一、加强肿瘤生物学标志的研究和评价（论文文献综述）
周雨,孔瑶,陈汝福[1]（2022）在《胰腺癌精准术前评估的现状及挑战》文中研究说明胰腺癌是致死率极高的恶性肿瘤。历经百余年的发展, 胰腺癌的外科治疗技术虽然取得了显着进步, 但对患者的生存改善仍差强人意。随着肿瘤治疗理念的发展、精准医学的兴起, 以外科为中心的多学科团队诊疗模式逐步成为主流, 做好胰腺癌的术前精准评估成为进一步改善患者预后的突破口。本文着重从精准评估的角度, 对胰腺癌的术前诊断与分期、可切除性的综合评估、新辅助治疗策略的选择, 以及新辅助治疗效果评估等方面的进展进行综述, 并探讨其中的不足与挑战, 以期使胰腺癌的术前评估更加精准、全面, 并为将来的研究提供参考。
李勃[2]（2021）在《基于间质微环境的胰腺导管腺癌预后预测模型的建立及其分子机制研究》文中研究指明背景:胰腺导管腺癌（Pancreatic Ductal Adenocarcinoma,PDAC）以恶性程度高、患者预后差着称,其显着特点为间质结缔组织显着增生。近年来,虽然胰腺癌相关研究在多方面取得进展,但患者生存期仍未得到显着延长。丰富的间质可能在PDAC的治疗中发挥重要作用,而目前对间质深层次生物学特性认识的欠缺限制了PDAC诊疗方法的进步。PDAC肿瘤细胞被致密的纤维组织包绕是其重要的组织学特征,所以间质（肿瘤微环境）越来越受到研究者的重视,肿瘤微环境主要成分包括细胞外基质（extracellular matrix,ECM）、免疫细胞、内皮细胞和肿瘤相关成纤维细胞（cancer-associated fibroblast,CAF）,且间质微环境细胞与肿瘤细胞相互作用,决定肿瘤的生物行为,进而影响患者的预后。所以明确肿瘤微环境的生物学特点,对于理解PDAC的生物学行为至关重要。目前肿瘤微环境的病理形态学研究存在诸多不一致、甚至相互矛盾的结论,其原因包括局部病理取材的异质性和评价方法的差异。所以,本中心采用LEEPP（Leeds Pathology Protocol）评价胰腺肿瘤病理,并建立胰腺肿瘤全组织切片数字图像库,利用HE染色的数字化全组织切片图像（digitalized whole-mount slide images,DWMSIs）,可便捷的实现肿瘤细胞和肿瘤间质比例的评价,所以肿瘤间质比（tumor stroma ratio,TSR）可间接反映肿瘤细胞与肿瘤微环境的关系,进而评价TSR预测预后的价值,从而指导个体化精准诊疗。而CAFs作为肿瘤微环境中的主要细胞成分,单细胞转录组测序研究已经明确了CAFs在肿瘤间及肿瘤内的显着异质性,而且CAFs的功能分类亦被广泛接受,即CAFs主要分为myo CAFs和i CAFs,基于单细胞测序的研究提示myo CAFs的代表性标志物为α-SMA、periostin（POSTN）和MMP-11等,i CAFs的代表性标志物为IL-6、CXCL12（SDF-1）和PDGFR-β等,而FAP-α为两类CAFs共同表达的标志物。CAFs的异质性还包块空间分布的差异性,但是目前CAFs亚群的空间分布异质性的研究还处于起步阶段,相关研究成果报道较少。所以本课题试图通过组织芯片评价CAFs亚群空间分布与预后的相关性,然后筛选出可用于预测预后的CAFs空间分布特征。为了深入研究CAFs功能差异的分子机制,本研究证实体外原代培养CAFs的可行性并通过转录组测序分析明确CAFs的功能差异。综上可知,本研究旨在明确肿瘤间质在胰腺癌进展中的作用及作为预测预后的指标的价值;在此基础上,进一步明确CAFs亚群空间分布差异在胰腺癌进展中所发挥的作用;进一步利用体外原代培养CAFs明确CAFs亚群功能差异的分子机制。第一部分基于数字病理大切片技术的PDAC全景肿瘤间质研究体系的建立及其与预后相关性的研究目的 首先,建立胰腺肿瘤全组织切片数字图像库,明确TSR与PDAC术后病理特征及预后的相关性;其次,明确术后全组织大切片与局部组织小切片评价TSR的相关性;最后,明确人工智能图像识别技术与病理医生评价病理大切片TSR结果的一致性。方法1.调阅2016年1月-2019年6月在海军军医大学附属长海医院行胰腺切除术且术后病理诊断为胰腺导管腺癌的440例患者临床病理资料及HE染色肿瘤组织玻片,并将全组织病理切片扫描成数字图像并建库。并定义肿瘤核心区、移行区和外周区。两名高年资病理医生评价肿瘤间质比,同时利用计算机辅助技术评估TSR,其中TSR≤1定义为stromahigh,TSR>1定义为stromalow.2.利用临床科研数据库回顾性采集临床病理数据。3.使用软件SPSS 25.0进行统计分析,使用Cohen kappa coefficient（κ）评估不同方法评价TSR分类的一致性。以双侧P<0.05为具有统计学显着性差异。结果1.成功建立国内首个高流量中心胰腺肿瘤全组织切片数字图像库。本研究共纳入400例,其中训练集207例,验证集193例,两队列临床基线数据分布无统计学差异。2.二元logistics回归分析中发现训练集中肿瘤内坏死（OR=3.53,95%CI 1.953-6.379,P<0.001）和R1（OR=2.281,95%CI 1.219-4.265,P<0.001）是stromalow的独立相关因素。在验证集中亦得到验证:肿瘤内坏死（OR=3.890,95%CI 2.097-7.217,P<0.001）和R1（OR=2.034,95%CI 1.059-3.910,P=0.033）与stromalow独立相关。3.COX多因素分析发现,在训练集中TNM分期（II vs.I:HR,2.584;95%CI,1.386-4.819;P=0.003;III vs.I:HR,4.384;95%CI,2.285-8.411;P<0.001）,间质成分(Stroma Lowvs.Stroma high:HR,1.876;95%CI,1.227-2.870;P=0.004),肿瘤分化程度（G3 vs.G1/2:HR,2.124;95%CI,1.419–3.179;P<0.001）,和周围神经侵犯（有vs.无:HR,2.147;95%CI,1.187-3.883;P=0.011）是预后的独立危险因素,在验证集中上述危险因素亦成功验证。在不同的TNM分期中,Stroma Low同样提示预后不良（P<0.05）。4.在本部分研究的41例患者中,局部核心组织与全组织TSR评分的kappa值为0.854（95%CI,0.699-1.000）,局部移行区组织与全组织TSR评分的kappa值为0.951（95%CI,0.849-1.000）,局部外周区组织与全组织TSR评分的kappa值为0.606（95%CI,0.361-0.806）,提示局部核心组织和局部移行组织评分与全组织评分一致性较高。5.41例患者中,病理医生与计算机辅助TSR评估结果的kappa值为0.804（95%CI,0.573-0.951）。结论1.通过使用全组织病理大切片评价胰腺导管腺癌的肿瘤间质比（TSR）,并分析了临床病理特征与TSR分类的相关性,进一步明确了TSR分类在预测PDAC预后中的价值及其临床应用前景。2.分析了肿瘤内不同区域间质含量的差异,并明确了具有TSR整体评分代表性的局部区域。3.探索了计算机辅助识别肿瘤内间质成分比例的效能,但有待进一步扩大样本量的验证。第二部分基于肿瘤相关成纤维细胞标志物的胰腺癌预后预测模型的建立目的 在目前PDAC分期系统的基础上结合筛选出的CAFs相关预后预测指标,建立PDAC预后预测模型,指导临床精准诊疗。方法1.调阅2016年1月-2017年12月在海军军医大学附属长海医院行胰腺切除术且术后病理诊断为胰腺导管腺癌（PDAC）的380例患者临床病理资料及肿瘤组织蜡块。2.制备组织芯片和小切片,定义癌旁间质（juxtatumoral stroma,s-jux）、外周间质（peripheral stroma,s-per）和正常胰腺内间质（septal stroma,s-sep）。3.免疫组化染色评价CK-19、FAP-α、SPARC、α-SMA、POSTN、IL-6、SDF-1和PDGFR-β,免疫荧光染色验证SMA-α在肿瘤组织内的空间分布。4.使用统计软件SPSS 25.0进行统计分析,使用R 3.5构建列线图。结果1.通过对13例胰腺癌小切片的组化染色分析,发现CAFs标志物FAP-α、PARC、α-SMA、POSTN、MMP-11、IL-6、SDF-1和PDGFR-β在间质s-jux、s-per和s-sep内的表达具有差异。2.TMA研究:训练集纳入190例,验证集纳入79例。训练集研究发现癌旁间质α-SMA表达强度较外周显着增高,且二者相关系数较低（0.648）,提示两区域α-SMA表达差异大。α-SMA在癌旁间质（s-jux）表达强度中度以上且外周间质（s-per）低表达或未表达的患者预后好（Others vs.s-jux≥2且s-per<2;HR=2.873,95%CI 1.768-4.669,P<0.001）;癌旁间质α-SMA表达强度较SDF-1表达强度高提示预后较好（α-SMA≤SDF-1 vs.α-SMA>SDF-1;HR=1.809,95%CI 1.198-2.731,P=0.0042）。进一步分析,α-SMA表达强度在s-jux≥2且s-per<2 s-per的患者淋巴结转移率显着降低（P=0.022）;而在s-juxα-SMA表达强度>SDF-1的患者淋巴结转移概率显着降低（P=0.042）。3.多因素COX回归模型提示TNM分期（II vs.I:HR,2.112;95%CI,1.270-3.514;P=0.004;III vs.I:HR,3.990;95%CI,2.256-7.054;P<0.001）,α-SMA表达强度（Others vs.s-jux≥2&s-per<2:HR,2.819;95%CI,1.733-4.587;P<0.001）和肿瘤分化程度（G3 vs.G1/2:HR,1.582;95%CI,1.024–2.442;P=0.039）是与预后相关的独立危险因素。4.利用训练集COX多因素分析中与预后相关的独立危险因素,建立预测术后生存期的列线图,其AUC为0.742;验证集AUC为0.765.并且建立动态列线图https://jamesyin.shinyapps.io/Dyn Nomapp/。结论1.CAFs标志物在间质区域具有空间分布差异表达的特性。2.α-SMA在癌旁间质和外周间质区域的差异表达特征可有效对术后患者的预后进行分层。3.包含CAFs标志物特征的预测PDAC术后生存期的列线图有助于促进精准诊疗的发展。第三部分利用原代培养CAFs转录组测序探索肿瘤相关成纤维细胞分子功能差异的研究目的 探索离体原代培养CAFs的分子功能分型。方法1.利用手术切除胰腺癌和正常胰腺组织样本进行原代培养CAFs或PSCs培养。2.利用细胞爬片组化染色明确肿瘤间CAFs的功能分型。3.使用原代CAFs转录组测序结果明确基于爬片组化染色的CAFs分型的分子表达差异。结果1.原代CAFs培养成功率为70%,正常胰腺PSCs培养成功率为50%。2.基于myo CAFs和i CAFs标志物的细胞爬片组化染色研究,CAFs分型为CAF-Ⅰ和CAF-Ⅱ;PSCs定义为CAF-Ⅲ。3.CAFs转录组测序结果提示CAF-Ⅱ生物学特性稳定,且CAF-Ⅰ和CAF-Ⅱ具有显着的基因表达差异。进一步分析CAF-Ⅱ富集表达上调的信号通路主要调节中性粒细胞迁移及淋巴细胞的分化等,而CAF-Ⅰ富集表达上调的信号通路主要与肌细胞的收缩和发育有关。结论原代培养CAFs功能稳定且可分为基因表达差异显着的两型,可用于CAFs异质性的体外研究。
李志冉[3]（2021）在《长链非编码RNA SNHG12在多种肿瘤中预后价值的循证医学研究》文中研究表明目的:肿瘤是威胁人类健康的一个主要的公共卫生问题,识别早期诊断或预后相关的特异性和敏感性标志物对改善肿瘤患者的生存状况以及寻找潜在的药物治疗靶点至关重要。近来大量研究表明,长链非编码RNA（lncRNA）小核仁RNA宿主基因12（SNHG12）在多种肿瘤中过表达,且表现出促癌活性。此外,SNHG12高表达被认为是肿瘤患者预后不良的危险因素。然而,关于SNHG12在肿瘤中预后价值的研究结果仍有争议。因此,本论文拟以Meta分析和生物信息学技术等循证医学手段,探究SNHG12在肿瘤患者中的表达水平及临床意义。方法:（1）以“SNHG12”和“肿瘤”为检索词,检索英文数据库Pub Med、EMBASE、Cochrane Library和中文数据库知网、万方、维普,全面查找SNHG12表达与肿瘤相关的研究,检索时间截至2021年1月23日。所有数据均采用STATA 12.0软件进行统计分析。计算合并风险比（HRs）及其95%可信区间（CIs）评估SNHG12表达与肿瘤预后的关系,用合并比值比（ORs）及其95%CIs评估SNHG12表达与肿瘤患者的临床病理特征的相关性。（2）使用基因表达谱数据动态分析数据库（GEPIA,http://gepia.pku.cn/index.html）进行生物信息学分析,验证SNHG12在不同类型肿瘤中的表达水平以及其与预后的关系,并进行SNHG12与关键基因表达水平的相关性分析。结果:（1）本荟萃分析共纳入23项相关研究,涉及1389名肿瘤患者。结果表明,SNHG12表达升高与多种类型肿瘤中较差的总生存期（OS）（HR=1.81;95%CI:1.53-2.13;P<0.001）和无病生存期（DFS）（HR=1.40;95%CI:1.12-1.76;P=0.004）显着相关。此外,肿瘤患者中SNHG12的过表达预示了较差的临床病理特征,包括临床分期高（OR=0.35;95%CI:0.21-0.59;P<0.001）,肿瘤尺寸大（OR=0.33;95%CI:0.18-0.59;P<0.001）,肿瘤分化差（OR=0.41;95%CI:0.25-0.69;P=0.001）,淋巴结转移（LNM）（OR=0.26;95%CI:0.19-0.37;P<0.001）和远处转移（OR=0.43;95%CI:0.22-0.84;P=0.014）。（2）生物信息学分析发现SNHG12在多种肿瘤中表达水平升高且与较差的OS和DFS相关。此外,相关性分析显示SNHG12的表达水平分别与MDM4和CCNE1呈正相关。生物信息学分析的结果进一步加强了Meta分析的结论。结论:lncRNA SNHG12高表达与较差的生存期和临床病理特征显着相关,SNHG12有望成为具有较好应用前景的肿瘤诊断/预后生物标志物以及潜在的治疗靶点。
王璐[4]（2021）在《基于机器学习整合多维组学数据指导食管癌精准放疗的应用基础研究》文中认为第一章外泌体lncRNAENST00000462352介导食管癌放疗抵抗及其联合组学数据构建放疗新型疗效预测模型第一节外泌体lncRNAENST00000462352在食管癌放疗抵抗能力传递中的作用及机制食管癌为发病第七、死亡第六的消化系统常见罹患癌种。放疗在食管癌综合治疗策略中扮演重要角色,由于肿瘤放疗抵抗生物学特性的存在,致使局部未控和区域复发成为治疗失败的主要原因,严重危害患者疗效和预后。因此,有效逆转放疗抗拒表型是当前食管癌临床实践中的一大挑战。长链非编码RNA（long non-coding RNA,lncRNA）是由200个以上核苷酸构成,无编码蛋白功能的RNA。LncRNA以其序列或结构多样性与DNA、RNA或蛋白质相互作用,在不同生物学层面调节基因的表达,进而影响肿瘤细胞增殖、侵袭及转移等生物学特性。最新证据揭示了它在肿瘤放疗抵抗中的重要调控潜力,发现多种与食管癌放疗抵抗密切相关lncRNAs,如lncRNADNM3OS,FAM201A,POU5F1B,TUG1等,并对其诱导放疗抗拒潜在机制进行了初步研究。然而,更多新型lncRNAs分子尚待探讨,以进一步有效发掘诊疗预测标志物,透彻阐明食管癌放疗抵抗关键治疗靶点和信号通路机制。外泌体是一类具有脂质双层膜结构、直径介于30-200nm、来源于活细胞的微小囊泡。它携带并转运蛋白质、脂类、RNA及DNA等物质,参与细胞间信息交流,涉及诸多肿瘤进展过程。更值得关注的是,外泌体在诱发肿瘤放疗抵抗中也具有重要功能。越来越多证据支持,外泌体作为信号物质载体能够富集lncRNAs,在细胞间辐射耐受能力传递中发挥关键调控作用。然而,鲜有研究对外泌体来源lncRNAs在食管癌放疗抵抗中的作用及机制展开探讨。目的:首先,筛选并鉴定食管癌放疗抵抗相关外泌体lncRNAs;其次,论证候选lncRNA对食管癌放疗抵抗调控功能;此外,进一步证实外泌体来源候选lncRNA在食管癌辐射耐受能力传递中的关键作用;最后,初步阐明候选lncRNA参与调控食管癌放疗抵抗潜在机制。总之,本研究旨在发掘有效预测食管癌放疗反应新型标志物,阐明逆转放疗抵抗的关键治疗靶点及潜在机制。方法:1.食管癌放疗抵抗相关外泌体lncRNAs筛选与验证:前瞻性收集食管癌患者放疗前血浆,以疗效结局为依据,完全缓解（complete response,CR）及部分缓解（partial response,PR）定义为放疗敏感,而病灶稳定（stable disease,SD）及进展（progressive disease,PD）定义为放疗抵抗。随机各选取5例放疗抵抗及敏感患者血浆,外泌体经由超速离心法分离,而后用透射电镜、粒径分析及western blot进行鉴定。送检血浆外泌体样本进行转录组测序。通过生物信息学筛选与放疗抵抗潜在相关lncRNAs,使用实时荧光定量PCR（quantitative real-time PCR,qRT-PCR）验证。应用曲线下面积（area under curve,AUC）评估候选lncRNA（ENST00000462352）在放疗疗效预测中价值。2.LncRNA ENST00000462352促进食管癌放疗抵抗性:构建放疗抵抗细胞KYSE-30R/150R,通过克隆形成实验、CCK-8活性实验、流式细胞周期及凋亡实验对放疗抗性进行成功验证。构建过表达或干扰lncRNA ENST00000462352及阴性对照慢病毒载体,稳定转染细胞KYSE-30/R、KYSE-150/R且感染效果经PCR充分验证。基于克隆形成实验、CCK-8活性实验、流式细胞周期及凋亡实验在体外水平观察lncRNA ENST00000462352对肿瘤放疗抵抗影响。此外,使用干扰lncRNA ENST00000462352及阴性对照的稳转且抗性良好细胞KYSE-30R/150R,构建裸鼠皮下异种移植瘤模型。给予肿瘤局部放疗后,记录生长体积及重量,从而在体内水平明确lncRNA ENST00000462352对肿瘤放疗抵抗作用。3.外泌体转移lncRNA ENST00000462352介导食管癌辐射耐受能力传递:通过FISH探针、RNA核质分离以及PCR确定胞内外lncRNA ENST0000462352存在情况。使用PKH67染料标记放疗抵抗细胞KYSE-30R/150R外泌体,将其与放疗敏感细胞KYSE-30/150共培养,观察受体细胞摄入外泌体情况,并用PCR测定胞质内lncRNAENST00000462352表达水平。分别将放疗抵抗或敏感细胞外泌体与放疗敏感细胞共培养,借助克隆形成实验、CCK-8活性实验、流式细胞周期及凋亡实验,观察不同干预下受体细胞辐射耐受能力,使用外泌体抑制剂GW4869对以上干预效果验证。构建放疗敏感细胞KYSE-30、KYSE-150裸鼠皮下异种移植瘤模型,分别给予放疗抵抗或敏感细胞KYSE-30/30R、KYSE-150/150R外泌体干预。X线照射后,观察肿瘤生长体积及重量。4.LncRNAENST00000462352 通过 miR-424-5p 靶向调控 CyclinD1/E1-pRb-E2F1信号通路影响食管癌放疗抵抗性的初步机制:基于生物信息学算法预测lncRNA ENST00000462352可能与miRNA-424-5p结合,并应用双荧光素酶报告确认。通过Targetscan等数据库以及既往文献报道,miRNA-424-5p靶向作用于下游蛋白CyclinD1/E1,并调控CyclinD1/E1-pRb-E2F1 信号通路。采用 PCR 及 western blot 对 lncRNA ENST00000462352、miRNA-424-5p、CyclinD1/E1、pRb、E2F1 之间关系进行验证。结果:1.通过透射电镜、粒径分析及特征性蛋白CD63、CD81表达检测成功对分离的血浆外泌体进行鉴定。基于测序结果,选取其中前10位与放疗抵抗密切相关 lncRNAs,即:ENST00000462352、ENST00000469143、ENST00000470017、ENST00000480354、ENST00000531702、ENST00000606993、ENST00000602436、ENST00000609090、ENST00000624324、ENST00000624705 进行验证。结果表明,相较于其他lncRNAs,lncRNAENST00000462352在放疗抵抗及敏感者之间差异最显着,抵抗者血浆外泌体ENST00000462352表达水平明显高于敏感者（P=0.001）。此外,lncRNA ENST00000462352 预测放疗疗效 AUC 达到了 0.729（95%CI 0.618-0.840）。总之,lncRNAENST00000462352 与食管癌放疗抗拒密切相关,确定为后续研究对象。2.在过表达或干扰lncRNA ENST00000462352及阴性对照的稳转细胞KYSE-30/R及KYSE-150/R中,总结克隆形成实验、CCK-8活性实验、流式细胞周期及凋亡实验,结果表明:经X线照射后,相比于对照组,过表达lncRNA ENST00000462352组克隆形成能力增强,细胞活性提高,凋亡比例降低,以及S期细胞增多,而G0/G1期细胞减少（P<0.05）,具有明显放疗抵抗表型;而干扰lncRNA ENST00000462352组,则显着减弱放疗抗性,观察到与上述相反结果。此外,动物实验揭示:与对照组相比,干扰lncRNA ENST00000462352组明显减弱放疗抗性而提高放疗敏感性,致使肿瘤于放疗后增殖明显变慢,体积（P=0.009）及重量（P=0.004）显着降低。3.FISH探针及RNA核质分离实验明确了 lncRNA ENST00000462352主要高表达于胞质内。应用PCR测定细胞上清、上清外泌体以及去除外泌体上清lncRNA ENST00000462352表达水平,结果表明:外泌体是胞外lncRNA ENST00000462352主要存在形式。另外,放疗抵抗细胞外泌体lncRNA ENST00000462352表达水平显着高于放疗敏感细胞。4.放疗抵抗细胞KYSE-30R/150R外泌体经与放疗敏感细胞KYSE-30/150共培养后,可以有效被受体细胞摄入,并致使其胞质内lncRNAENST00000462352表达量明显升高（P<0.05）。5.分别将放疗抵抗及敏感细胞外泌体与放疗敏感细胞共培养,基于克隆形成实验、CCK-8活性实验、流式细胞周期及凋亡实验,发现:相较对照组,接受抵抗细胞外泌体的受体细胞放疗抗拒能力明显提高,表现为:接受放疗后,克隆形成能力提高,活性增强,凋亡比例减少,以及S期细胞比例增多,而G0/G1、G2/M期细胞比例减少（P<0.05）。应用外泌体抑制剂GW4869阻滞放疗抵抗细胞外泌体后,则有效逆转了受体细胞放疗抗性,上述干预效果消失。动物实验结果表明:X线照射后,与放疗敏感细胞外泌体干预组相比,经放疗抵抗细胞外泌体处理组,有效提高了受体细胞放疗抗性,致使肿瘤增殖加快,体积（P=0.031）及重量（P=0.001）显着提高。6.双荧光素酶报告证实了 lncRNA ENST00000462352 与 miRNA-424-5p 之间相互作用。PCR及western blot结果一致表明:在KYSE-30/R细胞中,相较于对照,过表达lncRNA ENST00000462352会降低miRNA-424-5p表达水平,而升高 CyclinD1、CyclinE1、pRb、E2F1 表达水平。干扰 lncRNA ENST00000462352 会升高 miRNA-424-5p 表达水平,而降低 CyclinD1、CyclinE1、pRb、E2F1表达水平。此外,相较于未照射细胞,接受放疗的细胞miR-424-5p均会不同程度升高,而CyclinD1、CyclinE1、pRb、E2F1表达水平则不同程度降低。结论:首次阐明lncRNA ENST00000462352是食管癌放疗疗效新型预测标志物,并证实其在食管癌放疗抵抗中的作用;创新性揭示外泌体转移lncRNA ENST00000462352参与调控食管癌辐射耐受能力传递;初步探讨了 lncRNA ENST00000462352通过miR-424-5p靶向调控细胞周期信号通路CyclinD1/E1-pRb-E2F1,进而影响食管癌放疗抵抗的潜在分子机制。总之,本研究结果表明靶向外泌体、lncRNAENST0000046232 及 CyclinD1/E1-pRb-E2F1 信号通路的治疗或与放疗联合可能能够有效克服食管癌放疗抵抗性。第二节外泌体lncRNAENST00000462352联合多维组学数据构建食管癌放疗新型疗效预测模型在第一节中,我们证实了外泌体lncRNA ENST00000462352在食管癌放疗疗效预测中的价值,但客观来讲,其评估效能有限,更多兼具高灵敏度及特异度的新型标志物尚待发掘。肿瘤内在生物学特性,如增殖、坏死、出血和低氧等微观表型是影响放疗效果的重要因素。最新证据表明,影像组学分析技术能够将传统医学图像处理为一组高维、定量特征,从而客观、准确量化上述表型,有望成为预测肿瘤疗效的新型标志物。然而,关于计算机断层扫描（computed tomography,CT）影像组学评估食管癌放疗效果的研究极其有限,预测价值仍待考量。此外,食管癌发生、发展具有复杂性以及异质性,考虑与肿瘤生物学特性相关的多维信息之间密切联系、互为补充,将其整合应用或许能够极大提高对疗效评估效能,但仍需展开深入探索。目的:一方面,本研究拟证实CT影像组学在食管癌放疗效果预测中的价值;另一方面,基于前期研究,将与放疗疗效显着相关的影像组学特征、外泌体lncRNA ENST00000462352及其他临床数据进行有效整合,创新性开发多维组学数据放疗效果评价模型,有效提高疗效预测效价,进而指导临床医生对异质性食管癌患者制定个体化治疗策略。方法:前瞻性入组86例就诊于我院接受放疗的食管癌患者,在治疗前诊断性胸部强化CT上勾画食管原发肿瘤病灶作为感兴趣区域（region ofinterest,ROI）,并提取影像组学特征。为了减少操作者偏倚,先后进行两次勾画,间隔时间为2个月。使用组内相关系数（inter-observer reliability,ICC）比较两次获取特征稳定性,选择ICC>0.8特征用于后续研究。通过最小绝对收缩和选择算子（least absolute shrinkage and selection operator,LASSO）算法挑选出与放疗反应潜在联系的影像组学特征,用以形成影像组学标签。应用AUC评估影像组学标签对放疗疗效预测效能。使用单因素及多因素logistic方法预判候选因素与放疗疗效的潜在联系。基于选择出的与放疗效果密切相关参数构建logistic逻辑分类器,并应用AUC评估模型预测性能。结果:总共提取了 850个CT影像组学特征,筛选得到7个与放疗疗效密切相关参数,即:originalshapeMaximum2DDiameterColumn、originalglrlmShortRunLowGrayLevelEmphasis、waveletLHHglcmImc1、waveletHLHgldmLargeDependenceHighGrayLevelEmphasis、waveletHLHgldmSmall DependenceLowGrayLevelEmphasis、waveletHLHfirstorderTotalEnergy、waveletLLLfirstorderSkewness。使用上述指标拟合开发了评价放疗效果的影像组学标签,AUC达到了 0.807（95%CI 0.710-0.904）。单因素logistic结果表明:影像组学标签、外泌体lncRNAENST00000462352、肿瘤分化程度、长度、TNM分期、血淋比、粒淋比和淋单比是放疗反应潜在预测标志物。多因素logistic结果发现:病灶长度（P=0.008,OR 0.129,95%CI 0.028-0.589）、外泌体 lncRNA ENST00000462352（P=0.047,OR 0.246,95%CI 0.061-0.981）及影像组学标签（P<0.001,OR 36.397,95%CI 4.935-268.428）是放疗疗效独立预测因子。综合分析单因素及多因素结果后,选取最优指标进行拟合,开发了 4种疗效预测logistic分类器,即:传统临床模型（肿瘤长度、TNM分期联合）、lncRNAENST00000462352模型（外泌体lncRNAENST00000462352、肿瘤长度、粒淋比联合）、影像组学模型（影像组学标签、肿瘤长度联合）以及多维组学数据模型（影像组学标签、肿瘤长度、外泌体 lncRNAENST00000462352 联合）,AUC 分别为0.726（95%CI 0.617-0.836）、0.847（95%CI 0.758-0.937）、0.880（95%CI 0.804-0.956）、0.894（95%CI 0.827-0.960）。相比于其他3种模型,将不同层面肿瘤信息充分整合开发的新型多维组学数据logistic分类器疗效评估能力最强,最有临床实用价值。结论:开发并证实CT影像组学标签是预测放疗疗效强有力的新型影像标志物。首次创新性整合影像组学标签、外泌体lncRNAENST00000462352、肿瘤长度、TNM分期以及粒淋比构建了智能个体化预测放疗反应logistic分类器。这些模型是早期识别食管癌放疗反应的精准、便捷工具,为有效改善疗效欠佳的临床治疗瓶颈提供重要技术支持。第二章 应用机器学习开发多维信息Nomogram模型和风险分类系统预测食管癌放化疗生存无法予以手术的局部中晚期食管癌,根治性同步放化疗是首选的干预措施,但约一半患者出现局部肿瘤未控和复发,总体生存差强人意。尽早辨别复发或死亡高风险患者,对其采取积极干预措施或许能够获益。目前,TNM分期系统是评估肿瘤预后最常用方法。然而,仅仅依靠传统、单一的TNM分期策略评判预后存在片面性,也忽略了个体异质性,积极发掘新型多维预后标志物具有广阔研究前景。近年,影像组学在食管癌诊疗中的作用备受关注,为探寻预后标志物提供了强大技术支持,但尚需对其转化应用价值充分论证。此外,考虑食管癌复杂生物学特质及异质性,有效集成多维信息,能够提高预后评估潜能。目的:本研究首先针对放疗期间动态变化CT影像组学特征在食管癌预后监测中的意义展开探讨,发掘高效预测生存的创新性影像标志物。其次,将与预后显着相关影像组学特征、临床病理参数及血液指标进行整合,构建多维信息集成Nomogram预后模型以及风险分类系统,旨在个体化、精准化预测生存以及有效区分不同预后风险人群,进而为改善生存提供针对性诊疗策略。方法:从两个医疗机构共计入组298例食管癌患者,分为训练组（n=168）和验证组（n=130）。以食管原发肿瘤病灶作为ROIs,从放疗定位及复位CT图像中提取了 850个影像组学特征,进一步评估了这组特征的动态变化。为了有效减少偏倚,在完成初始勾画后间隔2个月,随机选取30例患者再次勾画。基于两次勾画结果计算ICC,将ICC>0.8的稳健特征用于后续分析。使用LASSO算法,筛选与总生存期（overall survival,OS）和无进展生存期（progression-free survival,PFS）密切联系增量影像组学特征（delta radiomics feature,ΔRF）,并用来构建OS、PFS相关影像组学标签。通过单因素及多因素Cox回归分析,明确OS、PFS潜在高危因素。基于多因素结果,将影像组学标签、临床病理特征和血液参数有效整合用于开发多维信息OS及PFS Nomogram模型。在训练组和验证组中,通过一致性指数（concordanceindex,C index）、校准曲线和决策曲线分析（decision curve analysis,DCA）评估模型临床应用价值。使用净重新分类指数（net reclassification index,NRI）比较Nomogram模型及传统临床模型预后监测效能。通过递归分割分析（recursive partition analysis,RPA）算法开发风险分类系统。应用Kaplan-Meier生存曲线观测系统区分不同预后风险患者潜力。结果:筛选出8个与OS密切相关△RF,7个与PFS紧密联系ΔRF,并用来构建OS、PFS相关影像组学标签。我们发现:在训练组中,OS较长者的影像组学标签明显高于较短者（为0.29±0.34vs-0.17±0.36,P<0.001）。类似的,较长PFS者的影像组学标签也显着高于较短者（0.28±0.35 vs-0.07±0.26,P<0.001）,上述结果在验证组中进一步被证实。总之,研究结论揭示影像组学标签与OS、PFS具有潜在相关性。多因素Cox回归结果表明:分化程度、病变长度、TNM分期、治疗前后系统性免疫炎症指数变化率、影像组学标签是OS、PFS（P<0.05）独立预测因子。应用机器学习整合上述因素构建了 OS及PFS Nomogram预测模型。在训练组中,该模型区分OS、PFS的C指数分别为0.951（95%CI0.922-0.981）、0.902（0.857-0.947）,而在验证组中,C 指数分别为 0.917（95%CI 0.866-0.968）、0.922（0.873-0.972）,证实了卓越辨识能力。校准曲线和DCA论证了Nomogram模型临床可行性和实用性。NRI证明了 Nomogram模型在预测OS、PFS方面均优于传统临床模型（NRI>0）。此外,Kaplan-Meier生存分析显示出风险分类系统能够有效划分不同预后状况人群（P<0.001）。结论:基于放疗期间动态变化ΔRF开发的影像组学标签是OS、PFS新型定量影像标志物。应用机器学习首次将影像组学标签、临床病理特征及血液指标整合,构建了精准个体化OS、PFSNomogram模型以及高效区分不同预后亚组的风险分类系统,为临床医生合理制定诊疗策略提供技术支持和理论依据。第三章 基于多模态组学数据构建智能Nomogram模型和风险分类系统预测食管癌放射性肺炎放射性肺炎（radiationpneumonitis,RP）是胸部放疗过程中应予以充分重视的剂量限制性毒性事件,它不仅会有损患者的治疗效果,而且大幅降低生活质量,甚至危害生命。既往研究揭示肺部剂量学参数和宿主特定临床因素是诱发RP高危因素,但仍存在争议,尚需开发新型标志物对其有效监测。目前,临床实践中对RP评估标准仍是定性且主观的,采用客观定量手段来识别RP具有重要临床价值和必要性。近年,影像组学的发展为量化评估RP带来了曙光。更重要的是,将不同维度多模态数据整合分析,是提高RP预测效能最有前景方法。目的:在本研究中,我们旨在评估CT动态影像组学参数表征放疗诱发肺部损伤的能力,观察多维影像信息集成的组学标签是否为监测严重急性放射性肺炎（severe acute radiation pneumonitis,SARP）新型定量图像标志物。另外,整合与SARP潜在相关多模态数据,即影像组学标签、临床病理因素、血液指标和剂量参数构建Nomogram模型及风险分类系统。基于这些简便且易操作的智能化工具,旨在个体化预测SARP发生,精准区分不同风险人群,进而针对异质性患者制定最合适的干预措施和随诊策略。方法:从两个独立医疗机构招募了 400名食管癌患者,分为训练组（n=200）和验证组（n=200）。从放疗定位及复位CT图像中分别提取了 850个肺部影像组学特征,并观察放疗期间这组特征的相对改变。随机选择40例患者在初始勾画后间隔2个月再次勾画并提取影像组学特征。应用这40例患者前后两次影像组学数据集计算ICC,获取ICC>0.8的稳健特征,用于后续分析。使用LASSO算法筛选预测SARP最具潜力ΔRF,并构建影像组学标签。基于多因素分析,将与SARP密切相关的多模态数据,即:影像组学标签、临床病理特征、血液指标和剂量参数联合,开发Nomogram预测模型。在训练组和验证组中,通过C指数,校准曲线和DCA分别进行内部和外部验证,用于评估该模型预测效能和实用价值。应用RPA算法生成SARP风险分类系统。结果:筛选得到24个ΔRF与SARP显着相关,进而用以开发出影像组学标签。无论在训练组还是验证组中,SARP患者影像组学标签均明显高于未发生SARP患者（0.02±1.06 vs-2.10±1.06,P<0.001;-0.34±1.02 vs-2.17±1.23,P<0.001）,充分揭示出影像组学标签辨识SARP的高效性能。多因素回归明确了,影像组学标签（OR 196.366;95%CI29.934-1288.165;P<0.001）、主观综合性营养评估（Subjective Global Assessment score,SGA;OR 11.107;95%CI 1.928-63.998;P=0.007;OR 30.869;95%CI 4.087-233.139,P=0.001）、肺纤维化（pulmonary fibrosis score,PFS;OR6.921;95%CI 1.358-35.273;P=0.020）、肺部平均剂量（mean lung dose,MLD;OR 9.383;95%CI 2.176-40.463;P=0.003）和放疗期间系统性免疫炎症指数 4 周变化率（the change ratio of systemic immune inflammation index at4 weeks during RT,Δ4w SⅡ;OR 16.437;95%CI 2.551-105.901;P=0.003）是SARP独立预测因素。基于多因素结果,整合多模态数据开发了预测SARP智能Nomogram模型。在训练组和验证组中,该模型C指数分别为0.975（95%CI 0.953-0.996）和 0.921（95%CI 0.876-0.966）,完美展现了 SARP 辨识能力,而校准曲线和DCA则证实临床可行性和实用性。此外,风险分类系统在SARP不同亚群分层方面也具有卓越性能（P<0.001）。结论:首次证实CT影像组学标签是预测SARP新型非侵入性图像标志物。整合影像组学标签、临床病理特征、血液指标及剂量参数创新性构建多模态智能Nomogram模型及风险分类系统,旨在个体化、精准化预测SARP发生及有效区分不同风险等级人群,进而指导临床决策和提供咨询服务。
何斐[5]（2021）在《口腔鳞状细胞癌PDX模型的建立和鉴定及HDST药敏检测技术在口腔鳞状细胞癌PDX模型上的应用》文中提出目的:1.构建和鉴定口腔鳞状细胞癌异种移植模型（patient-derived xenograft,PDX）。2.在PDX模型上对比HDST药筛方案与NCCN指南推荐的PF化疗方案用于口腔鳞状细胞癌的疗效,明确HDST技术所推荐化疗方案疗效是否优于PF化疗方案。方法:将手术切除后的口腔鳞状细胞癌组织经特殊处理后,利用接种针移植技术接种于免疫缺陷小鼠皮下,构建出口腔鳞状细胞癌PDX模型并接种传代,P1-P3代用于存种、鉴定。通过HE染色及免疫组化两种方式来鉴定PDX模型的肿瘤组织与原始患者肿瘤组织的组织形态学的一致性及分子表型的相似性。然后用P4-P6代肿瘤模型组织接种至免疫缺陷小鼠皮下,待瘤体体积生长至100-200mm3区间时,进行药物干预实验。使用HDST药筛方案筛选出每个PDX模型最敏感的两种化疗药物组成HDST化疗方案,并与NCCN指南推荐的PF化疗方案分别作用于PDX模型,通过定期测定给药后肿瘤长（L）、宽（W）,并根据公式计算出瘤体体积,比较各组肿瘤生长差异,从而对比两种方案之间的疗效差异。结果:P4代的口腔鳞状细胞癌PDX模型肿瘤组织的HE染色及免疫组化结果显示PDX模型肿瘤组织的病理学特征和分子表型特点与原始肿瘤组织基本一致。在进行药物干预实验后,三组进行比较,PF化疗方案组及HDST化疗方案组的肿瘤体积较对照组均有缩小,且HDST化疗方案组的肿瘤体积小于PF化疗方案组,且两组计量资料之间存在显着性差异（P<0.05）。结论:本实验成功构建出了口腔鳞状细胞癌异种移植模型（PDX模型）,保留了患者肿瘤组织的临床病理特性,且可以进行稳定传代。建立的口腔鳞状细胞癌PDX模型对口腔鳞癌的临床研究、患者的个性化治疗以及抗肿瘤新药物的研发有重大意义。在口腔鳞状细胞癌PDX模型中,PF化疗方案的肿瘤体积增长速度大于HDST化疗方案并且形态学特征上也更具侵袭性,说明HDST药敏检测技术给出的化疗方案优于NCCN指南中的PF化疗方案。
史昱[6]（2020）在《科研不端行为的联合调查与处理——《肿瘤生物学》撤稿事件的启示》文中进行了进一步梳理《肿瘤生物学》于2017年4月集中撤销了107篇中国作者论文,这一事件可被认为是中国科研不端行为历史上的一起"黑天鹅"事件,开启了我国首次跨部门、跨机构、跨区域的科研不端案件联合查处行动。本文分析了集中撤稿事件发生前的"灰犀牛式危机",回顾总结了在该事件调查处理中可以推而广之的经验,在案例分析的基础上,提出了建立标本兼治的科研不端治理长效机制。
李慧[7]（2020）在《胃肠道印戒细胞癌和黏液腺癌临床病理特征及预后的比较研究》文中认为背景和目的:印戒细胞癌（Signet Ring Cell Carcinoma,SRC）是一种病理类型少见的腺癌,可发生于全身多数器官,以胃肠道和胰腺最为常见。黏液腺癌（Mucinous Adenocarcinoma,MA）在胃肠道恶性肿瘤中的发病比例也较低,以原发于结肠和直肠的黏液腺癌较为多见。胃印戒细胞癌（Signet ring cell gastric carcinoma,SRGC）和胃黏液腺癌（Mucinous gastric carcinoma,MGC）都是少见的胃癌组织学亚型,与普通的非黏液分泌型胃腺癌相比,两者均有恶性程度高、病情进展快、根治性切除率较普通腺癌低和对放化疗不敏感等特征,早期表现隐匿,缺乏统一的诊治标准和预测胃黏液分泌型腺癌预后的标志物,患者常常无法得到规范化治疗。本研究首先对2000年至2014年SEER数据库中的24613例胃肠胰源性印戒细胞癌和51632例胃肠道黏液腺癌患者进行了回顾性分析,探讨胃肠道印戒细胞癌和黏液腺癌15年间的发病趋势和预后变化,以及印戒细胞癌和黏液腺癌在消化道不同原发部位的临床病理特征和影响预后的相关因素。然后回顾性分析了2011年7月至2016年10月南昌大学第一附属医院和南昌大学第二附属医院收治的222例胃印戒细胞癌和黏液腺癌患者的临床病理资料,综合分析了患者术后3年生存时间和无瘤生存期及其与癌胚抗原（CEA）、纤维蛋白原（Fib）、白蛋白（Alb）、前白蛋白（pAlb）和纤维蛋白原-前白蛋白比值（FPR）等血清学检测指标的相关性。方法:提取2000年1月至2014年12月SEER收录的24,613例胃肠道印戒细胞癌和51,632例胃肠道黏液腺癌患者的临床病理资料,使用美国国立癌症研究所监测研究软件SEER*Stat 8.3.4版计算年发病率的百分比变化,采用多因素Cox危险度模型分析与胃肠道胰腺印戒细胞癌和胃肠道粘液腺癌的预后相关因素,纳入分析的变量包括诊断时间、肿瘤原发部位、肿瘤分期、肿瘤分化程度、患者的性别、年龄和种族。回顾性收集2011年7月至2016年10月南昌大学第一附属医院和南昌大学第二附属医院收治的222例胃印戒细胞癌和粘液腺癌患者的临床病理资料,用X-tile software 3.6.1计算FPR、pAlb、Alb、Fib等炎症和营养相关指标预测总生存期的最佳临界值。基本临床病理特征、炎症和营养相关指标与生存预后的相关性分析采用皮尔逊卡方检验和Mann-Whitney U或Kruskal-Wallis检验。生存分析采用Kaplan-Meier法,Log-rank检验,使用Cox比例风险回归模型来确定疾病的独立预后因素。采用SPSS 26.0进行数据分析,p<0.05为统计学有差异。结果:1、基于SEER数据库的胃肠道和胰腺印戒细胞癌临床病理特征及其预后影响因素分析阑尾SRC发病的中位年龄最低（58.8岁）,胰腺SRC最高（67.4岁）。肿瘤分化程度多表现为低分化和未分化状态（占77.0%）。2000年1月至2014年12月,阑尾SRC的发病率较前升高了2.9倍,食管SRC的发病率基本持平,而胃肠其他部位SRC的发病率均呈下降趋势。根据肿瘤分化程度进行亚组分析,中等分化程度的胃肠胰源性SRC发病率下降最为显着。阑尾SRC的中位生存时间最长,为26.1个月,胰腺SRC的中位生存时间最短,为3.4个月。局部浸润期胃肠胰源性SRC患者的中位生存时间为55.6个月,显着优于区域侵犯期胃肠胰源性SRC（19.4个月）和远处转移期胃肠胰源性SRC（5.6个月）。2000年1月至2012年12月这13年期间,胃肠道和胰腺SRC的中位生存时间略有提高,其中局部浸润期和区域侵犯期SRC的改善较为明显。患者的年龄、性别、种族、肿瘤分期和原发部位均与预后显着相关。胰腺SRC的总生存时间最短,死亡风险最高。2、基于SEER数据库的胃肠道黏液腺癌临床病理特征及其预后影响因素分析阑尾MA发病的中位年龄最低（59.2岁）,结肠MA最高（69.81岁）,总体上女性发生MA多于男性。发生在结肠和直肠的MA出现远处转移的风险较其他部位低。2000年至2014年,阑尾MA的发病率较前上升了1.7倍,其他部位MA的发病率不论分期和分化程度均呈下降趋势。局限性胃肠道MA的发病率下降最为明显,从2000年的1.688/10万人下降到2014年的0.736/10万人。中等分化程度的胃肠道MA的发病率下降最为明显,从2000年的1.343/10万人下降到2014年的0.556/10万人。胃肠道MA患者的中位生存期为54.8个月。其中,阑尾MA的中位生存期最长为86.6个月,胃MA的中位生存期最短,仅为10.6个月。局部浸润期胃肠道MA的中位生存期为120个月,显着优于区域侵犯期胃肠道MA（71.9个月）和远处转移期胃肠道MA（13.9个月）。年龄、分期、部位均与预后显着相关,食管MA的总生存时间最短,死亡风险最高。与2000-2004年相比,2005-2009年和2010-2014年间胃肠道MA总体的死亡风险分别降低了8%和7%。3、基于国人资料的胃黏液分泌型腺癌临床病理特征和预后影响因素分析根据X-tile软件计算出Fib、Alb、CEA、pAlb、FPR预测总生存期的最佳临界值分别为3mg/mL、38.6g/L、3.6ng/mL、211.6mg/L、14.3。Fib、FPR升高以及Alb降低和年龄大（60岁以上）、肿瘤位于胃上1/3相关;Fib、FPR升高以及pAlb降低和肿瘤大小（大于5cm）、浸润深度、淋巴结转移、病理分期相关（P<0.05）。年龄、病理类型、淋巴结转移、病理分期、浸润深度均与总生存时间相关。单因素COX回归分析发现病理类型、年龄、肿瘤大小、浸润深度、淋巴结转移、病理分期、化疗、血清学检测指标中Fib、Alb、CEA、pAlb和FPR与患者生存时间有关;多因素COX回归分析发现疾病类型、病理分期、CEA、FPR依然与患者的生存时间有关。4、基于国人资料的胃印戒细胞癌和黏液腺癌的临床病理特征及生存分析的差异比较胃黏液腺癌和印戒细胞癌在肿瘤部位、浸润深度、病理分期、是否接受化疗和Fib、Alb、CEA、pAlb、FPR等血清学检测指标的差异无统计学意义,但在分化程度、肿瘤大小、淋巴结转移和复发方面差异有统计学意义。胃黏液腺癌中位生存期为36个月,印戒细胞癌为32个月,差异具有统计学意义。黏液腺癌中位无瘤生存期为32个月,印戒细胞癌为27个月,差异具有统计学意义。发生淋巴结转移（N1-N3）的患者术后生存和复发方面的比较:黏液腺癌中位生存期为36个月,印戒细胞癌为16个月,差异具有统计学意义。黏液腺癌中位无瘤生存期为36个月,印戒细胞癌为20个月,差异具有统计学意义。发生淋巴结转移（N1-N3）的患者单因素和多因素生存分析:Cox单因素回归分析发现,病理类型、病理分期、化疗、Fib、Alb、CEA、pAlb和FPR为预后影响因素;Cox多因素生存分析发现,病理类型、CEA和FPR为影响预后的独立因素。发生淋巴结转移（N1-N3）的患者复发的单因素和多因素分析:Cox单因素回归分析发现,病理类型、分化程度、病理分期、化疗、Fib、Alb、CEA、pAlb和FPR为影响复发的因素;Cox多因素生存分析进一步发现,病理类型、病理分期和FPR为影响复发的独立因素。结论:1、通过分析SEER数据库中大样本胃肠道和胰腺印戒细胞癌的临床资料,发现除阑尾和食管以外,在2000年至2014年间消化道SRC的总体发病率呈缓慢下降趋势。不同部位SRC的生存期存在差异,年龄、性别、种族、肿瘤分期和原发部位均是预后影响因素。2、通过分析SEER数据库中大样本胃肠道黏液腺癌的临床资料,发现除阑尾外,胃肠道其他部位的MA在2000年至2014年间发病率均有所下降,中位生存时间提高,尤其是发生远处转移的MA患者预后改善更为明显。年龄、分化程度、肿瘤分期和原发部位等是影响胃肠道黏液腺癌死亡风险的独立因素。3、通过对国人胃黏液分泌型腺癌临床资料的分析,发现男性发病多于女性、印戒细胞癌多于黏液腺癌、多为低分化、多有转移和浸润等临床病理特征,疾病类型、病理分期、CEA、FPR与患者的生存时间有关。FPR升高预示着患者术后复发的风险显着增加和生存时间降低,与肿瘤TNM分期及不良预后转归较为吻合。4、根据国人资料的胃印戒细胞癌与黏液腺癌的比较,发现临床病理特征、肿瘤生物学行为、总体生存预后和复发风险等方面都存在显着差异。病理类型、CEA和FPR为影响淋巴结转移（N1-N3）患者预后的独立因素,病理类型、病理分期和FPR是影响N1-N3患者复发的独立因素。
郭丽萍[8]（2020）在《中性粒细胞胞外诱捕获网和免疫组多样性与肿瘤患者预后相关性研究》文中研究表明·第一部分中性粒细胞胞外诱捕网在肿瘤进展中的意义及其预后价值·第一章分泌粒细胞-集落刺激因子及浸润性中性粒细胞增多的乳腺癌亚型背景:肿瘤细胞之所以能够发展成瘤,不仅是实质细胞遗传物质改变,获得恶性表型的结果,促癌性的免疫微环境也在此发挥了重要作用。肿瘤细胞与免疫细胞的交互作用也是影响肿瘤进展的重要因素。但传统上,用于分类乳腺癌预后或疗效的基因标志物,主要与细胞增殖相关。忽视了其他肿瘤相关生物学过程,以及肿瘤免疫微环境在肿瘤发生发展中的意义。目的:拟从肿瘤相关生物学过程及各免疫细胞亚型的基因集出发,探索建立一种与预后相关的乳腺癌分子分型。并探索中性粒细胞胞外诱捕网在新亚型中的意义。材料及方法:本研究纳入TCGA数据库中985例乳腺癌浸润性导管/小叶癌的肿瘤组织转录组数据,结合基因集变异分析方法,以Hallmark基因集评估肿瘤相关生物学过程,以免疫细胞亚型相关基因集评估乳腺癌的免疫微环境模式,探索新的乳腺癌分子分型。利用“细胞迁移及中性粒细胞胞外诱捕网检测系统”验证中性粒细胞胞外诱捕网（neutrophil extracellular traps,NETs）在乳腺癌进展中的意义。结果:本研究利用上述方法,将TCGA数据库中的乳腺癌样本分为三组,命名为Hallmark-tsne分子分型。刻画Hallmark-tsne分型中的C3亚型发现,其是一类运动迁移能力增强、具有肿瘤干细胞样表型、高表达Luminal表型相关基因,并且以中性粒细胞高度浸润为特征的乳腺癌。另外,C3亚型乳腺癌G-CSF高表达与中性粒细胞大量浸润的现象相伴生。分泌G-CSF的乳腺癌细胞可以诱导中性粒细胞形成中性粒细胞胞外诱捕网,从而增强癌细胞的迁移能力。结论:刻画乳腺癌相关生物学过程及免疫微环境,不仅对其分子分型具有重要意义,并且对指导患者的“个体化”治疗也具有一定价值。由NETs形成所介导的促癌性免疫微环境可加速肿瘤进展。·第二章中性粒细胞胞外诱捕网协同凝血系统保护肾癌患者外周血循环肿瘤细胞的存活背景:多数肿瘤患者因癌症转移或复发而非局限性肿瘤去世。然而截至目前,对于循环肿瘤细胞（circulating tumor cells,CTCs）如何在外周血中获得生存,这一转移的关键环节知之甚少。肿瘤患者的C反应蛋白（C-reactive protein,CRP）升高或血小板增多往往预示患者预后不良、复发风险较高。中性粒细胞不仅是维持炎症反应的重要参与者,其一种特殊的激活态-NETs也是介导凝血级联反应的重要组分。虽然肾细胞癌（renal cell carcinoma,RCC）是发病率较低的一类小癌种,但已发生远处转移的肾癌患者,其5年生存率仅有8%-12%,并且晚期肾癌患者体内炎症反应明显,易伴发形成深静脉瘤栓。目的:探索外周血中性粒细胞的特殊激活形式NETs所介导的炎症及高凝环境是否有利于CTCs的存活。材料及方法:本章共纳入106例初治肾占位患者（9例肾脏良性占位及97例肾细胞癌）,利用oHSV1-hTERT-GFP病毒法计数患者外周血有活性的CTCs数量,并收集整理了 106例患者的基本临床信息、术前外周血常规及生化检查结果;对其中21位患者行外周血白细胞转录组测序,利用GSEA等基因集富集评分相关算法计算NETs等免疫表型评分;进而比较检出CTCs的数量与患者免疫表型评分之间的关系。最终,以TCGA数据库中透明性肾细胞癌（clear cell renal cell carcinoma,ccRCC）肿瘤组织转录组数据评估NETs与患者预后的关系。结果:初治时CRP或FIB升高的患者,其外周血所检出的CTCs数量明显升高,且CTCs数量、CRP及FIB两两间均呈现正相关关系。结合外周血白细胞表达谱数据发现,CTCs数量较多的肾癌患者,其白细胞表现为类似于低密度中性粒细胞（low density neutrophils,LDNs）的自发激活态或被G-CSF刺激下的应激状态,也即NETs生成态。并且,基于表达谱的NETs评分与血浆FIB浓度间也呈现正相关关系;且外周血CRP升高的患者,其NETs及凝血评分较高。在形态学上观察到,NETs所释放的DNA网状骨架上镶嵌有NETs源性组织因子（tissue factor,TF）;且体外模拟实验已证实NETs可包裹单个的肾癌细胞。另外,分析ccRCC患者肿瘤组织的表达谱数据可知,NETs评分及TF表达值是影响患者预后的独立危险因素。结论:炎症状态下,NETs释放的DNA网状骨架,及NETs源性TF激活凝血系统所生成的纤维蛋白网,共同构成了 CTCs得以生存的保护网。·第三章基于中性粒细胞胞外诱捕网的泛癌预后评分系统背景:肿瘤作为一类“无法愈合的创口”可引发全身系统性病理改变。尽管浸润性中性粒细胞曾致力于修复创口,但以倒戈相向为终,而且其特殊存在形式NETs成为了维持机体慢性炎症、高凝易栓状态的重要力量。NETs的存在为肿瘤进展创造了舒适的微环境,其参与了肿瘤转移、瘤床内血管生成、肿瘤相关性血栓形成及终末期多器官衰竭等可致肿瘤患者去世的多种主要病理过程。尽管来源于不同克隆的肿瘤实质细胞间存在异质性,寻找肿瘤细胞间共有的遗传变异比较困难,但瘤床中也许存在某种物质是促进肿瘤恶性进展的共有因素。目的:从促癌性免疫微环境角度,探索NETS是否是影响泛癌（pan-cancer）预后的共有因素,并以此为基础训练简洁实用的泛癌预后预测模型。材料及方法:本研究纳入了 TCGA数据库中32种实体瘤,共8739例泛癌原发灶表达谱数据,随机抽取70%患者（6117例）作为训练集,其余30%（2622例）作为泛癌测试集。在泛癌训练集中,采用Lasso回归筛选了 19个NETs相关特征基因,用于构建Cox 比例风险回归模型;另外根据特征基因在生存树中预测预后的贡献度,选取了前12个特征基因用于构建生存随机森林模型。根据上述模型,计算训练集和测试集内各患者的NETs（Cox）评分和NETs（RF）评分。根据数据中位值将患者分为高危组和低危组,绘制Kaplan-Meier生存曲线;利用时间依赖ROC曲线、DCA曲线及一致性指数检验模型效能。结果:在泛癌训练集中,NETs（Cox）评分及NETs（RF）评分较高的高危组患者的疾病相关生存期（disease specific survival,DSS）、总生存期（overall survival,OS）及无进展间隔（progression free survival,PFI）较低危组明显缩短;同样,在泛癌测试集、胶质瘤测试集、乳腺癌和肺腺癌测试集中,NETs（Cox）及NETs（RF）评分较高的高危组患者,OS明显缩短。对于泛癌训练集中的30种实体瘤（除外DLBC和KICH）,单因素Cox风险回归显示,NETs（RF）评分是导致患者生存期显着缩短的危险因素。时间依赖ROC曲线和DCA曲线均说明认为NETs（RF）评分评估预后更为准确;但在不同时间点上,NETs（Cox）评分的预测效能更稳定。此外,分析TCGA数据库8739例泛癌原发灶的 NETs（z-score）、Angiogenesis（z-score）及 Cellcycle（z-score）值发现,三者间互为正相关关系,在数据上证明了 NETS的形成,可介导瘤床血管生成、促进肿瘤细胞增殖。此为NETs相关基因可预测泛癌预后提供了理论支持。结论:本章建立的NETs评分模型可预测泛癌患者预后。·第二部分不同肿瘤负荷下的外周血T细胞受体库动态特征谱及其预后预测价值背景:肿瘤细胞是一类具有免疫原性的异常转化的细胞。肾细胞癌是一类免疫原性较强的癌种,其在免疫系统监视作用下可自发地、或是经细胞因子诱导后而消退。肿瘤与机体免疫系统是相互竞争共同进化的:一方面肿瘤的免疫原效应可诱导动员免疫系统生成肿瘤相关T细胞;但另一方面,伴随肿瘤抗原的持续性刺激,T细胞受体（T cell receptor,TCR）识别抗原的敏感性降低,加之肿瘤自身进化产生的防御系统,可使T细胞失去杀伤能力。T细胞在肿瘤免疫编辑的不同阶段执行不同的功能,TCR多样性是映射T细胞功能状态的一项重要指标。目的:探索不同的肿瘤负荷及肿瘤负荷改变后对机体TCR免疫组的影响,评估TCR多样性的预后价值;评估减瘤性肾切除术对晚期患者免疫系统的影响及其治疗价值。材料及方法:本研究共纳入50例肾占位患者。其中38例初治透明性肾细胞癌（clear cell renal cell carcinoma,ccRCC）患者及2例初治肾良性占位患者,记为”手术相关病例队列”,对其术前及术后1周的外周血行T细胞受体库测序（T cell receptor repertoire sequencing,TCR-seq）,并对其中28例患者术前术后外周血行转录组测序。分析手术前后TCRβ链（TCRB）多样性及基于表达谱的免疫细胞亚型的变化谱。另外,其中13例同期转移性肾癌及5例异时性转移肾癌患者共同组成了“转移性肾癌病例队列”,行TCR-seq,通过计算TCRB多样性来评估患者预后。为验证结果,对1例初治Ⅰ期ccRCC患者、1例初治的Ⅲ期伴下腔静脉瘤栓的ccRCC患者外周血行流式检测,比较手术前后耗竭性T细胞变化状态;对1例初治Ⅳ期同期转移性ccRCC患者的手术前后外周血行单细胞转录组及免疫组测序。结果:整合TCR-seq及转录组结果发现,TCRB多样性较低的患者体内炎症反应剧烈,并且处于相对高凝的状态;而TCRB多样性较高的患者的免疫状态维持于相对稳态,储备了大量的幼稚T细胞。在治疗基线时,肿瘤负荷较低的Ⅰ期患者TCRB多样性明显高于肿瘤负荷较高的Ⅳ期患者。对Ⅳ期患者而言,治疗基线的TCRB多样性越高,总生存期越长;接受减瘤性手术治疗后,患者外周血TCRB多样性得以恢复（TCRB克隆总体上呈现小丰度克隆新生、超大克隆缩小）,耗竭性T细胞比例减少,幼稚T细胞增多,整体免疫环境得到改善,免疫监视能力得以恢复。结论:肿瘤负荷高的患者外周血TCRB多样性差,TCRB多样性可评估晚期患者的预后;减瘤性肾切除术可以有效改善Ⅳ期患者的整体免疫状态。
李琛[9]（2018）在《B7-H3通过调控膀胱癌干细胞自我更新能力促进膀胱癌复发转移的研究》文中研究表明研究背景:膀胱癌是泌尿系统最常见的恶性肿瘤之一,在泌尿系统肿瘤中占据导致男性死亡的第二位,手术切除肿瘤后2年内,大部分患者会发生复发和远处转移。目前针对膀胱癌的诊疗手段效果有限,复发转移仍然是严重影响膀胱癌患者预后及生活质量的主要原因。肿瘤干细胞研究的结果显示其可以解释为何在重重防护措施之下,肿瘤仍然能进展、复发、转移及出现获得性耐药。膀胱癌干细胞的靶向治疗能够为膀胱癌患者提供一种新的治疗思路,很有可能成为治愈膀胱癌的关键。B7-H3是新发现的一种T细胞辅助刺激因子,其在肿瘤免疫过程中发挥的作用尚存在争论,但其作为一种新的肿瘤相关抗原已被证实在多种上皮恶性肿瘤中异常表达,如前列腺癌、非小细胞肺癌、胃癌、卵巢癌等,且已有研究证实B7-H3参与调控肿瘤生物学功能,与肿瘤的复发转移相关。本课题拟对比膀胱癌患者肿瘤病灶B7-H3表达量与复发转移之间的关系,进一步在细胞和动物水平,应用分子生物学方法研究B7-H3是否能通过调控膀胱癌干细胞功能影响膀胱癌的复发以及转移,为膀胱癌干细胞治疗探寻潜在靶点。研究目的:研究B7-H3与膀胱癌患者复发转移的关系及其对膀胱癌干细胞的影响。研究方法:1.收集156例膀胱癌患者肿瘤组织,包括72例在2年内出现复发转移、并行二次手术的膀胱癌患者（首次手术标本和二次手术标本）,一半制成蜡块,一半抽提组织液。运用免疫组化（Immunohistochemistry）和酶联免疫吸附法（Enzyme linked immunosorbent assay,ELISA）检测B7-H3在复发的膀胱癌患者与未复发的膀胱癌患者中的表达情况。2.通过免疫磁珠分选的方法利用CD44和CD20抗体标记分选得到膀胱癌细胞株T24,BIU-87和5637干细胞富集群CD20-CD44+细胞群,RT-PCR验证干细胞标志物CD44,CD20,CD133,Oct4和Bmi-1的表达,裸鼠成瘤实验通过连续稀释法验证干细胞的强大的致瘤能力,收集三对三干细胞与非干细胞进行基因测序,RT-PCR验证检测结果。3.运用B7-H3沉默慢病毒和阴参悬浮转染人膀胱癌细胞T24干细胞侧群,经过嘌呤霉素筛选得到B7-H3稳定沉默的T24 CD20-CD44+细胞（B7-H3 KD CSCs）和对照组T24 CD20-CD44+细胞（NC CSCs）。m RNA水平（RT-PCR）,蛋白水平（Western Blot）和细胞荧光（Cell fluorescence）三者协同验证慢病毒悬浮转染效率。悬浮培养行肿瘤微球体形成实验及裸鼠荷瘤实验,观察B7-H3对膀胱癌干细胞自我更新、致瘤性和侵袭转移潜能的影响。4.收集荷瘤小鼠肿瘤组织提取原代细胞,进行细胞功能试验,研究B7-H3沉默干细胞所形成的肿瘤细胞的生物学特性是否与干细胞特性改变一致。结果:1.B7-H3在膀胱癌复发组阳性率达79.2%,显着高于未复发组的53.6%,P<0.05。且ELISA结果显示行二次手术的复发肿瘤灶的表达量（158.26±8.13 ng/ml）明显高于首次手术标本（67.45±5.68 ng/ml）,P<0.05。在膀胱癌复发患者二次手术肿瘤组织中,B7-H3与干细胞标志物CD44存在共表达关系,P<0.05。2.免疫磁珠分选得到的CD20-CD44+细胞群证实为膀胱癌细胞系干细胞富集群,具有自我更新和强大的成瘤性。基因芯片结果和RT-PCR验证结果共同显示在三组膀胱癌干细胞系中,B7-H3在干细胞侧群中显着高表达,P<0.05。3.RT-PCR,WB和细胞荧光共同验证慢病毒转染效率,B7-H3 KD CSCs细胞B7-H3表达稳定降低约4倍,差异具有统计学意义,P<0.05。悬浮培养14-21天,膀胱癌干细胞的自我更新能力在B7-H3 KD组明显减弱,NC组肿瘤微球体在肿瘤球数量、直径及生长速率方面均领先沉默组,P<0.05。同时,对比NC组,B7-H3 KD组干细胞标志物表达下调,P<0.05。在体实验结果显示:和对照组相比,B7-H3沉默时,干细胞形成的肿瘤灶相对较小,生长能力较弱,肝脏出现远处转移的病灶数量较少,肺脏甚至肉眼未观察到转移灶,差异具有统计学意义。4.从裸鼠移植瘤抽提原代细胞,Transwell实验结果显示B7-H3 KD组原代肿瘤细胞的侵袭转移能力明显弱于NC组原代细胞,P<0.05;加入THP化疗药物处理24小时,流式结果显示NC组原代细胞表现出更强的药物耐受能力,B7-H3 KD组原代细胞凋亡增多,对药物敏感性较好。结论:B7-H3与临床膀胱癌患者复发及预后密切相关,B7-H3在膀胱癌干细胞中高表达,显着加强干细胞的自我更新能力,调控肿瘤恶性生物行为,促进膀胱癌的侵袭转移,可能通过调控干细胞功能参与膀胱癌复发和进展。靶向干预B7-H3可以作为膀胱癌干细胞治疗新的方向,为临床早期诊断膀胱癌复发高危风险及指导预后治疗提供新策略。
郭俊[10]（2016）在《双氢青蒿素对肝癌肿瘤生物学行为的影响及机制研究》文中认为第一部分：DHA诱导突变型p53肝癌细胞Huh-7凋亡并抑制其迁移的机制研究目的观察DHA对突变型p53的人肝癌细胞Huh-7体外增殖、凋亡及迁移能力的影响,并探讨其分子机制。方法将突变型p53的人肝癌细胞Huh-7接种培养于10%含胎牛血清的DMEM高糖培养基。加入DHA和对照药物（依托泊苷）,48小时后用MTT观察DHA对突变型p53的人肝癌细胞Huh-7增殖的影响；用Annexin-V和PI双标记进行流式细胞仪检测,以观察DHA对突变型p53的人肝癌细胞Huh-7体外凋亡能力的影响,用细胞划痕法检测DHA对突变型p53的人肝癌细胞Huh-7细胞迁移能力的影响,用免疫荧光检测DHA对突变型p53的人肝癌细胞Huh-7的DNA双链损伤的影响,用West blot法检测DHA对突变型p53的人肝癌细胞Huh-7的H2AX和STAT3蛋白磷酸化水平的影响。结果MTT分析显示,DHA对Huh-7的细胞增殖能力有明显的抑制作用,并存在药物浓度依赖性（P<0.05）; DHA对Huh-7细胞48小时的IC5o是10.6±1.2μmol/L。流式细胞仪检测分析显示：DHA对Huh-7细胞有促凋亡的作用。与对照组相比,DHA组（3.15±0.39）及依托泊苷组（3.15±0.39）的Huh-7细胞的凋亡百分率比对照组（1.03±0.29）均增加（P<0.05）。划痕实验检测分析显示,DHA对Huh-7细胞迁移能力具有抑制作用。DHA处理后,细胞向划痕处爬行的速度明显慢于对照组和依托泊苷组（P<0.05）。免疫荧光检测分析显示：与对照组相比,DHA组与Eto组发生DNA双链损伤的细胞数目均增多P<0.05),DHA组γH2AX表达水平升高显着增加（P<0.05）。West blot检测分析显示,DHA能上调H2AX的磷酸化水平,同时下调STAT3蛋白磷酸化水平（P<0.05）,但不影响STAT3蛋白的表达。结论DHA具有抑制突变型p53的人肝癌细胞株Huh-7细胞的增殖能力,该作用可能与上调H2AX的磷酸化水平有关；DHA具有促进突变型p53的人肝癌细胞株Huh-7细胞的凋亡能力,该作用可能与下调细胞内STAT3蛋白的磷酸化水平相关。第二部分DHA联合DDP对突变型p53的人肝癌细胞huh-7增殖与凋亡影响及其机制的研究目的观察DHA联合DDP对突变型p53肝癌细胞huh-7凋亡能力的影响并探讨其分子机制。方法将突变型p53的人肝癌细胞株Huh-7接种培养于10%含胎牛血清的DMEM高糖培养基。用MTT法检测DHA、DDP单药及联合作用对突变型p53肝癌细胞Huh-7增殖抑制率,观察单药和联合用药时对突变型p53的人肝癌细胞株Huh-7增殖的影响；用中效原理进行统计分析,绘制单药及联合用药对肿瘤细胞生长的影响曲线,确定联合用药时的效应-合用指数的关系,判定药物间的相互作用；用West blot方法分别检测bax, bcl-2的表达和STAT3、AKT, ERKl/2的磷酸化水平,观察单药及联合用药对Huh-7细胞内bax, bcl-2,的表达和STAT3、AKT, ERK1/2磷酸化的影响。结果MTT分析显示,DHA对Huh-7的细胞增殖能力有明显的抑制作用,并存在药物浓度依赖性（p<0.05）；中效原理分析显示,DHA联合DDP作用与Huh-7细胞可产生较好的协同作用,两药协同指数是0.667；West blot分析显示,DHA和DDP能下调Huh-7细胞的bax蛋白的表达水平,两药联合下调更为显着（均有p<0.05）。West blot分析显示,DHA和DDP能下调Huh-7细胞的AKT、ERK、STAT3的磷酸化水平,两药联合降低更为显着（均有p<0.05）。结论DHA联合DDP协同促进突变型p53肝癌细胞Huh-7的凋亡,抑制细胞周期进展。DHA联合DDP促凋亡的机制可能是通过协同作用进一步上调了bax蛋白的表达,显着地下调p-STAT3、AKT, ERK1/2的磷酸化水平来实现的。第三部分hOGG1 Ser326Cys基因多态性与肝癌易感性meta分析目的近年来的文献中对于DHA化疗敏感性相关基因hOGG1 Ser326Cys多态性和肝癌易感性之间的关系尚不明确,本文的研究即是基于既往的研究进行荟萃分析,以明确两者之间的关系。方法计算机检索PubMed、EMBASE和CBM英文数据库。共纳入9个对照研究,对2583例肝癌患者和2271例对照者的数据进行Meta分析。使用合并优势比和95%信任区间来评估hOGG1 Ser326Cys基因多态性和肝癌易感性之间的关系。采用Z检验来检测OR的价值。根据异质性的不同来选择固定效应模型或是随机效应模型。结果Meta分析显示,基因型GG与基因型CC相比,增加罹患肝癌风险（OR= 2.51, 95%CI:1.67-3.78）;基因型GG与基因型CG+CC相比,增加罹患肝癌风险（OR= 2.27, 95%CI:1.57-3.30）;基因型GG+CG与基因型CC相比,增加罹患肝癌风险（OR=1.13, 95%CI:1.03-1.24）;亚组分析发现亚洲人群中基因型GG与基因型CC相比,增加罹患肝癌风险（OR=2.17,95% CI=1.49-3.17）;亚洲人群中GG与基因型CG+CC相比,增加罹患肝癌风险（OR=1.96,95% CI=1.41-2.73）.亚洲人群中基因型GG+CC与基因型CC相比,增加罹患肝癌风险（OR=1.13,95% CI=1.03-1.25）=在住院人群对照组中Ser326Cys的基因型GG与基因型CC相比,增加罹患肝癌风险（OR=2.31, 95%CI=1.50-3.56）;在住院人群对照组中Ser326Cys的基因型GG与基因型CG+CC相比,增加罹患肝癌风险（OR=2.17,95% CI=1.44-3.28）;在正常人群对照组中Ser326Cys的基因型GG与基因型CC相比,增加罹患肝癌风险（OR=2.80,95% CI=1.16-6.77）;在正常人群对照组中Ser326Cys的基因型GG与基因型CG+CC相比,增加罹患肝癌风险（OR=2.39,95% CI=1.08-5.30）;结论：DHA化疗敏感性相关基因hOGG1 Ser326Cys多态性与肝癌易感性相关。
二、加强肿瘤生物学标志的研究和评价（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、加强肿瘤生物学标志的研究和评价（论文提纲范文）
（2）基于间质微环境的胰腺导管腺癌预后预测模型的建立及其分子机制研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 中英文缩略词对照表 |
| 前言 |
| 第一部分 基于数字病理大切片技术的PDAC全景肿瘤间质研究体系的建立及其与预后相关性的研究 |
| 一、背景 |
| 二、材料与方法 |
| 三、结果 |
| 四、讨论 |
| 五、小结 |
| 第二部分 基于肿瘤相关成纤维细胞标志物的胰腺癌预后预测模型的建立 |
| 一、背景 |
| 二、材料与方法 |
| 三、结果 |
| 四、讨论 |
| 五、小结 |
| 第三部分 利用原代培养CAFs转录组测序探索肿瘤相关成纤维细胞功能差异的研究 |
| 一、背景 |
| 二、材料与方法 |
| 三、结果 |
| 四、讨论 |
| 五、小结 |
| 参考文献 |
| 综述1 肿瘤间质比在胰腺导管腺癌研究中的进展 |
| 参考文献 |
| 综述2 胰腺导管腺癌肿瘤相关成纤维细胞研究进展 |
| 参考文献 |
| 攻读学位期间发表论文和参加科研工作情况说明 |
| 致谢 |
（3）长链非编码RNA SNHG12在多种肿瘤中预后价值的循证医学研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 中英文缩略词表 |
| 1 前言 |
| 2 方法 |
| 2.1 文献检索 |
| 2.2 纳入和排除标准 |
| 2.2.1 纳入标准 |
| 2.2.2 排除标准 |
| 2.3 数据提取 |
| 2.4 质量评估 |
| 2.5 伦理声明 |
| 2.6 统计分析 |
| 2.7 生物信息学分析 |
| 3 结果 |
| 3.1 文献检索结果 |
| 3.2 纳入研究的基本特征 |
| 3.3 SNHG12 的表达与预后的关系 |
| 3.4 SNHG12 的表达与临床病理特征的关系 |
| 3.5 发表偏倚 |
| 3.6 生物信息学分析 |
| 4 讨论 |
| 5 结论 |
| 附录 |
| 参考文献 |
| 综述 长链非编码 RNAs 在肿瘤中的研究进展 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 攻读学位期间发表的学术论文与研究成果 |
（4）基于机器学习整合多维组学数据指导食管癌精准放疗的应用基础研究（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| ABSTRACT |
| 符号说明 |
| 第一章 外泌体lncRNA ENST00000462352介导食管癌放疗抵抗及其联合组学数据构建放疗新型疗效预测模型 |
| 第一节 外泌体lncRNA ENST00000462352在食管癌放疗抵抗能力传递中的作用及机制 |
| 前言 |
| 第一目 食管癌放疗抵抗相关外泌体lncRNAs筛选与验证 |
| 引言 |
| 材料和方法 |
| 结果 |
| 第二目 LncRNA ENST00000462352促进食管癌放疗抵抗性 |
| 引言 |
| 材料和方法 |
| 结果 |
| 第三目 外泌体转移lncRNA ENST00000462352介导食管癌辐射耐受能力传递 |
| 引言 |
| 材料和方法 |
| 结果 |
| 第四目 LncRNA ENST00000462352通过miR-424-5p靶向调控CyclinD1/E1-pRb-E2F1信号通路影响食管癌放疗抵抗性的初步机制 |
| 引言 |
| 材料和方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 第二节 外泌体lncRNA ENST00000462352联合多维组学数据构建食管癌放疗新型疗效预测模型 |
| 前言 |
| 材料和方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 第二章 应用机器学习开发多维信息Nomogram模型和风险分类系统预测食管癌放化疗生存 |
| 前言 |
| 材料和方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 第三章 基于多模态组学数据构建智能Nomogram模型和风险分类系统预测食管癌放射性肺炎 |
| 前言 |
| 材料和方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 攻读学位期间发表的学术论文目录 |
| 学位论文评阅及答辩情况表 |
| 英文论文1 |
| 英文论文2 |
（5）口腔鳞状细胞癌PDX模型的建立和鉴定及HDST药敏检测技术在口腔鳞状细胞癌PDX模型上的应用（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 中英文缩略词表 |
| 第1章 引言 |
| 第2章 材料与方法 |
| 2.1 材料与试剂 |
| 2.1.1 试剂与耗材 |
| 2.1.2 主要试剂配制 |
| 2.1.3 实验动物 |
| 2.2 肿瘤样本的采集及运输 |
| 2.3 PDX模型的构建 |
| 2.3.1 肿瘤组织移植操作前准备 |
| 2.3.2 PDX模型原代的构建 |
| 2.3.3 PDX模型的序列传代 |
| 2.3.4 PDX模型的鉴定 |
| 2.4 HDST药敏检测技术 |
| 2.4.1 样本的采集及处理 |
| 2.4.2 组织的药物敏感性测试 |
| 2.4.3 药敏结果的判定 |
| 2.5 模型分组及药物干预 |
| 2.6 统计学分析 |
| 第3章 结果 |
| 3.1 口腔鳞癌PDX模型的成功建立 |
| 3.2 口腔鳞癌PDX模型保留了原组织的病理学及分子生物学特征 |
| 3.2.1 口腔鳞癌PDX模型保留了原代肿瘤组织的病理学特征 |
| 3.2.2 口腔鳞癌PDX模型保留了原代肿瘤组织分子表型 |
| 3.3 HDST药筛方案与PF化疗方案在口腔鳞癌PDX模型上的药效对比 |
| 3.3.1 HDST方案的确定及用药方案的确定 |
| 3.3.2 HDST方案的效果优于PF化疗方案 |
| 3.4 HDST药筛方案与PF化疗方案干预后裸鼠体重下降 |
| 第4章 讨论 |
| 第5章 结论与展望 |
| 5.1 结论 |
| 5.2 展望 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 攻读学位期间的研究成果 |
| 综述 PDX模型在口腔鳞状细胞癌(OSCC)研究中的研究进展 |
| 参考文献 |
（6）科研不端行为的联合调查与处理——《肿瘤生物学》撤稿事件的启示（论文提纲范文）
| 一、科研不端问题如何从“灰犀牛事件”演变成“黑天鹅事件”? |
| 二、《肿瘤生物学》撤稿事件查处面临的挑战与应对 |
| 1. 关于查处责任主体的确定 |
| 2. 关于科研不端行为的认定 |
| 3. 关于处理标准的尺度 |
| 4. 关于调查处理的方式和程序 |
| 三、建立标本兼治的科研不端治理长效机制 |
（7）胃肠道印戒细胞癌和黏液腺癌临床病理特征及预后的比较研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 中英文缩略词表 |
| 第1章 引言 |
| 第2章 基于SEER数据库的胃肠道和胰腺印戒细胞癌临床病理特征及预后影响因素分析 |
| 2.1 前言 |
| 2.2 材料和方法 |
| 2.2.1 病例资料的来源和收集 |
| 2.2.2 消化道不同部位印戒细胞癌的分型 |
| 2.2.3 统计方法和分析 |
| 2.3 结果 |
| 2.3.1 人口统计和流行病学特征 |
| 2.3.2 年发病率的变化趋势 |
| 2.3.3 总体生存预后分析 |
| 2.3.4 预后因素Cox分析 |
| 2.4 讨论 |
| 2.5 结论 |
| 第3章 基于SEER数据库的胃肠道黏液腺癌临床病理特征及预后影响因素分析 |
| 3.1 前言 |
| 3.2 材料和方法 |
| 3.2.1 病例资料的来源和收集 |
| 3.2.2 胃肠黏液腺癌的分类 |
| 3.2.3 统计方法和分析 |
| 3.3 结果 |
| 3.3.1 人口统计和流行病学特征 |
| 3.3.2 年发病率的变化趋势 |
| 3.3.3 总体生存预后分析 |
| 3.3.4 预后因素Cox分析 |
| 3.4 讨论 |
| 3.5 结论 |
| 第4章 基于国人资料的胃黏液分泌型腺癌临床病理特征和预后影响因素分析 |
| 4.1 前言 |
| 4.2 材料和方法 |
| 4.2.1 研究对象 |
| 4.2.2 入选标准 |
| 4.2.3 排除标准 |
| 4.2.4 统计方法和分析 |
| 4.3 结果 |
| 4.3.1 研究对象的人口学特征及临床病理特征 |
| 4.3.2 Fib、Alb、CEA、pAlb、FPR评价预后分组的最佳临界值 |
| 4.3.3 术前血清FPR、pAlb、Alb、Fib水平与临床病理特征的关系 |
| 4.3.4 一般临床病理和血清学指标与生存时间的关系 |
| 4.3.5 临床病理和血清学指标对预后的影响 |
| 4.3.6 临床病理和血清学指标与复发的关系 |
| 4.3.7 临床病理和血清学指标对患者无瘤生存期的影响 |
| 4.4 讨论 |
| 4.5 结论 |
| 第5章 基于国人资料的胃印戒细胞癌和黏液腺癌的临床病理特征及生存分析的差异比较 |
| 5.1 前言 |
| 5.2 材料和方法 |
| 5.2.1 研究对象 |
| 5.2.2 病理学上的定义和划分 |
| 5.2.3 随访方式和时间 |
| 5.2.4 统计方法和分析 |
| 5.3 结果 |
| 5.3.1 胃黏液腺癌和印戒细胞癌患者在性别构成、年龄方面的比较 |
| 5.3.2 胃黏液腺癌和印戒细胞癌在临床病理特征方面的比较 |
| 5.3.3 胃粘液腺癌和印戒细胞癌在血清学检测指标方面的比较 |
| 5.3.4 胃黏液腺癌和印戒细胞癌在术后生存方面的比较 |
| 5.3.5 胃黏液腺癌和印戒细胞癌在术后复发方面的比较 |
| 5.3.6 发生淋巴结转移(N1-N3)患者术后生存方面的比较 |
| 5.3.7 发生淋巴结转移(N1-N3)患者术后复发方面的比较 |
| 5.3.8 发生淋巴结转移(N1-N3)患者预后的单因素和多因素生存分析 |
| 5.3.9 发生淋巴结转移(N1-N3)患者组复发的单因素和多因素分析 |
| 5.4 讨论 |
| 5.5 结论 |
| 第6章 结论与展望 |
| 6.1 结论 |
| 6.2 进一步工作的方向 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 攻读学位期间的研究成果 |
| 综述 |
| 参考文献 |
（8）中性粒细胞胞外诱捕获网和免疫组多样性与肿瘤患者预后相关性研究（论文提纲范文）
| ·英文缩略词 |
| ·序 |
| ·中文摘要 |
| ·ABSTRACT |
| ·第一部分 中性粒细胞胞外诱捕网在肿瘤进展中的意义及其预后价值 |
| ·引言 |
| ·第一章 分泌粒细胞集落刺激因子及浸润性中性粒细胞增多的乳腺癌亚型 |
| ·前言 |
| ·材料及方法 |
| 一. 实验材料 |
| 二. 实验方法 |
| ·结果 |
| 一. 鉴定与乳腺癌预后相关的Hallmark基因集 |
| 二. 乳腺癌Hallmark-tsne分子分型概述 |
| 三. 乳腺癌Hallmark-tsne分子分型中各亚型的肿瘤生物学特征 |
| 四. 乳腺癌Hallmark-tsne分子分型中各亚型的免疫微环境特征 |
| 五. 一类G-CSF高分泌、中性粒细胞高度浸润、运动能力增强且预后不良的乳腺癌 |
| ·讨论 |
| ·小结 |
| ·第二章 中性粒细胞胞外诱捕网协同凝血系统保护肾癌患者外周血循环肿瘤细胞的存活 |
| ·前言 |
| ·材料及方法 |
| 一. 实验材料 |
| 二. 实验方法 |
| ·结果 |
| 一. 归纳临床检验结果发现初治患者CTCs计数与其炎症、凝血状态相关 |
| 二. 中性粒细胞的激活有利于CTCs存活 |
| 三. NETs协同凝血系统促进CTCs存活 |
| 四. 肾癌组织NETs评分、组织因子表达值与患者的预后相关 |
| ·讨论 |
| ·小结 |
| ·第三章 基于中性粒细胞胞外诱捕网的泛癌预后评分系统 |
| ·前言 |
| ·材料及方法 |
| 一. 实验材料 |
| 二. 实验方法 |
| ·结果 |
| 一. 用于训练泛癌预后模型的19个(Cox回归)和12个(随机森林)特征基因 |
| 二. NETs评分与泛癌及各癌种的预后 |
| 三. 评估预测泛癌预后的模型的效能 |
| 四. 基于z-score值的NETs评分与血管生成评分的关系 |
| ·讨论 |
| ·小结 |
| ·第二部分 不同肿瘤负荷下的外周血T细胞受体库动态特征谱及其预后预测价值 |
| ·前言 |
| ·材料及方法 |
| 一. 实验材料 |
| 二. 实验方法 |
| ·结果 |
| 一. 基于SMART原理并且嵌入UMI分子标签的TCRB文库的基本概述 |
| 二. 患者基线TCRB多样性所映射的免疫状态 |
| 三. 患者基线状态的肿瘤负荷对免疫系统的影响 |
| 四. 基线TCRB多样性与晚期患者预后相关 |
| 五. 减少晚期患者的肿瘤负荷可缓解其对免疫系统的压力 |
| 六. 不同肿瘤负荷及其手术方案下TCRB克隆的变化谱 |
| ·讨论 |
| ·小结 |
| ·参考文献(正文部分) |
| ·附录 |
| ·附表 |
| ·附图 |
| ·基金资助 |
| ·已发表与学位论文相关的英文论文 |
| ? 其他学术成果（博士期间） |
| ·文献综述 T淋巴细胞及中性粒细胞在肿瘤免疫编辑中的意义 |
| 参考文献 |
| ·致谢 |
（9）B7-H3通过调控膀胱癌干细胞自我更新能力促进膀胱癌复发转移的研究（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| abstract |
| 前言 |
| 第一章 B7-H3在膀胱癌组织中的表达及其临床意义 |
| 引言 |
| 材料与方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 小结 |
| 第二章 构建膀胱癌干细胞模型并鉴定干性、基因测序筛查B7-H3表达差异 |
| 引言 |
| 材料与方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 小结 |
| 第三章 沉默B7-H3显着抑制膀胱癌干细胞的自我更新、致瘤性及侵袭转移能力 |
| 引言 |
| 材料与方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 本课题的创新点及不足之处 |
| 综述 |
| 参考文献 |
| 攻读学位期间公开发表的论文和所获奖项 |
| 中英文对照缩略词表 |
| 致谢 |
（10）双氢青蒿素对肝癌肿瘤生物学行为的影响及机制研究（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| 英文摘要 |
| 引言 |
| 第一部分：DHA诱导肝癌细胞Huh-7凋亡并抑制其迁移的机制研究 |
| 材料与方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 结论 |
| 第二部分：DHA联合DDP抑制具有突变型p53人肝癌细胞Huh-7增殖的研究 |
| 材料与方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 结论 |
| 第三部分：hOGG1 Ser326Cys基因多态性与肝癌易感性meta分析 |
| 1 材料和方法 |
| 2 结果 |
| 3 讨论 |
| 全文总结 |
| 参考文献 |
| 综述(一) |
| 参考文献 |
| 综述(二) |
| 参考文献 |
| 与学位论文相关的科研成果目录 |
| 致谢 |
四、加强肿瘤生物学标志的研究和评价（论文参考文献）
- [1]胰腺癌精准术前评估的现状及挑战[J]. 周雨,孔瑶,陈汝福. 中华外科杂志, 2022(01)
- [2]基于间质微环境的胰腺导管腺癌预后预测模型的建立及其分子机制研究[D]. 李勃. 中国人民解放军海军军医大学, 2021(01)
- [3]长链非编码RNA SNHG12在多种肿瘤中预后价值的循证医学研究[D]. 李志冉. 大理大学, 2021(09)
- [4]基于机器学习整合多维组学数据指导食管癌精准放疗的应用基础研究[D]. 王璐. 山东大学, 2021(10)
- [5]口腔鳞状细胞癌PDX模型的建立和鉴定及HDST药敏检测技术在口腔鳞状细胞癌PDX模型上的应用[D]. 何斐. 南昌大学, 2021(01)
- [6]科研不端行为的联合调查与处理——《肿瘤生物学》撤稿事件的启示[J]. 史昱. 科学与社会, 2020(04)
- [7]胃肠道印戒细胞癌和黏液腺癌临床病理特征及预后的比较研究[D]. 李慧. 南昌大学, 2020(08)
- [8]中性粒细胞胞外诱捕获网和免疫组多样性与肿瘤患者预后相关性研究[D]. 郭丽萍. 北京协和医学院, 2020
- [9]B7-H3通过调控膀胱癌干细胞自我更新能力促进膀胱癌复发转移的研究[D]. 李琛. 苏州大学, 2018(01)
- [10]双氢青蒿素对肝癌肿瘤生物学行为的影响及机制研究[D]. 郭俊. 武汉大学, 2016(01)