一、我国辽宁省嗜人按蚊群体与其它分布地群体的遗传分化研究(论文文献综述)
周秋明,林琳,董昊炜,袁浩,白洁,李翔宇,彭恒,马雅军[1](2021)在《基于多态微卫星DNA的中国雷氏按蚊群体遗传结构研究》文中研究说明目的应用微卫星DNA检测中国雷氏按蚊群体的遗传差异和结构,探讨群体遗传分化的影响因素。方法用吸蚊管人工吸取成蚊,依据形态与核糖体DNA第2内转录间隔区分子特征鉴定雷氏按蚊,对9个微卫星位点进行基因扫描,基于微卫星DNA的片段长度多态性,计算群体内和群体间的遗传差异,Structure软件推论分支数,并计算有效群体规模。结果在17个采集地获取雷氏按蚊216只,合并为9个群体进行分析。雷氏按蚊群体平均等位基因数范围为3.22~7.44,平均期望杂合度和观察杂合度范围分别为0.48~0.71和0.33~0.47;群体间固定指数范围为-0.01~0.25,平均为0.13;群体内的遗传变异(86.55%)远大于群体间(13.45%),群体间的遗传变异水平与地理距离呈正相关。Structure结果显示雷氏按蚊群体可划分成2支,第Ⅰ支包括辽宁和广东群体,第Ⅱ支包括我国的海南、湖北、河南、云南、四川群体和韩国群体。结论我国雷氏按蚊群体的遗传变异主要存在于群体个体间,其变异水平中等,群体遗传结构符合地理隔离模型。研究结果提示雷氏按蚊属于2个基因库,云南群体为原始基因库,向东、北方向扩散的过程中,逐渐出现另一基因库的个体。
刘耀宝[2](2017)在《不同地理株间日疟原虫基因多态性和群体遗传学研究》文中研究指明间日疟原虫(Plasmodiumvivax)是全球地理分布最为广泛的人体疟原虫种,也曾是我国疟疾流行区的主要疟原虫种。由于间日疟原虫具有独特的生物学特性,间日疟的控制和消除比恶性疟难度更大,在大多数恶性疟和间日疟混合流行地区,常发现在疟疾控制取得成效,疟疾发病率下降的同时,间日疟所占的比例却在增加,一些国家在恶性疟得到有效控制或消除后的几年甚至几十年内仍存在间日疟的流行。当前我国已进入消除疟疾阶段,虽然除云南边境地区外,我国大部分原疟疾流行地区已无本地感染疟疾病例,但我国每年由境外输入的疟疾病例超过3000例,其中输入性间日疟约占20%-25%。世界卫生组织消除疟疾的考核评估判定标准之一是“连续3年没有本地蚊媒传播的疟疾病例”,由于我国原主要疟疾流行区的媒介按蚊均能传播间日疟,因此在发现间日疟病例后,不仅需要判定其是否为输入性病例,还需要评估是否存在输入再传播风险的可能。目前,在我国消除疟疾行动计划中,输入性疟疾病例的判定仍依赖于个案流行病学调查,所有存在媒介按蚊地区发现的输入性间日疟疫点均认为有再传播风险,需要采取包括媒介控制在内的疫点处置措施。因此,探索研究判定间日疟原虫感染来源的分子鉴别技术和境外输入性疟原虫株与本地疟疾传播媒介之间的适配性(易感性),并评估输入性疟疾病例引起本地继发传播的风险,对消除疟疾和消除后的防止输入再传播均具有重要意义。本研究结合我国消除疟疾阶段的实际需求,第一部分采用微卫星分子标记对我国中部和南部地区的间日疟原虫株进行了基因多态性和群体遗传学分析,并对我国与其它国家间日疟原虫株的基因型数据进行了比较分析,探索判定间日疟原虫感染来源的分子鉴别方法;第二部分通过对我国不同地区间日疟原虫株的Pvs47基因多态性和群体遗传学研究以及与东亚、东南亚和南美地区间日疟原虫株Pvs47基因序列的比较分析,为输入性间日疟引起本地传播风险评估提供科学依据。第一部分基于微卫星标记的间日疟原虫基因多态性和群体遗传学研究一、中国中部和南部地区间日疟原虫基因多态性和群体遗传结构分析目的:对我国中部地区和南部地区间日疟原虫株的基因多态性和群体遗传结构进行分析,为建立间日疟原虫感染来源分子鉴别技术提供依据。方法:收集2007-2012年我国中部和南部间日疟流行区的间日疟原虫样本(n=236),采用9个微卫星分子标记和毛细管电泳技术进行基因分型,利用亚太地区消除疟疾组织(Asia Pacific Malaria Elimination Network,APMEN)间日疟原虫基因型数据共享平台(VivaxGEN)进行数据处理,对间日疟原虫的多克隆感染情况、群体基因多态性、连锁不平衡水平和群体遗传结构进行分析。结果:1.南部地区间日疟原虫株多克隆感染比例(70.4%,38/54)高于中部地区(51.4%,93/181),差异具有统计学意义(P<0.01);南部地区间日疟原虫株的平均期望杂合度(HE=0.85±0.07)高于中部地区(HE=0.73±0.13),差异具有统计学意义(P<0.01);南部地区间日疟原虫株等位基因丰度(Rs=11.89)高于中部地区间日疟原虫株等位基因丰度(Rs=8.17),差异具有统计学意义(P<0.01);南部地区间日疟原虫株各微卫星位点的平均等位基因数和特有等位基因数均多于中部地区。2.中部地区间日疟原虫株(/AS=0.147,P<0.01)和南部地区间日疟原虫株(/AS=0.136,P<0.01)均存在明显的连锁不平衡,且中部地区高于南部地区。中部地区不同年份的间日疟原虫株也具有明显的连锁不平衡,且连锁不平衡水平从2008 年(IAS=0.137,P<0.01)、2009 年(/AS=0.190,P<0.01)到 2010 年(IAS=0.264,P<0.01)有逐年增加的趋势。3.STRUCTURE分析结果显示中部地区和南部地区的间日疟原虫株可分为多个遗传亚群。K=4时,ΔK值最大,中部地区群体遗传结构复杂,南部地区群体遗传结构较为单一。K=2时,南部地区92.59%(50/54)的虫株来源于遗传亚群2(pop2),1.85%(1/54)的虫株来源于遗传亚群1(popl),5.56%(3/54)的虫株为混合来源;中部地区43.09%(78/181)的虫株来源于遗传亚群1(pop1),34.81%(63/181)的虫株来源于遗传亚群2(pop2),22.1%(40/181)的虫株为混合来源。4.中部地区和南部地区之间的间日疟原虫株具有一定的群体遗传分化(FST=0.0696,P=0.00007)。中部地区2008年与2010年之间的间日疟原虫株群体遗传分化最大(FST=0.0389,P=0.012),2008 与 2009 年(FST=-0.0001,P=0.422),2009与2010年(FST=0.034,P 0.034)之间的遗传分化较小。5.进化树和主成份分析均显示中部地区和南部地区间日疟原虫株在遗传地位上有交叉。Mantel检验分析显示,中部地区间日疟原虫株的遗传距离与地理距离之间具有一定的相关性(r=0.08,P=0.036),遗传距离与样本采集时间之间也具有一定的相关性(r=0.05,P=0.01)。结论:1.我国南部地区间日疟原虫株的基因多态性在个体水平(多克隆感染)和群体水平(期望杂合度)上均显着高于我国中部地区,与我国南部地区间日疟的流行强度高于中部地区的情况较为吻合。2.我国中部地区和南部地区的间日疟原虫株均具有明显的连锁不平衡,且南部地区的连锁不平衡水平低于中部地区,同样提示我国南部地区间日疟的流行强度高于中部地区。3.我国中部地区间日疟原虫株的群体遗传结构较为复杂,南部地区间日疟原虫株的群体遗传结构较为单一;中部地区和南部地区之间的间日疟原虫株具有一定的群体遗传分化;中部地区和南部地区间日疟原虫株在遗传地位上有交叉;中部地区间日疟原虫株之间的遗传距离具有一定的时空相关性。4.建立了我国中部地区和南部地区间日疟株微卫星基因型数据库,并纳入了亚太地区消除疟疾组织(APMEN)间日疟原虫基因型数据共享平台(VivaxGEN),为进一步开展间日疟原虫感染来源分子鉴别技术的研究打下了基础。二、我国与其它国家间日疟原虫基因多态性和群体遗传结构比较分析目的:对我国与其它国家间日疟原虫株的基因多态性和群体遗传结构进行比较分析,探索建立间日疟原虫感染来源分子鉴别技术。方法:通过国际合作,利用APMEN间日疟原虫基因型数据共享平台(VivaxGEN),对埃塞俄比亚、伊朗、不丹、马来西亚、印度尼西亚、韩国、中国南部地区以及中国中部地区的间日疟原虫株进行基因多态性和群体遗传结构进行比较分析,并基于STRUCTURE和Weka软件对境外输入性间日疟病例进行感染来源分析。结果:1.不同国家之间的间日疟原虫株多克隆感染比例差异较大(4.2%-97.2%),伊朗间日疟原虫株的多克隆感染比例最高(97.2%),韩国间日疟原虫株的多克隆感染比例最低(4.2%)。中国中部地区和南部地区间日疟原虫株的多克隆感染比例均较高,分别为51.4%和70.4%。2.共发现78个特有等位基因,其中特有等位基因个数最多的为印度尼西亚(25个),最少的为韩国(0个),中国中部地区发现7个特有等位基因,中国南部地区发现10个特有等位基因。微卫星位点MS20的短片段等位基因(150bp)仅在中国和韩国的间日疟原虫样本中发现,其在韩国、中国中部地区和中国南部地区的等位基因频率分别为98.8%、60.9%和22.4%。3.群体遗传结构STRUCTURE分析结果显示,K=2时,间日疟原虫株的2个遗传亚群与间日疟原虫热带株和温带株的地理分布相吻合;K=4时,非洲虫株主要属于pop1,伊朗虫株主要属于pop2,不丹、马来西亚、印度尼西亚以及中国南部地区虫株主要属于pop3,中国中部地区和韩国的虫株主要属于pop4;K=6时,中国中部地区和韩国的间日疟原虫株也出现了遗传结构分化。进化树和主成份分析均发现,中国中部地区间日疟原虫株与韩国株的遗传距离相近,可聚为一类,但与非洲和东南亚的间日疟原虫株的遗传距离较远;我国南部地区间日疟原虫株与东南亚国家的间日疟原虫株之间的遗传距离较为接近。4.基于STRUCTURE分析,对30例输入性间日疟病例感染来源判定的平均符合率为85%。我国中部地区的间日疟原虫株与埃塞俄比亚间日疟原虫株可分为2个遗传亚群(pop1和和pop2),埃塞俄比亚间日疟原虫株98.20%的遗传信息来自pop1,而中国中部地区间日疟原虫株的96.3%遗传信息来自pop2,5例有埃塞俄比亚旅行史间日疟病例均可判定为pop1来源。中国中部地区间日疟原虫株和东南亚(马来西亚和印度尼西亚)间日疟原虫株也可分为2个遗传亚群(pop1和pop2),东南亚间日疟原虫株97.50%的遗传信息来自popl,中国中部地区间日疟原虫株94.20%的遗传信息来自pop2,10例有东南亚旅行史的间日疟病例中,9例可判定为pop2来源,判定准确率为90%。5.基于Weka分析,采用4个微卫星位点(MS8,MS10,MS16,MS20)对来自非洲、中东、南亚/东南亚和东亚4个地区的493例间日疟病例感染来源分类的符合率为90.47%,对中国中部地区和埃塞俄比亚的172例间日疟样本感染来源分类的符合率达99.42%;采用2个微卫星位点组合(MS8,MS20)对中国中部地区和东南亚的235例间日疟样本来源分类的符合率达98.70%。结论:1.首次发现我国中部地区存在间日疟原虫微卫星MS20位点短片段(150bp)等位基因,该间日疟原虫地理株特有等位基因可作为我国中部地区本地和输入性间日疟鉴别的分子标记。2.初步建立了以微卫星位点为基础的不同感染来源间日疟原虫分子鉴别技术。采用4个微卫星位点(MS8,MS10,MS16,MS20)对中国中部地区和非洲间日疟原虫感染来源鉴别的准确率达99.42%;采用2个微卫星位点(MS8,MS20)对中国中部地区和东南亚国家间日疟原虫感染来源鉴别的准确率达98.70%。第二部分间日疟原虫Pvs47基因多态性和群体遗传学研究目的:研究不同地区间日疟原虫株Pvs47基因多态性和群体遗传学特征,为输入性间日疟病例本地传播风险评估提供科学依据。方法:对我国中部地区、南部地区以及部分从东南亚国家输入的间日疟原虫株(n=212)进行Pvs7 基因测序,与 Genbank(n=76)和 PlasmoDB(n=68)数据库中已报道的间日疟原虫株Pvs47基因序列一起构建数据库,并进行基因多态性和群体遗传学分析。结果:1.对356例间日疟原虫株的Pvs47基因序列进行分析,共发现34个单核苷酸多态性位点。Pvs47平均核苷酸多样性指数π为0.0039,其中东南亚间日疟原虫株Pvs47的基因多态性最高(π=0.00424),东亚间日疟原虫株Pvs47的基因多态性最低(π=0.00029),我国中部地区间日疟原虫株Pvs47的基因多态性水平(π=0.00091)略高于东亚地区间日疟原虫株Pvs47的基因多态性水平(π=0.00029),但明显低于我国南部地区间日疟原虫株Pvs47的基因多态性水平(π=0.00253)。2.东亚与南美间日疟原虫种群之间的遗传分化最大(FST=0.92,GST=0.60),我国中部地区与东亚间日疟原虫种群之间的遗传分化最小(FST=0.06,GSt=0.04)。我国南部地区与东南亚间日疟原虫种群之间的遗传分化较小(FST=0.08,GST=0.03),但我国中部地区与东南亚间日疟原虫种群之间的遗传分化较大(FST=0.37,GST=0.20)。3.共发现52个Pvs47DNA单体型和47个Pvs47氨基酸单体型。47个氨基酸单体型中,东南亚的单体型最多(28个),东亚的单体型最少(3个),中国中部和南部地区的单体型分别为12个和11个。每个间日疟原虫种群均存在特有氨基酸单体型(1-21个),在频率大于1%的特有单体型中,东南亚1个(Hapaa40),我国南部地区 1 个(Hapaa8),南美 2 个(Hapaa1 和 Hapaa45)。Hapaa2 是我国中部地区和东亚的优势氨基酸单体型,分别占我国中部地区间日疟原虫株的80%(112/140)和东亚间日疟原虫株的95.1%(39/41),而东南亚地区Hapaa2仅占3.0%(2/67),我国南部地区Hapaa2占28.9%(13/45),南美未发现Hapaa2。Hapaa1是南美的优势单体型,占南美间日疟原虫株的74.6%(47/63),其它地区均未发现Hapaa1。4.遗传进化树分析显示,47个氨基酸单体型可分为2个主要的遗传进化枝。其中,进化枝1中的10个单体型主要在我国中部地区流行,进化枝2中的23个单体型主要在东南亚地区流行。7个在我国南部地区流行的单体型在2个进化枝中均有发现,1个东亚特有单体型与我国中部地区的单体型聚为一枝,4个南美特有单体型均位于进化枝2,且遗传地位相近。5.Network分析显示,Pvs47DNA单体型分布具有明显的地理来源聚集性。我国中部地区和东亚的单体型聚为一类,我国南部地区和东南亚的单体型聚为一类,南美的单体型聚为一类。结论:1.首次发现不同地区间日疟原虫株Pvs47基因的基因多态性和群体遗传结构存在明显差异,Pvs47单体型具有地理来源特异性。2.我国南部地区间日疟原虫株与东南亚间日疟原虫株的Pvs47基因遗传地位相近,单体型聚为一类,提示输入性间日疟原虫株与当地媒介的适配性强,近距离输入病例引发本地传播的风险较大。3.我国中部地区间日疟原虫株与东南亚等地区间日疟原虫株的Pvs47基因遗传地位较远,单体型具有地理来源特异性,提示输入性间日疟原虫株与当地媒介的适配性较差,远距离输入病例引发本地传播的风险较小,这可能是由东南亚国家和非洲输入的间日疟病例尚未在我国中部地区引起输入再传播的重要分子机制之一。
马雅军,徐建农[3](2015)在《中国按蚊的分类研究进展》文中研究说明按蚊是一类重要医学昆虫,许多种类可传播疟疾和淋巴丝虫病,故其正确鉴定非常重要。该文根据笔者多年的工作积累,参照近年文献,修订了中国按蚊名录,按蚊亚属共40种,塞蚊亚属31种,其中有3种为未订名的分子型,并对部分争议进行了说明。
冯欣宇,马雅军,徐建农,梁江涛,夏爱[4](2015)在《中华按蚊丝氨酸蛋白酶抑制因子14(SRPN14)基因的多态性和进化研究》文中提出目的鉴定和定位中华按蚊丝氨酸蛋白酶抑制因子14(SRPN14)基因,分析其在不同群体中的多态性,以及进化中的选择压力。方法依据中华按蚊基因组测序数据,设计引物,建立扩增SRPN14基因部分片段的体系,荧光原位杂交进行染色体定位。测定采自我国12省(市)18个采集地的中华按蚊群体的SRPN14基因部分片段序列,计算其在群体内与群体间的遗传差异,以及适应性进化的选择压力。结果本研究获得的中华按蚊SRPN14基因部分序列长度为429 bp,与冈比亚按蚊SRPN14基因的对应位置在核苷酸和氨基酸水平的序列一致性分别为77%和88%,位于唾腺染色体的2L:23C亚区。采自我国13个群体411个个体中,SRPN14的等位基因数目共204个,其中51个在群体间共享,占25.00%。13个群体的中华按蚊SRPN14等位基因数目范围为11(辽宁群体LN)33(重庆群体CQ),核苷酸多态性为0.008(LN)0.024(海南群体HAN)。AMOVA分析结果显示,群体内变异显着大于群体间,群体内变异占总变异的95.79%,群体间差异小,遗传分化指数(FST)值为0.042。中华按蚊各群体SRPN14基因核苷酸同义替换位点数明显多于非同义替换位点数,ω均小于1。结论SRPN14基因在中华按蚊群体中存在一定的多态性,其进化受到负选择压力。
梁江涛[5](2015)在《中华按蚊高分辨率染色体图谱及物理图谱的构建》文中指出中华按蚊(Anophelessinensis Wiedemann,1828)属于按蚊属(Anophelesgenus)按蚊亚属(Anopheles subgenus)的赫坎按蚊种团(An.hyrcanus group),是我国广大平原地区传播间日疟原虫(Plasmodium vivax)的重要媒介之一,也是马来丝虫病的重要传播载体。在细胞遗传学上,中华按蚊还是研究多线染色体(polytene chromosome)的模式昆虫,高品质的多线染色体多见于幼虫的唾液腺中。前期发表的中华按蚊染色体图谱多被应用于种团内近似种的鉴定以及作为不同地理区域蚊虫生态习性和疟疾传播能力差异相关探讨的遗传基础。但由于发表的染色体图谱分辨率较低,未能体现出种下分类的优势。近年来,随着国内外基因组测序工作的启动,韩国品系和中国品系中华按蚊基因组数据的相继发表,使得中华按蚊物理图谱的构建也显得愈加重要。雷氏按蚊(An.Lesteri Baisas&Hu,1936)是中华按蚊的姊妹近缘种,同属于赫坎按蚊种团,形态上高度相似,而且常在同一区域范围内滋生繁衍,这给传统的形态学分类鉴定带来了困难。虽然雷氏按蚊和中华按蚊形态特征相似,但这两个蚊种在生态习性和疟疾传播能力方面却存在着显着差异。中华按蚊广泛分布于我国除青海和新疆以外的广大地区,而雷氏按蚊则主要局限在中国中部和东南部地区。雷氏按蚊的传疟能力显着高于中华按蚊,凡有雷氏按蚊存在的地区疟疾发病就高,往往造成局部暴发。本研究论文中,我们制作完成了一副中华按蚊高分辨率的唾液腺多线染色体图谱,将其分为39个区、116个亚区。为了促进中华按蚊群体遗传学的研究,我们描述了一个中华按蚊种内多态性倒位3Ra,并通过比较倒位纯合子的染色体带型差异,将倒位位点定位在染色体28A和31A亚区上。为了促进中华按蚊基因组的染色体定位和组装,我们同时利用荧光原位杂交技术,将52个DNA探针定位到中华按蚊的染色体图谱上,初步构建了第一副物理图谱。最后,通过比较分析保守DNA探针在不同染色体上的分布,我们确定了中华按蚊与冈比亚按蚊(An.gambiae)染色体进化关系。研究发现,中华按蚊和冈比亚按蚊间染色体臂2R和3R发生了互换,而其它染色体臂(X、2L和3L)同源性一致。中华按蚊染色体图谱和物理图谱的构建完成将为按蚊系统分类学、群体遗传学、生态遗传学和遗传进化等的研究打下了坚实的基础。为了寻求鉴定中华按蚊和雷氏按蚊有效和必要的细胞遗传学手段,以及阐明两个蚊种间生态习性和疟疾传播能力差异的遗传基础,我们构建了一副雷氏按蚊高分辨率的多线染色体图谱,并根据中华按蚊的染色体图谱,将其划分为相应的39个区和116个亚区。同时利用荧光原位杂交技术,将24个保守的中华按探针定位于雷氏按蚊染色体上。通过对染色体带型和DNA探针在两个蚊种上的位置比较分析发现,中华按蚊和雷氏按蚊染色体带型极为相似,且在进化上各条染色体臂高度同源。另外,我们对雷氏按蚊中发现的两个种内多态性倒位2La和3Ra进行了描述,并将倒位位点确定在染色体图谱上。本研究不但能提供有价值的细胞遗传学鉴定资料,还能为进一步阐明雷氏按蚊和中华按蚊生态习性和传病能力差异的分子机制打下坚实的基础。
钟敏,蔺应学,王英[6](2014)在《分子生物学技术在按蚊近缘种鉴定的应用进展》文中研究表明按蚊是传播疟疾等疾病的主要媒介生物,按蚊属包括几个甚至十几个近缘种组成的复合体,某些近缘种之间的形态极其相似,但其生态习性却明显不同,传病能力也有显着差异,因此正确进行蚊种鉴定对疾病预警等非常重要。单纯靠传统的形态学鉴定已不能满足按蚊近缘种和种内变异鉴别的需要,近年来,分子生物学技术在鉴定按蚊近缘种方面已成为研究的热点,本文就PCR技术、DNA探针、RAPD、RFLP、分子标志等分子生物学技术在按蚊近缘种鉴定的应用进展进行综述。
王海防,王怀位,程鹏,郭秀霞,杨培培,公茂庆[7](2014)在《嗜血习性同域分化的中华按蚊种群rDNA-ITS2序列分析》文中进行了进一步梳理目的探讨同域分布而嗜血习性不同的中华按蚊种群是否存在基于rDNA-ITS2序列差异的遗传分化。方法在中华按蚊密度高的自然村和按蚊孳生地之间,同时设人饵和牛饵帐通宵诱捕大量野外按蚊种群;经过形态鉴定分离两组中华按蚊,并带回实验室常规饲养。选择一温湿度适宜的大型封闭温室作为雌蚊标记-释放-重捕技术的场所,将以上人饵组和牛饵组中华按蚊分别经红色和黄色荧光粉标记后在温室的中间一起释放,同时在温室两端分别设人饵帐和牛饵帐再次诱捕(重捕)中华按蚊。将两次均被人饵帐和牛饵帐诱捕的中华按蚊雌蚊分成嗜人血组和嗜牛血组,带回实验室饲养传代,并分别饲以其蚊虫人血和牛血。两组中华按蚊的子1代雌蚊再次使用上述标记-释放-重捕技术,筛选嗜人血和嗜牛血的中华按蚊品系;并对该两品系的中华按蚊rDNA-ITS2基因进行PCR扩增测序比对。结果野外亲代嗜人血组中华按蚊人饵帐和牛饵帐的重诱捕比例分别为54.07%(339/627)和45.93%(288/627),嗜牛血组牛饵帐和人饵帐的重捕比例分别为58.01%(409/705)和41.99%(296/705),两组亲代嗜血习性均趋向选择原吸血宿主(χ2=19.42,P<0.01)。子1代嗜人血组中华按蚊人饵帐和牛饵帐的重捕比例分别为63.43%(765/1206)和36.57%(441/1206),嗜牛血组牛饵帐和人饵帐的重捕比例分别为68.22%(1039/1523)和31.78%(484/1523),两组蚊虫群体嗜血习性有更显着的选择原吸血宿主的特性(χ2=271.69,P<0.01),表现出遗传分化现象。但PCR扩增测序比对结果显示,两品系蚊虫的rDNAITS2基因碱基序列无差异,均为469 bp。结论嗜血习性不同的中华按蚊同域种群未发生基于rDNA-ITS2序列的遗传分化。
邢丹[8](2013)在《中国尖音库蚊复合组分子系统学的研究》文中提出尖音库蚊复合组Culex pipiens Complex是全球性分布的媒介蚊虫复合组。在我国,该复合组包括尖音库蚊指名亚种、致倦库蚊、淡色库蚊和骚扰库蚊。我国已知前三者的分布情况,其中新疆地区是典型的尖音库蚊的孳生地,北方地区为淡色库蚊,南方地区为致倦库蚊,并在北京、沈阳、上海地区发现骚扰库蚊。该复合组种类遍布于全国,而且是全球重要的疾病传播媒介,在医学上具有重要研究价值,其中尖音库蚊亚种的淡色库蚊和致倦库蚊是我国斑氏丝虫病的主要传播媒介。该复合组还是我国广大城乡的优势蚊虫,其中淡色库蚊和致倦库蚊分别是我国北方和南方常见蚊种,是城镇入室吸血骚扰的主要蚊种。该复合组的分类是蚊虫分类学研究中公认的世界性难题。国内外学者对该复合组分类地位、鉴别形态和地理区划做了不少研究,该复合组的各亚种形态颇为相似,从外形上很难鉴别,其雄蚊阳茎侧板中叶的形态特征是种下分类的重要依据,且雄蚊阳茎DV/D值是该复合组的重要形态学鉴别特征。然而对于雌性成蚊,仍然,没有可鉴别的形态特征,同时该复合组成员之间的进化和亲缘关系也还没有深入的研究。随着分子生物学技术,尤其是PCR技术和核酸自动测序技术的迅速发展,成熟的基因扩增及测序技术,结合比较发达的网络与信息技术,给我们提供了以DNA为基础的分子系统分类学的发展。较传统的形态分类学而言,分子系统分类学可以利用小块生物体组织进行鉴别,能够在生物的不同生长阶段鉴别物种;并能够对传统分类系统进行验证,弥补其不足。现已被广泛用于研究昆虫系统发育、行为进化、种群遗传变异和分化,以及区分近缘种的鉴别,种下分类单元的鉴定等方面。多种分子标记的出现,为尖音库蚊复合组蚊虫在系统分类学、种群遗传学、种群生态学等方面的研究提供了新的思路和方法,从而能更好地阐明媒介蚊虫和疾病传播的关系,为蚊媒和蚊媒病的防治提供重要的参考。本研究依据外部形态分类鉴定及前人工作的基础上,以我国尖音库蚊复合组中的四亚种为研究对象,综合多个分子标记,利用分子生物学技术对其分子标记的基因序列进行研究,通过测定基因序列,对每个分子标记进行详细的分析,构建了该复合组在分子水平的系统发育关系。研究结果如下:1.15个尖音库蚊复合组种群中COⅠ和COⅡ基因序列获得的长度为633bp和626bp,两者均表现出A+T含量高于C+G含量的趋向性和氨基酸的偏向性,它们的各序列之间的差异度与遗传距离均呈线性关系,且转换大于颠换,碱基替换未达到饱和,说明尖音库蚊复合组种间存在较大的进化潜能。2.15个尖音库蚊复合组种群中COⅠ和COⅡ基因序列遗传距离范围均在0~0.013之间,说明该复合组变异性较低,遗传相似性较高。聚类分析结果表明COⅠ和COⅡ基因在尖音库蚊复合组种内十分保守,不适合在分子系统学研究中用于作亚种阶元的分子特征指标,从另一个角度表明,由于COⅠ和COⅡ基因序列较为相似,因此可以看出尖音库蚊、淡色库蚊、致倦库蚊和骚扰库蚊仍属于同一个种。3.30个尖音库蚊复合组种群中AChE2基因序列获得的长度为925bp,其也表现出A+T含量趋向性和氨基酸的偏向性,它们的各序列之间的差异度与遗传距离也呈线性关系,且转换大于颠换,碱基替换未达到饱和。4.30个尖音库蚊复合组种群中AChE2基因序列遗传距离范围均在0~1.292之间,说明该复合组变异性较大。聚类分析结果表明AChE2基因序列在尖音库蚊复合组蚊虫亚种阶元分类上具有重叠交叉现象,不能与传统形态学分类统一起来,说明就AChE2基因来说,我国尖音库蚊复合组蚊虫分化还没有达到可以通过该序列区分的程度。5.34个地区的尖音库蚊复合组蚊虫除新疆霍城的尖音库蚊外均有wolbachia感染,感染率在24%~100%。说明我国尖音库蚊复合组地理种群内wolbachia感染现象十分普遍,且其分布不均匀,感染情况呈现多样性。其中32个地区中测得的wsp基因序列差异较小,经多序列比对排齐后完全一致。说明我国尖音库蚊复合组亲缘关系很近,同源性较高。6.22个地理采集点经雄蚊阳茎形态、DV/D值与蚊虫生存环境及自育性综合分析,认为黑龙江黑瞎子岛、甘肃嘉峪关、甘肃张掖、甘肃民勤、和甘肃武威的尖音库蚊复合组蚊虫为尖音库蚊,并确定在内蒙古满洲里发现骚扰库蚊新纪录。7.22个地区雄蚊阳茎DV/D值与纬度之间呈强负相关,运用其回归方程验证了30°左右为我国淡色库蚊与致倦库蚊地理分布的理论分界线,说明尖音库蚊复合组雄蚊阳茎DV/D值随地理纬度不同而变化。8.25个尖音库蚊复合组地理种群在9个微卫星位点中每个位点的平均等位基因数为5.92,平均多态信息含量为0.697,平均香农多样性指数为1.236,平均观察杂合度为0.471,说明我国尖音库蚊复合组种群内的遗传变异比较丰富,为高度多态性,属高度杂合群体,有较大的遗传潜力,能反映种间的遗传多样性信息。9.9个微卫星位点在25个尖音库蚊复合组种群进行哈迪温伯格平衡检验,除Cx2、Cp3和Cx7位点外均偏离哈温平衡;它们的平均固定指数为0.224,平均遗传分化系数为0.228,说明群体间并非随机交配,存在高度的遗传分化。基因流的平均值为1.008,说明种群间的遗传相似性不高,而且所选的尖音库蚊复合组群体存在或者过去某个时期发生基因交流。10.25个尖音库蚊复合组种群间的遗传距离介于0.089~1.775之间,说明群体间遗传差异较大。聚类分析结果表明,9个位点的微卫星标记基本能够正确的反映尖音库蚊复合组种群内各群体间的遗传关系,能够较为准确的描述各群体间的关系,及该复合组和地理分布有一定程度的关联。
林琳[9](2011)在《应用微卫星DNA标志研究我国雷氏按蚊群体遗传结构》文中研究指明雷氏按蚊Anopheles lesteri Baisas & Hu 1936,隶属按蚊属(Genus Anopheles)、赫坎按蚊种团(An. hyrcanus group),分布于菲律宾、中国、日本、韩国和关岛等地,就医学重要性而言,仅在我国中部具有较高的传疟效能。多年的调查显示,雷氏按蚊在我国不同地理分布区,生态习性和传病能力也存在一定差异,故亟待深入研究雷氏按蚊的群体的遗传差异。本研究应用分子特征首先鉴别我国的按蚊样本;在研究雷氏按蚊多态微卫星DNA位点特征的基础上,应用多态的微卫星DNA位点检测我国雷氏按蚊群体遗传结构。依据分子特征鉴别我国的按蚊样本,提高了准确性,在一定程度上补充和更新了各地按蚊的本地资料。雷氏按蚊不同群体的遗传差异程度,以及群体分化等问题的阐明,可望为制定媒介区的疟疾控制策略提供理论依据。课题研究策略如下:首先,对我国不同分布地的按蚊样本依据rDNA的2个标志,即ITS2和D3,进行分子鉴定;之后,对课题组已分离的雷氏按蚊微卫星DNA位点应用现场样本进行GENESCAN扫描,研究各位点的基本特征;应用获得的多态微卫星位点检测我国雷氏按蚊的群体内和群体间的遗传差异。取得如下主要结果:1.本研究分子鉴定的样本来自云南、湖北、贵州、河南、广东、山东、辽宁、陕西和海南共126个样本,序列分析结果显示包括:中华按蚊(An. sinensis)(n=44)、迷走按蚊(An. vagus)(n=22)、暗灰按蚊(An. pullus) (n=18)、微小按蚊(An. minimus)(n=13)、林氏按蚊(An. lindesayi)(n=10)、克莱按蚊(An. kleini)(n=4)、筠连按蚊(An. junlianensis)(n=4)、腹簇按蚊(An. kochi)(n=4)、比伦按蚊(An. belenrae)(n=3)、贵阳按蚊(An. kweiyangensis)(n=3)和乌头按蚊(An. aconitus)(n=1)。2.序列分析发现存在4类无法定名的种类,即LL1、LL2、LL3和LL4,除LL4外,其他3类均与赫坎按蚊种团成员种最为近似,应是该种团的新成员种。另外,在多种按蚊中发现个体内的碱基双峰现象,提示这些按蚊物种近期分化活跃,处于隐种形成中(speciation)。3.应用分子鉴定确认的雷氏按蚊现场57个样本,研究了雷氏按蚊11个多态微卫星DNA的基本特征,为进一步检测雷氏按蚊的群体遗传结构提供了新的分子标志。4.应用9个多态的微卫星DNA位点检测了采自我国17个,以及韩国1个采集地的雷氏按蚊样本共216个,各行政省份合并后成1个群体,将获得的9个群体进行后续分析。5.雷氏按蚊群体内遗传差异的分析结果可见,平均期望杂合度和观察杂合度的范围为0.4848(江苏)~0.7134(辽宁)和0.3309(江苏)~0.4704(韩国);在辽宁群体中自有等位基因最多(9),而云南群体无自有等位基因;近交系数范围为0.2101(海南)~0.5037(湖北),平均为0.3508;经检验,总共30个位点偏离哈代-温伯格平衡,辽宁群体中的位点最多(7),在韩国、云南和湖北群体无位点偏离;连锁不平衡的检验结果显示,存在连锁关联的共38对位点(P<0.01),位点ANL10与ANL11在所有群体中均出现连锁关联,其他位点无规律。6.雷氏按蚊群体间遗传差异分析时去除江苏群体(实验室品系),以及位点ANL11。分析结果可见,成对群体间的FST范围为-0.0127(辽宁与韩国)~0.2539(云南与海南);Mantel检验结果显示群体间遗传差异与地理距离为正相关关系,群体遗传结构符合地理隔离模型;分子变异等级分析显示雷氏按蚊的变异主要存在于群体内,占总变异的86.55%,群体间的变异仅占总变异的13.45%;贝叶斯法的分析结果均显示所有群体可分为2个支,分支I包括广东和辽宁群体,分支II包括即韩国、河南、湖北、广东、海南和四川群体。7.雷氏按蚊群体的稳定性和规模的分析结果可见,河南、湖北、海南和辽宁共4个群体经历了近期群体的扩张;基于连锁不平衡模型,群体规模的范围为1.2(湖北)~33.7(广东),总体的群体规模为44.6,95%置信区间为40.6~49.0。8.综合分析雷氏按蚊的群体遗传结构,可以推测雷氏按蚊的祖先群体来自云南,其他群体均为扩散而至,向北、东迁移和扩散,在途中定殖,为适应当地生态环境出现一定比例的变异。雷氏按蚊分布广泛,地理屏障虽在一定程度上阻碍基因的交流,但群体间差异并不大,群体遗传结构符合地理隔离模型(Isolation-by-distance Model)。因其在我国中部的医学重要性,故在分布地长期、大量使用杀虫剂,导致雷氏按蚊的群体数量较小,存在大量近交,偏离哈代-温伯格平衡的现象。
彭淑琼,刘春晓,赵纯中,徐云庆[10](2010)在《分子生物学技术在蚊虫分类中的应用》文中提出由于蚊虫中存在许多由形态相似的隐种组成的种团或复合体,沿用传统的方法对其分类和鉴别较为困难,因此,寻找合适的特征和方法成为新世纪蚊虫分类工作者研究的重点内容之一。分子鉴别是较为活跃的研究领域之一,它以遗传的本质DNA为依据来阐明物种间的差别,从分子水平上鉴别物种,具有客观、准确的特点,在蚊虫分类中广为应用。而应用分子标志研究群体遗传结构是近年来进展最为迅速的领域之一,目前公认mtDNA部分基因序列和微卫星DNA较为理想。
二、我国辽宁省嗜人按蚊群体与其它分布地群体的遗传分化研究(论文开题报告)
(1)论文研究背景及目的
此处内容要求:
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景,再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题,并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例:
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
(2)本文研究方法
调查法:该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法:用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法:通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法:通过调查文献来获得资料,从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法:依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法:对研究对象进行“质”的方面的研究,这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法:通过具体的数字,使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法:运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法:这是社会科学用来分析社会现象的一种方法,从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法:通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、我国辽宁省嗜人按蚊群体与其它分布地群体的遗传分化研究(论文提纲范文)
(1)基于多态微卫星DNA的中国雷氏按蚊群体遗传结构研究(论文提纲范文)
1 材料与方法 |
1.1 蚊虫采集与鉴定 |
1.2 主要试剂 |
1.3 基因扫描 |
1.4 遗传差异分析 |
1.5 遗传结构分析 |
2 结果 |
2.1 雷氏按蚊群体 |
2.2 群体内遗传差异 |
2.3 群体间遗传差异 |
2.4 群体遗传结构 |
2.5 群体稳定性和规模 |
3 讨论 |
(2)不同地理株间日疟原虫基因多态性和群体遗传学研究(论文提纲范文)
中文摘要 |
abstract |
前言 |
第一部分 基于微卫星标记的间日疟原虫基因多态性和群体遗传学研究 |
一、中国中部和南部地区间日疟原虫基因多态性和群体遗传结构分析 |
1 材料与方法 |
2 结果 |
3 讨论 |
二、我国与其它国家间日疟原虫基因多态性和群体遗传结构比较分析 |
1 材料与方法 |
2 结果 |
3 讨论 |
第二部分 间日疟原虫Pvs47基因多态性和群体遗传学研究 |
1 材料与方法 |
2 结果 |
3 讨论 |
结论 |
参考文献 |
综述:分子流行病学在消除疟疾监测中的应用 |
参考文献 |
攻读博士学位期间发表的论文 |
本文使用的缩略词表 |
附录 |
本课题得到的基金资助 |
致谢 |
(3)中国按蚊的分类研究进展(论文提纲范文)
1中国按蚊名录的修订 |
2蚊种修订的说明 |
3结语 |
(4)中华按蚊丝氨酸蛋白酶抑制因子14(SRPN14)基因的多态性和进化研究(论文提纲范文)
1材料与方法 |
1.1材料 |
1.2方法 |
2结果 |
3讨论 |
(5)中华按蚊高分辨率染色体图谱及物理图谱的构建(论文提纲范文)
摘要 |
ABSTRACT |
第一章 文献综述 |
1 背景简介 |
2 按蚊多线染色体图谱和物理图谱研究进展 |
2.1 按蚊多线染色体图谱相关研究进展 |
2.2 按蚊的物理图谱研究进展 |
3 按蚊多线染色体图谱和物理图谱的应用 |
3.1 按蚊分类学和系统学方面的研究应用 |
3.2 生态遗传学方面的研究应用 |
3.3 基因定位方面的研究应用 |
3.4 基因组的组装方面的应用 |
3.5 比较基因组学方面的研究 |
4 中华按蚊及雷氏按蚊细胞遗传学与基因组学研究进展 |
4.1 中华按蚊多线染色体及基因组学研究进展 |
4.2 雷氏按蚊和中华按蚊研究进展 |
5 本研究目的和意义 |
第二章 中华按蚊多线染色体图谱及物理图谱的构建 |
1 材料与方法 |
1.1 供试蚊虫 |
1.2 多线染色体玻片制备 |
1.3 多线染色体图谱绘制 |
1.4 DNA探针制备 |
1.5 荧光探针制备 |
1.6 荧光原位杂交 |
2 结果与分析 |
2.1 中华按蚊高分辨率染色体图谱 |
2.2 3Ra多态性倒位识别 |
2.3 中华按蚊和冈比亚按蚊染色体臂同源性 |
2.4 中华按蚊物理图谱初步构建 |
3 讨论 |
第三章 中华按蚊与雷氏按蚊染色体比较分析 |
1 材料与方法 |
1.1 供试蚊虫 |
1.2 实验方法 |
2 结果与分析 |
2.1 雷氏按蚊高分辨率染色体图谱 |
2.2 雷氏按蚊与中华按蚊染色体臂同源性 |
2.3 2La和3Ra多态性倒位的识别 |
3 讨论 |
全文总结 |
参考文献 |
附录 |
致谢 |
学术论文发表情况 |
(6)分子生物学技术在按蚊近缘种鉴定的应用进展(论文提纲范文)
1 聚合酶链反应技术 |
2 DNA探针技术 |
3 随机引物扩增多态性DNA |
4 聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性技术 |
5 分子标志 |
5.1 mt DNA-COI |
5.2 r DNA-ITS2 |
5.3 微卫星DNA |
6 结语 |
(7)嗜血习性同域分化的中华按蚊种群rDNA-ITS2序列分析(论文提纲范文)
材料与方法 |
1 中华按蚊来源 |
2 嗜血习性不同中华按蚊品系的筛选 |
3 r DNA-ITS2序列的分析比对 |
3.1 按蚊基因组DNA的提取 |
3.2 r DNA-ITS2PCR扩增 |
3.3 扩增产物的测序比对 |
4 统计分析 |
结果 |
1嗜血习性不同中华按蚊品系的获得 |
2嗜血习性不同中华按蚊品系的r DNA--ITS2序列比对 |
讨论 |
(8)中国尖音库蚊复合组分子系统学的研究(论文提纲范文)
中英文缩略词表 |
摘要 |
Abstract |
前言 |
材料与方法 |
1. 材料 |
2. 方法 |
结果 |
1. 我国尖音库蚊复合组COⅠ基因COⅡ基因的分子系统学研究 |
2. 我国尖音库蚊复合组——ACHE2 基因序列结果 |
3. 我国尖音库蚊复合组感染WOLBACHIA的WSP基因序列结果 |
4. 我国尖音库蚊复合组雄蚊阳茎DV/D值测定及研究结果 |
5. 我国尖音库蚊复合组微卫星DNA遗传多样性分析结果 |
讨论 |
1. 我国尖音库蚊复合组COⅠ、COⅡ基因的研究 |
2. 我国尖音库蚊复合组ACHE2 基因的研究 |
3. 我国尖音库蚊复合组感染WOLBACHIA的研究 |
4. 我国尖音库蚊复合组雄性外生殖器形态类型及其变异与地理分布的关系 |
5. 我国尖音库蚊复合组遗传多样性的微卫星分析 |
结论 |
参考文献 |
个人简历 |
致谢 |
综述 |
参考文献 |
发表论文一 |
发表论文二 |
(9)应用微卫星DNA标志研究我国雷氏按蚊群体遗传结构(论文提纲范文)
摘要 |
Abstract |
前言 |
一、雷氏按蚊的分类地位 |
二、雷氏按蚊的生物学 |
三、微卫星 DNA 检测按蚊群体遗传结构 |
四、雷氏按蚊的分子群体遗传结构 |
五、本课题的研究内容和意义 |
第一部分:应用核糖体 DNA 序列分子鉴定我国的按蚊样本 |
一、材料 |
二、方法 |
三、结果和讨论 |
四、结语 |
第二部分 雷氏按蚊多态微卫星 DNA 位点的特征研究 |
一、材料 |
二、方法 |
三、结果与讨论 |
四、结语 |
第三部分 应用多态微卫星 DNA 位点研究我国雷氏 按蚊群体遗传结构 |
一、材料 |
二、方法 |
三、结果与讨论 |
四、结语 |
小结 |
参考文献 |
攻读硕士学位期间的研究成果 |
致谢 |
(10)分子生物学技术在蚊虫分类中的应用(论文提纲范文)
1 分子标志 |
1.1 核糖体DNA (rDNA) |
1.1.1 rDNA-ITS2 |
1.1.3 rDNA-28S |
1.2 线粒体DNA (mtDNA) |
1.3 微卫星DNA |
1.4 其他 |
2 PCR和基因测序技术 |
3 RAPD技术 |
4 PCR-RFLP技术 |
5 DNA探针技术 |
四、我国辽宁省嗜人按蚊群体与其它分布地群体的遗传分化研究(论文参考文献)
- [1]基于多态微卫星DNA的中国雷氏按蚊群体遗传结构研究[J]. 周秋明,林琳,董昊炜,袁浩,白洁,李翔宇,彭恒,马雅军. 中国媒介生物学及控制杂志, 2021(05)
- [2]不同地理株间日疟原虫基因多态性和群体遗传学研究[D]. 刘耀宝. 苏州大学, 2017(06)
- [3]中国按蚊的分类研究进展[J]. 马雅军,徐建农. 中国媒介生物学及控制杂志, 2015(05)
- [4]中华按蚊丝氨酸蛋白酶抑制因子14(SRPN14)基因的多态性和进化研究[J]. 冯欣宇,马雅军,徐建农,梁江涛,夏爱. 中国寄生虫学与寄生虫病杂志, 2015(04)
- [5]中华按蚊高分辨率染色体图谱及物理图谱的构建[D]. 梁江涛. 南京农业大学, 2015(06)
- [6]分子生物学技术在按蚊近缘种鉴定的应用进展[J]. 钟敏,蔺应学,王英. 中国热带医学, 2014(12)
- [7]嗜血习性同域分化的中华按蚊种群rDNA-ITS2序列分析[J]. 王海防,王怀位,程鹏,郭秀霞,杨培培,公茂庆. 中国血吸虫病防治杂志, 2014(05)
- [8]中国尖音库蚊复合组分子系统学的研究[D]. 邢丹. 中国人民解放军军事医学科学院, 2013(11)
- [9]应用微卫星DNA标志研究我国雷氏按蚊群体遗传结构[D]. 林琳. 第二军医大学, 2011(09)
- [10]分子生物学技术在蚊虫分类中的应用[J]. 彭淑琼,刘春晓,赵纯中,徐云庆. 中国国境卫生检疫杂志, 2010(03)