10]深圳市副溶血性弧菌散发病例感染危险因素和临床特征调查[D]. 褚发军. 中国疾病预防控制中心, 2012(08)