一、骨肉瘤中cbfa1基因表达与临床因素的相关性研究（论文文献综述）
王紫玥[1]（2021）在《利用生物信息学结合大数据分析骨肉瘤预后相关基因并探索STC2基因在骨肉瘤中的表达及意义》文中认为研究目的:骨肉瘤是原发骨肿瘤中最常见的一种类型,其发病率与死亡率逐年上升,其临床主要表现为:骨骼、关节疼痛和局部肿块;病理学镜下特征主要表现为肿瘤性成骨。化疗耐药与远期肺转移是导致患者死亡的主要原因。因为骨肉瘤细胞具有高度异质性,目前尚无有效的肿瘤治疗。但前沿的靶向治疗为疾病临床诊疗带来希望,目前,已经在骨肉瘤中尝试或应用的靶向药物类型有:表皮生长因子受体EGFR阻断剂、特定细胞标志物单克隆抗体、免疫检查点的抑制剂、I型干扰素等,目前可用于临床治疗骨肉瘤的的分子靶点数量较少,远不足以满足临床诊疗需要。利用生物信息学结合大数据分析,多维度挖掘骨肉瘤相关基因数据,并结合分子生物学实验进行验证,是筛选骨肉瘤潜在的诊疗基因靶点的重要手段。本研究将综合利用大数据分析、生物信息学工具以及实体组织验证,综合对影响骨肉瘤发生发展的基因群进行多维度分析,旨在探索潜在的临床诊疗新型靶点。具体研究内容:1、通过生物信息学结合大数据分析,筛选与正常骨组织相比,在骨肉瘤中表达出现异常的基因群,并进行基因功能注释以及模块分析,对潜在的核心基因构建高低风险特征模型,进一步筛选出与病人预后相关的关键基因。2、利用Prot Param、Genecards、R语言、GEPIA、Oncomine等生信手段,分析预后相关的关键基因理化性质、细胞定位、表达水平、周围相关蛋白、共表达基因谱系,并进行临床病理学特征分析,逐步解析STC2基因在肿瘤中的作用模式。3、应用生物样本库中骨肉瘤实体组织与细胞系,验证关键基因表达,并分析其临床病理特征,探索STC2基因作为骨肉瘤预后标志物的潜在可行性。研究方法:1、骨肉瘤预后相关基因的数据挖掘及基因表达特征模型的构建（1）从Gene Expression Omnibus（GEO）数据库中挑选出合适的骨肉瘤数据集（筛选标准:（1）样本量>10例;（2）含正常对照组织;（3）近十年内公布数据）,分析骨肉瘤和正常组织之间的差异表达基因（DEGs）。（2）根据基因表达量的差异倍数,对所有差异表达基因进行分组,对各组基因进行基本功能注释,包括分析其主要表达的细胞定位、发挥的生物学功能以及参与的信号通路。（3）在基因进行基本功能注释后,利用Cytoscape对差异表达基因进行功能模块分析,挑选其中关键模块基因使用survexpress进行风险评估,筛选出与病人预后相关的高风险组基因。2、生物信息学分析STC2基因在骨肉瘤中的作用（1）使用Prot Param预测STC2蛋白的基本理化性质,包括:氨基酸组成、分子量、等电点、不稳定系数、蛋白半衰期、疏/亲水性等。（2）分别应用c NLS-mapper以及TMHMM网站进行核定位区域及跨膜区域分析预测,明确STC2基因在细胞中的基本表达定位,探索其潜在的作用模式。（3）使用Genecards在线分析STC2蛋白的亚细胞定位。（4）利用oncomine数据库对STC2在骨肉瘤组织中的表达情况进行分析,包括:肉瘤与普通组织、肉瘤和其他类型肿瘤、各种类型的肉瘤3种不同模式。（5）使用CELL等数据库分析STC2在骨肉瘤细胞水平的基本表达情况,主要对比分析:m RNA芯片、转录组测序2种不同类型。（6）从TCGA数据集中下载肉瘤患者原始数据信息,包括:性别、种族、新辅助化疗、药物治疗、肿瘤深度、坏死程度、复发、转移、器官侵犯等等,统计学分析STC2基因表达与骨肉瘤临床病理特征之间的关系。3、验证STC2在骨肉瘤中的表达及临床意义（1）收集山西医科大学第二医院病理科骨肉瘤样本以及临床病理资料,进行STC2免疫组化染色,对阳性表达定位、阳性率均进行评估。（2）统计学分析STC2与山西医科大学第二医院骨肉瘤患者临床病理特征的关系,并和TCGA中大数据分析的结果进行对比。（3）使用癌症细胞系百科全书数据库分析STC2基因过表达与干扰前后,对骨肉瘤细胞增殖能力的影响,包括骨肉瘤与其它肿瘤细胞增殖能力以及骨肉瘤与正常细胞增殖能力对比。研究结果:1、骨肉瘤预后相关基因的数据挖掘及基因表达特征模型的构建（1）数据筛选:在GEO数据库中,筛选得到条件合适的2个骨肉瘤数据集:GSE12865和GSE42352,其中GSE12865数据集包含14个样本,包括:12个骨肉瘤样本,和2个正常组织样本。GSE42352数据集包含87个样本,包括:84个骨肉瘤样本,和3个正常组织样本。（2）根据差异基因筛选标准:（1）p<0.05;（2）|log2FC|≤1.0（差异表达倍数小于2）、1.0≤|log2FC|≤2.0（差异倍数大于2小于4）、2.0≤|log2FC|≤3.0（差异倍数大于4小于8）、3≥|log2FC|（差异表达倍数大于8）将差异表达基因分成一、二、三、四组,并对四组基因进行功能注释。结果显示:差异表达量较高的三、四组基因主要富集在细胞膜和细胞外。（3）对差异基因进行功能模块分析,结果显示:评分较高的核心模块亦主要富集于细胞外、细胞基质构架,并且包含22个基因,分别为:CCND1、CD44、CXCR4、FGF2、TP53、MMP9、QSOX1、EVA1A、DMP1、MXRA8、MEPE、GAS6、LGALS1、PNPLA2、SPARCL1、MFGE8、AMBN、AMTN、SPP1、STC2、IGFBP4、PRSS23。（4）将核心模块中的22个基因构建表达特征模型,并进行风险评估,根据评估结果将基因进一步分为高、低风险两组,鉴定出与患者预后显着相关的高风险组基因。结果显示:高风险组中MMP9、EVA1A、SPP1、STC2基因与患者差相关。（5）对于MMP9、EVA1A、SPP1、STC2四个基因逐个进行单因素生存分析,结果显示仅有STC2与患者总生存预后显着相关,其表达量越高病人预后越差;而其余MMP9、EVA1A、SPP1基因与患者预后无明显相关关系。2、STC2基因在骨肉瘤中的表达及作用（1）分析STC2基因信息理化性质,包括氨基酸组成、蛋白质等电点、半衰期、疏水性及亲水性、核定位区域、跨膜区域、亚细胞定位等,结果显示:STC2蛋白为具有一定稳定性的亲水性蛋白,且对基因生物学功能分析结果提示,其调节细胞钙/磷酸盐稳态,并与雌激素分泌相关。（2）STC2基因细胞定位分析显示:基因不存在跨膜区域或核定位序列,人STC2蛋白主要分布在内质网和细胞外。（3）STC2基因表达模式显示:与其它肿瘤组织相比,其在骨肉瘤组织和细胞系中表达均明显升高。而且,在骨肉瘤的不同亚型（成骨型骨肉瘤、成软骨型骨肉瘤、成纤维型骨肉瘤、毛细血管扩张型骨肉瘤）中,STC2在成骨型和成软骨型骨肉瘤中表达明显高于其余二组,提示其与骨组织发育具有潜在相关性。（4）GEPIA和TCGA的数据分析显示,STC2基因表达与患者的生存预后显着相关,其表达含量越高,患者预后越差。（5）构建以STC2为中心的PPI蛋白,并分析基因潜在生物学功能,结果显示:与STC2蛋白相关性最强的前10名蛋白有:IGFBP5、CYR61、PENK、FSTL3、IGFBP3、IGFBP4、IGFBP1、FAM20A、BPIFB2、FAM20,其中显示与成骨机制相关的基因有5个,分别为IGFBP5、CYR61、PENK、FSTL3、IGFBP3。3、验证STC2在骨肉瘤中的表达及临床意义（1）收集山西医科大学第二医院43例骨肉瘤组织进行STC2免疫组化检测,染色结果显示:STC2蛋白主要定位在细胞核。（2）分析STC2与骨肉瘤患者临床病理特征的关系结果显示:STC2表达在化疗后显着降低,差异具有统计学意义。（3）细胞学验证STC2对骨肉瘤细胞增殖功能的影响结果显示:STC2基因过表达后,与STC2基因低表达的细胞株相比,其增殖能力明显增强。研究结论:1、骨肉瘤预后相关基因的数据挖掘及基因表达特征模型的构建骨肉瘤中表达差异倍数较高的基因,主要富集于细胞外,提示调控骨肉瘤发生发展的核心基因可能在细胞外或细胞基质构架中发挥功能;而且,风险评估的结果显示:STC2、MMP9、EVA1A、SPP1四个基因与患者预后相关,其中STC2基因的预后价值通过单因素分析得到验证。2、STC2基因在骨肉瘤中的表达及作用对STC2蛋白的基本性质,包括亲疏水性、稳定性、细胞定位以及参与的信号通路等进行分析,结果显示:STC2基因对钙磷稳态进行调节,而且STC2蛋白分泌型蛋白与骨肉瘤的发生发展具有潜在相关性。3、验证STC2在骨肉瘤中的表达及临床意义在43例骨肉瘤组织免疫组化的分析结果显示,STC2蛋白主要定位于细胞核,且其表达在化疗组显着降低,差异具有统计学意义;而且,STC2表达与骨肉瘤细胞增殖能力明显相关。
刘媛[2]（2021）在《长链非编码RNA参与骨肉瘤和胃癌增殖、迁移与耐药的机制研究》文中指出背景:恶性肿瘤是严重危害我国居民生命健康的主要慢性疾病。根据组织来源的不同,将上皮组织来源的恶性肿瘤统称为癌,而间叶组织来源的则统称为肉瘤,其中骨肉瘤是最常见的间叶组织恶性肿瘤,胃癌则是常见的腺癌。无论是骨肉瘤还是胃癌,探究其发病原因及机制,找到新的治疗靶点和生物标志物,仍是目前研究亟需解决的问题,从而为临床诊断和治疗提供了新的思路和理论基础。lncRNA是一种非编码的RNA转录物,它涉及调控多种机制,包括转录,翻译,蛋白质修饰以及某些信号通路,其中lncRNA可以作为miRNA的海绵,进而调节miRNA的水平和下游基因表达,发挥重要病理生理作用。LBX2-AS1是新近在食管鳞状上皮癌发现的一种促癌lncRNA,作为ceRNA调控靶基因的表达,且能促进胃癌、肝癌、卵巢癌、神经胶质瘤等多种肿瘤的发展和进程[1-6],但在骨肉瘤中作用却没有报道;LncRNA TUG1则在肺癌[7]、卵巢癌[8]、胰腺癌[9]等多种肿瘤中高表达,还参与调控细胞增殖、凋亡和EMT信号通路,但TUG1在胃癌中的作用还尚不清楚。本文选定恶性肿瘤两种不同组织来源的典型病理类型骨肉瘤及胃癌作为研究对象,探索lncRNAs参与骨肉瘤和胃癌的发生发展。第一部分:长链非编码RNA LBX2-AS1通过LBX2-AS1/miR-5010-5p/WNT7B轴促进骨肉瘤细胞的增殖和迁移目的:（1）阐明LBX2-AS1在骨肉瘤细胞中的表达水平并探究是否参与调控骨肉瘤的增殖和迁移。（2）阐明LBX2-AS1是否通过作为ceRNA竞争性吸附miR-5010-5p调控下游WNT7B表达,进而影响骨肉瘤的生物学功能。方法:首先培养人成骨细胞h FOB1.19和骨肉瘤Saos-2,143b细胞,通过荧光定量PCR检测LBX2-AS1在成骨细胞和骨肉瘤细胞的表达水平,然后在Saos-2与143b细胞中转染si-LBX2-AS1构建LBX2-AS1低表达细胞株,采用RT-PCR检测si-LBX2-AS1在细胞中的转染效率,通过CCK8实验、划痕实验和Transwell实验检测LBX2-AS1低表达细胞株增殖、迁移及侵袭能力。通过直接结合种子序列预测的方法预测LBX2-AS1调控的miRNA以及下游靶基因,通过荧光素酶报告、Western bolt和RT-PCR验证了LBX2-AS1与miR-5010-5p和WNT7B的关系。采用恢复实验分析LBX2-AS1和miR-5010-5p同时沉默对骨肉瘤细胞增殖、迁移和侵袭的影响。结果:（1）荧光定量PCR的结果显示,与成骨细胞相比,LBX2-AS1在骨肉瘤细胞中的表达水平显着升高。（2）RT-PCR结果表明,对照组LBX2-AS1的表达量是转染si-LBX2-AS1骨肉瘤细胞株的3倍（p<0.05）,LBX2-AS1低表达细胞株构建成功。（3）CCK-8、划痕实验和Transwell实验结果验证了LBX2-AS1促进骨肉瘤细胞的增殖和迁移。（4）预测结果显示miR-5010-5p可能是LBX2-AS1调控的miRNA,而WNT7B则是被调控的下游靶基因,荧光素酶报告实验结果显示miR-5010-5p分别与LBX2-AS1（WT）和WNT7B（WT）共转染可以影响荧光素酶的强度,证明了LBX2-AS1可以与miR-5010-5p结合,而WNT7B则是miR-5010-5p的靶标,Western bolt和RT-qPCR结果验证了LBX2-AS1作为ceRNA吸附miR-5010-5p上调WNT7B。（5）CCK-8、划痕和迁移实验结果证明,在LBX2-AS1低表达细胞中沉默miR-5010-5p,因沉默LBX2-AS1而抑制的增殖和迁移可以被恢复,即LBX2-AS1通过调控miR-5010-5p/WNT7B轴促进骨肉瘤细胞增殖和迁移。结论:（1）LBX2-AS1在骨肉瘤中高表达并促进骨肉瘤的增殖和迁移。（2）LBX2-AS1作为ceRNA通过调控miR-5010-5p/WNT7B轴促进骨肉瘤进展。第二部分:TUG1在胃癌中作用的生物信息学分析及实验验证目的:（1）生物信息学分析TUG1在胃腺癌中的表达水平、与临床特征的相关性以及诊断价值。（2）生物信息学分析TUG1在胃腺癌中的潜在作用。（3）实验初步验证TUG1对胃癌多药耐药,迁移,侵袭的影响。方法:（1）下载TCGA数据库中胃腺癌相关的临床数据和RNAseq数据,分析TUG1在配对和非配对的正常组织和癌组织中的表达。（2）使用TCGA数据库中胃腺癌相关临床数据分析TUG1表达与临床特征之间的相关性。（3）使用KM plotter数据库分析TUG1对胃腺癌患者总生存率OS（n=881）、首次进展时间FP（n=645）、和无疾病进展时间PFS（n=503）的影响。（4）使用TCGA数据库中胃腺癌相关的临床数据和RNAseq数据分析TUG1在胃腺癌中的诊断价值。（5）分析TCGA数据库胃腺癌中TUG1的共表达基因,对其进行GO/KEGG富集分析。（6）将TCGA数据库中胃腺癌相关RNAseq数据按照TUG1的高低表达进行分组,GSEA分析TUG1相关的生物学过程和信号通路。（7）免疫组化验证TUG1在胃癌组织切片中的表达,同时分析其与临床病理特征的相关性及生存分析。（8）RT-PCR比较TUG1在胃癌细胞株及耐药细胞株的表达差异;（9）构建稳转的TUG1过表达的胃癌细胞株和沉默的耐药细胞株,通过流式细胞术和RT-PCR检测转染成功与否;（10）通过CCK-8、划痕和迁移实验检测TUG1过表达及沉默对胃癌细胞的增殖、迁移和耐药的影响。结果:（1）胃腺癌组织中的TUG1基因表达水平在配对样本和非配对样本中均显着高于正常组织。（2）TUG1的高表达与年龄（p=0.044）,抗反流治疗（p=0.001）,疾病特异性生存率（p=0.038）显着相关。（3）TUG1高表达与不良的总生存率,无进展生存率和首次进展率相关。（4）GO/KEGG富集分析结果表示TUG1参与调控细胞周期和DNA复制相关通路。（5）GSEA分析表示TUG1参与增殖的正向调节,底物依赖性细胞迁移以及凋亡执行阶段的调节。（6）RT-PCR结果显示TUG1在胃癌耐药株中表达高于胃癌细胞株。（7）TUG1过表达的胃癌细胞株及沉默的耐药细胞株构建成功。（8）CCK-8、划痕和迁移实验结果表明TUG1促进胃癌细胞的耐药、迁移和侵袭。结论:（1）生物信息学分析TUG1在胃腺癌中可以作为诊断的分子标志物,并参与调控增殖,迁移以及DNA复制相关通路（2）实验验证结果表明TUG1上调促进了细胞增殖和迁移进而增加胃癌耐药。
蔡启轩[3]（2021）在《长链非编码RNA LINC01614通过miR-520a-3p/SNX3调控轴促进骨肉瘤进展的分子机制》文中进行了进一步梳理骨肉瘤是儿童和青少年中最常见的原发恶性骨肿瘤,侵袭性强且易早期转移,以至于患者病程快、预后差,往往造成致命的威胁。尽管近些年肿瘤的治疗手段有了长足的提升,但因骨肉瘤复杂的致病机制难以被攻破,治疗效果很难实现突破性的进展。因此深入探究骨肉瘤致病的分子机制,寻找骨肉瘤中关键的功能分子对骨肉瘤的早期诊断及有效治疗具有极其重要的意义。长链非编码RNA（Lnc RNAs）是构成非蛋白质编码RNA的一类大分子。Lnc RNAs可以通过与不同分子的相互作用,参与多种细胞生物过程（信号、诱饵、引导、支架）。另外lnc RNAs不仅在调节一些正常的生理过程中发挥作用,还参与调控肿瘤的发生、发展及远处转移等,一些lnc RNAs已被证实可以作为生物标志物（预后指标、治疗靶点）,甚至可以调节患者对化疗药物的敏感性。目前已经证明了lnc RNAs在骨肉瘤的发生发展中起到重要的调控功能,因此,继续探寻尚未“解锁”的lnc RNAs,系统多维地探究lnc RNAs在骨肉瘤中扮演的角色,筛选具有关键作用的lnc RNAs,深入挖掘其在骨肉瘤中具体的调控作用,不仅有助于发现骨肉瘤相关的致病机制,还可以为骨肉瘤的精准治疗提供理论基础,为医疗的发展做出贡献。本研究中通过对骨肉瘤癌及癌旁组织样本进行全转录组测序分析,检测差异表达的lnc RNAs、miRNAs及m RNAs分子表达谱数据,运用计算生物学研究方法,获取三种差异基因之间的分子调控网络数据,通过GO功能注释及KEGG代谢通路分析,对差异lnc RNAs/miRNAs/m RNAs共调控网络的靶基因及筛选出的核心lnc RNAs的靶基因进行功能分析,并通过细胞学及组织学对LINC01614（核心lnc RNAs）进行验证。验证无误后,对其调控骨肉瘤的生物学功能（增殖、迁移、侵袭、凋亡等）进行实验探究,结合LINC01614/miR-520a-3p/SNX3三者之间的调控关系,进一步对该调控轴进行验证并确定其在骨肉瘤中的调控功能,从而明确LINC01614可以通过miR-520a-3p/SNX3调控轴促进骨肉瘤进展的机制。第一部分骨肉瘤中以lnc RNAs为核心的调控网络构建及关键基因的筛选我们利用三组骨肉瘤癌及癌旁组织样本进行全转录组测序以获取其分子表达谱数据,通过对比分析共筛选得到163个差异表达lnc RNAs（67个上调表达,96个下调表达）,207个差异表达miRNAs（92个上调表达,115个下调表达）及4247个差异表达m RNAs（2019个上调表达,2228个下调表达）。综合应用LNCipedia、DAVID、STRING等多种数据库,结合生物信息统计学分析方法,获取lnc RNAs/miRNAs/m RNAs共调控网络关系并对差异表达lnc RANs的靶基因进行功能分析,发现骨肉瘤中差异表达lnc RNAs可能具有调控骨细胞分化、蛋白结合和生物大分子合成的功能,并可能参与了PI3K-Akt、AMPK等与肿瘤发生发展密切相关的代谢通路。另外我们通过差异表达显着情况选取了LINC01614、MALAT1两种lnc RNAs,分别构建了以两者为核心的lnc RNAs/miRNAs/m RNAs调控网络,并对调控网络中的靶基因进行了功能分析及蛋白互作网络分析,发现LINC01614的靶基因可能参与调控Wnt信号通路、细胞迁移等致癌生物学过程;MALAT1的靶基因可能参与了调控成骨分化、蛋白质转运等生物学过程。我们进一步利用骨肉瘤细胞和正常成骨细胞及骨肉瘤癌和癌旁组织标本对选取的这两种lnc RNAs的表达情况进行了q RT-PCR检测,发现两者在多种骨肉瘤细胞及骨肉瘤癌组织中均呈现高表达,这与我们之前生信分析的结果一致,同时也为我们进一步深入挖掘lnc RNAs在骨肉瘤中的调控功能及相关分子机制提供了方向。第二部分LINC01614在骨肉瘤中的调控功能研究通过第一部分的分析及验证,我们选取了LINC01614为本研究的突破口,旨在探究其在骨肉瘤中的相关调控功能。首先我们利用从“TARGET”数据库获得的骨肉瘤患者的临床数据进行了生存分析研究,发现LINC01614与患者生存率呈负相关,且与骨肉瘤病理分期呈正相关,提示了LINC01614可能在骨肉瘤的发生发展中起到不利作用。接下来体外实验,通过CCK-8实验检测细胞增殖情况,结果提示沉默LINC01614可以明显抑制骨肉瘤细胞的增殖能力;通过transwell细胞侵袭实验和细胞划痕实验检测细胞侵袭及迁移能力,发现沉默LINC01614可以抑制骨肉瘤细胞的侵袭和迁移能力;通过Western Blot检测沉默LINC01614骨肉瘤细胞内的PCNA、caspase-3以及E-cadherin的蛋白表达情况,再次验证沉默LINC01614可抑制骨肉瘤细胞的增殖、侵袭及迁移能力,并提示LINC01614可能与骨肉瘤细胞凋亡有关;通过流式细胞仪检测细胞凋亡情况,发现沉默LINC01614可以促进骨肉瘤细胞的凋亡。体内实验中,通过小鼠移植瘤实验,发现沉默LINC01614可以有效降低骨肉瘤在体内的成瘤速度及体积。总而言之,体内与体外实验均可证明LINC01614具有促进骨肉瘤进展的作用。第三部分LINC01614调控骨肉瘤发生发展的分子机制研究通过对第一部分中LINC01614调控网络的分析,结合第二部分LINC01614在骨肉瘤中的调控作用,我们提出了LINC01614可能通过miR-520a-3p/SNX3调控轴来促进骨肉瘤进展的假设。接下来,我们通过q RT-PCR及Western Blot等实验对三者结合关系进行了验证;并应用生物信息学数据库预测miR-520a-3p与LINC01614以及miR-520a-3p与SNX3的结合位点,再通过荧光素酶报告基因实验对结合位点进行了验证;在此基础上,我们又补充了Ago2 RIP实验进一步验证三者结合方式,结果提示LINC01614可通过竞争性结合miR-520a-3p来调控SNX3的表达。而后通过对沉默和过表达miR-520a-3p、沉默SNX3以及各自空白对照的骨肉瘤细胞进行CCK8细胞增殖实验、transwell细胞侵袭实验、细胞划痕实验以及流式细胞凋亡实验,实验结果提示miR-520a-3p、SNX3可影响骨肉瘤细胞的增殖、侵袭、迁移及凋亡过程;再通过对共转染miR-520a-3pinhibitor+sh RNA-NC、miR-520a-3p-inhibitor+sh RNA-LINC01614及miR-520a-3pinhibitor+sh RNA-SNX3等多组细胞进行CCK8细胞增殖实验、transwell细胞侵袭实验、细胞划痕实验以及流式细胞凋亡实验,发现LINC01614及SNX3均可影响miR-520a-3p对骨肉瘤细胞功能的调控作用,结果提示LINC01614可通过竞争性结合miR-520a-3p来调控SNX3的表达,从而对骨肉瘤的发生发展起到一定的调控作用。最后,我们通过Western Blot检测沉默LINC01614、沉默SNX3、沉默及过表达miR-520a-3p骨肉瘤细胞内的β-catenin及Wnt1蛋白表达情况,结果提示LINC01614/miR-520a-3p/SNX3调控骨肉瘤的生物功能有可能与其参与调控Wnt信号通路相关,这也为今后的研究提供了一定思路。
郭嘉[4]（2021）在《基于GEO和TARGET数据库联合分析构建骨肉瘤三基因预后模型》文中进行了进一步梳理研究背景和目的:骨肉瘤是一种儿童、青少年和年轻人群中最常见的骨肿瘤,其具有恶性程度高,复发率高和转移性强等特点,这些特点常常导致该疾病患者预后不良。随着针对骨肉瘤的多学科综合治疗的研究发展,大多数骨肉瘤患者的5年生存率已提高至近70%。然而,近40年来,骨肉瘤预后相关的研究进展并没有取得进一步突破。本研究的目的是通过联合GEO和TARGET公共数据库中RNA芯片和测序数据来识别骨肉瘤潜在的基因生物标志物,从而进一步改善骨肉瘤患者的预后。研究方法和结果:基于GEO数据库,我们在GSE99671数据集的18对骨肉瘤/健康骨组织样本中鉴定了730个差异表达基因,并通过富集分析和蛋白质-蛋白质互作网络分析探索这些基因的潜在功能。此外,我们从TARGET数据库筛选了94例骨肉瘤患者,并提取了他们差异基因表达矩阵和临床信息,最终得到了703个基因的表达矩阵和70例患者的完整临床相关数据。联合运用单因素Cox回归分析、LASSO回归、生存分析和多因素Cox回归分析,我们筛选出三个基因（GCA、GFRA3和MOCOS）并构建基因预后模型。进一步的分析表明,该模型的预后能力独立于其他临床特征。ROC曲线AUC值为0.812,说明该模型预测性能较好。我们基于三基因模型构建了nomogram图,并使用TARGET数据库进行了内部验证,C-指数为0.813,95%置信区间为0.722-0.904,提示nomogram图预测能力良好。3年和5年生存率的校正曲线均显示有较好的预测精度。结论:骨肉瘤中差异表达基因主要富集在中性粒细胞介导免疫、中性粒细胞脱颗粒、参与免疫反应的中性粒细胞激活等生物学过程,以及细胞外基质受体相互作用通路。三基因（GCA、GFRA3和MOCOS）预后模型的风险评分是骨肉瘤的独立预后因子。联合三基因预后模型的nomogram图可以为临床医生给骨肉瘤患者选择个性化治疗方案提供依据。
刘光平[5]（2021）在《TIPE1介导PRMT1调控STAT3精氨酸甲基化修饰参与骨肉瘤增殖机制研究》文中认为【研究目的】骨肉瘤是一种起源于骨骼系统的恶性原发性肿瘤,其发病年龄多见于青少年和中青年人群,骨肉瘤发生的原因目前不明,主流的观点认为其主要与患者本身的基因缺陷、病毒感染及电离辐射等因素相关,最终导致骨骼系统产生不成熟的骨质或者类骨质成份。骨肉瘤恶性程度较高,容易发生远处转移（主要为肺部转移）,因此预后较差。尽管目前临床上施行手术、化疗、靶向治疗等综合治疗手段可以使骨肉瘤患者的生存率得到极大的提升,但国内骨肉瘤复发病人5年生存率仅20%左右,因此寻找有效治疗靶点、发现早期诊断标志物以及阐明其发病机制至关重要。TIPE基因家族由4个成员组成（包括TIPE、TIPE1、TIPE2和TIPE3）,该基因家族与机体免疫调节和肿瘤发生密切相关。尽管四个成员之间具有显着的序列同源性,但它们参与了不同的细胞生物学活动调节过程。研究发现TIPE1在肝癌、乳腺癌等肿瘤类型中主要行使抑癌基因功能,课题组曾首次阐明TIPE1促进了宫颈癌及鼻咽癌的恶性生物学行为,但它在骨肉瘤中的生物学作用目前尚不清楚。本课题利用临床标本、细胞、动物模型及多种分子生物学技术,系统揭示TIPE1如何精准调控PRMT1活性,以及如何通过蛋白精氨酸甲基化修饰方式调控STAT3精氨酸位点甲基化水平参与骨肉瘤增殖的详细过程。本课题的完成不仅阐明了TIPE1在骨肉瘤发生中的新型分子机制,并可为骨肉瘤临床诊断及预后提供潜在的肿瘤分子标志物。【研究方法】一、TIPE1对骨肉瘤细胞增殖能力的影响。1.细胞模型:为明确TIPE1对骨肉瘤细胞增殖水平是否有影响,我们在TIPE1表达较低的骨肉瘤细胞系MNNG/HOS CL#5过表达TIPE1,在TIPE1表达较高的骨肉瘤细胞系MG63转染TIPE1干扰慢病毒,利用CCK8、克隆形成等实验观测细胞增殖指标,通过流式细胞仪PI染色技术检测细胞周期改变情况。2.裸鼠成瘤实验:选择4-6周龄BALB/c裸鼠,将过表达TIPE1的骨肉瘤细胞系MNNG/HOS CL#5及对照细胞种植于裸鼠腋窝处皮下,进行裸鼠成瘤实验,待瘤体直径至0.5cm大小时,比较肿瘤生长速率、肿瘤体积变化。二、TIPE1通过调控PRMT1/STAT3通路调控骨肉瘤增殖的分子机制。1.TIPE1通过与PRMT1直接结合调控STAT3通路。（1）转录组芯片及基于IPA的经典通路分析:过表达TIPE1及对照的骨肉瘤细胞系MNNG/HOS CL#5,经过准备poly-A RNA controls→合成第一链cDNA→合成第二链cDNA→通过体外转录合成标记cRNA→cRNA纯化及定量-→cRNA片段标记→杂交等步骤,得到芯片数据,最后通过基于IPA的经典通路分析,发现TIPE1在骨肉瘤中调控的关键通路STAT3;利用实时荧光定量PCR技术进行进一步验证。（2）利用Co-IP-MS等技术,初步确立TIPE1通过PRMT1调控下游分子STAT3的逻辑关系:首先构建用于Co-IP-MS技术的特殊TIPE1载体,在骨肉瘤细胞系中过表达,最后通过Co-IP→质谱分析→基于定量蛋白质组学的生信分析→Co-IP、Duolink等技术进一步验证,初步明确TIPE1通过与PRMT1直接结合,调控下游分子STAT3的确切分子机制。（3）干扰PRMT1,过表达TIPE1后Western Blot检测STAT3蛋白的表达变化,CCK8测生长曲线观测TIPE1对骨肉瘤增殖抑制现象的逆转,进一步明确TIPE1-PRMT1-STAT3的调控逻辑关系。2.PRMT1系列截短序列的构建及TIPE1与PRMT1相互作用位点的确定。根据PRMT1蛋白结构域,构建系列截短序列,在HEK293T细胞中共转染TIPE1-Flag和PRMT1-HA全长或不同缺失片段的表达载体,用Co-IP方法确定TIPE1蛋白与PRMT1相互作用的特定位点。3.TIPE1通过抑制PRMT1精氨酸甲基转移酶活性抑制STAT3甲基化水平。（1）利用精氨酸单甲基化修饰定量蛋白质组学技术,通过蛋白提取→蛋白酶解→MMA（精氨酸单甲基化）富集→质谱检测→信息分析等流程,鉴定TIPE1对骨肉瘤细胞系中精氨酸单甲基化修饰程度,以及STAT3蛋白精氨酸单甲基化修饰情况。（2）TIPE1抑制PRMT1对相关底物蛋白STAT3甲基化水平的验证:由于缺乏STAT3甲基化抗体,各组都首先转染STAT3-His,利用His抗体进行免疫共沉淀富集STAT3蛋白,最后利用通用型甲基化抗体检测STAT3甲基化水平。将TIPE1-Flag转染到HEK293T细胞中,检测在细胞正常生理条件下,TIPE1是否以剂量依赖方式调控内源PRMT1对其底物STAT3的甲基化能力。利用siRNA技术,将TIPE1-sh转染到HEK293T细胞中,抑制内源TIPE1的表达后,检测内源PRMT1对STAT3的甲基化水平影响;过表达TIPE1的HEK293T细胞中抑制内源PRMT1的表达后,检测PRMT1底物的甲基化水平。4.TIPE1抑制STAT3的转录水平。在HEK293T细胞中共转染pGL3-promoter vector 或者APRE luciferase reportorgene,以及PRMT1-HA、TIPE1-Flag、STAT3-His载体,在IL-6的刺激下,利用双荧光素酶活性测定发现TIPE1对PRMT1调控的下游基因STAT3的转录激活能力。三、临床标本验证TIPE1通过PRMT1/STAT3通路参与骨肉瘤发生。利用组织芯片,验证肿瘤组织中TIPE1表达水平与肿瘤分期的关系;分析TCGA数据库肿瘤组织中TIPE 1的表达与STAT3表达的相关性。【实验结果】一、TIPE1抑制骨肉瘤细胞增殖能力。1.体外实验。本研究结果显示TIPE1可明显抑制两种骨肉瘤细胞系的增殖速度,细胞周期结果提示TIPE1也显着降低骨肉瘤细胞周期S期比值,另外TIPE1可使骨肉瘤细胞克隆形成能力明显减弱。2.体内实验。本研究结果提示TIPE1可显着抑制骨肉瘤细胞裸鼠成瘤能力,进一步的免疫组化结果表明TIPE1可抑制细胞增殖指标Ki67的表达水平。二、TIPE1介导PRMT1调控STAT3精氨酸甲基化修饰参与骨肉瘤增殖的分子机制。1.TIPE1通过与PRMT1直接结合调控STAT3通路。前期结果提示TIPE1可以抑制骨肉瘤细胞增殖,为进一步明确其中机制,课题组利用转录组芯片及基于IPA的经典通路分析,结果提示TIPE1在骨肉瘤细胞系MNNG/HOS CL#5中主要抑制STAT3通路,qPCR验证结果也显示过表达TIPE1后STAT3表达明显降低。那么,TIPE1在骨肉瘤中抑制STAT3通路的机制到底如何?带着上述疑问,课题组利用Co-IP-MS等技术,发现TIPE1可能通过与PRMT1相互作用发挥生物学功能。基于STAT3蛋白是PRMT1的已知调控底物,因此我们认为TIPE1通过抑制PRMT1的功能,继而影响了 STAT3的表达。继而,我们利用挽救实验对PRMT1进行干扰后,发现可逆转过表达TIPE1导致的STAT3抑制现象,且骨肉瘤细胞增殖被TIPE1抑制的现象也明显得以逆转。以上结果表明TIPE1可能通过PRMT1抑制了 STAT3通路。2.PRMT1系列截短序列的构建及TIPE1与PRMT1相互作用位点的确定。课题组构建了系列截短PRMT1序列,通过Co-IP实验发现TIPE1蛋白主要与PRMT1的催化区域结合。3.TIPE1通过抑制PRMT1精氨酸甲基转移酶活性抑制STAT3甲基化水平。TIPE1究竟通过哪种方式来抑制PRMT1的甲基转移能力是课题组的主要研究内容之一,已有研究发现PRMT1甲基化酶催化区和同源二聚化区是其发挥甲基化酶活性最关键的结构域。基于上述结果发现TIPE1主要与PRMT1催化区域结合,我们认为TIPE1可能影响了 PRMT1的甲基化酶活性。因此,利用精氨酸单甲基化修饰定量蛋白质组学技术发现TIPE1可下调STAT3精氨酸位点甲基化水平。进一步分析发现过表达TIPE1以浓度依赖方式抑制内源PRMT1介导的STAT3甲基化,干扰TIPE1则促进内源PRMT1介导的STAT3甲基化。4.TIPE1抑制STAT3的转录水平。利用双荧光素酶活性实验发现TIPE1抑制PRMT1调控的下游基因STAT3的转录能力。我们的结果发现TIPE1可显着抑制PRMT1介导的STAT3转录水平,该结果进一步提示TIPE1通过抑制PRMT1底物STAT3甲基化水平,将最终导致STAT3转录水平的下调。三、临床标本验证TIPE1抑制STAT3通路参与骨肉瘤发生。利用组织芯片,发现肿瘤组织中TIPE1表达水平与骨肉瘤肿瘤分期负相关,TCGA数据库显示肉瘤组织中TIPE1的表达与STAT3表达也具有负相关性。该结果在临床上进一步证实了 TIPE1负调控STAT3的现象。【结论】虽然文献报道了 PRMT1及STAT3在肿瘤中的重要生物学功能,并初步阐述了PRMT1调控STAT3的相关机制,但是TIPE1如何调控PRMT1及相关下游信号通路尚不明确。本课题的完成阐明了TIPE1精准调控PRMT1活性的方式,明确了TIPE1通过调控PRMT1活性,继而影响下游分子STAT3表达的确切分子机制,最终对骨肉瘤细胞增殖起明显抑制作用。本课题的完成将为骨肉瘤患者的临床诊疗提供了新的靶点和治疗策略,同时为骨肉瘤预后预测及早期诊断标志物的发现提供理论与实践可能。
李备[6]（2021）在《PNO1在骨肉瘤中作用机制的初步研究》文中研究指明研究背景及目的骨肉瘤是最常见的原发性恶性骨肿瘤,好发于青少年的长骨干骺端。在上世纪70年代之前,骨肉瘤的治疗主要依靠手术切除,而依靠单纯手术治疗的患者的生存率只有不到20%。尽管随着化疗药物的应用及手术术式的改进,使得约70%的骨肉瘤患者能够获得长期生存,然而在过去的40年里骨肉瘤患者的生存率并没有进一步提高,对于那些发生转移和复发的患者,其5年生存率仍处于20%左右。随着基因组学、分子生物学技术以及生物信息学技术的进步,越来越多的基因被证实在恶性肿瘤的发生、发展中起到重要作用。针对肿瘤相关靶点的研究推动了肿瘤靶向治疗的发展,已经有多种靶向药物在肺癌、乳腺癌等恶性肿瘤中起到良好的疗效。然而,目前的靶向药物对骨肉瘤的治疗效果不佳,针对骨肉瘤的治疗靶点仍有待于进一步探索。PNO1（partnerofNOB1 homolog,PNO1）属于 RNA 结合蛋白（RNA-bindingproteins,RBPs）之一,其主要参与18S rRNA前体加工,在核糖体的生物合成当中起到重要作用。目前已有多项研究证实RBPs在恶性肿瘤中起到重要的调控作用,在先前的研究中已有报道PNO1在结直肠癌、肺腺癌及膀胱癌等癌症中的表达水平增高,并参与其发生与发展。而PNO1与骨肉瘤的关系尚未有报道,因此针对PNO1在骨肉瘤中的作用机制研究有望为骨肉瘤的治疗提供新的靶点。综上,本研究拟通过生物信息学手段验证PNO1在骨肉瘤组织中的表达水平及潜在的生物功能,并通过细胞实验研究PNO1对骨肉瘤细胞增殖、凋亡以及侵袭、迁移能力的影响,为PNO1作为骨肉瘤治疗靶点提供研究基础。研究方法1.使用GEPIA、CCLE、GEO数据库分析PNO1在骨肉瘤组织中mRNA的表达水平;2.使用GSEA软件对TARGET数据库中骨肉瘤组织的转录组测序数据进行分析,获得PNO1在骨肉瘤中参与的信号通路;3.使用CIBERSOFT网站计算TARGET数据库中骨肉瘤组织中免疫细胞的比例,并对PNO1的表达水平与免疫细胞比例进行Spearman相关性分析;4.搜集骨肉瘤组织及瘤旁组织样本,使用qRT-PCR检测PNO1在骨肉瘤及瘤旁组织中mRNA的表达水平;5.使用慢病毒转染的方法下调MG-63骨肉瘤细胞系中PNO1的表达水平,qRT-PCR以及Western blot检测PNO1的敲低效率;6.使用MTT实验检测PNO1下调后对骨肉瘤细胞增殖能力的影响;7.流式细胞仪检测PNO1下调后对骨肉瘤细胞周期、凋亡的影响;8.Transwell侵袭、迁移实验验证PNO1下调对骨肉瘤细胞侵袭、迁移能力的影响;9.qRT-PCR检测PNO1下调后骨肉瘤细胞中EMT相关标志物表达水平的改变。研究结果1.PNO1在骨肉瘤组织及多数恶性肿瘤组织中的表达水平较正常组织上调;2.PNO1在骨肉瘤组织中可能通过参与能量代谢相关的信号通路发挥其生物功能;3.PNO1参与骨肉瘤的免疫浸润,其表达水平与中性粒细胞和嗜酸性粒细胞相关;4.慢病毒转染能够有效降低MG-63细胞中PNO1的表达水平;5.下调PNO1表达使骨肉瘤细胞增殖能力减弱,并诱导细胞凋亡及细胞周期阻滞;6.下调PNO1表达抑制骨肉瘤细胞的侵袭、迁移以及EMT进程。研究结论本研究证实PNO1在骨肉瘤组织中的表达水平增高,主要参与骨肉瘤中的能量代谢通路并与骨肉瘤的免疫浸润有关。在MG-63骨肉瘤细胞中下调PNO1的表达能够抑制骨肉瘤细胞增殖并诱导细胞凋亡和周期阻滞,同时还会减弱骨肉瘤细胞的侵袭、迁移能力和影响EMT进程。
唐晓军[7]（2021）在《脱氧鬼臼毒素抑制GRP78诱导骨肉瘤细胞的自噬凋亡》文中研究表明目的和意义:骨肉瘤（osteosarcoma,OS）是儿童和青少年常见的恶性肿瘤之一,目前缺乏有效的治疗靶点和诊断标志物,限制了该疾病的临床诊疗及预后。GRP78是一种由热休克蛋白家族A（Hsp70）成员5（HSPA5）编码的应激伴侣葡萄糖调节蛋白,在OS中被认为是一个关键的诊断和预后生物标志物。本课题应用生物信息学方法对OS基因表达谱芯片进行分析,筛选OS预后基因和通路并加以分析,从分子水平探索OS的发病机制;为脱氧鬼臼毒素（DPT）通过GRP78治疗OS的分子机制指明方向,并为DPT作为OS的潜在治疗药物提供有力依据。研究方法:基于GEO数据库,应用生物信息学方法筛选与OS有关的差异表达基因进行生物学分析,着重寻找HSPA5与PSAT1和ANXA1之间的潜在相关性。对骨肉瘤和配对癌旁组织标本进行IHC分析。将HSPA5基因稳定转染于OS细胞中进行RT-PCR实验,观察其生物学作用;采用MTT、Edu和平板克隆形成实验考察DPT对OS细胞增殖的影响;用WB初步探索DPT抑制OS的分子机制。流式细胞术分析DPT对OS细胞凋亡的影响,探索DPT促进凋亡的分子机制;动物实验观察GRP78在DPT治疗骨肉瘤中的作用。通过RNA-seq筛选GRP78分子机制,并用WB等方法检测相关蛋白表达,对RNA-seq筛选的结果加以验证。研究结果:1、生物信息学发现,HSPA5和ANXA1在钙粘蛋白结合和细胞粘附分子结合过程中均富集,提示二者在分子水平上可能存在密切相关性。在骨肉瘤组织中HSPA5和PSAT1高表达,而ANXA1表达下调。生存分析显示HSPA5和PSAT1水平与OS预后负相关;ANXA1水平与OS预后正相关。2、体外实验显示,过表达HSPA5的OS细胞中PSAT1水平上调,但是对ANXA1无明显影响;HSPA5沉默能显着提高ANXA1并抑制PSAT1的表达,说明抑制HSPA5可以通过调控ANXA1和PSAT1从而阻止OS的进展。3、IHC显示GRP78在OS组织中高表达。20例OS组织中有16例（80.0%）表达升高,而配对癌旁组织中有5例（25.0%）。GRP78高表达与患者年龄、性别、肿瘤大小、组织学级别、发病部位、血清乳酸脱氢酶和碱性磷酸酶水平及远处转移无显着相关性,但与骨肉瘤的临床分期密切相关。4、随DPT浓度增加,OS细胞中的GRP78和PSAT1表达逐渐下调,ANXA1表达上调,且呈时间依赖性。DPT通过上调cPARP、Bax,下调HSPA5、Bcl-2、CCND1、BIRC5等凋亡相关基因发挥促凋亡作用。5、MTT、EdU和平板克隆结果显示,DPT能显着抑制OS细胞的增殖。DPT通过刺激细胞色素C释放和Caspase级联激活的线粒体信号通路诱导OS细胞凋亡,继而对OS细胞生长产生影响。6、流式细胞术显示DPT能诱导OS细胞凋亡,GRP78则能显着减少DPT诱导的细胞凋亡。敲低GRP 78可协同DPT抑制小鼠体内骨肉瘤生长。7、对siGRP78 HOS细胞RNA-seq发现,敲低GRP78可调节OS细胞自噬相关基因的表达水平。DPT通过抑制PI3K/AKT/mTOR信号通路促进OS细胞自噬,且呈剂量依赖性。结论:本研究表明,DPT通过抑制GRP78的表达、活化caspase信号级联,促进OS细胞凋亡;通过抑制PI3K/AKT/mTOR信号通路促进OS细胞自噬,对OS细胞存活起重要作用。
王伟豪[8]（2021）在《TFF3在骨肉瘤中的作用及相关机制研究》文中指出背景与目的骨肉瘤是最常见的原发恶性骨肿瘤,在世界范围内对人类健康造成巨大威胁,尤其是在儿童和年轻人中。当骨肉瘤被诊断出来时,大约15-20%的患者存在转移,以肺转移多见,导致患者预后不良。而且骨肉瘤以手术治疗加联合化疗为主,截肢手术对患者的生存质量影响较大。本研究旨在找出骨肉瘤发病机制中的关键基因,探索骨肉瘤发病机制的上下游途径,寻找骨肉瘤治疗的新靶点,以期改善病人预后。材料与方法在GEO数据库下载4个骨肉瘤研究实验的数据集,并从中筛选差异表达基因（DEGs）,同时将4个数据集中共同存在的差异表达基因作为关键基因。采用基因集的富集分析（GSEA）找出与该关键基因相关的下游信号通路,并用和皮尔逊相关性分析验证信号通路与关键基因表达的相关性。为寻找其上游调控机制,使用皮尔逊相关性分析研究了关键基因与DNA甲基化位点之间的表达相关性。实验结果TFF3是唯一在GEO数据库4个骨肉瘤数据集中同时存在的差异表达基因,并且在骨肉瘤中是低表达。TFF3低表达与骨肉瘤患者预后不良相关,差异具有统计学意义（P<0.05）。对TFF3潜在下游通路进行研究,基因集富集分析揭示了TFF3与细胞因子-细胞因子受体相互作用途径、移植物抗宿主病途径、原发免疫缺陷途径及I型糖尿病途径等通路密切相关,相关性分析表明TFF3在骨肉瘤中与细胞因子-细胞因子受体相互作用途径呈正相关,表明TFF3在骨肉瘤中通过该途径发挥调控作用。本研究还显示骨肉瘤组织和正常骨组织中TFF3基因甲基化状态无统计学差异,相关性分析表明,在骨肉瘤样本中TFF3与其DNA甲基化位点无相关性,提示TFF3在骨肉瘤中低表达不是DNA甲基化调控的结果。结论TFF3是骨肉瘤的关键基因并在骨肉瘤中低表达,TFF3低表达与骨肉瘤患者预后不良相关。TFF3在骨肉瘤中的低表达不受DNA甲基化沉默所调节。TFF3通过细胞因子-细胞因子受体相互作用途径促进骨肉瘤的发生发展,TFF3在骨肉瘤中的具体作用机制及对化疗敏感性的影响有待进一步研究。
何韶辉[9]（2021）在《尤文肉瘤临床预后模型的建立与肿瘤进展的机制研究》文中进行了进一步梳理研究背景尤文肉瘤是儿童和青少年第二常见的恶性骨与软组织肿瘤,具有好发年龄小（10-20岁）,恶性程度高,侵袭能力强,临床预后差等特点。局灶性尤文肉瘤的5年总体生存率约为65%,而发生于脊柱的尤文肉瘤患者仅为42%左右。高达80%尤文肉瘤患者在初诊时即伴有远处转移灶,其5年总体生存率低于30%。骨源性尤文肉瘤好发于四肢长骨干骺端,而起源于脊柱和骨盆的尤文肉瘤相对较少。事实上,受限于病例较少,目前临床研究中缺乏关于脊柱-骨盆尤文肉瘤患者发生转移的风险因素分析和预后预测模型的建立及验证的报道。机制研究上,为了筛选影响尤文肉瘤发生发展潜在的关键蛋白,我们通过前期系统的生物信息学分析发现细胞外基质蛋白Tenascin-C和去泛素化酶ZRANB1在尤文肉瘤组织中的表达水平分别升高和下降。然而目前关于Tenascin-C和ZRANB1在尤文肉瘤恶性生物学行为中的功能和相关机制尚不清楚。本论文从临床和基础研究角度出发,分别探究脊柱-骨盆尤文肉瘤患者的临床预后模型,以及Tenascin-C和ZRANB1在尤文肉瘤进展中的功能和调控机制。研究目的1、建立基于大样本的脊柱-骨盆尤文肉瘤患者的临床预后预测模型,并利用外部队列验证模型的稳定性,同时分析影响脊柱-骨盆尤文肉瘤发生转移的风险因素。2、探索Tenascin-C调控尤文肉瘤进展中的功能和机制:（1）明确Tenascin-C在尤文肉瘤中的表达情况及与临床预后的相关性。（2）明确Tenascin-C在调控尤文肉瘤进展中的作用。（3）明确Tenascin-C与融合蛋白EWS-FLI1的调控关系。（4）探索Tenascin-C调控尤文肉瘤进展的可能机制。3、探索ZRANB1调控尤文肉瘤进展中的功能和机制:（1）明确ZRANB1在尤文肉瘤中的表达情况及与临床预后的相关性。（2）明确ZRANB1在调控尤文肉瘤增殖中的作用。（3）探索ZRANB1调控尤文肉瘤进展的可能机制。1、利用“监控、流行病学特征及终点事件数据库”（SEER）收集371例符合入组条件的脊柱-骨盆尤文肉瘤患者的临床数据。通过Log-rank检验和Cox风险比例模型分析影响预后的临床因素,并根据鉴定的预后独立影响因素建立基于列线图的预测模型。而后利用本中心收治的脊柱-骨盆尤文肉瘤病例作为外部队列验证模型的稳定性。另外,通过logistic回归分析探讨影响脊柱-骨盆尤文肉瘤发生转移的相关风险因素。2、（1）利用公共数据库和本中心收集的肿瘤标本,通过免疫组织化学染色、蛋白免疫印迹等实验检测Tenascin-C在尤文肉瘤中的表达情况,并结合临床随访数据分析Tenascin-C与尤文肉瘤患者预后的相关性。（2）利用CRISPR/Cas9编辑技术构建Tenascin-C敲除的单克隆尤文肉瘤细胞系。并利用CCK8增殖实验、Transwell迁移实验和HUVEC成管实验探究Tenascin-C对尤文肉瘤细胞增殖、迁移及血管生成能力的影响。通过构建裸鼠肺转移模型探讨Tenascin-C对尤文肉瘤细胞远处转移能力的影响。（3）利用蛋白免疫印迹、实时荧光定量PCR、双荧光素酶报告基因实验、以及染色质免疫共沉淀实验探讨Tenascin-C表达是否受融合蛋白EWS-FLI1的转录调控。（4）利用转录组测序分析Tenascin-C在尤文肉瘤中调控的潜在信号通路,并利用蛋白免疫印迹、实时荧光定量PCR、细胞免疫荧光实验进一步挖掘Tenascin-C调控尤文肉瘤恶性生物学行为的潜在机制。同时利用单细胞转录组测序分析尤文肉瘤中的细胞亚群,并与正常细胞群比较进一步验证Tenascin-C的表达情况及调控的信号通路下游基因的表达情况。3、（1）通过加权基因共表达网络分析法（WGCNA）挖掘影响尤文肉瘤进展的潜在基因,并通过本中心组织芯片验证基因的表达情况和预后价值。（2）通过慢病毒感染构建ZRANB1敲减和过表达的稳定细胞系,并利用CCK8增殖实验、细胞克隆形成实验以及裸鼠皮下荷瘤实验探究ZRANB1在调控尤文肉瘤增殖中的作用。（3）利用细胞转录组测序探索ZRANB1调控尤文肉瘤增殖的潜在机制,并利用免疫组织化学染色、蛋白质蛋白免疫印迹、放线菌酮实验、免疫共沉淀实验、体内泛素化实验以及流式细胞术等实验深入探讨ZRANB1调控尤文肉瘤增殖的具体机制。研究结果1、单因素和多因素生存分析发现,影响脊柱-骨盆尤文肉瘤患者预后的因素包材料与方法括患者的年龄,肿瘤范围、肿瘤体积大小以及原发部位手术。基于上述因素建立的预测模型内部和外部队列验证均显示模型具有良好的预测价值和稳定性。另外风险分析发现肿瘤大小>59mm和肿瘤侵犯淋巴结是脊柱-骨盆尤文肉瘤发生转移的高危因素。2、Tenascin-C促进尤文肉瘤的进展:（1）Tenascin-C在尤文肉瘤组织和细胞系中呈明显高表达,且Tenascin-C的表达情况与尤文肉瘤的总体生存期和无转移生存期均相关。（2）Tenascin-C能够促进尤文肉瘤的增殖、迁移和远处肺转移的能力,同时能够明显增强肿瘤微环境中血管生成能力。（3）Tenascin-C表达量与EWS-FLI1表达水平有关,而且EWS-FLI1能够通过直接结合Tenascin-C启动子区域,转录激活Tenascin-C的表达。（4）转录组测序分析提示Tenascin-C敲除后,部分差异基因富集于Hippo信号通路。利用单细胞转录组测序分析发现,尤文肉瘤由大量肿瘤细胞、成纤维细胞及少量的内皮细胞和血管平滑肌细胞组成,同时通过与正常间充质干细胞群比较,进一步验证了Tenascin-C在尤文肉瘤细胞群中的高表达状态。在肿瘤细胞群中,YAP正向调控的下游靶基因（CYR61和CTGF）表达明显上调,而负向调控的靶基因（DDIT4和TNFSF10）表达水平下降。上述测序结果提示Tenascin-C可能通过调控Hippo-YAP信号通路促进尤文肉瘤的恶性进展。进一步分析差异基因表达谱发现MALAT1差异最为明显。利用公共数据库也发现MALAT1在尤文肉瘤组织中表达明显高于正常对照组织。通过RNA荧光原位杂交实验进一步证实了MALAT1在尤文肉瘤组织中高表达,且与Tenascin-C的表达情况呈正相关。检测尤文肉瘤细胞敲除Tenascin-C后Hippo通路相关蛋白的表达,发现YAP的磷酸化水平（Ser127）降低,核定位比例增高。Hippo-YAP信号通路下游靶基因CYR61和CTGF表达量都相应增加。随后利用维替泊芬阻断YAP-TEAD转录复合体形成的实验发现,MALAT1表达水平显着下降。进一步检测Tenascin-C相关的细胞膜受体发现Integrinα5、αV和β1在肿瘤组织中表达水平较高。使用特异性抗体阻断Integrinα5,而非IntegrinαV,能够促进p-YAP（Ser127）的水平升高并使YAP滞留于胞浆内,与此同时MALAT1水平显着下降。检测Integrin下游激酶表达情况发现,Tenascin-C敲除后Src磷酸化（Tyr416）水平有所下降。使用Saracatinib特异性抑制Src激酶活性后发现,YAP主要定位于细胞胞浆内,且YAP下游靶基因MYC表达量也明显下降。3、ZRANB1抑制尤文肉瘤的增殖:（1）通过WGCNA和组织芯片染色分析发现ZRANB1在尤文肉瘤组织和细胞系中表达量下降,且ZRANB1低表达的尤文肉瘤患者临床预后较差。（2）敲减ZRANB1后,尤文肉瘤细胞增殖能力增强,而回补ZRANB1后,肿瘤细胞增殖受到明显抑制。（3）转录组测序分析提示ZRANB1调控尤文肉瘤增殖可能与溶酶体相关的信号通路有关。进一步蛋白免疫印迹实验发现ZRANB1能够抑制氨基酸刺激信号下的m TORC1活性,同时免疫组化分析发现ZRANB1低表达时,p-S6（Ser235/236）表达水平升高。我们利用流式细胞仪分析发现敲减ZRANB1后,尤文肉瘤细胞大小与正常对照组相比明显增大,而回补ZRANB1后细胞有所减小。接着我们发现ZRANB1能够促进该信号通路中的重要组分NPRL2的表达,放线菌酮实验证明ZRANB1能够增加NPRL2的稳定性。进一步蛋白质免疫共沉淀实验发现ZRANB1与NPRL2存在相互作用,且该相互作用可能依赖于ZRANB1的OTU结构域。最后,体内泛素化实验发现ZRANB1能够通过清除NPRL2蛋白的K48位多聚泛素链增强NPRL2的蛋白稳定性,进而抑制m TORC1的活性。研究结论1、基于临床预后独立影响因素建立的预测模型具有较好的稳定性和适用性,可用于临床初诊脊柱-骨盆尤文肉瘤患者时预后情况的预测和评价。临床实践中,若发现脊柱-骨盆尤文肉瘤患者影像学上肿瘤大小>59mm和/或肿瘤侵犯淋巴结组织,应高度怀疑肿瘤发生转移的可能。2、Tenascin-C在尤文肉瘤中表达水平明显升高,且与尤文肉瘤患者临床预后相关。功能上,Tenascin-C能够明显促进尤文肉瘤的增殖、迁移及远处转移能力,同时增强肿瘤微环境中的血管生成。机制上,特征性融合蛋白EWS-FLI1能够结合Tenascin-C启动子区域（nt-360～368）,转录激活Tenascin-C的表达。与此同时,Tenascin-C可通过Integrinα5/β1介导,激活Src,后者可进一步诱导YAP的去磷酸化和核转位,促进MALAT1和其他Hippo-YAP下游靶基因的表达。3、ZRANB1在尤文肉瘤中表达下调,且ZRANB1低表达的尤文肉瘤患者预后较差。ZRANB1能够通过清除NPRL2蛋白的K48位多聚泛素链抑制m TORC1的活性,进而抑制尤文肉瘤细胞的增殖能力。
陈治宇[10]（2021）在《辣椒碱对骨肉瘤及骨肉瘤干细胞的影响及机制研究》文中提出背景及目的:骨肉瘤作为最常见的原发性恶性骨肿瘤,在儿童及青少年癌症死亡的原因中排名第二。远处转移是骨肉瘤治疗的难点,发生转移是影响患者5年生存期的重要因素。目前,肿瘤干细胞（cancer stem cell,CSC）学说解释了骨肉瘤存在巨大异质性的原因,被认为是复发、转移和耐药的关键点。因此应该继续了解骨肉瘤和骨肉瘤干细胞的发生发展机制,并寻找一种新的可靠的治疗药物。植物化合物的抗肿瘤作用逐渐受到认可,同时人们发现植物化合物能作为长链非编码RNA（long non-codingRNA,lncRNA）的调节剂来抑制肿瘤的发生发展。课题组前期已经证明了低浓度（100u M）辣椒碱能抑制骨肉瘤的增殖并提升其对顺铂的敏感性。因此本研究目的在于探讨辣椒碱治疗骨肉瘤的转录后调控机制,并且继续研究辣椒碱对骨肉瘤转移影响和辣椒碱对骨肉瘤干细胞的影响,来丰富辣椒碱作为治疗骨肉瘤潜在药物的理论基础。主要方法:1)处理组（100u M辣椒碱处理人骨肉瘤细胞HOS 24h）与对照组（不经过辣椒碱处理的HOS）3对3进行lncRNA+mRNA高通量测序;2)下载公开数据库GEO中的GSE126209数据集,其中包含11对骨肉瘤癌与癌旁的配对测序样本;3)下载TARGET-OS中的骨肉瘤转录测序数据;4)利用主成分分析（principal component analysis,PCA）、加权基因共表达网络分析（Weighted gene co-expression network analysis,WGCNA）和网络在线数据库star Base构建骨肉瘤相关lncRNA-miRNA-mRNA的竞争性内源RNA（Competitive endogenousRNA,ceRNA）网络和骨肉瘤相关lncRNA-mRNA关系对;5)通过交集分析得出辣椒碱影响骨肉瘤的ceRNA网络和lncRNA-mRNA关系对;6)生存分析观察辣椒碱所调控的RNA与骨肉瘤生存的关系;7)划痕实验和transwell小室侵袭实验检测辣椒碱对骨肉瘤细胞HOS和MG63的迁移和侵袭能力;8)Lasso回归筛选辣椒碱抑制骨肉瘤转移的模型基因;9)mRNAsi计算低浓度辣椒碱处理后骨肉瘤的干性变化;10)单样本基因集富集分析（Single sample gene enrichment analysis,ss GSEA）观察辣椒碱处理后骨肉瘤的“Cancer Hallmark”的变化;11)超低黏附无血清肿瘤干细胞球富集和培养HOS的骨肉瘤干细胞观察辣椒碱对骨肉瘤干性表达的影响;12)RT-qPCR验证不同浓度辣椒碱对骨肉瘤干细胞干性因子SOX2和EZH2的抑制作用;13)骨肉瘤肿瘤干细胞再贴壁划痕实验观察辣椒碱对骨肉瘤干性抑制后细胞迁移能力的变化;14)相关性分析评估骨肉瘤转移与骨肉瘤干性的关系。主要结果:1)筛选出5条关键的辣椒碱通过反式作用来抑制骨肉瘤的lncRNA-mRNA对;2)从1116条lncRNA-miRNA-mRNA构成的骨肉瘤相关ceRNA网络中筛选出由3个lncRNA、2个miRNA和17个mRNA构成的辣椒碱治疗骨肉瘤的33条ceRNA网络;3)在辣椒碱治疗骨肉瘤ceRNA网络的分子中,MIR14HG（lncRNA）,miR-196A-5p（miRNA）和WDR33（mRNA）能作为影响骨肉瘤生存的独立预后因素;4)低浓度辣椒碱能抑制骨肉瘤的迁移和侵袭能力;5)低浓度辣椒碱能通过4个lncRNA和21个mRNA来抑制骨肉瘤的转移;6)辣椒碱能抑制骨肉瘤的干性,并为剂量依赖性;7)辣椒碱主要通过抑制SOX2和EZH2的表达来降低骨肉瘤的干性;8)辣椒碱对骨肉瘤干性的抑制与辣椒碱抑制骨肉瘤转移相关基因密切相关;9)辣椒碱能抑制骨肉瘤干细胞的迁移能力。结论:低浓度辣椒碱能调控骨肉瘤非编码RNA和mRNA表达,通过ceRNA和lncRNA-mRNA机制来抑制骨肉瘤。低浓度辣椒碱能够抑制骨肉瘤的转移和干性表达,并且能有效抑制骨肉瘤干细胞的迁移能力。同时,辣椒碱抑制骨肉瘤干性与辣椒碱调控骨肉瘤转移的lncRNA和mRNA相关。综上,辣椒碱是一种可以抑制骨肉瘤,降低其转移和干性的潜在治疗药物。
二、骨肉瘤中cbfa1基因表达与临床因素的相关性研究（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、骨肉瘤中cbfa1基因表达与临床因素的相关性研究（论文提纲范文）
（1）利用生物信息学结合大数据分析骨肉瘤预后相关基因并探索STC2基因在骨肉瘤中的表达及意义（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 常用缩写词中英文对照表 |
| 前言 |
| 第一部分 骨肉瘤预后相关基因的数据挖掘及基因表达特征模型的构建 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 GEO数据库获取芯片数据 |
| 1.2 GEO2R筛选骨肉瘤和正常组织中的差异表达基因 |
| 1.3 GO和 KEGG富集分析 |
| 1.4 PPI网络分析和hub基因鉴定 |
| 1.5 Cytoscape功能模块分析 |
| 1.6 KM单因素生存分析 |
| 1.7 GEPIA数据库组织水平表达分析 |
| 1.8 Surve Express平台构建骨肉瘤关键模块基因的表达特征模型 |
| 1.9 核心基因表达水平 |
| 2 结果 |
| 2.1 差异表达基因筛选 |
| 2.2 GO和 KEGG对四组差异表达基因的功能分析 |
| 2.3 差异基因的关键功能模块分析 |
| 2.4 关键功能模块基因表达特征模型构建 |
| 2.4.1 构建表达特征风险模型并进行预后评价 |
| 2.4.2 对高风险组和低风险组构建生存曲线 |
| 2.4.3 分析关键模块基因的表达水平与高低两个风险组的关系 |
| 3 讨论 |
| 4 结论 |
| 4.1 差异表达倍数高的基因在细胞中的富集部位 |
| 4.2 表达特征模型构建 |
| 第二部分 生物信息学分析STC2 基因在骨肉瘤中的作用 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 Prot Param预测人STC2 蛋白理化性质 |
| 1.2 Genecards进行STC2 蛋白亚细胞定位分析 |
| 1.3 Oncomine数据库分析STC2 基因的组织表达 |
| 1.4 GEPIA数据库验证STC2 在骨肉瘤中表达情况 |
| 1.5 CCLE分析STC2 细胞表达水平 |
| 1.6 TCGA数据库分析STC2 基因临床病理学特征 |
| 1.7 STRING数据库分析STC2 基因周围相关蛋白 |
| 2 结果 |
| 2.1 人STC2 蛋白的理化性质分析及预测 |
| 2.2 人STC2 蛋白的核定位、跨膜区、及亚细胞定位预测分析 |
| 2.3 STC2 基本表达情况——组织水平、细胞水平 |
| 2.3.1 Oncomine分析STC2 基因组织水平表达情况 |
| 2.3.2 Outlier分析STC2 基因在不同肉瘤亚型中的表达 |
| 2.3.3 STC2 基因在肉瘤与正常组织之间的表达比较(组织水平) |
| 2.3.4 STC2 在骨肉瘤与其他类型肉瘤的表达情况 |
| 2.3.5 STC2 在骨肉瘤各亚型之间的表达分析 |
| 2.3.6 STC2 在骨肉瘤细胞与其他肿瘤细胞系之间的表达比较 |
| 2.4 STC2 基因预后意义 |
| 2.5 初步探索STC2 影响骨肉瘤发生发展的分子机制 |
| 2.5.1 STC2 相互作用蛋白网络 |
| 2.5.2 STC2 共表达分析 |
| 2.6 TCGA数据库分析STC2 与肉瘤患者临床病理特征的关系 |
| 3 讨论 |
| 4 结论 |
| 4.1 STC2 基因的基本信息 |
| 4.2 STC2 与骨肉瘤患者预后 |
| 第三部分 实体组织验证STC2 在骨肉瘤中的表达及临床意义 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 实验器材和试剂 |
| 1.2 免疫组化 |
| 1.2.1 免疫组化步骤 |
| 1.2.2 STC2 免疫组化判读标准 |
| 2 结果 |
| 2.2 免疫组化验证STC2 与骨肉瘤患者临床病理特征的关系 |
| 2.2.1 STC2 在非骨肉瘤组织中表达定位 |
| 2.2.2 STC2 在普通型骨肉瘤中的表达定位及阳性率 |
| 2.2.3 STC2 表达与普通骨肉瘤的临床病理特征 |
| 2.3 细胞学验证STC2 对骨肉瘤细胞增殖功能的影响 |
| 2.3.1 敲除STC2 基因对骨肉瘤细胞增殖能力的影响 |
| 2.3.2 过表达STC2 基因对骨肉瘤细胞增殖能力的影响 |
| 3 讨论 |
| 4 结论 |
| 4.1 免疫组化验证STC2 与骨肉瘤患者临床病理特征的关系 |
| 4.2 细胞学验证STC2 对骨肉瘤细胞增殖功能的影响 |
| 参考文献 |
| 综述 骨肉瘤生物标志物的研究进展 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 个人简介 |
（2）长链非编码RNA参与骨肉瘤和胃癌增殖、迁移与耐药的机制研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 中英文缩略词表 |
| 前言 |
| 第一部分:长链非编码RNALBX2-AS1 通过LBX2-AS1/miR-5010-5p/WNT7B轴促进骨肉瘤细胞的增殖和迁移 |
| 1 前言 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.1.1 实验仪器 |
| 2.1.2 实验耗材 |
| 2.2 实验方法 |
| 2.2.1 细胞培养 |
| 2.2.2 LBX2-AS1 沉默 |
| 2.2.3 CCK-8 细胞活力检测 |
| 2.2.4 细胞迁移侵袭能力检测 |
| 2.2.5 生物信息学预测靶基因 |
| 2.2.6 荧光素酶报告检测 |
| 2.2.7 miRNA转染 |
| 2.2.8 实时定量PCR检测LBX2-AS1 的表达水平 |
| 2.2.9 蛋白免疫印迹分析 |
| 2.2.10 统计分析 |
| 3 结果 |
| 3.1 LBX2-AS1 在骨肉瘤细胞中高表达 |
| 3.2 LBX2-AS1 促进骨肉瘤细胞的增殖 |
| 3.2.1 构建LBX2-AS1低表达的骨肉瘤细胞株 |
| 3.2.2 沉默LBX2-AS1 抑制了骨肉瘤细胞的增殖 |
| 3.3 沉默LBX2-AS1 的表达抑制骨肉瘤细胞的迁移 |
| 3.4 LBX2-AS1 通过miR-5010-5p调控WNT7B的表达 |
| 3.4.1 预测LBX2-AS1 可能通过结合miR-5010-5p进而调控下游基因WNT7B |
| 3.4.2 miR-5010-5p可以与LBX2-AS1和WNT7B结合 |
| 3.4.3 LBX2-AS1 调控miR-5010-5p和 WNT7B的表达 |
| 3.4.4 miR-5010-5p调控下游WNT7B的表达 |
| 3.5 抑制miR-5010-5p表达可以恢复沉默LBX2-AS1 对骨肉瘤细胞的增殖、迁移的影响 |
| 3.5.1 LBX2-AS1 低表达细胞系中抑制miR-5010-5p表达可以恢复WNT7B的表达 |
| 3.5.2 抑制miR-5010-5p的表达可以恢复沉默LBX2-AS1 所抑制的骨肉瘤细胞的增殖 |
| 3.5.3 抑制miR-5010-5p的表达可以恢复沉默LBX2-AS1 所抑制的骨肉瘤细胞的迁移 |
| 4 讨论 |
| 5 研究结论 |
| 第二部分:TUG1 在胃癌中作用的生物信息学分析及实验验证 |
| 1 前言 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.1.1 实验仪器 |
| 2.1.2 实验耗材 |
| 2.2 实验方法 |
| 2.2.1 生物信息学分析方法 |
| 2.2.2 湿实验实验方法 |
| 2.2.3 统计分析 |
| 3 结果 |
| 3.1 生物信息学分析结果 |
| 3.1.1 患者的基线特征 |
| 3.1.2 胃腺癌中TUG1 高表达 |
| 3.1.3 TUG1 表达与临床特征的相关性 |
| 3.1.4 TUG1 的高表达提示预后不良 |
| 3.1.5 TUG1 在胃腺癌中的诊断价值 |
| 3.1.6 GO和 KEGG富集分析TUG1 的共表达基因 |
| 3.1.7 GSEA识别与TUG1 相关的生物学过程和信号通路 |
| 3.2 湿实验结果 |
| 3.2.1 TUG1 在胃癌患者表达水平高,与淋巴结转移及Ki-67密切相关 |
| 3.2.2 TUG1 高表达患者生存分析 |
| 3.2.3 TUG1 高表达可能与耐药相关 |
| 3.2.4 TUG1 促进胃癌细胞的耐药 |
| 3.2.5 TUG1 促进胃癌细胞迁移和侵袭 |
| 4 讨论 |
| 5 研究结论 |
| 全文总结 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 攻读学位期间发表的研究成果 |
| 综述 非编码RNA在骨肉瘤发病、诊断和预后中的作用 |
| 参考文献 |
（3）长链非编码RNA LINC01614通过miR-520a-3p/SNX3调控轴促进骨肉瘤进展的分子机制（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| abstract |
| 英文缩略词表 |
| 第一章 文献综述 |
| 1.1 概述 |
| 1.2 LncRNAs的结构及功能特点 |
| 1.2.1 LncRNAs的起源及分类 |
| 1.2.2 LncRNAs在细胞内的调控模式 |
| 1.2.3 LncRNAs的调控作用 |
| 1.3 LncRNAs在骨肉瘤中的研究进展 |
| 1.3.1 LncRNAs在骨肉瘤发病机制中的作用 |
| 1.3.2 LncRNAs参与调控骨肉瘤的分子通路 |
| 1.3.3 LncRNAs参与调控骨肉瘤的细胞通路 |
| 1.3.4 LncRNAs在骨肉瘤中的临床应用情况 |
| 1.4 CeRNA在骨肉瘤中的研究进展 |
| 1.4.1 CeRNA调控骨肉瘤的生物功能 |
| 1.4.2 CeRNA调节骨肉瘤的耐药 |
| 1.5 LINC01614、miR-520a-3p、SNX3 在肿瘤中的研究现状 |
| 1.5.1 LINC01614 在肿瘤中的研究现状 |
| 1.5.2 MiR-520a-3p在肿瘤中的研究现状 |
| 1.5.3 SNX3 在肿瘤中的研究现状 |
| 第二章 骨肉瘤中以LncRNAs为核心的调控网络构建及关键基因筛选 |
| 2.1 前言 |
| 2.2 骨肉瘤组织中差异表达lncRNAs、miRNAs及 mRNAs分子表达谱检测及分析 |
| 2.2.1 实验材料 |
| 2.2.2 实验方法 |
| 2.2.3 实验结果 |
| 2.3 骨肉瘤中差异表达lncRANs靶基因的调控功能分析及以LINC01614、MALAT1 为中心的促癌调控网络提取和功能分析 |
| 2.3.1 实验材料 |
| 2.3.2 实验方法 |
| 2.3.3 实验结果 |
| 2.4 LINC01614及MALAT1 在骨肉瘤细胞及骨肉瘤组织中表达水平的验证 |
| 2.4.1 实验材料 |
| 2.4.2 实验方法 |
| 2.4.3 实验结果 |
| 2.5 讨论 |
| 第三章 LINC01614 在骨肉瘤中的调控功能研究 |
| 3.1 前言 |
| 3.2 LINC01614 与骨肉瘤患者生存率及组织学分期有关 |
| 3.2.1 实验材料 |
| 3.2.2 分析方法 |
| 3.2.3 分析结果 |
| 3.3 沉默LINC01614 抑制骨肉瘤细胞增殖、迁移、侵袭,并促进骨肉瘤细胞凋亡 |
| 3.3.1 实验材料 |
| 3.3.2 实验方法 |
| 3.3.3 实验结果 |
| 3.4 沉默LINC01614 抑制骨肉瘤小鼠模型肿瘤生长 |
| 3.4.1 实验材料 |
| 3.4.2 实验方法 |
| 3.4.3 实验结果 |
| 3.5 讨论 |
| 第四章 LINC01614 调控骨肉瘤发生发展的分子机制研究 |
| 4.1 前言 |
| 4.2 LINC01614 通过miR-520a-3p调控骨肉瘤的生物功能 |
| 4.2.1 实验材料 |
| 4.2.2 实验方法 |
| 4.2.3 实验结果 |
| 4.3 LINC01614 通过竞争性结合miR-520a-3p调控SNX3 的表达 |
| 4.3.1 实验材料 |
| 4.3.2 实验方法 |
| 4.3.3 实验结果 |
| 4.4 LINC01614/miR-520a-3p通过SNX3 调控骨肉瘤的发生与发展 |
| 4.4.1 实验材料 |
| 4.4.2 实验方法 |
| 4.4.3 实验结果 |
| 4.5 讨论 |
| 第五章 结论 |
| 参考文献 |
| 作者简介 |
| 致谢 |
（4）基于GEO和TARGET数据库联合分析构建骨肉瘤三基因预后模型（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 主要英文缩略词表 |
| 第1章 引言 |
| 第2章 材料与方法 |
| 2.1 公共数据库与生物信息学软件 |
| 2.1.1 GEO数据库 |
| 2.1.2 GO与KEGG数据库 |
| 2.1.3 STRING数据库 |
| 2.1.4 TARGET数据库 |
| 2.1.5 R语言及Bioconductor |
| 2.2 研究方法 |
| 2.2.1 基因表达谱数据的获取 |
| 2.2.2 差异表达基因的筛选 |
| 2.2.3 GO和KEGG富集分析 |
| 2.2.4 PPI网络的构建与分析 |
| 2.2.5 TARGET数据库数据的提取与筛选 |
| 2.2.6 预后相关基因模型的定义 |
| 2.2.7 预后模型与其他临床特征的独立性 |
| 第3章 结果 |
| 3.1 差异基因表达分析 |
| 3.2 功能富集分析 |
| 3.3 蛋白质间互相作用网络分析 |
| 3.4 TARGET数据库预后基因的筛选和预后风险评分公式的建立 |
| 3.5 三基因预后模型是骨肉瘤患者的独立预后因素 |
| 第4章 讨论 |
| 第5章 结论 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 综述 骨肉瘤生物标志物的研究进展 |
| 参考文献 |
（5）TIPE1介导PRMT1调控STAT3精氨酸甲基化修饰参与骨肉瘤增殖机制研究（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| abstract |
| 缩略语表 |
| 前言 |
| 第一部分 免疫分子TIPE1对骨肉瘤细胞增殖等生物学行为的影响 |
| 技术路线 |
| 材料与方法 |
| 实验结果 |
| 讨论 |
| 第二部分 TIPE1调控PRMT1/STAT3通路影响骨肉瘤增殖的分子机制研究 |
| 技术路线 |
| 材料与方法 |
| 实验结果 |
| 讨论 |
| 第三部分 临床标本验证TIPE1抑制STAT3表达参与骨肉瘤发生 |
| 技术路线 |
| 材料与方法 |
| 实验结果 |
| 讨论 |
| 全文总结 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 攻读学位期间发表的学术论文 |
| 学位论文评阅及答辩情况表 |
| 英文论文1 |
| 英文论文2 |
（6）PNO1在骨肉瘤中作用机制的初步研究（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| ABSTRACT |
| 符号说明 |
| 第一部分 基于生物信息学研究PNOl在骨肉瘤中的表达与作用 |
| 前言 |
| 1. 方法 |
| 2. 结果 |
| 3. 讨论 |
| 4. 结论 |
| 第二部分 实验验证PNOl对骨肉瘤细胞MG-63增殖、凋亡、周期以及侵袭、迁移的影响 |
| 前言 |
| 1. 方法 |
| 2. 结果 |
| 3. 讨论 |
| 4. 结论 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 攻读学位期间发表的学术论文目录 |
| 学位论文评阅及答辩情况表 |
（7）脱氧鬼臼毒素抑制GRP78诱导骨肉瘤细胞的自噬凋亡（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 骨肉瘤及其防治 |
| 1.2 细胞自噬 |
| 1.3 生物信息学在肿瘤中的应用 |
| 1.4 葡萄糖调节蛋白78(GRP78) |
| 1.5 脱氧鬼臼毒素(deoxypodophylololotoxin,DPT) |
| 1.6 参考文献 |
| 第二章 OS基因表达谱芯片的生物信息学分析 |
| 2.1 前言 |
| 2.2 实验材料与方法 |
| 2.3 实验结果 |
| 2.4 讨论 |
| 2.5 参考文献 |
| 第三章 HSPA5对U-2 OS细胞ANXA1和PSAT1的双重转录调控 |
| 3.1 前言 |
| 3.2 实验材料 |
| 3.3 实验方法 |
| 3.4 实验结果 |
| 3.5 讨论 |
| 3.6 参考文献 |
| 第四章 DPT对U-2 OS和SAOS-2细胞GRP78的影响 |
| 4.1 前言 |
| 4.2 实验材料 |
| 4.3 实验方法 |
| 4.4 实验结果 |
| 4.5 讨论 |
| 4.6 参考文献 |
| 第五章 DPT对骨肉瘤细胞增殖和凋亡的影响 |
| 5.1 前言 |
| 5.2 实验材料 |
| 5.3 实验方法 |
| 5.4 实验结果 |
| 5.5 讨论 |
| 5.6 参考文献 |
| 第六章 GRP78在DPT对OS细胞凋亡及肿瘤生长中的作用 |
| 6.1 前言 |
| 6.2 实验材料 |
| 6.3 实验方法 |
| 6.4 实验结果 |
| 6.5 讨论 |
| 6.6 参考文献 |
| 第七章 DPT与OS细胞自噬 |
| 7.1 前言 |
| 7.2 实验材料 |
| 7.3 实验方法 |
| 7.4 实验结果 |
| 7.5 讨论 |
| 7.6 参考文献 |
| 全文总结 |
| 附录 |
| 攻读学位期间成果 |
| 致谢 |
（8）TFF3在骨肉瘤中的作用及相关机制研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 英文缩略词表 |
| 第一章 前言 |
| 1.1 骨肉瘤的概述 |
| 1.2 骨肉瘤的临床特点及治疗进展 |
| 1.3 骨肉瘤的研究热点 |
| 第二章 材料与方法 |
| 2.1 数据来源 |
| 2.2 差异表达基因和差异表达DNA甲基化位点的筛选 |
| 2.3 差异表达基因的生存分析 |
| 2.4 基因富集分析 |
| 2.5 相关性分析 |
| 第三章 实验结果 |
| 3.1 差异表达基因的筛选 |
| 3.2 差异表达基因的生存分析 |
| 3.3 基因富集分析 |
| 3.4 TFF3 表达量与DNA甲基化的关系 |
| 第四章 讨论 |
| 第五章 结论 |
| 参考文献 |
| 综述 骨肉瘤的诊疗规范与临床进展 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 个人简历 |
（9）尤文肉瘤临床预后模型的建立与肿瘤进展的机制研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 缩略词表 |
| 前言 |
| 参考文献 |
| 第一部分 脊柱-骨盆尤文肉瘤临床预后模型的建立与外部验证 |
| 第一节 引言 |
| 第二节 实验材料与方法 |
| 第三节 实验结果 |
| 第四节 讨论 |
| 第二部分 Tenascin-C调控尤文肉瘤进展的功能和机制研究 |
| 第一章 Tenascin-C在尤文肉瘤中的表达及功能研究 |
| 第一节 引言 |
| 第二节 实验材料与方法 |
| 第三节 实验结果 |
| 第四节 讨论 |
| 第二章 Tenascin-C与融合蛋白EWS-FLI1 的关系研究 |
| 第一节 引言 |
| 第二节 实验材料与方法 |
| 第三节 实验结果 |
| 第四节 讨论 |
| 第三章 Tenascin-C调控经Integrinα5β1 介导的Hippo-YAP通路 |
| 第一节 引言 |
| 第二节 实验材料与方法 |
| 第三节 实验结果 |
| 第四节 讨论 |
| 第三部分 去泛素化酶ZRANB1 调控尤文肉瘤进展的功能和机制研究. |
| 第一章 基于加权基因共表达网络分析筛选和验证目的基因 |
| 第一节 引言 |
| 第二节 实验材料与方法 |
| 第三节 实验结果 |
| 第四节 讨论 |
| 第二章 ZRANB1 通过去泛素化NPRL2 调控尤文肉瘤增殖 |
| 第一节 引言 |
| 第二节 实验材料与方法 |
| 第三节 实验结果 |
| 第四节 讨论 |
| 文献综述 |
| 一、尤文肉瘤的流行病学特征和诊疗进展 |
| (一)尤文肉瘤的流行病学特征 |
| (二)尤文肉瘤的诊疗进展 |
| (三)尤文肉瘤治疗的潜在药物靶点 |
| 二、细胞外基质与肿瘤的关系 |
| (一)细胞外基质概述 |
| (二)细胞外基质重塑在肿瘤发生发展中的作用 |
| (三)Tenascin-C在肿瘤发生发展中的功能和机制 |
| 三、Hippo信号通路与肿瘤的关系 |
| (一)Hippo信号通路概述 |
| (二)YAP/TAZ在肿瘤发生发展中的作用及相关机制 |
| (三)YAP/TAZ作为药物靶点在肿瘤治疗中的应用 |
| 四、去泛素化酶与肿瘤的关系 |
| (一)去泛素化酶概述 |
| (二)去泛素化酶在肿瘤发生发展中的作用及相关机制 |
| (三)去泛素化酶ZRANB1 调控肿瘤恶性行为的研究进展 |
| 五、mTORC1 信号通路与肿瘤的关系 |
| (一)mTORC1 信号通路概述 |
| (二)mTORC1 信号通路在肿瘤发生发展中的作用及相关机制 |
| 六、总结与展望 |
| 参考文献 |
| 攻读学位期间个人发表论文和参加科研工作的情况 |
| 致谢 |
（10）辣椒碱对骨肉瘤及骨肉瘤干细胞的影响及机制研究（论文提纲范文）
| 符号说明 |
| 摘要 |
| abstract |
| 前言 |
| 参考文献 |
| 第一部分:辣椒碱对骨肉瘤转录后水平的调控作用 |
| 1 材料与方法 |
| 2 结果 |
| 3 讨论 |
| 4 小结 |
| 参考文献 |
| 第二部分:辣椒碱抑制骨肉瘤转移及干性表达的机制研究 |
| 1 材料与方法 |
| 2 结果 |
| 3 讨论 |
| 4 小结 |
| 参考文献 |
| 文献综述 LncRNA介导的ceRNA在骨肉瘤相关信号通路中调控作用的研究进展 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 硕士期间的科研成果 |
四、骨肉瘤中cbfa1基因表达与临床因素的相关性研究（论文参考文献）
- [1]利用生物信息学结合大数据分析骨肉瘤预后相关基因并探索STC2基因在骨肉瘤中的表达及意义[D]. 王紫玥. 山西医科大学, 2021(01)
- [2]长链非编码RNA参与骨肉瘤和胃癌增殖、迁移与耐药的机制研究[D]. 刘媛. 南昌大学, 2021(01)
- [3]长链非编码RNA LINC01614通过miR-520a-3p/SNX3调控轴促进骨肉瘤进展的分子机制[D]. 蔡启轩. 吉林大学, 2021(01)
- [4]基于GEO和TARGET数据库联合分析构建骨肉瘤三基因预后模型[D]. 郭嘉. 南昌大学, 2021(01)
- [5]TIPE1介导PRMT1调控STAT3精氨酸甲基化修饰参与骨肉瘤增殖机制研究[D]. 刘光平. 山东大学, 2021(12)
- [6]PNO1在骨肉瘤中作用机制的初步研究[D]. 李备. 山东大学, 2021(12)
- [7]脱氧鬼臼毒素抑制GRP78诱导骨肉瘤细胞的自噬凋亡[D]. 唐晓军. 南方医科大学, 2021(02)
- [8]TFF3在骨肉瘤中的作用及相关机制研究[D]. 王伟豪. 汕头大学, 2021(02)
- [9]尤文肉瘤临床预后模型的建立与肿瘤进展的机制研究[D]. 何韶辉. 中国人民解放军海军军医大学, 2021(01)
- [10]辣椒碱对骨肉瘤及骨肉瘤干细胞的影响及机制研究[D]. 陈治宇. 重庆医科大学, 2021