一、利用RAPD技术分析绵羊品种间遗传关系(论文文献综述)
张秀惠[1](2020)在《基于简化基因组测序辽宁爪鲵(Onychodactylus zhaoermii)群体遗传学研究》文中认为辽宁爪鲵(O.zhaoermii)隶属于两栖纲(Amphibia),有尾目(Caudata),小鲵科(Hynobiidae),爪鲵属(Onychodactylus)。辽宁爪鲵是中国的特有种,只分布于辽宁省鞍山岫岩和辽阳市大黑山地区。本次研究采用简化基因组测序技术对采自4个采样地点(分别是辽宁岫岩左沟、辽宁岫岩中沟、辽宁大黑山水沟和辽宁大黑山长岭子)的16个辽宁爪鲵进行SNP分子标记的发掘,并进行群体内部遗传结构和遗传多样性分析,为辽宁爪鲵的保护提供理论依据。实验结果测序共获得高质量序列数据量为22.3Gb,平均每个样本为1.3Gb,经过条件为测序深度2×、Miss0.5、次要等位基因频率(MAF)>0.05的过滤最后获得的高质量SNP位点总数为18338。对高质量SNP位点进行遗传多样性研究显示:辽宁爪鲵的杂合度和核苷酸多样性平均值Pi分析结果显示,辽阳大黑山地区的遗传多样性大于辽宁岫岩地区。并且通过分子方差计算可以得到4个地理单元的群体多态性均匀,没有群体差异,只有个体间的变异。群体遗传结构研究显示:主成分分析PCA结果显示四个地理种群个体之间没有明显的聚合现象,呈散乱分布;并且STRUCTURE分析结果也显示了4个地理单元之间没有形成明显的种群结构;系统发育树上得到的结果与PCA和STRUCTURE分析所得到的结果一致。出现这种情况,可能与爪鲵生活环境有关,爪鲵基本都生活在山溪的源头,这些源头都来自地下暗河,因此地下暗河的走向或者两地间地下暗河是否相通都会决定彼此之间是否有基因交流,但是目前尚未有关于此方面的报道,还需要进行进一步研究。通过本研究可以得到如下的结论:(1)本次实验的成功为辽宁爪鲵甚至爪鲵属获取高通量SNPs遗传标记提供新的方法和手段,具有极高的应用价值与应用前景;(2)SNP标记分析的遗传多样性分析结果表明,辽宁爪鲵整体遗传多样性较低,辽阳大黑山地区的遗传多样性高于辽宁岫岩地区;(3)群体遗传结构分析表明辽宁爪鲵分布的四个地理单元间没有形成明显的种群结构;(4)建议对辽宁爪鲵加强保护,基于群体遗传学研究结果,建议辽宁岫岩与大黑山共同建立一个爪鲵保护小区。
欧昱岑[2](2020)在《川渝地区主栽脆李品种的品质及遗传多样性分析》文中研究表明李是我国重要栽培果树,其中脆李系列品种品系为川渝地区分布范围广、栽培面积大且产量较多的主要果树种类之一。脆李作为李树品种的重要一大类,具有较好的品种多样性,也存在一定的同名异物或同物异名现象。有的地方品种尚无正式品种名称。长期以来,对它们的研究报道较多都只停留在栽培管理、植物学性状的研究上,对其亲缘关系的研究鲜有报道。各品种之间是否存在亲缘关系也尚未知。不利于川渝地区的脆李资源保存与利用。该研究旨在挖掘地方良种资源,研究品种之间的亲缘关系,同时给脆李种质资源的收集、科学分类、资源开发利用、优良品种选育(如亲本的选择、选配等)以及产业发展,提供重要的研究依据和参考。本试验选取了20个川渝地区主栽脆李品种,利用SSR分子标记技术对各品种间进行分子水平上的研究,并希望通过分子层面的遗传多样性分析,来探究各品种间的亲缘关系。同时结合植物学性状、生理品质等分析各品种间的差异。试验从70对引物中筛选出了15条多态性较好的引物,采用荧光毛细管电泳检测技术对20份李种质进行基因分型;通过PopGen32软件评估15对SSR引物的多态性、供试品种的遗传多样性;利用MVSP软件构建20份材料的树状聚类分析图。测定并比较各品种果实的主要外观指标如:果重、横纵径、色泽、硬度及营养成分如:可溶性固形物、糖、酸、Vc含量。通过Microsoft Excel和SPSS18.0软件分析各品种间的指标差异以及各指标间的相关性。主要试验结果如下:1.15对引物在20个样品中共获得130个等位变异基因(Na),平均等位基因数为8.67。整个群体有效等位变异数(Ne)有63.91个,平均数为4.26个。期望杂合度(He)平均值为0.748,观测杂合度(Ho)平均值为0.831,Shannon’s指数多样性指数(I)平均值为1.495。品种间存在较好的遗传多样性。2.20个品种的遗传一致度变化范围在0.158-0.919之间。其中澳得罗达和万州青脆李遗传一致度最低,亲缘关系较远,与奈李的遗传一致度最高,亲缘关系较近。金翠李和茂县大李的遗传一致度最高,亲缘关系最近。在遗传聚类图谱中,供试品种主要分为两大类。其中澳得罗达与奈李、脆红李与茵红李的亲缘关系最近,江安青脆李、大白李、金翠李、茂县大李亲缘关系也很近。综合SSR标记分析结果,可知部分青脆李间有较近亲缘关系,但不存在同物异名现象。此研究也证实了国外引进李品种和中国李具有较近的亲缘关系。3.果实主要外观性状指标测定结果表明,供试品种均为离核、脆肉性状。根据果皮色泽可分为4类,红皮李(澳得罗达、凤凰李)、红绿皮李(茵红李、脆红李、渝北晚熟李)、红黄皮李(黄甘李)、青黄皮李(14个)。根据果形指数可分为3类,根据单果重可分为4个梯度。果皮色泽分类结果与SSR聚类分析结果相似。4.主要生理品质指标相关性分析结果表明果实中的总糖含量越高,还原糖含量就越高,Vc含量也随之升高。果实色差中的a*值与总糖含量呈显着负相关关系(r=-0.469*)。果重大的横纵径也较大,色差测量结果中的L*、a*、b*三个值间也呈极显着正相关关系。果实的含糖量越高、总酸含量越低时,果实的糖酸比越高。研究表明,果实的糖酸比与果实风味有正向相关关系,当果实的糖酸比越高时,果实品质也会更佳,风味更好。5.结合主要外观品质、主要营养成分等综合指标看,大白李、蜂糖李、粉黛脆李、巫山脆李、江安青脆李、凤凰李、金翠李的果实综合品质在供试品种中较高,且他们的成熟期分得较开,(中早熟的大白李、中熟的巫山脆李、中晚熟的粉黛脆李,晚熟的金翠李)故可在生产、选种上多进行推广。
高茜[3](2018)在《安徽三个湖羊场种群遗传结构的RAPD分析》文中认为为了了解湖羊三个不同种群之间的遗传结构并开展接下来的保种工作,本文利用RAPD分子标记技术,对安徽省的三个湖羊种群进行多样性检测,分析了群体间的遗传多样性以及群体内部的个体差异。根据已有文献进行参考,挑选出25个多态性强条带多的随机引物,实验过程中筛选出10个重复性好条带清晰的多态引物进行RAPD分析、对3个场共96头湖羊基因组DNA分别进行扩增,根据Shannon多样性指数计算群体遗传多样性,Nei氏公式计算品种间的遗传距离指数,挑选特异性强的片段进行测序,并进行BLAST分析。10个引物产生不同程度多态性标记,这10个引物共得到DNA扩增片段61条,各引物最少扩增出4条片段,最多8条,平均每个引物扩增出6条DNA片段,片段长度大小在500到2000 bp之间。整个群体的多态位点数共52个,占总位点数85.25%。其中周氏羊场内多态位点为47个,占77.05%;云兴羊场多态位点为44个,占72.13%;玉山羊场内多态位点数为47个,占77.05%。结论:(1)周氏羊场湖羊种群中Nei’s基因多样性指数为0.2949,shannon信息指数为0.4340。云兴羊场湖羊种群中Nei’s基因多样性指数为0.2941,shannon信息指数为0.4348。玉山羊场湖羊种群中Nei’s基因多样性指数为0.2815,shannon信息指数为0.4135。以种群内两两个体间的多样性指数来比较,及遗传多样性的大小顺序为周氏羊场>云兴羊场>玉山羊场。(2)周氏羊场和云兴羊场两个种群间的遗传相似性指数为0.9832;遗传距离为0.0169,周氏羊场和玉山羊场两个种群间的遗传相似性指数为0.9631;遗传距离为0.0379,云兴羊场和玉山羊场两个种群间的遗传相似性指数为0.9658;遗传距离为0.0348。(3)三个种群的相似度有变异,其中周氏羊场和云兴羊场相似度更大。(4)试验所得片段序列与大角羊OVIS分离出的43u染色体1、3、8、12、17、23、24序列和西藏牦牛分离出的5、16、17、24号染色体相似度高。
浦亚斌,马月辉,何晓红,付宝玲[4](2008)在《我国绵羊与山羊品种资源的研究进展》文中提出在国际市场上,中国绵羊、山羊的饲养量、出栏量、羊肉产量、羊皮产量、羊绒产量均居世界首位。中国绵羊、山羊品种资源类型十分丰富,分布范围广泛,经数千年来的驯化、培养和选育,在不同的生态类型下形成了对当地自然环
马志杰,魏雅萍,钟金城,马玉红[5](2007)在《藏绵羊DNA分子遗传标记的研究进展》文中研究说明分析讨论了藏绵羊DNA分子遗传标记在其遗传育种研究中的应用现状和存在的问题,展望了其今后的研究趋势和发展前景。
何大乾[6](2007)在《中国主要地方鸭种线粒体DNA部分序列的遗传多样性及其起源进化研究》文中认为本文共测定了中国家鸭和野鸭265个个体线粒体DNA D-loop区523bp序列,另外还测定了27个样本的线粒体细胞色素b基因(Cytb)546bp序列片段,番鸭2个群体的56个个体mtDNA D-loop区549bp片段。对这些序列片段及其它已经发表的相应序列片段进行了邻接法、网络图法等分析,得出如下主要结论:1、本试验所扩增中国家鸭线粒体DNA D-loop区片段平均长度为522.9bp,A+T含量为48.6%,G+C的含量为51.4%,A+T含量略低于G+C的含量。2、在中国家鸭线粒体DNA D-loop片段525个位点中共检测到28个多态位点,占5.3%,其中单一多态位点14个(50.0%),简约信息位点14个(50.0%)。共发现转换、颠换、插入/缺失,以及转换和颠换在同一位点上4种变异类型。3、中国家鸭线粒体DNA D-loop遗传多样度低,品种间的平均核苷酸差异数为1.099,品种间平均核苷酸多样度为0.00214±0.00018;单倍型多样度变异范围为0.133±0.112—0.752±0.076。4、10个中国家鸭品种mtDNA Cytb基因546bp片段中,T、C、A、G的平均含量分别为23.0%、37.7%、26.2%、13.0%,A+T的含量为49.2,G+C的含量为50.8%,密码子一、二、三位点的优势碱基分别为C、T和C;成功编码181个氨基酸,含有20种氨基酸,含量最少的为Cys(0.55%),而Leu含量最高,达到19.89%。5、在所测定的10个品种27个个体mtDNA Cytb基因546bp片段中,共检测到7种单倍型,单倍型多样度为0.504±0.114;7个变异位点,包括4个颠换(57.1%),3个转换(42.9%),核苷酸多样度为0.00155±0.00054;4个位点的变异发生在密码子的第三位点,3个位点的变异发生在密码子的第一位点。本试验结果与先前报道的结果差异较大,主要是颠换发生的比例高,非同义替换也达到了42.9%。6、中国家鸭品种mtDNA Cytb基因546bp片段同义密码子的使用出现较大的偏倚性。7、中国绿头野鸭母系起源属于单倍型类群A,其地理分布与Kulikova等(2004,2005)的结论一致;中国家鸭起源于绿头野鸭,在品种形成过程中掺入了少量斑嘴鸭血缘;中国家鸭具有单一的母系起源,我国家鸭品种间遗传差异小。8、中国饲养的番鸭遗传多样度低;中国番鸭2个群体56个个体mtDNA D-loop区549个位点中共检测到11个多态位点(2.0%),其中单一多态位点7个(63.6%),简约信息位点4个(36.4%);确定了10种单倍型,其中单倍型H3是主体单倍型,33次。核苷酸多样度为0.00245±0.00043,单倍型多样度为0.631±0.068。
李天俊,王英超,张坤婷,潘淑英,宋桂敏,王通,李振国,刘炳才,李秀红[7](2007)在《不同品种绵羊杂交后代RAPD的分析》文中研究指明对3个不同绵羊类群(无角道塞特二代公羊、杜泊一代公羊、杜泊二代公羊)共8个样本应用20个随机引物扩增进行RAPD分析。结果表明,在20个随机引物中,有7个随机引物扩增出不同程度的清晰可辨的RAPD谱带,其中标记总数为35条,多态标记数为24条。共得到147条清晰的谱带。杜泊一代与杜泊二代2个种群间遗传距离最小,为0.080 9;杜泊一代与无角道塞特2个种群间遗传距离最大,为0.515 2。
马巍[8](2006)在《中国主要山羊品种RAMP标记多态性的研究》文中认为应用OFDA2000型羊毛羊绒纤维直径快速检测仪,对吉林省镇南种羊场新吉细毛羊种群、双辽种羊场东北细毛羊种群羊毛纤维品质进行检测,并统计分析。结果表明:1.镇南种羊场新吉细毛羊种群、双辽种羊场东北细毛羊种群羊毛纤维平均直径分别为(20.28±1.72)μm、(20.29±1.77)μm,镇南种羊场新吉细毛羊种群纤维平均直径略细于双辽种羊场东北细毛羊种群,但差异不显着(P>0.05);2.羊毛纤维伸直长度分别为(12.32±1.75)cm、(11.29±1.82)cm,且差异极显着(P<0.01);3.自然长度分别为(8.12±1.39)cm、(6.78±1.96)cm,且差异极显着(P<0.01);4.净毛率分别为(57.58±6.79)%、(48.65±11.22)%,且差异极显着(P<0.01);5.两种群羊毛纤维单位长度平均弯曲数均在4个以上,但两种群差异不显着(P>0.05);6.各性状之间存在一定的相关关系,其中产毛量与羊毛纤维伸直长度、自然长度与伸直长度之间存在极显着正相关(P<0.01)。 为进一步了解两种群羊毛品质及遗传特点,本研究应用40条随机引物分别对20只成年新吉细毛羊和20只成年东北细毛羊全血基因组DNA进行随机扩增,并利用SPSS11.5对其多态性进行方差分析和T检验。结果表明:筛选出的12条引物均不同程度地产生了多态性片段,扩增片段的碱基数一般都在300-3000bp之间。同一引物同一条带在2种群中出现频率不同。引物f21326在2种群中出现特异带(973bp),推断此带为东北细毛羊种群所特有。另外,新吉细毛羊品种内平均带纹相似性指数比东北细毛羊低,而2品种之间的遗传距离又较小。同时,发现一些与产毛性状及体重紧密相关的RAPD标记。新吉细毛羊基因组DNA多态频率为54.32%,多态标记f21344A、f21326G、f21339C、g2742C与产毛性状及体重呈显着(P<0.05)或极显着(P<0.01)相关;东北细毛羊基因组DNA多态频率为52.08%,多态标记f21328E、f21326A、f21327F、g2739C与产毛性状及体重呈显着(P<0.05)或极显着(P<0.01)相关。
李力[9](2006)在《四川各地黑山羊分子遗传特征研究》文中研究说明黑山羊主要产于我国的南方及东南亚,久负盛誉。其独特之处在于全身黑毛,生长发育快,板皮厚满,皮毛质软细小,瘦肉率高,含脂量低,肉质鲜嫩,味美膻气少。从目前国际、国内形势看,我国黑山羊产业前景看好。据业内人士分析认为,我国黑山羊市场潜力巨大,出口创汇前景看好。当前国际大气候的变化为黑山羊产业发展带来了新的机遇,由于黑山羊品种不同,其品质也就各不相同,故品种的认定就自然成为我国黑山羊产业急需要解决的问题 四川省黑山羊资源比较丰富,过去的研究多为品种性能测定与评价等方面,对品种的起源、群体间的遗传差异、黑山羊的品种分化及相似性研究甚少。特别是利用分子标记研究黑山羊大群体的遗传结构和遗传多样性,尚未见有报道。 首先,我们参阅以往牛、山羊和绵羊等RAPD研究的文献,选取98个引物,经过反复筛选,从中挑选出30个重复性好的多态引物,运用构建总DNA基因池的方法,对黑山羊、南江黄羊、北川白山羊、成都麻羊4个山羊品种和藏绵羊进行RAPD分析,并重点进行了引物筛选和实验条件的优化,建立了适宜山羊RAPD的反应体系,计算了各品种间的遗传距离指数,探讨了彼此的亲缘关系。验证了实验方法本身的可靠性。 在上面实验的基础上,我们利用16条多态性好的引物,对分布于四川省不同区域的9个黑山羊种群共540个个体逐一进行了随机扩增多态DNA(RAPD)分析。结果表明:16条多态性引物在9个黑山羊种群中,共扩增出170个能完全重复且表现多态性的RAPD标记,各标记的大小在0.1-2.5kb之间。采用Nei
马发顺[10](2006)在《现代生物技术在动物育种上的应用》文中提出RAPD技术、转基因技术、动物克隆技术和胚胎移植技术等在动物育种上具有广泛的用途,在绘制遗传图谱、标记辅助选择、亲缘关系分析、杂种优势预测,以及改良畜禽品种、抗病育种、纯种繁育、保种和引种等方面都有重要作用,但在技术和方法上还有待进一步改进和完善。
二、利用RAPD技术分析绵羊品种间遗传关系(论文开题报告)
(1)论文研究背景及目的
此处内容要求:
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景,再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题,并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例:
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
(2)本文研究方法
调查法:该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法:用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法:通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法:通过调查文献来获得资料,从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法:依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法:对研究对象进行“质”的方面的研究,这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法:通过具体的数字,使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法:运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法:这是社会科学用来分析社会现象的一种方法,从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法:通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、利用RAPD技术分析绵羊品种间遗传关系(论文提纲范文)
(1)基于简化基因组测序辽宁爪鲵(Onychodactylus zhaoermii)群体遗传学研究(论文提纲范文)
中文摘要 |
Abstract |
第一章 引言 |
1.1 研究背景 |
1.1.1 辽宁爪鲵在爪鲵属中的分类地位 |
1.1.2 辽宁爪鲵的研究现状 |
1.1.2.1 生理生物学研究现状 |
1.1.2.2 保护生物学研究现状 |
1.1.2.3 分子生物学研究现状 |
1.1.3 辽宁爪鲵的群体遗传学研究 |
1.2 群体遗传学研究中应用的遗传标记 |
1.2.1 等位酶蛋白质标记 |
1.2.2 几种常见分子标记技术 |
1.2.2.1 RFLP标记技术 |
1.2.2.2 RAPD标记技术 |
1.2.2.3 AFLP标记技术 |
1.2.2.4 SSR分子标记 |
1.2.2.5 SNP分子标记 |
1.3 简化基因组技术 |
1.4 研究的目的和意义 |
第二章 材料与方法 |
2.1 材料 |
2.1.1 样本信息 |
2.1.2 实验试剂 |
2.1.2.1 试剂盒 |
2.1.2.2 电泳试剂 |
2.1.2.3 建库试剂 |
2.1.3 实验器材 |
2.2 实验步骤 |
2.2.1 基因组DNA的提取 |
2.2.2 文库构建 |
2.2.3 上机测序 |
2.3 统计分析 |
2.3.1 数据处理 |
2.3.1.1 原始序列数据处理 |
2.3.1.2 测序数据统计及质量评估 |
2.3.1.3 酶切概况 |
2.3.1.4 捕获的酶切位点的片段数(Tags)统计 |
2.3.2 构建SNP位点 |
2.3.3 群体遗传多样性分析 |
2.3.3.1 群体杂合度分析 |
2.3.3.2 核苷酸多态性(π)分析 |
2.3.3.3 分子方差分析(AMOVA) |
2.3.4 群体遗传结构分析 |
2.3.4.1 系统进化树分析 |
2.3.4.2 主成分分析 |
2.3.4.3 群体遗传结构分析 |
第三章 结果与分析 |
3.1 GBS数据分析 |
3.1.1 比对参考基因组 |
3.1.2 SNP检测 |
3.1.2.1 SNP检测质量分布 |
3.1.2.2 SNP突变频谱 |
3.2 群体遗传多样性分析 |
3.2.1 群体杂合度分析 |
3.2.2 核苷酸多样性(π)分析 |
3.2.3 分子方差分析(AMOVA) |
3.3 群体遗传结构分析 |
3.3.1 群体主成分分析 |
3.3.2 群体结构STRUCTURE分析 |
3.3.3 群体进化树分析 |
第四章 讨论 |
4.1 简化基因组测序法获取SNPs可行性分析 |
4.2 群体的遗传多样性分析 |
4.3 群体遗传结构分析 |
4.4 关于辽宁爪鲵的保护 |
第五章 结论 |
参考文献 |
致谢 |
个人简历 |
(2)川渝地区主栽脆李品种的品质及遗传多样性分析(论文提纲范文)
摘要 |
ABSTRACT |
第1章 文献综述 |
1.1 李的经济和生态价值 |
1.2 李在我国的产业分布及育种现状 |
1.3 国外引进李品种在我国的栽培现状 |
1.4 果树品系遗传多样性研究中的主要遗传标记类型 |
1.4.1 形态学标记 |
1.4.2 细胞学标记 |
1.4.3 生物化学标记 |
1.4.4 DNA分子标记分类 |
1.5 分子标记在果树上的研究进展 |
1.6 分子标记在李品种上的研究进展 |
1.7 品质性状遗传多样性在果树上的研究进展 |
1.8 品质性状遗传多样性在李上的研究进展 |
第2章 引言 |
2.1 选题目的与意义 |
2.2 研究内容 |
2.2.1 不同李品种的遗传多样性分析 |
2.2.2 不同李品种的植物学性状分析 |
2.2.3 不同李品种成熟期果实的内在品质分析 |
2.3 技术路线 |
第3章 川渝地区主栽脆李的SSR分子标记分析 |
3.1 试验材料 |
3.1.1 材料来源 |
3.1.2 仪器与试剂 |
3.2 试验方法 |
3.2.1 李品种叶片样品的采集与处理 |
3.2.2 李品种DNA的提取 |
3.2.3 Total DNA样品检测质量与要求 |
3.2.4 供试李品种的SSR分析 |
3.3 统计分析 |
3.4 结果分析 |
3.4.1 DNA质量检测 |
3.4.2 引物筛选 |
3.4.3 SSR扩增产物的多态性 |
3.4.4 不同品种间遗传一致度分析 |
3.4.5 20个李品种的SSR聚类分析 |
3.5 讨论与小结 |
第4章 川渝地区主栽脆李果实品质性状分析 |
4.1 试验材料 |
4.2 样品采集与处理 |
4.3 实验方法 |
4.4 数据分析 |
4.5 结果与分析 |
4.5.1 不同李品种果肉及果皮色泽分析 |
4.5.2 不同李品种成熟期分析 |
4.5.3 不同李品种果实大小分析 |
4.5.4 不同李品种果肉质地分析 |
4.5.5 不同品种李果实主要营养成分含量及分析 |
4.5.6 李果实各生理指标间相关性分析 |
4.6 讨论与小结 |
第5章 结论、创新点与展望 |
5.1 结论 |
5.2 创新点 |
5.3 研究展望 |
参考文献 |
缩略词表 |
致谢 |
(3)安徽三个湖羊场种群遗传结构的RAPD分析(论文提纲范文)
致谢 |
摘要 |
abstract |
英文缩略词表(Abbreviation) |
文献综述 |
引言 |
1 材料方法 |
1.1 试验羊群与样本采集 |
1.2 主要仪器设备 |
1.3 试剂 |
1.4 溶液配制 |
1.5 基因组DNA的提取与检测 |
1.5.1 DNA提取步骤 |
1.5.2 DNA浓度和纯度的检测 |
1.6 PCR扩增与多态性检测 |
1.6.1 引物筛选 |
1.6.2 PCR扩增 |
1.6.3 琼脂糖凝胶电泳 |
1.6.4 PCR产物测序 |
1.7 数据统计处理 |
1.7.1 POPGENE32系统软件分析 |
1.7.2 BLAST对比 |
2 结果与分析 |
2.1 DNA提取效果 |
2.1.1 电泳检测 |
2.1.2 DNA纯度检测 |
2.2 RAPD-PCR结果 |
2.2.1 随机引物PCR结果 |
2.2.2 随机引物PCR差异条带 |
2.3 RAPD数据的分析结果 |
2.3.1 种群内部的多样性指数 |
2.3.2 种群间的遗传距离 |
2.4 测序结果及BLAST分析 |
2.4.1引物G-03 |
2.4.2引物G-04 |
2.4.3引物G-06 |
2.4.4引物G-07 |
2.4.5引物G-08 |
2.4.6引物G-12 |
2.4.7引物G-16 |
2.4.8引物G-17 |
2.4.9引物G-18 |
3 讨论 |
3.1 基因组DNA的提取方法 |
3.2 DNA纯度对RAPD分析的影响 |
3.3 关于RAPD分析结果的稳定性 |
3.4 条带统计 |
3.5 种群内部的多样性 |
3.6 种群间的遗传距离 |
3.7 BLAST比对结果 |
4 结论 |
参考文献 |
作者简介 |
(4)我国绵羊与山羊品种资源的研究进展(论文提纲范文)
一、我国绵羊、山羊品种资源的研究进展 |
1. 绵羊、山羊的分子遗传标记研究。 |
2. 绵羊、山羊繁殖性能研究。 |
3. 绵羊、山羊的育种研究。 |
4. 地方品种的杂交改良。 |
二、未来发展趋势 |
1. 绵羊、山羊品种资源的保护。 |
2. 科学广泛地开展肉用绵羊、山羊的经济杂交生产。 |
3. 利用现代技术手段,培育肉羊新品种。 |
(5)藏绵羊DNA分子遗传标记的研究进展(论文提纲范文)
1 藏绵羊DNA分子标记的研究进展 |
2 展望 |
(6)中国主要地方鸭种线粒体DNA部分序列的遗传多样性及其起源进化研究(论文提纲范文)
摘要 |
Abstract |
第一章 文献综述 |
1 畜禽遗传资源多样性研究 |
1.1 畜禽遗传多样性概念 |
1.2 畜禽遗传多样性现状及研究必要性 |
1.2.1 全球畜禽遗传资源多样性现状及研究必要性 |
1.2.2 我国畜禽遗传资源多样性现状及研究必要性 |
2 畜禽遗传多样性评估方法 |
2.1 形态学水平 |
2.2 染色体水平 |
2.3 等位酶水平 |
2.4 DNA水平 |
2.4.1 限制性片段长度多态性(RFLP)标记 |
2.4.2 扩增片段长度多态性(AFLP)标记 |
2.4.3 随机引物多态性(RAPD)标记 |
2.4.4 DNA指纹(DFP)标记 |
2.4.5 单链构象多态性(SSCP)标记 |
2.4.6 单核普酸多态性(SNP)标记 |
3 线粒体DNA |
3.1 动物线粒体DNA的结构 |
3.2 动物线粒体DNA的特点 |
3.3 动物线粒体DNA序列分析方法 |
3.4 DNA序列分析的基本数学模型 |
3.4.1 遗传变异的度量参数 |
3.4.2 遗传距离估计数学模型 |
3.4.3 系统发育分化推断方法 |
3.5 线粒体DNA在动物遗传多样性与起源进化研究中的应用 |
4 鸭遗传资源与多样性研究概况 |
4.1 家鸭和番鸭的历史及起源 |
4.1.1 家鸭的历史及起源 |
4.1.2 番鸭的历史、起源及在世界的分布 |
4.2 中国家鸭品种资源现状 |
4.3 鸭的遗传多样性研究 |
4.3.1 外部形态水平标记 |
4.3.2 血液蛋白(酶)水平多态性 |
4.3.3 DNA分子水平多态性 |
5 本研究的目的与意义 |
第二章 中国家鸭线粒体DNA(mtDNA)序列遗传多样性研究 |
1 中国家鸭mtDNA D-loop区序列多态性研究 |
1.1 材料与方法 |
1.1.1 样品采集 |
1.1.2 主要仪器及试剂 |
1.1.3 试验方法 |
1.2 数据处理 |
1.3 试验结果 |
1.3.1 PCR扩增产物的琼脂糖电泳图谱和克隆测序图谱 |
1.3.2 中国家鸭mtDNA D-loop区序列多态性 |
1.3.3 中国家鸭mtDNA D-loop遗传多样性分析 |
1.4 分析与讨论 |
1.5 结论 |
2 中国家鸭mtDNA Cytb基因部分序列多态性研究 |
2.1 材料与方法 |
2.1.1 样品来源及采集 |
2.1.2 试验方法 |
2.1.3 数据分析 |
2.2 试验结果与分析 |
2.2.1 PCR扩增、回收纯化检测的琼脂糖电泳图谱和序列图谱 |
2.2.2 中国家鸭mtDNA Cytb基因部分序列变异 |
2.2.3 密码子使用偏倚性 |
2.3 分析与讨论 |
2.3.1 Cytb基因作为分子标记 |
2.3.2 中国家鸭Cytb基因遗传组成及变异 |
2.3.3 中国家鸭Cytb基因核苷酸变异模式 |
2.3.4 密码子使用偏倚性 |
2.4 结论 |
3 中国家鸭系统发生关系研究 |
3.1 材料与方法 |
3.1.1 材料 |
3.1.2 数据分析 |
3.2 结果 |
3.2.1 中国野鸭的系统学地位 |
3.2.2 中国家鸭的系统发生关系 |
3.2.3 中国家鸭品种间遗传距离 |
3.3 分析与讨论 |
3.3.1 中国绿头野鸭母系起源 |
3.3.2 中国家鸭品种间遗传距离 |
3.3.3 中国家鸭母系起源 |
3.4 结论 |
第三章 中国番鸭mtDNA序列遗传多样性研究 |
1 材料与方法 |
1.1 样品来源及采集 |
1.2 试验方法 |
1.3 数据分析 |
2 试验结果 |
2.1 PCR扩增、回收纯化检测的琼脂糖电泳图谱和序列图谱 |
2.2 中国番鸭mtDNA D-loop序列多态性 |
2.3 中国番鸭mtDNA D-loop遗传结构 |
2.4 中国番鸭系统发生关系研究 |
3 分析与讨论 |
3.1 中国番鸭遗传结构 |
3.2 中国番鸭母系起源研究 |
4 结论 |
主要参考文献 |
总结 |
攻读博士期间论文论着及科研项目情况 |
致谢 |
(7)不同品种绵羊杂交后代RAPD的分析(论文提纲范文)
1 材料和方法 |
1.1 材料 |
1.1.1 试验动物及其来源 |
1.1.2 RAPD随机引物 |
1.2 方法 |
1.2.1 羊血的采集 |
1.2.2 基因组DNA的提取 |
1.2.3 随机扩增反应体系与条件[4] |
1.2.4 遗传多样性的量化 |
1.2.5 遗传距离指数的计算 |
2 结果与分析 |
2.1 不同绵羊个体基因组DNA的检测结果 |
2.2 DNA的浓度与纯度的检测 |
2.3 引物筛选结果 |
2.4 PCR扩增结果 |
2.5 绵羊个体间相似系数与遗传距离指数 |
3 讨论 |
(8)中国主要山羊品种RAMP标记多态性的研究(论文提纲范文)
中文摘要 |
英文摘要 |
1 引言 |
1.1 研究目的和意义 |
1.2 主要研究内容 |
2 文献综述 |
2.1 羊毛纤维品质分析 |
2.1.1 羊毛纤维组织学构造 |
2.1.2 羊毛被毛纤维类型 |
2.1.3 羊毛纤维品质测试指标 |
2.2 遗传标记 |
2.2.1 分子遗传标记的概念及特点 |
2.2.2 分子标记的类型 |
2.2.3 RAPD标记 |
2.2.4 RAPD技术的应用 |
3 材料与方法 |
3.1试验材料 |
3.1.1试验用毛样 |
3.1.2试验用血样 |
3.1.3试验用随机引物 |
3.2主要仪器 |
3.3 主要试剂及其配制 |
3.3.1主要试剂 |
3.3.2主要试剂的配制 |
3.4试验方法 |
3.4.1主要测试项目 |
3.4.2血样采集方法 |
3.4.3全血基因组DNA的提取方法 |
3.4.4 DNA检测方法 |
3.4.5 DNA样品的稀释 |
3.4.6引物的稀释 |
3.4.7 PCR体系的建立方法 |
3.4.8 PCR产物的检测方法 |
3.4.9引物的筛选 |
3.4.10统计方法 |
4 结果与分析 |
4.1 羊毛品质分析 |
4.1.1 羊毛纤维直径 |
4.1.2 羊毛纤维长度 |
4.1.3 羊毛纤维净毛率 |
4.1.4 单位长度弯曲数 |
4.1.5 各性状间的表型相关 |
4.2 主要产毛性状的 RAPD标记 |
4.2.1 全血基因DNA检测结果 |
4.2.2 PCR体系的优化结果 |
4.2.3 引物筛选结果 |
4.2.4 个体 RAPD扩增结果分析 |
4.2.5 RAPD标记与产毛性状的相关分析 |
5 讨论 |
5.1 毛品质分析 |
5.1.1 关于羊毛纤维直径 |
5.1.2 关于羊毛纤维长度 |
5.1.3 关于羊毛纤维净毛率 |
5.1.4 关于弯曲频率及其与其他性状之间的相关分析 |
5.2 主要产毛性状的 RAPD标记 |
5.2.1 关于 RAPD技术 |
5.2.2 RAPD反应条件的优化 |
5.2.3 关于扩增图谱 |
5.2.4 2种群的遗传稳定性、遗传变异及亲缘关系的分析 |
5.2.5 部分产毛性状的辅助标记选择 |
6 结论 |
参考文献 |
致谢 |
作者简介 |
(9)四川各地黑山羊分子遗传特征研究(论文提纲范文)
图片目录 |
表格目录 |
中文摘要 |
英文摘要 |
文献综述 |
第一节 遗传标记研究进展 |
前言 |
1.1 遗传标记的分类 |
1.1.1 形态学标记 |
1.1.2 细胞遗传标记 |
1.1.3 生化遗传标记 |
1.1.4 分子遗传标记 |
1.2 分子标记的主要类型 |
1.2.1 限制性片段多态性(RFLP) |
1.2.2 随机扩增多态DNA(RAPD) |
1.2.3 扩增片段长度多态性(AFLP) |
1.2.4 单核苷酸多态性(SNP) |
1.2.5 微卫星(Microsatellite)DNA |
1.2.6 mtDNA标记 |
1.2.7 DNA指纹标记 |
1.2.8 ISSR(Inter Simple Sequence Repeats) |
1.2.9 PCR-SSCP标记 |
1.3 分子标记与数量性状位点的连锁分析方法 |
1.4 前景与展望 |
第二节 遗传标记在山(绵)羊遗传育种中的应用 |
2.1 遗传多样性方面 |
2.1.1 RFLP标记 |
2.1.1.1 利用RFLP标记在绵羊、山羊育种上的应用研究报道相对较多。 |
2.1.1.2 Beta酪蛋白全基因PCR-RFLP |
2.1.1.3 绵羊褪黑激素受体1a基因第二外显子PCR-RFLP分析 |
2.1.1.4 绵羊MHC-DRB3基因PCR-RFLP分析 |
2.1.1.5 BMPR-IB基因PCR-RFLP研究 |
2.1.2 RAPD标记 |
2.1.3 微卫星DNA |
2.1.4 小卫星DNA标记(Ministatellite DNA) |
2.1.5 AFLP遗传标记 |
2.2 MAS与QTL定位 |
第一章 引物筛选及四川几个山(绵)羊品种的RAPD分析 |
摘要 |
关键词 |
引言 |
1 材料与方法 |
1.1 试验材料 |
1.1.1 试验动物 |
1.1.2 试剂盒、工具酶和生化试剂 |
1.1.3 主要仪器 |
1.1.4 引物合成 |
1.2 试验方法 |
1.2.1 全血基因组DNA的抽提 |
1.2.2 基因池A和基因池B的制备 |
1.2.3 随机引物筛选 |
1.2.4 PCR实验条件优化 |
1.2.5 五个山(绵)羊基因池A的PCR扩增 |
1.2.6 五个山(绵)羊基因池B的PCR扩增 |
1.2.7 RAPD数据统计处理 |
2 试验结果 |
2.1 基因组DNA的抽提、检验 |
2.2 筛选之引物 |
2.3 优化的PCR反应条件 |
2.3.1 Taq酶浓度 |
2.3.2 引物浓度 |
2.3.3 Mg~(2+)浓度 |
2.3.4 模板浓度 |
2.3.5 4dNTP浓度 |
2.3.6 PCR循环数及其他条件 |
2.4 五个山(绵)羊品种间的遗传亲缘关系 |
2.5 五个山(绵)羊品种内公羊和母羊之间的遗传相似系数 |
2.6 各品种间的UPGMA聚类 |
3 讨论 |
3.1 随机引物的多态性 |
3.2 RAPD的可重复性 |
3.3 RAPD对近缘种山羊分析的可靠性 |
小结 |
参考文献 |
第二章 四川9个黑山羊种群的RAPD分析 |
摘要 |
关键词 |
引言 |
1 材料与方法 |
1.1 材料 |
1.1.1 试验动物 |
1.1.2 试剂 |
1.1.3 主要仪器 |
1.2 方法 |
1.2.1 随机引物的挑选 |
1.2.2 对所有样品进行逐一PCR扩增 |
1.2.3 数据分析 |
1.2.3.1 引物的多态性分析 |
1.2.3.2 群体的遗传多样性参数 |
1.2.3.2.1 群体杂合度(Nei’s基因多样度): |
1.2.3.2.2 Shannon多态信息指数 |
1.2.3.2.3 群体基因分化系数 |
1.2.3.4 各群体间的遗传一致性和跗距离 |
1.2.3.4.1 Nei’s遗传相似性指数 |
1.2.3.4.2 Nei’s标准遗传距离 |
1.2.3.5 聚类分析 |
2 结果 |
2.1 各引物序列信息及扩增结果 |
2.2 各群体的杂合度和Shannon多态信息指数 |
2.3 群体基因分化系数 |
2.4 各群体间的遗传一致性和遗传距离 |
2.5 各群体的UPGMA聚类分析结果 |
3 讨论 |
3.1 黑山羊核DNA遗传多样性的高检出率 |
3.2 四川黑山羊整体的低分化 |
3.3 四川黑山羊亲缘关系与地理分布的一致性 |
小结 |
参考文献 |
第三章 黑山羊种群RAPD标记与黑山羊表型性状的相关分析 |
摘要 |
关键词 |
引言 |
1 材料与方法 |
1.1 材料 |
1.1.1 试验动物 |
1.1.2 试剂 |
1.1.3 仪器 |
1.1.4 引物 |
1.2 方法 |
1.2.1 分别对公羊和母羊总DNA进行逐一PCR扩增 |
1.1.2 数据分析 |
1.1.2.1 各性状的表型变异及相关分析 |
1.1.2.2 RAPD标记与性状间的关联分析 |
1.1.2.3 与性状真实关联的分子标记筛选 |
2 结果 |
2.1 各RAPD引物序列及扩增结果 |
2.2 各产区黑山羊间性状差异的方差分析 |
2.3 各性状的表型变异 |
2.4 性状间的表型相关 |
2.5 RAPD标记与性状间的关联分析 |
2.6 与性状真实关联的分子标记筛选结果 |
2.6.1 根据表型相关的显着性进行筛选 |
2.6.2 根据两独立样本间个体表型值的分布进行筛选 |
3 讨论 |
3.1 关于RAPD标记与性状的关联分析 |
3.2 RAPD标记对性状的效应 |
参考文献 |
第四章 四川黑山羊10个微卫星基因座遗传多态性研究 |
摘要 |
关键词 |
引言 |
1 材料与方法 |
1.1 材料 |
1.1.1 试验动物 |
1.1.2 试剂 |
1.1.3 主要仪器 |
1.2 方法 |
1.2.1 微卫星引物的筛选与合成 |
1.2.2 PCR扩增 |
1.2.3 数据分析 |
1.2.3.1 微卫星标记等位基因频率 |
1.2.3.2 多态信息含量(PIC) |
1.2.3.3 群体杂合度(H) |
1.2.3.4 有效等位基因数(Ne) |
1.2.3.5 群体间遗传距离和聚类 |
2 结果与分析 |
2.1 PCR扩增产物及电泳结果 |
2.2 等位基因及其频率 |
2.3 多态信息含量 |
2.4 群体杂合度 |
2.5 有效等位基因数 |
2.6 群体间的遗传距离和聚类 |
3 讨论 |
3.1 四川9个黑山羊种群的遗传多态性 |
3.2 黑山羊品种(群体)的等位基因及其频率 |
3.3 黑山羊品种(群体)聚类 |
小结 |
参考文献 |
第五章 四川各地黑山羊mtDNA分子遗传特征研究 |
摘要 |
关键词 |
引言 |
1 材料和方法 |
1.1 材料 |
1.1.1 试验动物 |
1.1.2 试剂 |
1.1.3 引物 |
1.1.4 主要仪器 |
1.2 方法 |
1.2.1 肝组织中分离线粒体 |
1.2.2 mtDNA的提取 |
1.2.3 mtDNA的纯化与检测 |
1.2.4 目的DNA片断的扩增 |
1.2.5 PCR产物的纯化与正反向测序 |
1.2.6 测序数据的处理 |
1.2.6.1 序列的CLUSTALW对位排列 |
1.2.6.2 分析软件(MEGA2.0)确定多态位点 |
1.2.6.3 分析软件(MEGA2.0)确定核苷酸总变异位点 |
1.2.6.4 分析软件(MEGA2.0)确定简约信息位点 |
1.2.6.5 DnaSP软件计算单倍型多样性 |
1.2.6.6 DnaSP软件计算种群内的核苷酸多样性 |
1.2.6.7 DnaSP软件计算种群间的序列歧异水平 |
1.2.6.8 Network4.1软件构建单倍型网络关系图 |
1.2.6.9 PAUP~*4.0b10构建单倍型邻接树 |
1.2.6.10 Arlequin 2.0进行核苷酸误配分析 |
2 结果 |
2.1 四川黑山羊的mtDNA变异 |
2.1.1 黑山羊mtDNA Dloop序列长度与碱基组成 |
2.1.2 黑山羊mtDNA Dloop序列的核苷酸多态位点变异 |
2.1.3 四川黑山羊mtDNA Dloop环单倍型 |
2.2.四川黑山羊种群mtDNA Dloop遗传结构 |
2.2.1 黑山羊mtDNA Dloop序列长度与碱基组成 |
2.2.2 黑山羊mtDNA Dloop序列的核苷酸多态位点变异 |
2.2.3 黑山羊mtDNA Dloop序列的核苷酸多态位点变异类型 |
2.2.4 黑山羊mtDNA Dloop环单倍型 |
2.3 四川黑山羊D Loop全序列单倍型网络图 |
2.4 系统发育关系树的构建 |
2.5 黑山羊群体扩张事件 |
2.6 30个序列一体碱基图 |
2.7 黑山羊种群内mtDNA Dloop序列的同源性比较 |
2.8 黑山羊同其他山羊mtDNA Dloop序列的聚类比较 |
2 .9 黑山羊同其他山羊品种间mtDNA Dloop序列的聚类 |
3 讨论 |
3.1 冷冻肝脏中mtDNA的抽提效果比较 |
3.2 四川黑山羊种群mtDNA丰富的遗传多样性 |
3.3 黑山羊种群间的遗传分化 |
3.4 mtDNA序列分析同RAPD分析的比较 |
参考文献 |
本学位论文研究结论 |
致谢 |
在校期间发表文章情况 |
四、利用RAPD技术分析绵羊品种间遗传关系(论文参考文献)
- [1]基于简化基因组测序辽宁爪鲵(Onychodactylus zhaoermii)群体遗传学研究[D]. 张秀惠. 沈阳师范大学, 2020(12)
- [2]川渝地区主栽脆李品种的品质及遗传多样性分析[D]. 欧昱岑. 西南大学, 2020(01)
- [3]安徽三个湖羊场种群遗传结构的RAPD分析[D]. 高茜. 安徽农业大学, 2018(02)
- [4]我国绵羊与山羊品种资源的研究进展[J]. 浦亚斌,马月辉,何晓红,付宝玲. 中国牧业通讯, 2008(01)
- [5]藏绵羊DNA分子遗传标记的研究进展[J]. 马志杰,魏雅萍,钟金城,马玉红. 四川动物, 2007(03)
- [6]中国主要地方鸭种线粒体DNA部分序列的遗传多样性及其起源进化研究[D]. 何大乾. 四川农业大学, 2007(02)
- [7]不同品种绵羊杂交后代RAPD的分析[J]. 李天俊,王英超,张坤婷,潘淑英,宋桂敏,王通,李振国,刘炳才,李秀红. 华北农学报, 2007(01)
- [8]中国主要山羊品种RAMP标记多态性的研究[D]. 马巍. 吉林农业大学, 2006(12)
- [9]四川各地黑山羊分子遗传特征研究[D]. 李力. 四川大学, 2006(03)
- [10]现代生物技术在动物育种上的应用[J]. 马发顺. 中国畜禽种业, 2006(02)