苹果品种ISSR指纹的构建

苹果品种ISSR指纹的构建

一、苹果品种ISSR指纹图谱构建(论文文献综述)

高月娟[1](2021)在《河北省审定良种SSR鉴定及木槿EST-SSR引物开发》文中研究表明为完善河北省林木良种审定的SSR鉴定技术体系,本研究利用以PCR技术为基础的简单序列重复(Simple Sequence Repeats,SSR)DNA分子标记技术,建立了 16个树种的SSR鉴定技术体系,对2017-2019年河北省拟审定品种进行了总结。并以木槿品种‘蓝莓冰沙’为试样,分析得出其茎、叶、花不同器官转录组之间的差异,且基于转录组测序技术对木槿品种进行SSR引物开发。主要研究结果如下:1.建立了 16个树种的SSR分子标记技术体系,筛选出多态性良好的250对引物,对72个拟审定品种进行鉴定。以3种不同类型对2017-2019年拟审定品种进行分类(杂交品种21个,选育品种46个,芽变品种4个),探索出SSR分子标记较适用于杂交和选育品种的鉴定,芽变品种的鉴定需结合芽变性状,且对每种类型进行分析。结果表明,杂交品种的鉴定指定父母本时鉴定工作更易进行;鉴定选育品种时,品种间亲缘关系远近决定鉴定难易程度和准确性。统计2017-2019年拟审定品种的数据,72个拟审定品种包含经济类树种65个,观赏类树种7个。其中蔷薇科40个,鼠李科18个,葡萄科8个,无患子科、柏科、小檗科、卫矛科、杨柳科、忍冬科各1个。由此可知,近年来品种送审存在以下规律:经济类树种多,观赏类树种少;蔷薇科最多,鼠李科次之;选育品种较多,杂交和芽变品种较少。2.应用转录组测序技术对木槿品种‘蓝莓冰沙’花、茎和叶3个样本进行测序。3个样本两两比对,每个比较组合差异基因总数为:花vs茎(21963),茎vs叶(23199),花vs叶(27311)。为了了解这些差异表达基因所参与的代谢活动和作用,对其进行GO富集和KEGG富集,经GO功能富集分析,每个比较组合中51%以上的差异表达基因都集中在分子功能(molecular function)这一部分,经KEGG功能富集分析,三个比较组合中,差异最显着的Pathways均为光合作用(Photosynthesis),因此对差异表达基因进行分析,筛选得到15个与光合作用相关的基因。3.对木槿不同组织的转录组数据进行比较,发现在木槿花组织中获得Unigene数最多(61665),茎组织次之(57108),叶组织最少(53648)。比较三者SSR位点数,也存在同样规律,花组织最多(10381),SSR发生频率14.39%,茎组织次之(9411),发生频率14.24%,叶组织最少(8752),发生频率13.99%。三个组织转录组SSR均包含了6种重复类型,即单核苷酸到六核苷酸重复,其中单核苷酸重复类型均占主导地位。叶组织中重复模序种数最多(205),茎组织中最少(201)。综合三个组织的转录组数据,利用Primer 3.软件设计引物,从中筛选出60对进行验证,有效扩增率为81.67%(49对),多态性引物比例为16.67%(10对)。利用多态性较好且扩增条带清晰的10对引物,对来自石家庄地区的15个木槿品种构建DNA指纹图谱和遗传信息二维码,为后续木槿的相关研究提供一定的参考和借鉴。

刘琳[2](2020)在《云南部分苹果品种(系)遗传多样性分析及分子身份证的构建》文中研究指明苹果,是我国农民增收产业的主要来源。苹果种质资源的准确鉴定是种质资源保存和利用的前提,生产中普遍存在同物异名及同名异物的现象严重制约了苹果产业的发展。因此对现有资源及品种的鉴定极为重要,以便于资源保存的准确性和资源利用的有效性。本试验以取自云南昭通的72份苹果品种(系)为研究材料,对其进行了遗传多样性分析和分子身份证的构建,得到的结果如下:1.苹果品种的最适SSR-PCR反应体系的优化及引物的筛选确定适用于本试验苹果品种的最适SSR-PCR反应体系为:模板浓度为2.4 ng/μL,引物浓度为0.2 umol/μL,Mg2+浓度为2 umol/μL,dNTP浓度为0.1 umol/μL,以及TopTaq浓度为0.5 U/μL。通过琼脂糖和聚丙烯酰胺凝胶电泳检测,得出108对已发表的蔷薇科SSR引物中有32对在苹果种质上扩增出了位点,占所合成引物的29.63%。最终得到的多态性引物筛选结果是28对具有多态性。2.72份苹果品种(系)的遗传多样性分析基于SSR标记实验得出苹果品种的等位基因数Na、有效等位基因数Ne、多样性指数Ho、香农指数I以及多态性指数P的平均值分别为4.4300、1.7619、0.3633、0.6336、0.0400,表明苹果品种具有较高的遗传多样性;通过UPGMA聚类分析发现,72个苹果品种的遗传相似系数的变化范围在0.470-1.000之间,平均遗传相似系数为0.735。遗传相似系数约在0.646(L1)时,72份苹果种质资源分为三大类;以遗传相似系数0.700(L2)为阈值时,可分为8大类群。3.利用SSR标记构建不同品种苹果分子身份证本试验筛选出17对扩增条带清晰的引物组合,区分72份云南昭通地方苹果品种,并基于指纹图谱的基因型构建分子身份证,并且构建能被快速准确识别的分子二维码,为鉴定苹果种质资源提供了理论依据。

许茜[3](2021)在《苹果的分子身份构建与遗传多样性分析》文中研究说明苹果(Malus domestica)属于落叶乔木,主要种植于北半球温带地区。‘富士’是我国栽培面积最大的苹果品种,栽培面积占全国70%,‘富士系’超过100种,可分为‘长枝富士’、‘短枝富士’、‘早熟富士’;其他栽培面积较大的品种还有‘嘎啦系’、‘金冠系’。由于果树种质资源的保护,存在一定的不足。新品种在推广过程中存在冒名的问题,即同名异物或异物同名现象。同时果树是多年生树种,从定植到结果一般需要3年以上时间,一旦种植品种出现纯度问题,会给种植者带来极大的经济损失,因此,为加强品种鉴定工作,构建一套完善的苹果品种鉴定体系,对苹果植物资源保护利用尤为重要。利用TP-M13-SSR标记筛选引物,结合特征引物法和引物组合法,筛选出14对SSR引物用于苹果指纹图谱的构建。在指纹图谱数据的基础上,进一步完成196份苹果品种分子身份证的构建和条形码的绘制。通过NTSYS软件对引物扩增条带数据处理,绘制苹果品种聚类分析图。本研究构建了173份苹果品种的分子身份证。对130份苹果品种进行遗传多样性分析,大致分为栽培品种、野生资源和红肉苹果,分析结果与品种亲缘关系大致相吻合。14对SSR引物在196份苹果种质材料中共检测117个等位基因,等位基因数5(Hi23d06、Hi08f05、AU223670-SSR)~15(CH03d07),平均值为8.36。共有270种基因型,基因型数8(AU223670-SSR)~32(CH03d07和Hi05e07),平均值为19.29。引物杂合度幅度0.089(Hi08f05)~0.851(Hi23d06),平均值为0.456。引物期望值幅度0.101(Hi08f05)~0.853(CH03d07),平均值为0.608。多态性信息值幅度0.099(Hi08f05)~0.830(CH03d07),平均值为0.494。引物等位基因频率幅度-0.1415(CH05d08)~0.2240(CH03c01),平均值为0.0979。

邵雪花,刘牛,赖多,肖维强,匡石滋[4](2020)在《基于AFLP分子标记对广东省番石榴种质资源多样性分析及指纹图谱构建》文中研究表明【目的】利用AFLP分子标记技术对广东省30份番石榴种质资源进行遗传多样性分析并构建指纹图谱。【方法】从80对AFLP引物中筛选得到8对核心引物用于番石榴分子标记,利用UPGMA聚类分析番石榴种质资源多样性,以核心引物E3-M6和E4-M2引物组合构建番石榴DNA指纹图谱。【结果】8对AFLP核心引物扩增30份番石榴样品共得到条带1 118条,多态性条带1 114条,多态性比率为99.6%。通过聚类分析将30份番石榴样品聚为4类,其中广东省高州市野生品种‘胭脂红番石榴2号’遗传分化较大,单独聚为一类。利用核心引物E3-M6和E4-M2组合成功构建番石榴DNA指纹图谱,供试30份番石榴品种(系)每个都有一套唯一的指纹图谱编码。【结论】本研究构建的指纹图谱可用于番石榴种质的分类与鉴定,同时为番石榴杂交新品种选育提供理论依据。

王开拓,吴田,蓝增全[5](2020)在《昆明10种草坪草的ISSR指纹图谱构建》文中研究表明草坪业在发展过程中出现一些种的混淆,为了区分不同草坪草,采用昆明常见的10种草坪草为样本,利用简单重复序列(inter-simple sequence repeat,简称ISSR)分子标记技术构建昆明地区常见草坪草的指纹图谱。从28条引物中筛选出15条特异性较好的引物,对其进行退火温度筛选。结果表明,引物UBC834、UBC842、UBC844退火温度分别为58、58、55℃时多态性较好。对引物UBC834、UBC842、UBC844的电泳图谱进行0、1读带,构建了3个草坪草的数字指纹图谱,可以将供试的10种草坪草全部区分开来。

孙利娜[6](2019)在《宝巾花品种分子鉴定和苞片转录组分析》文中认为宝巾花是全球热带和亚热带地区常用的园林绿化植物。目前国内外关于宝巾花的研究主要集中在药物研究、栽培繁殖和化学性质等方面,而遗传研究相对匮乏。国内宝巾花品种的来源模糊、种质资源遗传背景不明,同名异物或同物异名现象比较严重,缺乏可有效鉴定的分子标记,给生产和科研带来不便,因此急需开发宝巾花的分子标记并进行品种鉴定。同时,苞片颜色是宝巾花的重要观赏性状,但对其形成机理却缺乏研究,近年发展起来的转录组测序技术为此提供了有效的研究手段。本研究以水红宝巾花、云南紫宝巾花等131个宝巾花品种为材料,利用转录组测序和分子标记技术进行了SSR标记开发、苞片颜色相关基因挖掘和品种分子鉴定,为宝巾花种质资源的遗传多样性分析和基因挖掘提供分子标记资源,为宝巾花的分子育种提供理论基础。通过本研究得到以下结果:(1)利用转录组测序研究挖掘到60 293个SSR位点,SSR发生频率1 SSR/2.34 kb,SSR检出率达39.13%。SSR类型丰富,包含117种重复基序,其中数量最多的三种基序为A/T(71.67%)、AT/AT(6.65%)和C/G(2.83%)。单核苷酸重复类型数量最多,其次是三核苷酸重复类型,分别占总SSR位点数的74.55%和13.96%。SSR基序的重复次数为5~25次,重复10次的SSR位点最多(17.03%),重复序列总长为10~302bp、平均18.1bp。基于转录组测序开发了16个SSR多态性位点,利用这些位点扩增18个宝巾花品种的DNA样品,共检测到76个等位片段,平均等位片段数4.8,位点多态性信息量平均0.544。(2)基于ISSR标记分析了宝巾花种质资源遗传多样性和品种间的亲缘关系、建立了宝巾花品种的分子指纹图谱。11条ISSR引物对131个宝巾花品种扩增出161条带,其中多态性条带156条、多态率96.89%。观测等位基因数平均1.97,有效等位基因数平均1.50,Nei’s基因多样性指数和Shannon’s信息指数平均分别为0.29和0.45。131个品种的遗传距离在0.00~0.60之间,平均0.365,遗传多样性较低。聚类分析表明同一种的品种大多数聚在一类,但同一个种仍有品种未聚在一类或亚类、也有多个种的品种聚在一类。引物UBC841的鉴别力最强、鉴别率达80.92%,与引物UBC876组合可将所有供试品种鉴别开,基于此建立了品种分子指纹。(3)利用SSR标记分析了宝巾花种质资源遗传多样性和亲缘关系,鉴定了131个品种并构建了品种指纹。15个SSR位点在131个品种中共扩增等位片段85个,平均每个位点扩增5.60个。有效等位片段数平均2.52。Shannon’s信息指数平均1.04。观测杂合度和期望杂合度平均值分别为0.50和0.57。引物多态性信息量平均0.51。品种间的遗传距离在0.00~0.60之间,平均0.33,遗传多样性不够丰富,亲缘关系较近。聚类分析结果与基于ISSR的聚类结果相似。基于11个位点可有效鉴别131个品种,建立了各品种的分子指纹图谱。(4)对云南紫宝巾花苞片4个时期进行转录组测序,获得每两个时期之间的差异表达基因。对差异表达基因进行GO功能注释,每两个时期之间的差异表达基因注释到生物过程的术语最多,注释到细胞组分的最少。经KEGG pathway富集分析,获得每两个时期之间富集最显着的前20个代谢通路,挑选出与云南紫苞片颜色相关的两条代谢通路:一是类黄酮化合物合成途径,参与该途径的酶有11个(CHS、CHI、TC4H、FLS、Caffeoyl-CoA、F3’H、F3H、柚皮素、KCS11、CCo AOMT、SAM MSPI1和CYP98A2),这些酶由26个基因编码;二是甜菜碱生物合成途径,参与该途径的酶是DOD酶,由4个基因编码。从差异表达基因中随机挑选10个基因进行qRT-PCR分析,其中5个基因与转录组结果完全一致,另外5个基因在大部分时期与转录组结果一致,qRT-PCR试验结果验证了本次转录组数据的可靠性。

马文瑞[7](2018)在《基于SSR标记技术的酿酒葡萄品种DNA指纹图谱的研究》文中研究说明本课题以酿酒葡萄品种资源保护和葡萄酒质量控制为重点,采集新疆天山北麓产区的10个优良红白酿酒葡萄品种,通过改良的CTAB法提取葡萄基因组DNA并选择多态性丰富的SSR引物,进行SSR-PCR体系优化及电泳谱图的建立,从而分析葡萄品种遗传多样性并建立其分子身份证,最终实现优良酿酒葡萄品种鉴定保护。同时,对所有样品进行酿酒试验,然后利用GC-MS和GC-O-MS检测葡萄酒风味物质并分析其香气差异。主要研究结果如下:(1)将优化的传统CTAB法和两种商业试剂盒进行基因组DNA的提取,并使用琼脂糖电泳和核酸蛋白仪检测其DNA质量,结果表明:优化法提取的DNA,条带清晰,无拖尾现象,OD260/OD280均到达1.8。A试剂盒条带较清晰,进样口存有亮斑,OD260/OD280<1.8,说明DNA中存在大分子物质污染。B试剂盒条带模糊,出现拖尾现象,OD260/OD230<2.0,说明DNA质量不高且有杂质存在。对比选取效果最佳的优化法的DNA进行PCR扩增,电泳检测得出条带清晰明亮,说明得到的DNA质量符合后续PCR扩增和电泳检测等相关试验的要求。(2)将酿酒葡萄基因组DNA为模板,进行SSR-PCR体系优化,采用单因素与正交试验相结合方法,对5个主要成分进行优化,得出25μL最优体系,结果表明:最优体系的终浓度分别为2.5 mmol/L的Mg2+,0.15 mmol/L的d NTPs,1.5 U的Taq DNA聚合酶,0.5μmol/L的引物,40 ng/25μL的DNA模板。同时,直观分析和方差分析得出,对扩增结果的影响程度依次为:Mg2+>Taq DNA聚合酶>d NTPs>引物>模板DNA。将最优体系进行PCR稳定性验证,电泳检测得出条带清晰稳定,说明该体系可用于葡萄SSR标记的研究。(3)利用SSR标记技术,通过非变性聚丙烯酰胺凝胶进行扩增,分析样品的亲缘关系并建立其分子身份证,并选用其中多态性和重复性均较好的SSR引物进行毛细管电泳检测,结果表明:选用的12对SSR引物共扩增出213个片段,引物多态性为100%。利用NTSYSpc2.10e软件进行遗传多样性分析,所有样品的遗传相似系数变化范围在0.71~0.85之间,平均遗传相似系数为0.76。通过非加权类平均(UPGMA)法进行聚类分析,在遗传相似系数0.73处,将所有样品分成了2个类群,在一定程度上揭示了红白酿酒葡萄之间的亲缘关系。将扩增图谱按大小赋值后,利用6对引物构建所有样品的分子身份证编码。同时,选用5对多态性良好的引物进行毛细管电泳后建立样品的荧光图谱。这为鉴定葡萄品种和检测葡萄酒真实性纯度提供了参考依据。(4)采用SPME技术提取品种葡萄酒挥发性香气物质,使用GC-MS和GC-O-MS对所有葡萄酒香气成分进行检测,GC-MS检测分析得出挥发性香气物质主要有15个酯类、9个醇类、2个酸类、1个酮类、2个醛类和2个酚类等31种物质;GC-O-MS检测得出29种香气物质,分为果香、花香、奶酪味、青草味和杏仁味5种香气特征类型。所有样品中均出现重叠物质有乙酸异戊酯、辛酸乙酯、苯乙醇和异戊醇。其中,赤霞珠、品丽珠、美乐、玫瑰香和小芒森均嗅闻到特有香气,但蛇龙珠、西拉、马瑟兰、霞多丽和贵人香均未嗅闻到特有香气。

张俊苗,李文胜,曹倩,史进[8](2016)在《短枝条红型红富士苹果芽变的ISSR鉴定》文中认为【目的】利用ISSR分子标记技术对选择的富士芽变优系和12个苹果品种为材料进行分子鉴定,构建指纹图谱,并且根据聚类分析的结果确定这13个苹果品种的亲缘关系。【方法】从100条ISSR引物中对供试样品进行PCR扩增筛选,采用NTSYSpc2.10t软件根据Nei’s遗传相似系数采用UPGMA法进行聚类,此分析亲缘关系,并采用POPGENE1.32软件计算多态性位点数、多态性点百分率,最终筛选出条带清晰、多态性较高、稳定且重复性好的引物。【结果】从100个ISSR引物中筛选出3个多态性高、重复性好的引物,分别为UBC846、UBC881和UBC899,共在57个位点扩增出条带,其中50个为多态性位点,平均多态性位点百分率为86.11%。利用3条多态性ISSR引物构建的数字化指纹能够有效地区分出所有供试材料,且建立了13个苹果品种的亲缘关系聚类图,这13个品种的相似系数的变化范围在0.670.82,表现出较高的遗传多样性。【结论】ISSR分子标记技术可以有效地用于苹果种质资源评价、指纹图谱的构建和苹果芽变品种的鉴定,为苹果的种质资源鉴定、遗传多样性检测和栽培育种提供了分子生物学依据。

李志强[9](2016)在《芒果杂交F1代的遗传多样分析及分子遗传图谱构建》文中研究说明芒果是世界五大热带水果之一,素有“热带水果之王”的美称。其口味甜美,富含维生素A前体胡萝卜素和维生素C等营养成分,深受人们的喜爱。另外,芒果叶、芒果核含有丰富的生理活性成分,是重要的植物药材。我国是世界第七大芒果生产国,但是在芒果育种方面远落后于印度、美国等主产国。芒果为高度杂合体,其杂交、诱变育种难度大,且耗时费工,育种效率较低。随着分子标记技术的快速发展,其被广泛应用于动植物的遗传研究中,可极大提高育种的工作效率。本研究以芒果品种贵妃和金煌及其98株杂交F1代群体为材料,利用SRAP、 AFLP和ISSR三种分子标记构建芒果的分子遗传连锁图谱,并从DNA水平上对其杂交后代群体的遗传多样性进行分析,结果如下:(1)对400对SRAP引物、56对AFLP引物和100对ISSR引物进行筛选,有51对SRAP引物、8对AFLP引物和15对ISSR引物表现出较好的多态性和稳定性。对其进行扩增分析,共得到512条多态性条带。其中SRAP标记多态性条带279条,AFLP标记多态性条带212条,ISSR标记21条。(2)利用Joinmap4.0软件对获得的512个多态性标记进行连锁分析,构建了一张包含149个SRAP标记、90个AFLP标记和6个ISSR标记的芒果遗传图谱。该图谱覆盖33个连锁群,总长1561.1cM,含245个多态性标记,标记间的平均距离为6.37cM。(3)利用NTSYS2.10e对该芒果杂交后代群体进行UPGMA聚类分析,结果表明:供试材料的遗传相似系数为0.52-0.84,杂交后代中存在丰富的变异,尤其是10号和60号。在杂交后代群体中,有41份杂交后代表现出偏贵妃亲本遗传,42份杂交后代表现为偏金煌亲本遗传,有15份材料与亲本的遗传图距较大,表现出较强的变异。

李冬男[10](2016)在《蓝莓原料品质特性及其指纹图谱研究》文中研究表明蓝莓是具有较高经济价值和营养价值的浆果。在我国引种成功后,其种植面积不断扩大,产量逐年增加。但是蓝莓的综合利用率相对较低,没有建立蓝莓品种品质评价体系,在蓝莓鲜食及加工特性方面也没有建立相应的统一标准。蓝莓中的花色苷是蓝莓中主要的营养成分,它在蓝莓中的组成结构直接影响蓝莓的营养品质。有研究表明不同产地及气候条件对蓝莓花色苷具有一定的影响。因此研究各品种蓝莓在不同生长环境下花色苷的组成结构特点,用来指导当地蓝莓的引种及栽培生产具有实际意义。在蓝莓品种资源生产和经营方面,我国也存在着一定问题。品种引种混乱、品种命名混乱等现象时有发生。传统的蓝莓品种鉴定不能满足生产需求。因此,开发稳定可靠、信息丰富、区分能力较强的遗传标记势在必行。本研究针对上述我国蓝莓产业发展中遇到的亟待解决的问题,从蓝莓品质评价及等级分类、蓝莓品种中花色苷的组成特点及蓝莓生物指纹图谱等3个方面对我国生产的14个蓝莓品种的28个样品进行系统分析,建立蓝莓品质等级评价标准,研究不同种类蓝莓花色苷的组成特点,并选择适宜的引物建立蓝莓ISSR生物指纹图谱。通过课题研究,得出如下结论:1、蓝莓品质指标分析结果表明:18个品质指标在样品间存在不同程度的变异。果实直径、果实高、L值、pH值、含水量5项指标变异系数均小10%,样品间差异不显着。其余指标变异系数均大于10%,各指标在样品间差异较大。18个指标171个相关系数中,a=0.05水平上显着相关的有18个,a=0.01水平上显着相关的有15个,指标中的大多数不存在显着相关性。2、从18项品质指标中,最终筛选出符合综合评价蓝莓样品的核心品质指标7项,分别为:果实直径、a值、b值、可滴定酸、总花色苷、可溶性固形物和硬度。利用层次分析法对核心指标权重赋予,建立蓝莓综合评价数学模型:Y=0.3145×可溶性固形物+0.3145×总花色苷+0.1647×可滴定酸+0.095l×果实直径+0.0527×硬度+0.0353×b值+0.0230×a值,并计算了28种样品的综合得分。3、蓝莓感官品质评价结果与综合品质评价模型计算结果回归分析结果显示:模型评价结果和感官评价的结果拟合程度较高(R2=0.87243),该评价模型能够对蓝莓品质进行合理评价。采用K-means聚类分析对蓝莓等级进行评价。结果表明:两种分类方法的结果相近,试验建立的等级评价方法及评价指标等级分类适合作为蓝莓品质等级评价标准。4、试验研究确定了蓝莓中15种花色苷成分,分别为飞燕草素3-半乳糖苷、飞燕草素3-葡萄糖苷、矢车菊素3-半乳糖苷、飞燕草素3-阿拉伯糖苷、矢车菊素3-葡萄糖苷、牵牛花色素3-半乳糖苷、矢车菊素3-阿拉伯糖苷、牵牛花色素3-葡萄糖苷、芍药素3-半乳糖苷、牵牛花色素3-阿拉伯糖苷、芍药素3-葡萄糖苷、锦葵色素3-半乳糖苷、芍药素3-阿拉伯糖苷、锦葵色素3-葡萄糖苷、锦葵色素3-阿拉伯糖苷。对28个蓝莓样品的花色苷、花青素及花色苷中糖分子相对比例分析结果表明,蓝莓花色苷组成在品种间差异较大,在含量、相对比例上表现明显不同。同一品种不同来源的样品之间也存在一定差异。伯克利、圣云及蓝金的花色苷组成结构明显不同于其他品种。基于花色苷数据的3种聚类分析结果显示:可以利用蓝莓中花色苷的组成特点对蓝莓品种进行鉴定进行研究。5、通过单因素及响应面实验优化PCR反应体系和反应程序。利用优化后的实验条件从100个引物中筛选出20个引物,并扩增出125条DNA条带,其中101条具有多态性,多态性比率为80.80%。利用UBC845、UBC855引物扩增出的条带建立了14种蓝莓的数字和标准DNA指纹图谱。经软件POPGEN32、NTsys 2.10e分析表明14种蓝莓品种的遗传多样性程度差别较大,品种间遗传距离较远。蓝塔与蓝丰的遗传距离最近,圣云分别与北青、蓝金的遗传距离最远。UPGMA聚类结果与基于花色苷数据的聚类结果有很大不同,这可能是各品种与其各自亲本遗传差异较大造成的。

二、苹果品种ISSR指纹图谱构建(论文开题报告)

(1)论文研究背景及目的

此处内容要求:

首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景,再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题,并提出你的论文准备的观点或解决方法。

写法范例:

本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。

(2)本文研究方法

调查法:该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。

观察法:用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。

实验法:通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。

文献研究法:通过调查文献来获得资料,从而全面的、正确的了解掌握研究方法。

实证研究法:依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。

定性分析法:对研究对象进行“质”的方面的研究,这个方法需要计算的数据较少。

定量分析法:通过具体的数字,使人们对研究对象的认识进一步精确化。

跨学科研究法:运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。

功能分析法:这是社会科学用来分析社会现象的一种方法,从某一功能出发研究多个方面的影响。

模拟法:通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。

三、苹果品种ISSR指纹图谱构建(论文提纲范文)

(1)河北省审定良种SSR鉴定及木槿EST-SSR引物开发(论文提纲范文)

摘要
Abstract
1 引言
    1.1 研究背景和意义
        1.1.1 研究背景
        1.1.2 研究意义
    1.2 国内外研究现状
        1.2.1 品种鉴定方法
        1.2.2 国内外对SSR标记的应用
        1.2.3 SSR分子标记开发方法的研究
        1.2.4 SSR分子标记在植物育种中的应用
        1.2.5 木槿研究进展
    1.3 研究目标、研究内容、技术路线
2 材料与方法
    2.1 试验材料
        2.1.1 主要仪器和试剂
        2.1.2 植物材料
    2.2 试验方法
        2.2.1 基因组DNA提取
        2.2.2 木槿基因组RNA提取
        2.2.3 引物筛选
        2.2.4 PCR扩增及引物验证
3 结果与分析
    3.1 不同类型品种鉴定
        3.1.1 杂交品种鉴定
        3.1.2 选育品种鉴定
        3.1.3 芽变品种鉴定
        3.1.4 品种审定现状分析
    3.2 木槿不同组织转录组差异分析
        3.2.1 测序数据质控
        3.2.2 差异基因数目统计
        3.2.3 GO功能分析
        3.2.4 KEGG功能分析
        3.2.5 光合作用相关基因筛选
    3.3 木槿EST-SSR引物开发
        3.3.1 不同组织转录组SSR分布及频率
        3.3.2 不同组织SSR重复类型及模序特性
        3.3.3 不同组织重复模序的频数分布
        3.3.4 木槿EST-SSR引物有效性及多态性
        3.3.5 木槿15个品种指纹图谱构建
4 讨论
    4.1 我省良种审定现状及SSR鉴定不同类型品种
    4.2 不同组织差异表达基因的分析
    4.3 木槿分子标记引物开发
5 结论
参考文献
作者简历
致谢

(2)云南部分苹果品种(系)遗传多样性分析及分子身份证的构建(论文提纲范文)

摘要
Abstract
第一章 引言
    1.1 苹果种质资源概述
        1.1.1 苹果种质资源的起源与演化
        1.1.2 苹果种质资源的收集与保存
        1.1.3 鉴定苹果种质资源的意义
    1.2 DNA分子标记(DNA molecular markers)
        1.2.1 随机扩增多态性DNA分子标记(RAPD)
        1.2.2 限制性片段长度多态性分子标记(RFLP)
        1.2.3 扩增片段长度多态性分子标记(AFLP)
        1.2.4 单核苷酸多态性分子标记(SNP)
        1.2.5 简单重复序列分子标记(SSR)
    1.3 SSR在苹果属种质资源中的研究现状及其应用
        1.3.1 SSR在苹果种质资源中研究现状
        1.3.2 SSR在苹果品种鉴定中的应用
        1.3.3 SSR在苹果种质资源亲缘关系的应用
        1.3.4 SSR在构建苹果遗传连锁图谱中的应用
    1.4 本文研究目的及意义
第二章 材料与方法
    2.1 试验材料与方法
        2.1.1 试验材料
    2.2 试验试剂与仪器
        2.2.1 试验试剂及来源
        2.2.2 主要设备及来源
    2.3 108对SSR引物
    2.4 试验方法
        2.4.1 DNA提取
        2.4.2 基因组DNA浓度及纯度检测
        2.4.3 SSR反应扩增程序
        2.4.4 SSR引物筛选
        2.4.5 琼脂糖凝胶电泳
        2.4.6 聚丙烯酰胺凝胶电泳
        2.4.7 SSR-PCR反应体系正交设计试验
    2.5 数据统计与分析
第三章 结果与分析
    3.1 苹果属植物SSR-PCR反应的优化
        3.1.1 SSR引物筛选
        3.1.2 蔷薇科苹果属部分品种DNA提取以及验证结果
        3.1.3 苹果属植物SSR-PCR优化体系
        3.1.4 最适退火温度的筛选
        3.1.5 最佳反应体系的稳定性检验
    3.2 苹果属植物的遗传多样性分析
        3.2.1 苹果属植物的遗传指数分析
        3.2.2 苹果属植物的UPGMA聚类分析
    3.3 分子身份证构建
第四章 讨论
    4.1 SSR反应体系优化分析讨论
    4.2 蔷薇科苹果属亲缘关系分析讨论
    4.3 对于蔷薇科苹果属分子身份证讨论分析
第五章 结论
    5.1 苹果种质的最适SSR-PCR反应体系
    5.2 苹果种质遗传多样性分析
    5.3 分子身份证的构建
    5.4 本研究存在问题及值得进一步研究的问题
附录1 SSR引物序列信息
附录2 28对引物扩增图
附录3 SSR-PCR引物扩增条带分析图
参考文献
攻读硕士学位期间完成的科研成果
    在校期间参与发表论文:
致谢

(3)苹果的分子身份构建与遗传多样性分析(论文提纲范文)

摘要
Abstract
1 引言
    1.1 苹果概述
    1.2 DNA分子标记
        1.2.1 以Southern杂交为基础的分子标记
        1.2.2 以PCR为基础的分子标记
        1.2.2.1 随机扩增多态性DNA
        1.2.2.2 扩增片段长度多态性
        1.2.3 以串联重复的DNA序列的分子标记
        1.2.3.1 简单重复序列
        1.2.3.2 简单重复序列区间
        1.2.4 以DNA测序为基础的分子标记技术
    1.3 苹果遗传多样性的研究进展
    1.4 苹果指纹图谱研究进展
    1.5 研究目的及意义
    1.6 技术路线
2 材料与方法
    2.1 实验材料
    2.2 实验方法
        2.2.1 叶片DNA的提取与检测
        2.2.2 引物的设计与筛选
        2.2.3 数据分析
3 结果与分析
    3.1 苹果品种SSR指纹图谱数据
        3.1.1 引物条带数据
        3.1.2 苹果SSR指纹图谱
    3.2 苹果分子身份证的构建
        3.2.1 苹果品种分子身份证
        3.2.2 苹果品种条形码
    3.3 SSR引物分析
        3.3.1 引物多态性信息
        3.3.2 引物区分品种能力
    3.4 苹果遗传多样性分析
        3.4.1 苹果主要品种系谱图
        3.4.1.1 元帅系品种
        3.4.1.2 富士系品种
        3.4.1.3 金冠系品种
        3.4.1.4 嘎啦系品种
        3.4.2 苹果亲缘关系聚类分析
4 讨论
5 结论
    5.1 苹果品种分子身份证的构建
    5.2 苹果遗传多样性的分析
参考文献
致谢

(4)基于AFLP分子标记对广东省番石榴种质资源多样性分析及指纹图谱构建(论文提纲范文)

1 材料和方法
    1.1 材料
    1.2 样品DNA提取
    1.3 限制性酶切及连接
    1.4 预扩增
    1.5 选择性扩增
    1.6 AFLP图谱分析
2 结果与分析
    2.1 AFLP扩增多态性分析
    2.2 聚类分析
    2.3 指纹图谱构建
3 讨论

(5)昆明10种草坪草的ISSR指纹图谱构建(论文提纲范文)

1 材料与方法
    1.1 试验材料
    1.2 DNA提取与检测
    1.3 ISSR-PCR反应体系及扩增条件
    1.4 指纹图谱的构建
2 结果与分析
    2.1 DNA琼脂糖凝胶电泳检测结果
    2.2 ISSR引物的初筛选
    2.3 引物退火温度的确定
    2.4 草坪草DNA指纹图谱的构建
3 讨论与结论

(6)宝巾花品种分子鉴定和苞片转录组分析(论文提纲范文)

摘要
Abstract
第一章 绪论
    1.1 引言
        1.1.1 研究背景
        1.1.2 研究目的和意义
        1.1.3 项目来源与经费支持
    1.2 国内外研究现状
        1.2.1 宝巾花研究现状
        1.2.2 基于分子标记的植物遗传多样性研究现状
        1.2.3 转录组测序研究
        1.2.4 基于转录组测序的SSR分子标记开发
        1.2.5 基于转录组测序的差异表达基因分析
    1.3 研究目标和主要研究内容
        1.3.1 关键的科学问题与研究目标
        1.3.2 主要研究内容
        1.3.3 研究技术路线
第二章 基于转录组测序的宝巾花SSR标记开发研究
    2.1 试验材料
    2.2 试验方法
        2.2.1 转录组测序、序列组装
        2.2.2 基因功能注释及GO分类
        2.2.3 SSR查找、SSR引物设计和多态性位点筛选
        2.2.4 数据处理与分析
    2.3 结果与分析
        2.3.1 基因功能注释及GO分类
        2.3.2 宝巾花转录组中SSR类型及其特征
        2.3.3 SSR标记开发
        2.3.4 品种间遗传关系
    2.4 小结
第三章 宝巾花亲缘关系的ISSR分析和品种鉴定研究
    3.1 试验材料
        3.1.1 植物材料
        3.1.2 引物的合成与配置
    3.2 试验方法
        3.2.1 宝巾花基因组DNA提取与检测
        3.2.2 宝巾花ISSR-PCR反应体系的优化
        3.2.3 ISSR-PCR反应体系验证
        3.2.4 宝巾花种质资源ISSR扩增数据处理与分析
    3.3 结果与分析
        3.3.1 基因组DNA提取与检测
        3.3.2 宝巾花ISSR-PCR反应体系的优化
        3.3.3 ISSR-PCR体系稳定性检测
        3.3.4 ISSR引物筛选
        3.3.5 宝巾花种质资源ISSR分析
    3.4 小结
第四章 基于SSR的宝巾花亲缘关系分析和品种鉴定研究
    4.1 材料
    4.2 方法
        4.2.1 SSR标记试验
        4.2.2 数据处理和分析方法
    4.3 结果与分析
        4.3.1 SSR位点的多态性
        4.3.2 聚类分析
        4.3.3 指纹图谱构建与分子鉴定
    4.4 小结
第五章 宝巾花苞片4个时期的转录组分析
    5.1 试验材料
    5.2 试验方法
        5.2.1 RNA样品提取与检测
        5.2.2 文库构建与库检
        5.2.3 测序
        5.2.4 转录组数据处理
    5.3 结果与分析
        5.3.1 测序数据产出质量
        5.3.2 样品间相关性检查
        5.3.3 基因表达水平分析
        5.3.4 基因差异表达分析
        5.3.5 差异基因GO富集分析
        5.3.6 差异基因KEGG富集分析
        5.3.7 苞片中与类黄酮生物合成相关基因的表达模式分析
        5.3.8 苞片中与甜菜碱生物合成相关基因的表达模式分析
        5.3.9 差异表达基因定量PCR验证
    5.4 小结
第六章 结论与讨论
    6.1 结论与讨论
        6.1.1 基于宝巾花转录组测序的SSR标记开发
        6.1.2 宝巾花ISSR扩增体系建立与优化
        6.1.3 基于ISSR标记的宝巾花品种亲缘关系分析和指纹图谱构建
        6.1.4 基于SSR标记的宝巾花品种亲缘关系分析和指纹图谱构建
        6.1.5 种质资源的ISSR和 SSR比较分析
        6.1.6 宝巾花苞片4个时期的转录组分析
    6.2 本论文研究创新及应用
    6.3 展望
参考文献
附录
在读期间的学术研究
致谢

(7)基于SSR标记技术的酿酒葡萄品种DNA指纹图谱的研究(论文提纲范文)

摘要
abstract
第1章 绪论
    1.1 葡萄与葡萄酒
        1.1.1 葡萄
        1.1.2 葡萄酒
    1.2 酿酒葡萄及其葡萄酒的品种分析方法
        1.2.1 酿酒葡萄品种形态学分析
        1.2.2 酿酒葡萄品种孢粉学分析
        1.2.3 酿酒葡萄品种染色体组分析
        1.2.4 酿酒葡萄品种生物化学分析
        1.2.5 酿酒葡萄品种红外光谱分析
        1.2.6 酿酒葡萄品种风味物质分析
        1.2.7 酿酒葡萄品种分子标记分析
    1.3 课题研究目的及意义
    1.4 课题研究的主要内容
    1.5 创新点
第2章 酿酒葡萄品种DNA的提取
    2.1 试验材料
        2.1.1 原料与试剂
        2.1.2 仪器与设备
        2.1.3 提取试剂配制
    2.2 试验方法
        2.2.1 酿酒葡萄品种基因组DNA提取方法
        2.2.2 DNA质量检测
    2.3 结果与分析
        2.3.1 琼脂糖凝胶电泳结果分析
        2.3.2 核酸蛋白检测仪结果分析
        2.3.3 PCR扩增及琼脂糖凝胶电泳结果分析
    2.4 讨论
    2.5 小结
第3章 酿酒葡萄品种SSR-PCR体系的优化与建立
    3.1 试验材料
        3.1.1 原料与试剂
        3.1.2 仪器与设备
    3.2 试验方法
        3.2.1 基因组DNA提取及质量检测
        3.2.2 PCR基本反应体系
        3.2.3 PCR反应程序及非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测
        3.2.4 单因素试验设计
        3.2.5 正交优化试验设计
        3.2.6 数据分析
        3.2.7 最优反应体系验证
    3.3 结果与分析
        3.3.1 基因组DNA提取结果检测
        3.3.2 单因素试验结果分析
        3.3.3 正交优化试验设计结果分析
        3.3.4 最优反应体系检测
    3.4 讨论
    3.5 结论
第4章 酿酒葡萄品种遗传多样性分析和分子身份证的建立
    4.1 试验材料
        4.1.1 原料与试剂
        4.1.2 仪器与设备
    4.2 试验方法
        4.2.1 酿酒葡萄品种总DNA提取及质量检测
        4.2.2 PCR扩增和非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测
        4.2.3 PCR扩增和毛细管电泳检测
        4.2.4 数据分析
    4.3 结果与分析
        4.3.1 SSR引物多态性分析
        4.3.2 酿酒葡萄品种的遗传相似系数分析
        4.3.3 不同酿酒葡萄品种的SSR聚类分析
        4.3.4 酿酒葡萄品种分子身份证构建
        4.3.5 酿酒葡萄品种荧光标记DNA指纹图谱的建立
    4.4 讨论
    4.5 小结
第5章 品种葡萄酒香气成分分析
    5.1 试验材料
        5.1.1 原料与试剂
        5.1.2 仪器与设备
    5.2 试验方法
        5.2.1 酿酒葡萄发酵试验
        5.2.2 GC-MS检测分析品种葡萄酒香气物质
        5.2.3 GC-O-MS检测分析品种葡萄酒香气物质
    5.3 结果与分析
        5.3.1 葡萄酒发酵试验理化指标
        5.3.2 品种葡萄酒风味物质GC-MS检测结果分析
        5.3.3 品种葡萄酒风味物质GC-O-MS检测结果分析
    5.4 讨论
    5.5 结论
第6章 结论与展望
    6.1 结论
    6.2 展望
参考文献
附录
致谢
作者简介

(8)短枝条红型红富士苹果芽变的ISSR鉴定(论文提纲范文)

0 引言
1 材料与方法
    1.1 材料
    1.2 方法
        1.2.1 基因组DNA的提取
        1.2.2 引物筛选及扩增反应
    1.3 数据统计
2 结果与分析
    2.1 芽变材料的鉴定与扩增多态性
    2.2 ISSR指纹图谱的构建
    2.3 亲缘关系
3 讨论
4 结论

(9)芒果杂交F1代的遗传多样分析及分子遗传图谱构建(论文提纲范文)

摘要
Abstract
1 引言
    1.1 芒果的介绍
        1.1.1 芒果的生物学特性及生长环境
        1.1.2 我国芒果产业发展概况
        1.1.3 我国芒果的品种结构
        1.1.4 我国芒果的育种进展
    1.2 分子标记技术简介及其在植物育种的应用
        1.2.1 SRAP标记及其在植物育种中的应用
        1.2.2 AFLP标记及其在植物育种中的应用
        1.2.3 ISSR标记及其在植物育种中的应用
    1.3 遗传图谱的构建
        1.3.1 遗传图谱的构建基础及作用
        1.3.2 芒果分子遗传图谱的研究进展
        1.3.3 其他果树遗传图谱的研究进展
    1.4 遗传多样性研究
        1.4.1 遗传多样性研究的意义与方法
        1.4.2 芒果遗传多样性的研究进展
    1.5 研究的目的与意义
2 材料与方法
    2.1 材料
        2.1.1 植株材料
        2.1.2 实验试剂及器材
    2.2 方法
        2.2.1 基因组DNA的提取及检测
        2.2.2 芒果的SRAP反应
        2.2.3 芒果的AFLP反应
        2.2.4 芒果的ISSR反应
        2.2.5 聚丙烯酰氨凝胶电泳
        2.2.6 毛细管电泳方法
        2.2.7 数据的收集与处理
3 结果与分析
    3.1 基因组DNA的提取
    3.2 分子标记结果分析
        3.2.1 SRAP结果分析
        3.2.2 ISSR结果分析
        3.2.3 AFLP结果分析
    3.3 芒果遗传连锁连锁图谱的构建
    3.4 遗传多样性分析
4 讨论
    4.1 分子标记的选择
    4.2 遗传图谱的构建
    4.3 偏分离
    4.4 芒果杂交后代的遗传多样性
5 结论
参考文献
致谢

(10)蓝莓原料品质特性及其指纹图谱研究(论文提纲范文)

摘要
Abstract
第一章 前言
    1.1 蓝莓资源及加工研究现状
    1.2 蓝莓品质评价研究进展
        1.2.1 蓝莓品质特性研究进展
        1.2.2 感官评价研究进展
    1.3 综合品质评价的研究现状
        1.3.1 主成分分析法
        1.3.2 层次分析法
        1.3.3 灰色关联度分析法
    1.4 蓝莓花色苷的分离鉴定研究进展
    1.5 化学指纹图谱的研究进展
    1.6 ISSR生物指纹图谱的研究进展
    1.7 立题依据与意义
    1.8 主要研究内容
第二章 蓝莓品质特性分析
    2.1 引言
    2.2 材料与方法
        2.2.1 主要材料
        2.2.2 主要试剂
        2.2.3 主要仪器设备
        2.2.4 主要试验方法
        2.2.5 统计分析
    2.3 结果与分析
        2.3.1 蓝莓品质特性分析
        2.3.2 蓝莓指标相关性分析
    2.4 讨论与小结
        2.4.1 讨论
        2.4.2 小结
第三章 蓝莓综合品质评价分析
    3.1 引言
    3.2 材料与方法
        3.2.1 主要材料
        3.2.2 主要试验试剂
        3.2.3 主要仪器设备
        3.2.4 主要试验方法
    3.3 统计分析
    3.4 结果与分析
        3.4.1 评价指标筛选
        3.4.2 评价指标数据标准化处理
    3.5 讨论与小结
        3.5.1 讨论
        3.5.2 小结
第四章 蓝莓综合评价模型验证及品质等级评价标准
    4.1 引言
    4.2 材料与方法
        4.2.1 感官评价
        4.2.2 蓝莓加工适应性分析
        4.2.3 统计分析方法
    4.3 结果与分析
        4.3.1 感官指标权重的确定
        4.3.2 蓝莓样品感官评价分析
        4.3.3 蓝莓综合评价指标模型的验证
        4.3.4 蓝莓综合评价等级标准划分
        4.3.5 蓝莓品质等级评价指标权重的确定
        4.3.6 蓝莓品质等级评价标准分析
    4.4 讨论与小结
        4.4.1 讨论
        4.4.2 小结
第五章 蓝莓花色苷成分特点与比较
    5.1 引言
    5.2 材料与方法
        5.2.1 主要材料
        5.2.2 主要试剂
        5.2.3 主要仪器设备
        5.2.4 主要试验方法
        5.2.5 统计分析
    5.3 结果与分析
        5.3.1 蓝莓总花色苷含量
        5.3.2 蓝莓花色苷的组成
        5.3.3 蓝莓花色苷的含量与相对比例
        5.3.4 蓝莓花青素的含量与相对比例
        5.3.5 蓝莓花色苷中糖分子相对比例
        5.3.6 花青素、糖分子与蓝莓核心品质指标相关性分析
    5.4 讨论与小结
        5.4.1 讨论
        5.4.2 小结
第六章 蓝莓ISSR基因指纹图谱的研究
    6.1 引言
    6.2 材料与方法
        6.2.1 主要材料
        6.2.2 主要试验试剂
        6.2.3 主要仪器设备
        6.2.4 主要试验方法
    6.3 结果与分析
        6.3.1 蓝莓果实DNA提取方法的确定
        6.3.2 ISSR引物的筛选
        6.3.3 ISSR反应体系单因素试验优化
        6.3.4 ISSR反应体系响应面试验优化
        6.3.5 ISSR反应程序优化
        6.3.6 蓝莓ISSR指纹图谱分析
        6.3.7 蓝莓ISSR指纹图谱的构建
        6.3.8 聚类分析结果
    6.4 讨论与小结
        6.4.1 讨论
        6.4.2 小结
第七章 结论、创新点与展望
    7.1 主要结论
    7.2 创新点
    7.3 展望
参考文献
致谢
攻读学位论文期间发表文章

四、苹果品种ISSR指纹图谱构建(论文参考文献)

  • [1]河北省审定良种SSR鉴定及木槿EST-SSR引物开发[D]. 高月娟. 河北农业大学, 2021(06)
  • [2]云南部分苹果品种(系)遗传多样性分析及分子身份证的构建[D]. 刘琳. 云南大学, 2020
  • [3]苹果的分子身份构建与遗传多样性分析[D]. 许茜. 烟台大学, 2021
  • [4]基于AFLP分子标记对广东省番石榴种质资源多样性分析及指纹图谱构建[J]. 邵雪花,刘牛,赖多,肖维强,匡石滋. 果树学报, 2020(03)
  • [5]昆明10种草坪草的ISSR指纹图谱构建[J]. 王开拓,吴田,蓝增全. 江苏农业科学, 2020(02)
  • [6]宝巾花品种分子鉴定和苞片转录组分析[D]. 孙利娜. 中国林业科学研究院, 2019
  • [7]基于SSR标记技术的酿酒葡萄品种DNA指纹图谱的研究[D]. 马文瑞. 新疆农业大学, 2018
  • [8]短枝条红型红富士苹果芽变的ISSR鉴定[J]. 张俊苗,李文胜,曹倩,史进. 新疆农业科学, 2016(07)
  • [9]芒果杂交F1代的遗传多样分析及分子遗传图谱构建[D]. 李志强. 海南大学, 2016(08)
  • [10]蓝莓原料品质特性及其指纹图谱研究[D]. 李冬男. 沈阳农业大学, 2016(10)

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苹果品种ISSR指纹的构建
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