一、胃良恶性疾病染色体畸变位点数据库的建立与应用（论文文献综述）
刘梦[1]（2021）在《伴有额外染色体异常的Ph+慢性粒细胞性白血病患者基因组改变的研究》文中研究表明目的:慢性粒细胞性白血病（Chronic Myeloid Leukemia,CML）以9号和22号染色体之间平衡易位所形成的费城（Philadelphia,Ph）染色体为特征性改变。除Ph染色体外,非随机的、多样的染色体畸变的出现被认为是CML发生了克隆演变（Clonal Evolution,CE）,在慢性期（Chronic Phase,CP）患者中少见,往往与疾病进展和不良预后有关。本研究通过整合应用染色体核型分析、荧光原位杂交（Fluorescence in situ hybridization,FISH）、微阵列比较基因组杂交（Array comparative genomic hybridization,aCGH）和全外显子组测序（Whole exome sequencing,WES）检测技术,旨在发现CML发生Ph染色体以外的克隆性染色体改变时基因组变化特点,揭示与CML相关的潜在基因,探讨其在CML疾病发生发展中的意义,从而增加对CML遗传学异常的认知,为CML患者的诊断和治疗提供新的思路。方法:收集2000年至2019年,在美国俄克拉荷马大学健康医学中心遗传学实验室诊断为CML的患者骨髓或外周血标本。应用染色体核型分析和FISH检测患者的细胞遗传学异常。对只具有Ph染色体改变的患者应用aCGH技术分析其基因组拷贝数变异（Copy Number Variations,CNVs）情况。在慢性期CML患者中随机选取10例伴有额外染色体异常（Additional Chromosomal Abnormalities,ACAs）的患者和10例经aCGH检测后仍只具有Ph染色体改变的患者,分别纳入实验组和对照组进行全外显子组测序,应用生物信息学分析对基因变异进行过滤和注释,对比两组变异发生的频率,筛选出与慢性粒细胞性白血病患者发生额外染色体异常相关的基因体细胞变异。结果:本研究我们共收集了106例CML患者的样本,进行常规细胞遗传学检测后在84例患者中只发现了Ph染色体的产生和BCR-ABL1融合基因的形成,在其余的22例患者中发现了除Ph染色体外的其他染色体克隆性改变。84例患者中有49例成功提取了DNA进行aCGH检测,最终在11例（22.4%）患者中发现了17个致病性的基因组拷贝数变异。9号染色体长臂部分丢失del（9q）是其中最常出现的CNVs,发生在5例（45.5%）患者中,累及的染色体区段为9q34.11-q34.12。3例（60%）患者的del（9q）片段中涵盖了ASS1基因,其中2例患者同时观察到BCR-ABL1融合基因信号的缺失。20例慢性期CML患者经全外显子组测序后共获得了122.05Gb的原始数据,样本平均测序深度42.41×（16.69×～72.37×）,平均序列覆盖度为96.40%。实验组的基因组总体变异个数、单核苷酸变异（Single-Nucleotide Variants,SNV）个数,插入和缺失变异（Insersion and Deletion,INDEL）个数均比对照组多,但两组变异个数之间的差异并未发现具有统计学意义（P>0.05）。两组共发现159个可引起氨基酸改变并导致所编码蛋白质功能变化的编码区体细胞变异,实验组体细胞变异数目高于对照组（实验组88个,对照组71个,P>0.05）,其中常见于CML的肿瘤相关体细胞变异19个,包括10个错义单核苷酸变异,3个非移码缺失变异,2个移码缺失变异和4个终止子获得变异。非移码变异rs57875368（COSM1476940,NM＿007350:exon1:c.582＿584del:p.194＿195del）是实验组中高频出现的变异（实验组6/10例,对照组1/10例,P=0.043）,该变异位点定位于基因PHLDA1编码区。在实验组中我们还发现了两个尚未在单核苷酸多态性数据库和肿瘤体细胞变异数据库中报道的新的体细胞变异位点,分别定位于基因TLE1（p.E748V）和基因CSMD2（p.W229X）的编码区。结论:本研究我们发现Ph+慢性粒细胞性白血病患者的基因组不平衡改变复杂多样,拷贝数变异以染色体9q的部分丢失最为常见,常与不良预后有关,del（9q）所涵盖的ASS1基因缺失可作为潜在的抑癌因素在CML疾病的治疗和预后中起到重要作用。我们在伴有额外染色体异常的患者中筛选出了一个特异的高频体细胞变异,并只在该类患者中发现了2个尚未被肿瘤体细胞变异数据库和单核苷酸多态性数据库收录的新的体细胞变异位点,这三个分别定位于基因PHLDA1、TLE1和CSMD2的体细胞变异可能有助于CML发生额外染色体异常,在疾病的克隆演变中起到重要作用。我们所发现的遗传信息为伴有额外染色体畸变的CML患者的新的靶向药物研究提供了分子基础。
李东杰[2]（2021）在《基于微阵列比较基因组杂交技术对喉鳞癌全基因组染色体拷贝数变异的整合分析》文中认为喉鳞状细胞癌（laryngeal squamous cell carcinoma,LSCC）是头颈部常见的恶性肿瘤,发病率高,约占全身恶性肿瘤的5.7%～7.6%,其死亡率高、预后较差。然而近年来LSCC患者5年生存率及生活质量并无提高,其发病率亦呈逐年升高趋势,并且逐渐年轻化,严重破坏患者的发音、呼吸及吞咽三大功能,威胁患者的生存质量和生存期。对于LSCC的治疗,较晚期患者往往以牺牲喉的功能为代价来延长生命。LSCC是一种基因机制复杂的肿瘤类型,目前其病因和发病机制尚不明确,且尚缺乏用于指导诊断、治疗及预后的特异性肿瘤标志物。因此探究LSCC的发生机理,分析LSCC发生的分子机制以及找出LSCC的分子标志物对于LSCC的早期诊断及治疗越来越重要。遗传不稳定性如染色体不稳定性与LSCC的发生密切有关。拷贝数变异（Copy Number Variations,CNVs）是人类基因组内从1Kb到数个Mb不等的DNA片段拷贝数,包括DNA片段的删除、插入、复制和复合多位点的变异等类型。CNVs是造成个体表型差异的重要遗传基础,其在人类基因组中分布广泛,极大地丰富了基因组遗传变异的多样性。在人类肿瘤中,CNV是可能导致原癌基因的活化和抑癌基因的钝化的重要原因,这些基因在参与调控细胞生长、增殖、凋亡和转移等机制方面发挥着至关重要的作用。Array-CGH（Microarray comparative genomic hybrization）是一种高通量的基因组检测技术,一次实验就能对基因组的变化进行整体检测,并且能筛查出全部染色体的微重复、微缺失和非整倍体等变异,可成为筛选肿瘤发生、转移、复发、耐药等相关候选基因的研究靶点,对于寻找原癌基因和抑癌基因,监测肿瘤发生、发展过程及判断预后有重要的分子遗传学意义。在本研究中,我们通过array-CGH检测获得了LSCC的全基因组的缺失及扩增图谱。同时研究染色体畸变与临床病理特征的关系,通过整合GEO（Gene Expression Omnibus）数据库分析获得各染色体异常数据,进而对与LSCC发生及发展相关的基因进行筛选,为研究LSCC发生及发展提供相关候选基因。目的:通过array-CGH分析LSCC肿瘤组织的全基因组染色体的缺失及扩增图谱,探讨LSCC染色体水平拷贝数变异,并分析染色体CNVs与喉鳞癌临床及病理特征之间的关系,结合GEO数据库分析获得差异表达基因数据,进而对与LSCC发生及发展相关的基因进行筛选,为研究LSCC发生及发展提供相关候选基因。方法:我们使用Agilent公司的基因芯片对66例LSCC进行array-CGH检测,使用Cytogenomics 4.0对实验结果进行数据分析,同时分析染色体CNVs与临床及病理特征之间的关系,结合GEO数据库分析获得差异表达基因,同时绘制火山图及热图,进而对与LSCC发生及发展相关的基因进行整合分析筛选获得LSCC候选靶基因,通过免疫组织化学进一步分析候选基因在癌组织及癌旁组织中的表达,以及其与临床病理参数之间的相关性。结果:（1）本次研究的66例LSCC标本中,经array-CGH检测均有不同数目及大小的基因组CNVs（扩增、丢失、重复和纯合缺失）。66例LSCC中所检测到的基因组不平衡频率较高的染色体片段包括9个重复片段:3q26.1-qter,5pter-p12,7p22.3p14.1,8p12p11.22,8q24.13q24.3,11q13.2q13.4,12pter-p12.2,18pter-p11.31和20p13p12.1,以及5个缺失片段:3pter-p21.32,4q28.1-q35.2,5q13.2-qter,9pter-p21.3以及13 monosomy。3q26.32q27.2区域重复频率最高,其中最小重叠区域（smallest region of overlap,SRO）包含SOX2,EIF4G1,FXR1,DVL3,DCUN1D1和IGF2BP2等基因。8号染色体上有两个高度扩增片段,其中长臂8p11.2和短臂8q24.21,分别包含ADAM2和CCDC26基因。本实验中检测到4个纯合子缺失片段,其所覆盖NEIL3,CSMD1,CDKN2A和PCDH20等可能的抑癌基因。（2）根据临床特征及病理特点,高频染色体片段变异与淋巴结分期、肿瘤分期统计无相关性,3q26.1-qter、5pter-p12重复以及5q13.2-qter缺失在吸烟组与非吸烟组比较差异均有统计学意义（P<0.05）。（3）整合GEO数据库差异表达基因分析确定SOX2、EIF4G1、FXR1、DVL3、DCUN1D1、IGF2BP2、CCDC26以及CDKN2A、SPINK5、PCDH20、CSMD1、NEIL3候选基因。（4）PCDH20、NEIL3、DCUN1D1、EIF4G1、IGF2BP2在喉癌和癌旁组织高表达率比较差异均有统计学意义,PCDH20表达与淋巴结转移、吸烟史负相关,NEIL3表达与淋巴结转移负相关,DCUN1D1表达与TNM分期正相关,EIF4G1、IGF2BP2表达与淋巴结转移正相关。结论:（1）本次研究的66例LSCC组织标本中,经array-CGH检测均有不同数目及大小片段的基因组CNVs（扩增、丢失、重复和纯合缺失）。（2）在LSCC中所检测到的高频扩增及纯合子缺失片段中含有重要相关癌基因以及抑癌基因。（3）特定染色体片段的重复及缺失与吸烟史存在一定相关性,部分筛选基因的表达与临床病理参数相关。（4）结合GEO数据库差异表达基因的整合分析可推定LSCC相关候选靶基因,为进一步研究LSCC的分子发生机制提供参考。
许小宇[3]（2020）在《FUS-ERG融合基因阳性AML的分子特征和发病机制研究》文中研究表明一、FUS-ERG融合基因阳性AML的临床特征目的:回顾性分析苏州大学附属第一医院血液科诊断和治疗的7173例AML患者,根据细胞遗传学和融合基因检测的不同结果,分析不同融合基因阳性AML患者的临床特征、细胞遗传学特点以及生存预后的差别。方法:1.完善苏州大学附属第一医院血液科诊断和治疗的AML患者基本信息的采集,系统性分析全部AML患者临床及细胞遗传学特征。2.根据融合基因和细胞遗传学的检测结果,比较不同融合基因亚型AML患者的临床特点及差异。3.详细分析FUS-ERG融合基因阳性AML患者的临床、实验室分子以及预后生存特点。结果:1.7173例AML患者的细胞遗传学特点:正常核型患者3025人,占42.1%;染色体核型未检测或者检测结果丢失的患者占6.5%（463/7173）;2.4%（172/7173）的患者染色体核型分析结果显示未见细胞分裂相;49%（3156/7173）的患者染色体核型存在异常,其中 t（15;17）,t（8;21）,inv（16）,t（9;22）分别占 12.3%（884）,11.2%（809）,1.8%（129）,1.4%（103）。2.从2006年起对初诊AML患者进行融合基因检测,共有3984例患者纳入本研究,结果提示融合基因阴性的患者2492例,占62.6%,AML1-ETO,PML-RARa,CBFb-MYH11,BCR-ABL,MLL 重排分别占 12.6%（500）,13.2%（527）,5.0%（198）,1.8%（71）,3.8%（152）。其他少见类型的融合基因有 DEK-NUP214（17）,FUS-ERG（10）,NPM-MLF1（3）和AML1-MTG16（2）。我们对不同融合基因阳性AML患者的临床特征进行分析,发现FUS-ERG融合基因阳性AML患者的发病年龄相对较小,中位发病年龄为24.5岁（8-52岁）,与其他融合基因组年龄的差异存在统计学意义（p<0.001）,但是检测到的FUS-ERG融合基因阳性的病例数仅为10人,样本数少统计结果可能存在偏差。3.搜集到FUS-ERG融合基因阳性的患者共38例,其中34例为AML患者,占全部AML患者的0.47%（34/7173）,3例为急性淋巴细胞白血病（Acute Lymphoblastic Leukemia,ALL）以及 1 例急性混合细胞白血病（Mixed-Phenotype Acute Leukemia,MPAL）。对AML患者进行了随访调查,发现FUS-ERG融合基因阳性AML患者的早期死亡（6月内死亡）患者达到17.6%（6/34）,一疗程诱导缓解率（complete response,CR）为64.7%（22/34）;AML患者中有17例患者进行了造血干细胞移植治疗,发现造血干细胞移植组患者与单纯化疗组患者的总生存率和无事件生存率的存在统计学差异（p=0.0075,p=0.021）,移植组患者的预后相对较好;但是移植患者移植后的复发率达到41.2%（7/17）,复发患者的治疗效果极差。结论:1.苏州大学附属第一医院血液科AML患者的临床特征和细胞遗传学特点与国际上的报道相类似,染色体核型正常的患者约占42.1%;49%的AML患者染色体核型存在异常,其中 t（8;21）,t（15;17）,inv（16）,t（9;22）分别占 11.2%,12.3%,1.8%,1.4%。2.进行融合基因检测的3984例AML患者,结果提示融合基因阴性的患者占62.6%,AML1-ETO,PML-RARa,CBFb-MYH11,BCR-ABL,MLL 重排阳性分别占12.6%,13.2%,5.0%,1.8%,3.8%;其他少见类型如FUS-ERG融合基因阳性AML患者的发病年龄较小,中位发病年龄24.5岁（8-52岁）,与其他融合基因阳性AML患者中位年龄的差异存在统计学意义（p<0.001）。3.0.47%的AML患者可检测到FUS-ERG融合基因,但是FUS-ERG融合基因阳性的患者一共38例,其中34例AML,1例MPAL和3例ALL。在AML患者中,患者早期死亡患者达到17.6%;17患者进行造血干细胞移植治疗,移植患者的复发率达到41.2%（7/17）,此类患者的生存预后极差。二、FUS-ERG融合基因阳性患者的分子特征目的:通过全外显子测序技术（Whole exon sequencing technology,WES）,全转录组测序（Whole transcriptome sequencing technology,RNA-sequencing）及二代测序技术（next generation sequencing technology,NGS）揭示 FUS-ERG 融合基因阳性 AML 患者的分子生物学特征,并初步探讨其可能的致病机制。方法:1.回顾性分析苏州大学附属第一医院血液科诊断的AML患者的细胞遗传学和分子生物学数据,筛选FUS-ERG融合基因阳性AML患者为研究对象,搜集FUS-ERG融合基因阳性AML患者的DNA或者RNA标本。2.通过WES对10例初诊FUS-ERG融合基因阳性AML患者的DNA标本进行基因突变检测,寻找共同伴随基因突变特征。3.通过RNA-sequencing对10例初诊FUS-ERG融合基因阳性AML患者的RNA标本进行基因表达和融合基因的检测,分析FUS基因和ERG基因断裂融合方式,以正常核型和其他类型AML患者作为对照,分析FUS-ERG融合基因阳性AML患者的基因表达特征及与其他类型AML患者的基因表达差异,寻找FUS-ERG融合基因可能的致病机制。4.采用包含51个血液肿瘤相关基因的靶向NGS,对13例初诊FUS-ERG融合基因阳性AML患者的DNA标本进行基因突变检测,进一步揭示其基因突变特征。结果:1.搜集到10例FUS-ERG融合基因阳性AML患者的初诊骨髓细胞DNA标本进行全外显子测序,分析测序结果显示:出现6次以上的重现性突变基因有RPL14、MUC4、LNP1、CAMKK2、FADS6、NBPF14,未检测到常见的 AML 基因突变。2.搜集到10例FUS-ERG融合基因阳性AML患者的初诊骨髓细胞RNA标本进行RNA-sequencing检测,分析这组病人和正常核型急性髓系白血病患者基因表达差异,FUS-ERG融合基因阳性AML患者显着上调的通路有肿瘤信号转导通路、PI3K-Akt信号转导通路以及Rap1超RAS信号转导通路;通过和其他类型的AML患者的基因表达的GSEA分析,发现两者存在差异信号通路是主要是代谢相关通路:包括抗环血酸和醛酸代谢通路,半胱氨酸和蛋氨酸代谢通路以及组氨酸代谢通路。3.搜集到13例FUS-ERG融合基因阳性AML患者的初诊骨髓细胞DNA标本进行靶向NGS测序,一共检测到20个基因突变,其中PTPN11激活性突变出现次数最多,频率为30.8%（4/13）,其次是WT1突变,推测PTPN11突变可能对疾病的发生进展起到重要的作用。结论:通过和其他类型的急性髓系白血病患者的基因表达的GSEA分析,发现两者存在差异的通路主要是代谢相关通路:包括抗环血酸和醛酸代谢通路,半胱氨酸和蛋氨酸代谢通路以及组氨酸代谢通路。血液肿瘤相关基因的二代靶基因深度测序共检测到20个基因突变,其中PTPN11激活性突变出现次数最多（4/13）,推测PTPN11激活性突变可能对疾病的进展起重要作用。三、FUS-ERG融合基因的致白血病机制研究目的:应用体外和体内实验模型,阐述FUS-ERG融合基因的致白血病机制。方法:1.构建FUS-ERG融合基因过表达慢病毒质粒载体,三质粒系统包装慢病毒,分别在HL-60以及32D细胞株中稳定过表达,探究FUS-ERG融合基因在体外细胞株中对细胞增殖、凋亡以及分化的作用。2.构建逆转录病毒表达载体,转染人脐血CD34阳性的细胞,流式分选CD34+GFP+细胞,进行原代细胞克隆形成和液体培养髓系诱导分化实验,观察克隆数目和类别的差异,以及其对原代细胞分化能力的影响。3.构建慢病毒过表达载体,将PTPN11-WT、PTPN11-D61V、PTPN11-E76K突变体分别在32D-Venus与32D-FUS-ERG细胞中过表达,研究PTPN11-WT及突变体对细胞增殖和分化能力的作用。4.构建慢病毒过表达载体,转染Balb/c小鼠骨髓CD117阳性细胞,胫骨原位移植到同种Balb/c小鼠骨髓内,观察移植后小鼠的发病情况。5.构建Vav-1为启动子的FUS-ERG融合基因敲入小鼠模型,观察小鼠的发病情况。结果:1.成功构建FUS-ERG融合基因慢病毒表达载体,感染人白血病细胞株,研究结果显示FUS-ERG融合基因可导致HL-60细胞增殖增多和凋亡减少,亦可以引起32D细胞分化阻滞。2.成功分选脐血中CD34阳性细胞,感染逆转录病毒,研究结果显示FUS-ERG融合基因可引起脐血细胞克隆形成能力增加,多潜能集落形成单位比例增加,髓系成熟分化阻滞,流式细胞学检测细胞阻滞在干祖细胞及早幼粒细胞阶段。3.在体外,FUS-ERG融合基因可协同PTPN11激活性突变,引起PI3K-AKT信号通路激活,导致32D细胞增殖能力显着增加以及髓系成熟分化阻滞,促使下游基因HIF-1a、IKKa、Casp9 基因的下调。4.在小鼠骨髓移植模型体内实验中,检测移植后小鼠的生存情况,结果显示FUS-ERG融合基因移植小鼠全部死亡,载体对照组小鼠仅死亡一只,两组小鼠总生存率存在显着的统计学差异（p=0.075）。小鼠进行流式细胞学以及病理切片HE染色观察,结果显示单独FUS-ERG融合基因可导致移植小鼠发病,但是小鼠疾病的发生骨髓原始细胞增多,同时表达CD3和/或ter1 19的阳性细胞,发病形式不统一,此和临床上FUS-ERG融合基因的疾病发生类型相似。结论:1.FUS-ERG融合基因可导致HL-60细胞增殖能力增加,细胞凋亡减少;亦可以引起32D细胞髓系成熟分化阻滞。2.FUS-ERG融合基因引起脐血细胞克隆形成能力增加,髓系成熟分化阻滞,分化阻滞在干祖细胞及早幼粒细胞阶段。3.FUS-ERG融合基因协同PTPN11突变,引起PI3K-AKT信号通路激活,导致32D细胞增殖能力增加和髓系分化阻滞,下游HIF-1a、IKKa、Casp9基因下调。4.单独FUS-ERG融合基因可导致移植小鼠发病,但是小鼠疾病的发生类型多样,此结果和临床上FUS-ERG融合基因的发生白血病的类型相似。
彭福军[4]（2020）在《男性不育和前列腺癌系统医学信息化平台的建设与研究》文中提出研究背景:系统医学是系统生物学与现代医学相互渗透的一门交叉学科。它通过对海量的、复杂的医学数据、资源和信息进行整合和分析,来阐述基因参与的表达调控机制,并达到指导个性化治疗的目的。系统医学平台的建设主要体现在知识库和数据库的构建。知识库一般以疾病为中心,以基因为桥梁,将相关遗传信息、组学信息、疾病临床信息等数据进行关联并整合。数据库以疾病为主线,对相关疾病多组学数据及注解进行分类提取,并建立基因和表型的关联网络,从而形成面向疾病的多组学库。本论文以两种常见的男性疾病:男性不育（maleinfertility,MI）和前列腺癌（prostate cancer,PCa）作为实例对知识库和数据库在系统医学中的研究进行阐述。男性不育指男性因素所造成的正常女性无法怀孕的现象。全世界约2亿不孕者,男性因素占30-55%,且大多数分布在发展中国家。男性不育的直接病因是精子发生缺陷,从而引起精液中精子异常和质量下降,并最终造成不孕,其中遗传因素约占30%。目前已有一些知识库（如SpermatogenesisOnline）已建立遗传因素与男性不育、精子发生之间的关联且被广泛认知,但它们并没有突出基因突变与男性不育表型的关系且有的已停止更新。近年来,随着高通量测序技术在男性不育研究中的广泛应用,已有大量基因和临床表型数据发表。但这些数据相对分散,且没有得到有效利用。因此,整合现有的数据并建立一个全面的基因与表型关联的男性不育知识库至关重要。前列腺癌是男性特有的、发生在前列腺的恶性上皮性肿瘤。在男性癌症中,它是发病率仅次于肺癌的第二大癌症,全球每年死亡人数30多万。目前,尽管前列腺癌的诊断和治疗已有较大改善,且基因组学研究也取得了快速进展,但产生于各种技术平台的组学数据数量巨大,同时,已经开发的一些帮助研究人员利用前列腺癌基因表达谱的数据集和相关的工具都比较分散和独立,缺少一种能够结合多组学数据和常规分析工具的前列腺癌整合平台。研究目的:本论文分别以男性不育和前列腺癌为实例进行知识库和数据库的构建,来阐述系统医学在现代医学中的应用。男性不育知识库（MIgene）将基因致病位点与表型信息进行关联,能够对疾病风险进行提前预警,并辅助临床医生及时做出诊断;前列腺癌数据库（PCIP）通过建立以基因为导向的多组学数据整合分析平台,有助于针对不同样本之间的肿瘤异质性进行前列腺癌个性化治疗措施的定制。研究方法:MIgene,通过公共文献库PubMed和Medline搜索与男性不育、精子发生相关的文献,然后采用生物信息学和人工方法对文献进行筛选、下载、阅读、抽提、校正、标准化、补充、确认等,最后获得的基因和表型数据进行关联分析和可视化。PCIP,抽提TCGA、GEO和cBioPortal等公共数据库中所包含的前列腺癌组学和临床数据,包括基因组、转录姐、拷贝数变异、microRNA、临床信息等并进行预处理、整理和分析。LAMP实现MIgene和PCIP的可视化,同时PCIP还用Galaxy和Docker进行工作流分析和环境配置等。研究结果:MIgene,一个基因和表型关联为主的知识库,包含989篇文献的664个基因（non-GWAS,515;GWAS,179）,3606个突变体,68个（标准化）表型（被分成37类表型）和7985条研究。MIgene提供4种检索方式和6大模块分析,涵盖基因、表型、变异、蛋白、功能、同源物和病例等信息。PCIP,一个以基因检索为导向,不同样本亚型中7大模块多组学分析的前列腺癌数据库,收集61个前列腺癌数据集,10,648例患者,和14,134个样本。研究结论:（1）成功构建了全球首个基因与表型关联的男性不育知识库MIgene（http://midb.geneworks.cn）。友好的用户界面和简洁的搜索方式,便于用户进行便捷浏览和随时下载。（2）成功构建了以基因为导向,能够对不同样本亚型进行多组学分析的前列腺癌数据库PCIP（http://pcip.bio-it.cn）,其中首次加入肿瘤浸润分析和ScRNA-Seq分析。（3）在对疾病进行知识库和数据库平台的建设与研究中,系统医学使精准医学成为可能。
张富涵[5]（2020）在《三维基因组结构变异促进肝癌发生机制的研究》文中研究指明肝癌是指发生于肝脏细胞的恶性肿瘤,全球每年新发肝癌病例84.1万,新增死亡病例78.2万,严重威胁人类健康。肝癌的治疗方法主要为外科手术、放化疗、局部消融、介入治疗、靶向治疗以及免疫治疗等,但治疗效果有限,导致肝癌极易复发或发生转移,不能满足肝癌临床治疗的需求。因此揭示肝癌发生的分子机制和开发新型肝癌标志物,对肝癌的临床诊断及治疗具有重要意义。三维基因组是指基因组序列在细胞核内的三维空间构象。最新研究表明,癌症的发生往往伴随着三维基因组结构的变异,但在肝癌发生过程中,三维基因组结构变异情况仍不清楚。针对上述科学问题,本课题拟利用高通量染色质构象捕获技术（Hi-C）和RNA-seq测序技术,对原代正常肝脏细胞和肝癌细胞的三维基因组结构进行深入分析;构建全基因组互作图谱、解析三维基因组空间构象、筛选肝癌特异性三维基因组结构变异和差异表达基因、挖掘新型肝癌标志物。本课题完成了 3对正常肝脏细胞和肝癌细胞的测序和分析,每个样本平均捕获到3.78亿个染色体内部有效互作和2.99亿个染色体间有效互作。与正常肝脏细胞相比,肝癌细胞中Chr2（21688个）、Chrl（18361个）和Chr5（15463个）三条染色体内部差异互作数最多。染色质区室（Chromatin compartment）分析结果显示,正常细胞中4.12%的B Compartment在肝癌细胞中转化为 A Compartment,3.94%的 A Compartment 转化为 B Compartment。拓扑关联结构域（Topologically associated domains,TADs）分析结果显示,正常肝脏细胞平均具有1211个TADs和1743个TAD边界,肝癌细胞平均具有1220个TADs和1744个TAD边界,因TADs改变而形成的肝癌特异性TAD边界为13个。Chr1、Chr2、Chr5上发生A/B Compartment转化的区域以及肝癌特异性TAD边界为肝癌特异性三维基因组结构变异区域。结合RNA-seq测序结果,在上述区域内筛选到了 97个显着差异表达基因。它们显着富集于Ras、MAPK、PI3K-Akt信号通路,并与细胞因子受体结合,缬氨酸、亮氨酸和异亮氨酸降解及补体系统相关。在特异性TAD边界上筛选出了在肝癌细胞中显着上调表达的基因POLD1和JOSD2,显着下调表达的基因AMY1B和SPIB。组学验证结果显示,POLD1和JOSD2在肝癌中显着高表达,其表达量与肝癌患者总生存期呈负相关,是预测肝癌患者预后的新型生物标志物。
彭霞婷[6]（2020）在《胰腺癌预后相关调控型遗传变异的系统识别与机制研究》文中研究说明目的:胰腺癌（Pancreatic Cancer,PC）是一种预后极差的恶性肿瘤。积极探寻可用于提示患者预后的分子标志物,将有助于开展针对性的随访和治疗,从而改善胰腺癌预后。随着高通量测序技术与微阵列技术的不断发展和广泛应用,研究者已经开展了许多胰腺癌基因表达和预后的关联研究。然而,既往类似研究多在小样本中开展,其结果存在较大的异质性。因此,有必要对已发表的基因表达与胰腺癌预后的关联结果进行荟萃分析,筛选出与胰腺癌预后最显着相关的基因。然后,综合利用生物信息学分析、人群流行病学验证来寻找调控这些预后相关基因表达的遗传变异,并进一步利用生物学功能实验来探索这些关联背后的生物学机制。本研究旨在系统地识别具有潜在临床应用前景的与胰腺癌预后相关的调控型遗传变异,并探索其生物学功能。方法:首先,我们对已发表的7个独立数据集进行荟萃分析,在全基因组范围内挖掘与胰腺癌预后相关的基因。随后,利用表达数量性状位点（Expression Quantitative Trait Loci,e QTL）分析来探寻调控胰腺癌预后相关基因表达的遗传变异。利用两阶段的胰腺癌预后关联研究在共计893例胰腺癌患者中分析候选遗传变异与胰腺癌预后的关联。利用Haploview、Regulome DB、Haploreg和Cistrome等多种生物信息学分析策略,对阳性位点rs4887783及与其呈高度连锁的位点（r2≥0.8）进行功能注释,筛选出潜在的功能性遗传变异。利用双荧光素酶报告基因实验分析rs4887783位点对RFWD3基因启动子活性的影响。利用电泳迁移率实验与超迁实验探究rs4887783位点如何影响RFWD3启动子区与转录因子的结合。最后,利用Cell Counting Kit-8（CCK-8）实验和Transwell实验检测RFWD3基因对胰腺癌细胞增殖和迁移能力的影响。结果:我们在全基因组范围内初步发现128个与胰腺癌预后相关的基因（q-value<0.001）。其中RFWD3基因的高表达与胰腺癌预后不良显着相关,风险比为1.50(95%Confidence Interval,CI:1.25-1.79,q-value=6.90×10-4)。另外,肿瘤基因组图谱（The Cancer Genome Atlas,TCGA）胰腺癌数据显示位于RFWD3基因5’端非翻译区的rs4887783遗传变异是RFWD3基因的顺式e QTL(P=4.83×10-6)。两阶段的胰腺癌预后关联研究显示rs4887783位点与胰腺癌预后相关,G等位基因增加了胰腺癌患者的死亡风险,风险比为1.27(95%CI:1.12-1.43,Padjust=0.0001)。生物信息学分析发现rs4887783位点可能是潜在的功能性遗传变异。双荧光素酶报告基因实验结果显示,rs4887783位点具有等位基因特异性的调节活性。凝胶电泳迁移变动实验与超迁实验结果显示,rs4887783-G等位基因与转录因子REST的特异性结合能力更强。过表达或者沉默RFWD3对胰腺癌细胞的增殖能力无显着影响,但能够改变胰腺癌细胞的迁移能力。结论:通过综合利用荟萃分析、生物信息学分析、人群流行病学验证与生物学功能实验,我们系统识别出了与胰腺癌预后显着相关的rs4887783遗传变异,其通过影响启动子区与REST转录因子的结合来调控RFWD3基因的转录水平,进而改变胰腺癌细胞的迁移能力,最终影响胰腺癌的预后。该遗传变异具有潜在的临床应用前景,为胰腺癌的精准化和个体化治疗提供了线索和依据。
刘振华[7]（2020）在《LSD1与互作蛋白Ku80靶向FOXF2影响结肠癌细胞侵袭迁移机制的研究》文中提出目的:结肠癌是世界上第三常见的恶性肿瘤,死亡率居第四位。我国每年有18万人死于结肠癌,给人民的健康带来严重威胁。转移是导致结肠癌患者死亡的主要原因,进一步研究结肠癌的转移机制对于改善患者的预后具有重要意义。既往研究发现赖氨酸特异性去甲基化酶1（Lysine-specific demethylase 1,LSD1）及其相互作用蛋白在肿瘤的发生发展中发挥重要作用。为深入了解LSD1相互作用蛋白在结肠癌中的作用,本文通过结肠癌组织、结肠癌细胞及裸鼠来研究LSD1相互作用蛋白X线修复交叉互补蛋白5（X-ray repair cross complementary protein5,XRCC5&Ku80）与叉头蛋白转录因子2（Forkhead-Related Transcription Factor2,FOXF2）在结肠癌中的作用及分子机制。方法:1、通过实时荧光定量PCR（q RT-PCR）、蛋白免疫印迹（western blot）检测LSD1、Ku80在所纳入的结肠癌细胞LOVO、SW480、HT-29、HCT116中的表达情况,免疫沉淀联合质谱筛选鉴定LSD1相互作用蛋白,通过在线数据库可视化与LSD1相互作用蛋白之间的网络关系、分子功能及所参与的通路,采用免疫荧光实验、免疫沉淀、western blot检测Ku80与LSD1的细胞定位及相互作用。2、利用q RT-PCR、western blot方法分别检测LSD1、Ku80、FOXF2在4株不同侵袭迁移能力的结肠癌细胞中m RNA、蛋白表达水平,分析三者之间的相关性及与结肠癌细胞侵袭迁移能力的相关性。3、采用免疫组化技术检测Ku80、FOXF2蛋白在结肠癌组织中的表达,并分析其与结肠癌临床病理特征之间的关系。同时通过生物信息学分析癌症基因组图谱（The Cancer Genome Atlas,TCGA）数据库结肠癌数据集中Ku80、LSD1、FOXF2的表达及三者之间的表达相关性。4、采用sh RNA干扰HCT116细胞中Ku80的表达,单胺氧化酶抑制剂RN-1抑制LSD1活性,western blot检测FOXF2的表达水平,染色质免疫沉淀联合PCR（CHIP-PCR）验证Ku80结合FOXF2基因启动子区域的序列,及启动子区H3K4的甲基化水平,通过Transwell侵袭实验检测细胞侵袭能力,划痕实验检测细胞迁移能力,流式细胞仪检测细胞凋亡,MTT、EDU检测细胞增殖,细胞克隆形实验及裸鼠成瘤实验观察细胞成瘤能力。在HCT116细胞中利用sh RNA干扰技术干扰Ku80的表达,Western bolt检测wnt/β-catenin通路下游靶基因LGR5、AXIN2、MYC、CD44的表达清况。结果:1、LSD1、Ku80在4株结肠癌细胞中均有表达,且表达与LSD1的表达呈正相关;免疫沉淀联合质谱筛选并鉴定与LSD1相互作用的蛋白364个,利用在线数据库可视化LSD1的相互作用蛋白互作网络及它们在细胞内代谢过程、参与的通路及分子功能。其中Ku80是LSD1的相互作用蛋白之一。进一步免疫荧光检测发现Ku80与LSD1表达主要定位于细胞核。IP联合western blot检测证明了Ku80与LSD1存在相互作用。2、在所纳入的4株结肠癌细胞中,HCT116细胞中Ku80的蛋白、m RNA表达水平最高;相反,FOXF2蛋白、m RNA表达水平最低;相关性分析发现Ku80与FOXF2蛋白及m RNA水平成负相关;所纳入的4株结肠癌细胞中,HCT116细胞侵袭迁移能力最强,直线相关性分析显示Ku80的蛋白水平及m RNA水平与结肠癌细胞的侵袭、迁移能力成正相关,而FOXF2蛋白及m RNA水平与结肠癌细胞的侵袭迁移能力呈负相关。3、Ku80、FOXF2在结肠癌组织及正常对照结肠组织中均有不同程度表达,发现Ku80为细胞核染色,FOXF2蛋白为细胞质染色;在108例结肠癌样本中,76.93%的病例Ku80呈高表达,而在对照组中,58.33%的正常结肠组织呈高表达状态。Ku80在不同TNM分期（Ⅲ/Ⅳ与Ⅰ/Ⅱ比较）、是否有淋巴结转移之间的差异有统计学意义。而FOXF2在108例结肠癌样本中,72.22%的病例呈低表达状态,而在对照组中,66.67%的正常结肠组织呈高表达状态。进一步分析发现在不同TNM分期（Ⅰ/Ⅱ与Ⅲ/Ⅳ比较）、是否有淋巴结转移之间具有差异。生物信息学分析LSD1,Ku80、FOXF2的表达情况,泛癌分析发现LSD1、Ku80在多种肿瘤中高表达,而FOXF2呈低表达。LSD1与Ku80在原发肿瘤中的转录较正常对照组显着增高,而FOXF2较正常对照组则显着降低。Ku80与LSD1在结肠癌数据集中的表达呈正相关,而二者与FOXF2的表达呈负相关。4、采用RNAi技术成功敲低了结肠癌细胞HCT116中Ku80的表达。敲低Ku80、抑制LSD1活性均能使结肠癌细胞HCT116侵袭迁移、增殖及克隆形成能力减弱,且诱导结肠癌细胞调亡;裸鼠皮下异体成瘤能力明显受到抑制,且使用LSD1抑制剂联合敲低Ku80的表达对上述表型抑制效果更显着;western blot检测发现干扰Ku80表达、抑制LSD1活性或联合应用,可使FOXF2蛋白表达上调;通过CHIP-PCR实验发现LSD1与Ku80相互作用并结合在FOXF2基因的启动子区域687-887bp部位,并上调启动子区H3K4me2的甲基化水平从而促进FOXF2基因转录激活,经Wnt/β-catenin信号通路下调下游靶基因LGR5、AXIN2、CD44、MYC的表达抑制结肠癌细胞的恶性表型。结论:1.Ku80、LSD1在结肠癌细胞内存在相互作用,二者主要表达部位位于细胞核,且表达水平呈正相关。2.Ku80的表达水平与结肠癌细胞的侵袭迁移能力正相关,而FOXF2的表达水平与结肠癌细胞的侵袭迁移能力呈负相关。3.在较晚TNM分期（Ⅲ、Ⅳ期）及淋巴结转移的结肠癌组织中Ku80呈高表达,而FOXF2呈显着低表达状态,与结肠癌的TNM分期、有无淋巴结转移相关。4.Ku80与LSD1相互作用并结合在FOXF2基因的启动子区域687-887bp部位;敲低Ku80联合抑制LSD1可具有更好的抑制结肠癌细胞侵袭、迁移、增殖及异体成瘤能力,并诱导其调亡。其机制为显着上调FOXF2启动子区H3K4me2的甲基化水平促进FOXF2基因的转录激活,并经Wnt/β-catenin信号通路下调下游靶基因LGR5、AXIN2、CD44、MYC的表达从而抑制结肠癌细胞的恶性表型。
徐庆华[8]（2020）在《妇女早孕期有机磷农药暴露与胎儿发育的相关性研究》文中认为[目 的]调查妇女早孕期尿中有机磷农药代谢产物水平与自然流产和胚胎染色体畸变的相关性,探讨早孕期有机磷农药暴露对胎儿发育的影响,为预防有机磷农药对胎儿发育和出生缺陷的影响提供科学的依据。第一部分妇女早孕期有机磷农药暴露与自然流产的相关性研究[方法]本研究采用1:2配对设计的病例对照研究,从本地一家综合性三甲医院选择经临床确诊的早孕期自然流产227名孕妇作为病例组,按照孕妇年龄（±2岁）进行配对,以同期在本医院进行产检的454名早孕期孕妇作为对照组。采用尿中有机磷农药代谢产物分析和自我报告的杀虫剂使用情况相结合的方法评估孕妇有机磷农药的暴露情况,同时调查了与自然流产相关的其他潜在因素。采用超高效液相色谱-串联质谱法检测孕妇血中同型半胱氨酸和尿中有机磷农药非特异性代谢产物二烷基磷酸酯（DAP）,包括:磷酸二甲酯（DMP）、磷酸二乙酯（DEP）、二甲基硫代磷酸酯（DMTP）、二甲基二硫代磷酸酯（DMDTP）、和二乙基二硫代磷酸酯（DEDTP）。采用碱性苦味酸法（Jaffe法）检测尿中肌酐浓度。用尿中肌酐浓度校正有机磷农药代谢产物浓度,并将肌酐校正后的有机磷农药代谢产物浓度进行log转换,用于统计分析。使用SPSS统计软件进行数据分析,采用条件Logistic回归模型分析孕妇尿中有机磷代谢产物水平与自然流产的相关性。[结 果]两组孕妇平均年龄比较,病例组30.65±4.59岁,对照组30.44±4.49,P=0.573,差异无统计学意义。绝大多数孕妇（病例组98.7%,对照组99.1%）尿中检出一种或多种有机磷农药代谢产物。单因素分析结果显示,病例组孕妇尿中DMP、DEP、DMTP、DMDTP、DEDTP的检出率分别为 97.4%、62.6%、70.5%、14.5%、76.2%,对照组这5种代谢产物的检出率分别为97.8%、67.8%、46.7%、13.5%、60.7%。两组比较,病例组尿中DMTP和DEDTP的检出率高于对照组,P<0.05。病例组尿中 DMP、DEP、DMTP、DMDTP、DEDTP、和总 DAP 中位数水平分别为0.54、0.08、0.93、0.03、0.90、3.24（ng/mg）,对照组这5种代谢产物以及总 DAP 浓度中位数分别为 0.71、0.07、0.72、0.04、0.66、2.76（ng/mg）。两组比较,病例组DMTP、DEDTP和总DAP平均水平高于对照组,但DMP平均浓度低于对照组,P＜0.05。此外,病例组孕妇和/或其丈夫接触其他环境因素的比率高于对照组,比如驱蚊剂、杀虫剂、油漆、噪音、射线、增塑剂、以及多环芳烃（PAHs）;病例组孕妇多次妊娠、人工流产史、不良生育史的比率高于对照组;但是病例组孕妇服用叶酸、多种营养素和钙剂比率低于对照组;病例组孕妇的血清同型半胱氨酸水平高于对照组;P＜0.05,差异有统计学意义。条件Logistic回归分析结果显示,在控制了相关因素后,孕妇尿中检出DMTP增加自然流产的风险（OR=2.62,95%CI 1.40～4.91）;尿中DMTP水平升高和DMP水平降低与自然流产相关;暴露于高浓度的DMTP（75%百分位以上）显着增加自然流产风险（OR=2.72,95%CI 1.31～5.66）;然而,暴露于高水平的DMP（75%百分位以上）降低自然流产风险（OR=0.46,95%CI 0.23-0.93）。第二部分妇女早孕期有机磷农药暴露与胚胎染色体畸变的相关性研究[方 法]采用1:4配对设计的病例对照研究,收集早孕期自然流产组织160例,采用核型BoBs技术和荧光原位杂交技术相结合的方法分析流产胚胎染色体核型,将检出染色体畸变者（100例）作为病例组,并对其父母进行外周血染色体验证,发现其中一例为父母染色体平衡易位导致的胚胎染色体畸变,被剔除。另有9例失访（未进行父母外周血验证）,2例没有尿样,被排除。最后纳入分析的病例为88人。以同期在本医院进行产检的352名早孕期孕妇作为对照组,按照孕妇年龄（±2岁）进行配对。采用条件Logistic回归模型分析早孕期尿中有机磷代谢产物水平与胚胎染色体畸变的相关性。[结 果]两组孕妇年龄比较,差异无统计学意义,病例组31.49±4.96岁,对照组31.13±4.52岁,P=0.519。单因素分析结果显示,病例组孕妇尿中DMTP和DEDTP检出率明显高于对照组,且DMTP、DEDTP和总DAP水平显着高于对照组P＜0.05。此外,病例组孕妇和/或其丈夫接触驱蚊剂、杀虫剂的比率高于对照组;并且,病例组孕妇多次妊娠和不良生育史的比率高于对照组,但是服用叶酸的比率低于对照组;病例组孕妇血清同型半胱氨酸水平显着高于对照组,P＜0.05。条件Logistic回归分析结果显示,在校正了相关因素后,孕妇尿中检出DMTP增加胚胎染色体畸变的风险（OR=4.07,95%CI 1.53～10.83）;尿中DMTP水平与胚胎染色体畸变的风险呈正相关（OR=6.91,95%CI 1.19～39.96）。第三部分妇女早孕期有机磷农药暴露对胎儿出生结局的影响[方 法]以早孕期正常产检孕妇作为研究对象,建立出生队列,并追踪至本次妊娠结束。从病历中获取胎儿的出生结局（包括出生体重、出生身长、胎龄、死产/死胎）和孕妇的妊娠相关疾病。先天性畸形或染色体畸变是由医院的专业人员诊断。采用多重线性回归分析孕妇尿中有机磷农药代谢产物水平与胎儿出生结局的相关性,采用多重logistic回归模型分析早孕期有机磷农药暴露对胎儿不良出生结局（包括早产、低出生体重和小于胎龄儿）的影响。[结 果]追踪调查胎儿出生结局447例,其中活产433例、死产/胎死4例、自然流产2例、先天性畸形4例、染色体畸变4例。活产儿的平均出生体重为3216.24±424.67克,平均出生身长为50.00±1.95厘米,平均胎龄为38.87±1.49周。其中,早产28例（6.5%）;低出生体重17例（3.9%）;小于胎龄儿33例（7.6%）。有机磷农药暴露相关因素分析显示,接触杀虫剂、常吃西瓜、多次妊娠或者有不良妊娠史的孕妇尿中某些有机磷农药代谢产物水平偏高,而每天做饭、用苏打水/热水清洗果蔬、常吃苹果的孕妇尿中有机磷代谢产物水平偏低,P＜0.05。胎儿出生结局相关因素分析显示,发生胎儿早产、LBW和SGA的孕妇,其尿中DMTP或DEP水平偏低;孕妇血中同型半胱氨酸水平与胎儿出生时的胎龄呈正相关。多重线性回归分析结果显示,孕妇尿中DMTP水平与婴儿出生体重呈正相关,校正β系数为184.3（95%CI 28.2～340.4）。多重logistic回归分析结果显示,孕妇尿中DEDTP水平升高增加胎儿发生LBW的风险,校正OR值为4.7（95%CI 1.3～17.3）;然而,DMTP水平升高降低胎儿LBW和早产的风险,校正OR值分别为0.02（95%CI 0.001-0.2）和0.06（95%CI0.01～0.5）。此外,孕妇高龄、多次妊娠、不良生育史、胎膜早破、妊娠期高血压疾病、怀孕前后接触多环芳烃、驱蚊剂、油漆、噪音,增加胎儿不良出生结局的发生风险。[结 论]孕妇普遍暴露于低水平的有机磷农药,妇女早孕期有机磷农药暴露可增加胚胎染色体畸变和自然流产的风险。产前暴露于不同种类的有机磷农药对胎儿发育的影响不同,早孕期暴露于甲拌磷、特丁磷等可以转化成DEDTP的某些高毒性的有机磷农药增加胎儿宫内生长受限的风险。此外,早孕期BMI、补充多种营养素、以及血清同型半胱氨酸水平与胎儿出生体重、身长、或胎龄呈正相关。孕妇年龄、多次妊娠、不良生育史、妊娠相关疾病、环境因素接触（驱蚊剂、多环芳烃、油漆、噪音）与胎儿出生体重、身长、或胎龄呈负相关。
马宁[9]（2020）在《候选基因单核苷酸多态性与HBV慢性肝病发生发展的关联性分析及其生物学功能研究》文中进行了进一步梳理第一部分候选基因单核苷酸多态性及其交互作用与HBV慢性肝病发生发展的关联性分析目的:本部分的研究目的:1.应用3种遗传模型分析干扰素及其受体系列基因（IFNA1、IFNA2、IFNA5、IFNL4、IFNLR1、IFNAR2）、氧化应激系列基因（CYBA、NCF4、NOX4、SOD2、GCLM）的单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphisms,SNPs）及lnc-RP11-150O12.3外显子区的rs2275959位点和HBV慢性肝病发生发展的关联。2.分析同一染色体上物理位置接近的SNPs构成的单倍体型和HBV慢性肝病发生发展的关联。3.应用3种统计方法分析各个系列SNPs的交互作用和HBV慢性肝病发生发展的关联。方法:1. 候选基因SNPs的选择。Pubmed数据库检索功能SNPs或者区域,这些SNPs或者区域可能会影响和HBV感染有关基因的m RNA的转录、蛋白质的表达,继而影响HBV慢性肝病的发生发展。然后通过UCSC数据库和Ensemble数据库检索其具体物理位置和在中国北方汉族人群中的罕见等位基因频率（MAF）,Hapmap数据库查询单倍体型信息,SNPinfo Web Server预测SNPs的功能。共21个SNPs（IFNA1-rs1332190、rs1831583,IFNA2-rs649053,IFNA5-rs7031048、rs3758236,IFNAR2-rs1051393、rs12233338,IFNLR1-rs10903035、rs11249006、rs7525481、rs4649203,IFNL4-rs12971396、rs8113007、rs7248668,CYBA-rs4673,NCF4-rs1883112,NOX4-rs1836882、rs3017887,SOD2-rs4880,GCLM-rs41303970,RP11-150O12.3-rs2275959）纳入本研究。2.样本收集。从石家庄市第五医院以及河北医科大学第一、二、四附属医院中选择符合纳入标准的研究对象3128例,包括:阴性对照者（Negative Control,Ne C）840例,HBV自然清除者（Natural Clearance,NC）496例、慢性乙型肝炎（Chronic Hepatitis B,CHB）691例、HBV相关肝硬化（Liver Cirrhosis,LC）680例、HBV相关性肝细胞癌（hepatocellular carcinoma,HCC）患者421例,其中CHB组、LC组和HCC组统称为HBV相关肝病组（HBV-induced liver diseases,HLD）。抽取研究对象空腹静脉抗凝血备用,同时以问卷形式收集研究对象的基线资料、检查结果、患病情况。3.基因分型。从抗凝全血中提取DNA,应用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱（Matrix Assisted Laser Desorption/ionization Time of Flight Mass Spectrometry,MALDI-TOF MS）检测方法对21个候选基因的SNPs进行分型检测。4.统计学分析。多组计量资料的比较采用单因素方差分析（正态分布且方差齐）或K-W H秩和检验（正态分布方差不齐/非正态分布）,两个或多个样本率或构成比的比较采用χ2检验。用非条件Logistic回归分析SNPs和疾病发生发展的关联性,并计算比值比（odds ratio,OR）和95%置信区间（95%confidence intervals,95%CI）。分析研究对象的基线资料与HBV慢性肝病发生发展的关系。应用共显性、显性和隐性模型分析21个SNPs与HBV慢性肝病易感性（HBV相关肝病组vs.阴性对照组）、HBV自然清除（HBV相关肝病组vs.HBV自然清除组）、HCC易感性（HCC组vs.LC+CHB组,HCC组vs.阴性对照组）的关联。以P≤0.05为差别有统计学意义,检验水准均为双侧,采用SPSS 21.0统计软件进行数据处理和分析。Haplo View软件进行单倍体型和疾病的关联分析。SNPStats软件对阴性对照个体21个位点的基因型频率行Hardy-Weinberg（H-W）平衡检验。广义多因子降维法（Generalized Multifactor Dimensionality Reduction,GMDR）、Logistic回归分析（相乘模型）、叉生分析法（相加模型）进行基因-基因交互作用分析。结果:1 21个SNPs的等位基因频率符合H-W遗传平衡定律（P>0.05）,证明研究对象具有群体代表性。2 干扰素及其受体系列基因单核苷酸多态性与HBV慢性肝病发生发展的关系2.1 与HBV慢性肝病易感性有关的SNPs位点以HBV慢性肝病作为病例组,阴性对照个体为对照组进行病例对照研究,将干扰素及其受体系列的14个位点连同吸烟、饮酒、性别、年龄共18个因素引入非条件Logistic逐步回归模型。结果显示共显性模型下有5个位点和HBV慢性肝病易感性有关,其中危险性SNPs有3个:IFNAR2-rs1051393GT/TT vs.GG（P=0.001,OR=1.430;P=0.006,OR=1.471）、IFNLR1-rs4649203GG vs.AA（P=0.002,OR=1.676）、IFNLR1-rs7525481TT vs.CC（P=0.002,OR=5.907）,保护性SNPs有2个:IFNLR1-rs11249006AG/GG vs.AA（P=0.000,OR=0.228;P=0.00234,OR=0.130）、IFNAR2-rs122333338CC vs.TT（P=0.003,OR=0.115）。显性模型中,有4个位点进入方程,其中危险因素有3个:rs1051393（GT+TT）、rs4649203（AG+GG）、rs7525481（CT+TT）,其OR值分别为1.372、1.222、3.975;保护性因素有1个:rs11249006（AG+GG）,OR=0.239。隐性模型中有2个位点进入方程:rs4649203GG和AA+AG比较属于危险因素:OR=1.478;rs122333338CC和TT+TC比较属于保护性因素:OR=0.185。以HBV慢性肝病作为病例组,阴性对照个体为对照组,IFNLR1基因附近的3个位点rs7525481＿T,rs10903035＿G和rs11249006＿G构成单体域,单倍体型TAA是HBV慢性肝病的危险因素（P=0.0038,OR=1.208）,CAG是疾病的保护性因素(P=3.428×10-32,OR=0.116)。GMDR结果提示rs7525481、rs11249006、rs10903035构成的3因子模型是和HBV慢性肝病相关的最佳互作模型,按照3因子交互组合将研究对象重新划分为患病的“高危”人群和“低危”人群,“高危”人群患病的风险是“低危”人群的2.186（1.672,2.858）倍。相乘交互作用结果提示rs7525481＿T和rs11249006＿A的主效应导致疾病发生的危险度分别是OR=2.258、OR=1,归因于二者的交互作用导致疾病发生的危险度为OR=1.240,故二者呈正相乘交互作用,致使疾病发生的可能性额外增加了0.240倍。和rs649053＿G的主效应导致疾病发生的危险度分别是OR=1.513、OR=1,归因于二者的交互作用导致疾病发生的危险度为OR=1.364,二者呈正相乘交互作用,致使疾病发生的可能性额外增加了0.364倍。rs7525481＿T和rs10903035＿G存在负相加交互作用,归因于两个位点的交互作用导致疾病发生的超额相对危险度是-2.67[RERI=-2.670（-4.670,-0.670）],两因素同时存在时（CT+TT、AG+GG）发病的危险性是它们各自单独存在时危险性之和的0.389倍[S=0.389（0.267,0.568）]。2.2 与机体清除HBV能力相关的SNPs位点以HBV慢性肝病组作为病例组,HBV自然清除组为对照组进行病例对照研究,将干扰素及其受体系列的14个位点连同吸烟、饮酒、性别、年龄共18个因素引入非条件Logistic逐步回归模型。结果显示仅1个位点和机体清除HBV的能力有关:显性模型中IFNLR1-rs4649203AG+GG和野生型纯合体AA相比,属于危险因素（P=0.008,OR=1.344）,携带AG及GG基因型的群体不易清除HBV。未发现与HBV清除能力相关的单倍体型。GMDR的方法未发现最佳交互模型。相乘交互作用结果提示rs1051393＿T和rs7031048＿G的主效应导致HBV持续感染的危险度均为1,归因于二者的交互作用导致疾病发生的危险度为OR=1.658,故二者呈正相乘交互作用,致使疾病发生的可能性额外增加了0.658倍。10对SNPs位点间未显示出基于相加模型的交互作用。2.3 与HBV相关性肝细胞癌（HBV-HCC）进展有关的SNPs位点以HBV-HCC为病例组,CHB及LC为对照组进行病例对照研究,将干扰素及其受体系列的14个位点连同吸烟、饮酒、性别、年龄共18个因素引入非条件Logistic逐步回归模型。共显性模型中有2个位点进入方程:携带rs1051393TT的个体比携带GG基因型的个体更容易由HBV慢性肝病发展为HCC（P=0.021,OR=1.497）;rs7248668GA和GG相比,属于危险基因型（P=0.002,OR=1.876）。显性模型中,仅1个位点进入方程:rs7248668GA+AA和GG相比属于危险因素,有更大的可能发展为HCC（P=0.006,OR=1.720）。隐性模型中有2个位点进入方程:rs1051393TT和GG+TG比较属于危险因素:（P=0.006,OR=1.512）;rs649053GG和AA+AG比较属于危险因素:（P=0.019,OR=1.421）。IFNL4基因附近的3个位点rs12971396＿G,rs8113007＿T和rs7248668＿A构成单体域,单倍体型GTA是HBV-HCC的危险因素（P=0.0362,OR=1.440）,CAG是保护性因素（P=0.0423,OR=0.721）。GMDR的方法未发现最佳交互模型。相乘交互作用结果提示rs1051393＿T和rs7031048＿G的主效应导致HBV-HCC发生的危险度均为1,归因于二者的交互作用导致疾病发生的危险度为OR=2.325,故二者呈正相乘交互作用,致使HCC发生的可能性额外增加了1.325倍。rs4649203＿A和rs7248668＿A的主效应导致HBV-HCC发生的危险度分别为OR=1、OR=1.774,归因于二者的交互作用导致疾病发生的危险度为OR=1.995,故二者呈正相乘交互作用,致使HCC发生的可能性额外增加了0.995倍。14对SNPs位点间未显示出基于相加模型的交互作用。3 氧化应激系列基因单核苷酸多态性与HBV慢性肝病发生发展的关系3.1 与HBV慢性肝病易感性有关的SNPs位点以HBV慢性肝病组作为病例组,阴性对照组为对照组进行病例对照研究,将氧化应激系列的6个位点连同吸烟、饮酒、性别、年龄共10个因素引入非条件Logistic逐步回归模型。共显性模型中有3个位点进入程:突变型杂合体rs4673AG和野生型纯合体GG相比,属于危险因素（P=0.01,OR=1.412）;携带rs1883112AG/GG的个体与携带AA基因型的个体相比更不易患病（P=0.011,OR=0.783;P=0.007,OR=0.672）;突变型纯合体rs41303970AA和野生型纯合体GG相比,属于危险因素（P=0.027,OR=1.951）。显性模型中,有3个位点进入方程,其中保护性因素有2个:rs1883112（AG+GG）、rs1836882（TC+CC）,其OR值分别为0.755、0.831;危险因素有1个:rs4673（AG+AA）,其OR值为1.358。隐性模型中有3个位点进入方程:rs1883112GG和AA+AG比较属于保护性因素:OR=0.755;rs4880GG和AA+AG比较属于保护性因素:OR=0.507;携带rs41303970AA的个体比携带AG+GG的个体容易患病:OR=1.991。未发现与HBV慢性肝病易感性相关的单倍体型。GMDR结果提示rs1883112、rs1836882、rs4880、rs3017887构成的4因子模型是和HBV慢性肝病相关的最佳互作模型,按照4因子交互组合将研究对象重新划分为患病的“高危”人群和“低危”人群,“高危”人群患病的风险是“低危”人群的2.029（1.479,2.782）倍。rs1836882＿A和rs1883112＿T在导致HBV慢性肝病发生中存在正相乘交互作用趋势（P=0.061,OR=1.200）。15对SNPs位点间未显示出基于相加模型的交互作3.2 与机体清除HBV能力相关的SNPs位点以HBV慢性肝病组作为病例组,HBV自然清除组为对照组进行病例对照研究,将氧化应激系列的6个位点连同吸烟、饮酒、性别、年龄共10个因素引入非条件Logistic逐步回归模型。结果显示仅1个位点和机体清除HBV的能力有关:共显性模型中突变型杂合体CYBA-rs4673AG和野生型纯合体GG相比,属于危险因素（P=0.045,OR=1.398）。该系列另5个位点均和HBV自发清除能力无关。3.3 与HBV-HCC进展有关的SNPs位点以HBV-HCC为病例组,CHB及LC为对照组进行病例对照研究,结果未发现与HBV-HCC有关的SNPs位点。4 RP11-150O12.3-rs2275959T与HBV慢性肝病发生发展的关系以CHB与LC为对照组,HCC为病例组,分析rs2275959T与HBV-HCC之间的相关性,结果表明共显性模型下CT、TT与CC相比均为HCC易感性的危险因素（P=0.016,OR=1.427;P=0.006,OR=1.561）;显性模型下CT+TT和CC相比是危险因素（P=0.005,OR=1.477）。以阴性对照组为对照组,HCC为病例组,共显性模型下该位点的TT与CC相比为HCC易感性的危险因素（P=0.003,OR=1.748）;显性模型下CT+TT和CC相比是危险因素（P=0.016,OR=1.463）;隐性模型下TT和CC+CT相比是危险因素（P=0.014,OR=1.459）。结论:1.干扰素及其受体系列有5个位点和HBV慢性肝病易感性有关,其中危险性SNPs有3个:IFNAR2-rs1051393T、IFNLR1-rs4649203G、IFNLR1-rs7525481T,保护性SNPs有2个:IFNLR1-rs11249006G、IFNAR2-rs122333338C。rs4649203G同时和HBV自然清除有关。IFNAR2-rs1051393T、IFNL4-rs7248668A、IFNA2-rs649053G是HBV-HCC的危险因素。2.IFNLR1基因附近的3个位点rs7525481＿T,rs10903035＿G和rs11249006＿G构成单倍体型TAA是HBV慢性肝病的危险因素。IFNL4基因附近的3个位点rs12971396＿G,rs8113007＿T和rs7248668A构成的单倍体型GTA是HBV-HCC的危险因素。3.干扰素及其受体基因的SNPs存在交互作用,可能对HBV慢性肝病的发生发展起重要作用。4. 氧化应激系列有5个位点和HBV慢性肝病易感性有关,其中危险性SNPs有2个:CYBA-rs4673A、GCLM-rs41303970A,保护性SNPs有3个:NCF4-rs1883112G、NOX4-rs1836882C、SOD2-rs4880G。rs4673A同时和HBV自然清除有关。5. Rs2275959T与HBV-HCC的发生有关。第二部分lnc-RP11-150O12.3多态性位点rs2275959 C与mi R-6739-3p结合对肝细胞癌发生发展的影响目的:探索RP11-150O12.3多态性位点rs2275959T对HCC发生发展作用的分子机制。方法:1.生信分析。RNASNP数据库检索RP11-150O12.3的局部二级结构;Lnc RNASNP2数据库检索通过rs2275959位点和RP11-150O12.3结合的mi RNA及RP11-150O12.3在肝癌及癌旁组织的表达情况;UCSC数据库下载RP11-150O12.3在肝癌及癌旁组织中的表达量数据。2.细胞和组织实验验证rs2275959 C介导的RP11-150O12.3与mi R-6739-3p的海绵吸附作用。q RT-PCR检测4株肝癌细胞株及LO2肝细胞中RP11-150O12.3、mi R-6739-3p的表达量,细胞爬片荧光探针原位杂交（Fish）实验在4株细胞株中对RP11-150O12.3进行定位;q RT-PCR检测RP11-150O12.3和mi R-6739-3p在30对肝癌及其癌旁组织中的表达量;数量性状分析肝癌组织中RP11-150O12.3、mi R-6739-3p的表达量是否会因为rs2275959基因型的不同而改变,相关性分析不同rs2275959基因型个体肿瘤组织中RP11-150O12.3与mi R-6739-3p的表达量是否具有相关性;荧光素酶报告基因检测技术验证RP11-150O12.3及mi R-6739-3p的海绵吸附作用;最后利用q RT-PCR方法检测RP11-150O12.3与mi R-6739-3p的结合是否影响RP11-150O12.3的表达量。3.细胞和动物实验研究RP11-150O12.3对QGY7703肝癌细胞生物学功能的影响。利用慢病毒包装及感染技术构建RP11-150O12.3稳定过表达及敲减的QGY7703肝癌细胞系;在体外利用MTT及克隆形成实验,在体内利用裸鼠皮下成瘤实验检测RP11-150O12.3对肝癌细胞QGY7703增殖能力的影响;利用Transwell小室法检测过表达及敲减RP11-150O12.3后QGY7703细胞迁移和侵袭能力的变化;最后利用流式细胞术分析RP11-150O12.3是否影响细胞周期与细胞凋亡。结果:1.生信分析结果。RNASNP数据库检索RP11-150O12.3的局部二级结构显示,rs2275959野生型碱基C附近的序列（ACAGAACAAA）较易和其它核酸互补结合,而突变碱基U位于茎-环交界处,其下游序列（AAAUGCAUG）存在6对A-U对及3对C-G对会形成稳定的氢键,增加分子间作用力,使分子更稳定。Lnc RNASNP2数据库显示当rs2275959为野生型C时RP11-150O12.3和mi R-6739-3p有海绵吸附作用,当rs2275959突变为U时,该吸附作用会消失。Lnc RNASNP2数据库显示RP11-150O12.3在肝癌组织的表达量高于癌旁组织,从UCSC数据库下载的原始数据支持这一结论。2.细胞和组织实验验证rs2275959 C介导的RP11-150O12.3与mi R-6739-3p的海绵吸附作用。q RT-PCR检测发现RP11-150O12.3在BEL7402、QGY7703、Hep G2肝癌细胞系中的表达量显着高于LO2正常肝细胞(P=1.7×10-4,P=2.6×10-5,P=0.002)。Fish实验检测RP11-150O12.3在BEL7402、QGY7703、Hep3B 3株肝癌细胞及LO2正常肝细胞中的表达,均主要定位于细胞浆中。mi R-6739-3p在BEL7402、QGY7703、Hep G2、Hep3B肝癌细胞中的表达量均显着低于LO2正常肝细胞（P=0.000）。在30对新鲜肝癌组织及其癌旁组织中检测RP11-150O12.3的表达量,结果表明其在肝癌组织中的表达量显着高于癌旁组织(Z=-3.898,P=9.7×10-5)。Rs2275959基因型不同,肝癌组织中RP11-150O12.3的表达量亦不同,从携带rs2275959CC基因型的个体（Median=1.765）到携带CT基因型的个体（Median=4.496）再到携带TT基因型的个体（Median=5.836）其表达量有逐渐升高的趋势(PCC-CT=0.348,PCC-TT=0.040)。而mi R-6739-3p在肝癌组织中的表达量低于癌旁组织（Z=-3.363,P=0.001）。从携带rs2275959CC基因型的个体（Median=2.848）到携带CT基因型的个体（Median=1.459）再到携带TT基因型的个体（Median=1.106）其表达量有逐渐降低的趋势(PCC-CT=0.203,PCC-TT=0.045)。携带rs2275959CC及CT基因型个体的癌组织中两种RNA的表达量呈负相关关系(rs=-0.734,P=3.5×10-4),携带TT基因型个体的癌组织中二者表达量没有相关性（rs=0.009,P=0.979）。双萤光素酶报告基因技术结果提示rs2275959-C能介导RP11-150O12.3与mi R-6739-3p的海绵吸附作用。q RT-PCR实验结果进一步说明这种吸附作用能够导致RP11-150O12.3表达量下降。3.细胞和动物实验研究RP11-150O12.3对QGY7703肝癌细胞生物学功能的影响。本研究成功构建了过表达及敲减RP11-150O12.3的稳定细胞系。MTT实验结果显示:过表达RP11-150O12.3T的QGY7703细胞与空载质粒对照细胞（Control）相比,培养48h后增殖能力增强（P=0.04）;将QGY7703细胞的RP11-150O12.3敲减后,与无关序列对照组（sh Control）相比,48h后细胞增殖能力下降（P=0.042）。过表达RP11-150O12.3T的QGY7703细胞的相对克隆形成率显着高于Control组（P=0.005）,而将RP11-150O12.3敲减后,QGY7703细胞的相对克隆形成能力明显下降(P=4.26×10-4)。裸鼠成瘤实验结果显示,皮下注射过表达RP11-150O12.3T的QGY7703细胞的Balb/c小鼠其肿瘤生长速度及终重量显着高于皮下注射Control组细胞的小鼠(Pweight=0.004),皮下注射敲减RP11-150O12.3的QGY7703细胞的Balb/c小鼠其肿瘤生长速度及终重量显着低于皮下注射sh Control组细胞的小鼠(Pweight=0.011)。Transwell小室法检测RP11-150O12.3过表达或敲减后QGY7703细胞迁移与侵袭能力的变化,结果显示,RP11-150O12.3T过表达组细胞的迁移和侵袭能力均显着高于Control组（P=0.028,P=0.010）,RP11-150O12.3敲减组细胞的迁移和侵袭能力均显着低于sh Control组（P=0.002,P=0.024）。流式细胞术检测细胞周期结果显示:和Control组细胞相比,QGY7703细胞过表达RP11-150O12.3T后G0/G1期的比例明显下降（P=0.001）,S期的比例明显升高(P=1.9×10-4),说明RP11-150O12.3T能促进细胞周期从G0/G1期向S期转变。相反,和sh Control组比较,RP11-150O12.3表达量下调的QGY7703细胞G0/G1期的比例升高(P=1.13×10-4),S期比例明显下降（P=0.049）,使细胞阻滞于G0/G1期。细胞凋亡实验结果显示:和Control组细胞相比,QGY7703过表达RP11-150O12.3T后细胞凋亡比例明显降低（P=0.0011）,两组细胞用5-Fu处理后这种差异更加明显(P=1.12×10-4)。相反,和sh Control组比较,RP11-150O12.3下调的QGY7703细胞凋亡比例明显增高（P=0.003）,两组细胞用5-Fu处理后这种差异也有所提高（P=0.001）。结论:1.RP11-150O12.3在BEL7402、QGY7703、Hep G2肝癌细胞中的表达量高于LO2正常肝细胞,其表达位置在细胞浆。而mi R-6739-3p在BEL7402、QGY7703、Hep G2、Hep3B肝癌细胞中的表达量均低于LO2正常肝细胞。2.RP11-150O12.3在肝癌组织的表达量高于其对应的癌旁组织,从携带rs2275959CC基因型的个体到携带CT基因型的个体再到携带TT基因型的个体肝癌组织中RP11-150O12.3表达量有逐渐升高的趋势,mi R-6739-3p表达量有逐渐降低的趋势,并且mi R-6739-3p在肝癌组织中的表达量低于其癌旁组织。携带CC及CT基因型个体的癌组织中RP11-150O12.3和mi R-6739-3p表达量呈负相关关系。3.RP11-150O12.3与mi R-6739-3p的相互作用依赖于rs2275959C碱基且导致RP11-150O12.3的表达量下调。4.RP11-150O12.3作为一个促癌基因,在体外能促进HCC细胞增殖、迁移与侵袭,促进细胞周期的进展,并抑制细胞凋亡;在体内能促使裸鼠成瘤。
王兆男[10]（2020）在《microRNA-575作为电离辐射损伤生物标志的可行性》文中研究说明目的从慢性低剂量受照射人群和离体照射细胞实验两个方面,观察电离辐射（ionizing radiation,IR）对人外周血白细胞中的微小核糖核酸575（micro ribonucleic acid 575,miR-575）表达水平的影响,探讨miR-575作为电离辐射损伤后外周血生物标志的潜力,为其他研究者开展放射工作人员健康效应评价及开展分子生物剂量计的研究提供参考。方法选取232名放射工作人员（117名男性,115名女性）作为研究对象,平均年龄为36.66±4.87岁。根据放射工作人员的工种不同,分为影像诊断组（n=59）、放射治疗组（n=58）、核医学组（n=58）和介入放射学组（n=57）。在知情同意的基础上进行问卷调查及个人剂量监测,并抽取肘正中静脉血5ml,测定放射工作人员外周血白细胞miR-575的相对表达量、微核（micronucleiassay,MN）率,以及红细胞（red blood cell,RBC）、白细胞（white blood cell,WBC）、淋巴细胞（lymphocytes,LY）、血小板（blood platelets,PLT）计数和血红蛋白浓度（Hemoglobin,Hb）等血液学指标。用EDTA-K2血常规管收集2名（男女各1例）健康成年人肘正中静脉血各48 ml,并分成4份,每份各有6个样品,在室温下分别接受剂量为0 Gy、0.5 Gy、1 Gy、3 Gy、5 Gy和8 Gy的X射线照射。照射剂量率为2 Gy/min,照射范围10×10cm2。随后将接受照射的血样接种于RPMI-1640完全培养基中,37℃培养12h、24 h、48 h和72 h,收获培养物后分离其中的白细胞,检测各组培养物白细胞中miR-575的相对表达量。采用实时荧光定量 PCR（Quantitative Real-time PCR,RT-qPCR）系统,检测放射工作人员外周血和培养后的离体照射外周血中miR-575的相对表达量。使用SPSS 21.0对数据进行统计分析,双侧检验,检验水准α=0.05。结果（1）外周血象指标检测结果:四组放射工作人员的RBC、WBC、LY和PLT计数及Hb浓度均在正常范围内。介入放射学组的WBC计数明显低于影像诊断组（P<0.05）,其余各项指标在各组间的差异无统计学意义（P>0.05）。（2）个人剂量监测结果:四组放射工作人员的年有效剂量有明显统计学差异（F=20.023,P<0.05）。介入放射学组人员的年有效剂量高于影像诊断组、放射治疗组和核医学组（P<0.05）,核医学组高于放射治疗组（P<0.05）,但放射治疗组与核医学组、放射治疗组和影像诊断组之间差异均没有统计学意义（P>0.05）。（3）外周血淋巴细胞微核结果:不同年龄组的MN率无统计学差异（P>0.05）;女性放射工作人员的微核细胞率和MN率高于男性,且差异有统计学意义（P>0.05）;年有效剂量≥1mSv的放射工作人员MN率最高,但差异无统计学意义（P>0.05）;不同工种间、不同职业间MN率与微核细胞率也均没有明显统计学差异（P>0.05）。（4）放射工作人员白细胞miR-575相对表达量及其影响因素:不同性别、职业的放射工作人员白细胞miR-575相对表达量没有明显差异（P>0.05）,但不同放射工种的人员miR-575相对表达量存在统计学差异（P<0.05）。介入放射工作人员白细胞miR-575相对表达量高于从事影像诊断、放射治疗和核医学工作的放射工作人员（P<0.05）,但放射治疗组和影像诊断组、核医学组相比较,差异没有统计学意义（P>0.05）。多重线性回归分析显示放射工种、工龄和年有效剂量对外周血白细胞miR-575相对表达量有影响（P<0.05）,miR-575相对表达量有随年有效剂量的增加和放射工龄的延长而逐渐升高的趋势。（5）离体照射细胞实验结果:照射剂量对辐照培养后白细胞miR-575相对表达量有显着影响（P<0.05）,但培养时间对其作用不明显（P>0.05）。与对照组（0 Gy）相比,照射0.5 Gy、1 Gy、3 Gy和5 Gy后的白细胞miR-575相对表达量明显增加,与辐射剂量呈正相关（P<0.05）,随剂量的增加而持续增加,在辐射剂量为5Gy处达到峰值,到8 Gy下降,剂量-效应曲线符合二次函数方程,拟合曲线为:Y=-0.0054D2+0.0432D+0.343（R2=0.929）。结论放射工作人员白细胞miR-575表达水平可能与电离辐射损伤有关,miR-575指标有作为职业性低剂量电离辐射暴露下所致损伤生物标志的潜力;在急性大剂量照射条件下,其作为生物标志亦有一定可行性,但尚需进一步研究。
二、胃良恶性疾病染色体畸变位点数据库的建立与应用（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、胃良恶性疾病染色体畸变位点数据库的建立与应用（论文提纲范文）
（1）伴有额外染色体异常的Ph+慢性粒细胞性白血病患者基因组改变的研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 英文缩略语 |
| 第一部分:aCGH检测Ph+慢性粒细胞白血病患者发生额外基因拷贝数变异的研究 |
| 1 前言 |
| 2 材料和方法 |
| 2.1 主要试剂和仪器 |
| 2.1.1 主要试剂 |
| 2.1.2 主要仪器和设备 |
| 2.2 研究对象 |
| 2.3 实验方法 |
| 2.3.1 染色体核型分析 |
| 2.3.2 荧光原位杂交 |
| 2.3.3 DNA提取 |
| 2.3.4 微阵列比较基因组杂交技术 |
| 3 结果 |
| 4 讨论 |
| 5 结论 |
| 第二部分:全外显子组测序检测Ph+慢性粒细胞白血病患者发生额外染色体异常相关的分子遗传学改变 |
| 1 前言 |
| 2 材料和方法 |
| 2.1 主要试剂和仪器 |
| 2.1.1 主要试剂 |
| 2.1.2 主要仪器设备 |
| 2.2 研究对象和分组 |
| 2.3 全外显子组测序 |
| 2.3.1 样本DNA的准备 |
| 2.3.2 文库制备 |
| 2.3.3 杂交及捕获 |
| 2.3.4 捕获后加标签,样本测序准备 |
| 2.3.5 全外显子组上机测序 |
| 2.4 生物信息学分析 |
| 2.4.1 原始序列数据 |
| 2.4.2 序列过滤统计 |
| 2.4.3 序列对比统计 |
| 2.4.4 质量控制 |
| 2.4.5 覆盖度统计 |
| 2.4.6 体细胞变异筛选 |
| 2.4.7 体细胞变异注释 |
| 2.5 统计学分析 |
| 3 结果 |
| 3.1 患者的临床资料和常规细胞遗传学检测结果 |
| 3.2 全外显子组测序结果 |
| 3.2.1 序列过滤统计结果 |
| 3.2.2 序列比对统计结果 |
| 3.2.3 质量控制统计结果 |
| 3.2.4 覆盖度统计结果 |
| 3.2.5 体细胞变异的筛选和注释 |
| 4 讨论 |
| 5 结论 |
| 本研究创新性的自我评价 |
| 参考文献 |
| 综述 基于二代测序的慢性粒细胞性白血病基因变异的研究进展 |
| 参考文献 |
| 攻读学位期间取得的研究成果 |
| 致谢 |
| 个人简历 |
（2）基于微阵列比较基因组杂交技术对喉鳞癌全基因组染色体拷贝数变异的整合分析（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| abstract |
| 中英文缩略词对照表 |
| 第1章 绪论 |
| 1.1 Array-CGH的研究进展 |
| 1.1.1 CGH技术概述 |
| 1.1.2 Array-CGH技术的发展 |
| 1.1.3 Array-CGH的基本原理 |
| 1.1.4 Array-CGH的应用 |
| 1.1.5 Array-CGH的优势及局限 |
| 1.1.6 Array-CGH的前景与展望 |
| 1.2 拷贝数变异(CNVs) |
| 1.2.1 CNVs概述 |
| 1.2.2 CNVs的检测方法 |
| 1.2.3 CNVs与肿瘤 |
| 1.2.4 CNVs研究展望 |
| 1.3 喉癌的分子遗传学研究进展 |
| 1.3.1 概述 |
| 1.3.2 喉癌与CNVs |
| 1.3.3 喉癌相关基因 |
| 1.3.4 展望 |
| 第2章 材料和方法 |
| 2.1 研究对象 |
| 2.1.1 研究样品采集 |
| 2.1.2 临床信息采集 |
| 2.1.3 研究样品的保存 |
| 2.2 实验仪器及试剂 |
| 2.2.1 实验仪器及耗材 |
| 2.2.2 主要试剂 |
| 2.2.3 试剂配置 |
| 2.3 实验方法 |
| 2.3.1 喉癌肿瘤组织标本基因组DNA提取 |
| 2.3.2 喉癌基因组DNA质量检验 |
| 2.3.3 喉癌基因组DNA和对照DNA标记 |
| 2.3.4 Array-CGH样品杂交 |
| 2.3.5 Array-CGH基因芯片的洗涤 |
| 2.3.6 Array-CGH基因芯片的扫描 |
| 2.3.7 Array-CGH数据分析 |
| 2.3.8 GEO数据提取 |
| 2.3.9 数据库数据处理 |
| 2.3.10 绘制火山图和热图 |
| 2.3.11 RT-PCR检测基因表达 |
| 2.3.12 免疫组织化学染色 |
| 2.3.13 统计学分析 |
| 第3章 实验结果 |
| 3.1 喉癌DNA微阵列比较基因组杂交分析 |
| 3.1.1 病例资料分析 |
| 3.1.2 Array-CGH结果分析 |
| 3.1.3 基因组不平衡与临床病理特征的相关性 |
| 3.2 基于GEO数据库HNSCC差异表达基因的筛选 |
| 3.2.1 GEO数据库差异表达基因分析 |
| 3.2.2 筛选LSCC相关候选基因 |
| 3.3 检测基因在喉癌中的表达及临床意义 |
| 3.4 免疫组化结果分析 |
| 3.4.1 PCDH20、NEIL3、SPINK5、CDKN2A在喉癌组织中表达情况 |
| 3.4.2 喉癌组织PCDH20、NEIL3、SPINK5、CDKN2A表达与患者临床病理特征的关系 |
| 3.4.3 DCUN1D1、EIF4G1、IGF2BP2 在喉癌组织中表达情况 |
| 3.4.4 喉癌组织DCUN1D1、EIF4G1、IGF2BP2表达与患者临床病理特征的关系 |
| 第4章 讨论 |
| 第5章 结论 |
| 参考文献 |
| 作者简介及在读期间取得的科研成果 |
| 致谢 |
（3）FUS-ERG融合基因阳性AML的分子特征和发病机制研究（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| Abstract |
| 第一部分 FUS-ERG融合基因阳性AML的临床特征 |
| 引言 |
| 病例资料 |
| 材料和方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 参考文献 |
| 第二部分 FUS-ERG融合基因阳性AML的分子特征 |
| 引言 |
| 病例资料 |
| 材料和方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 参考文献 |
| 第三部分 FUS-ERG融合基因的致白血病机制研究 |
| 引言 |
| 材料和方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 参考文献 |
| 结论 |
| 综述 FUS-ERG融合基因阳性的急性髓系白血病病例报告及文献复习 |
| 参考文献 |
| 中英文缩略词汇表 |
| 攻读学位期间公开发表的文章 |
| 致谢 |
（4）男性不育和前列腺癌系统医学信息化平台的建设与研究（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| Abstract |
| 第一部分 引言 |
| 1 知识库 |
| 1.1 知识库的构建思路 |
| 1.2 知识库的数据来源 |
| 1.3 知识库的功能 |
| 1.4 常见知识库 |
| 2 数据库 |
| 2.1 数据库数据来源 |
| 2.2 数据库的功能 |
| 2.3 常见数据库 |
| 3 本论文研究的内容及意义 |
| 第二部分 系统医学平台建设的技术概要 |
| 1 Galaxy |
| 1.1 基于Galaxy的自动化识别分析流程 |
| 1.2 基于Galaxy的任务调度 |
| 1.3 基于galaxy的结果管理 |
| 2 基于Docker技术的环境配置和脚本对接 |
| 3 MySQL数据库服服务器 |
| 第三部分 男性不育数据库的开发与应用 |
| 1 男性不育 |
| 1.1 男性不育的定义和分类 |
| 1.2 精子发生过程 |
| 1.3 男性不育的病因 |
| 1.4 遗传学因素与男性不育 |
| 1.4.1 核型畸形 |
| 1.4.2 Y染色体微缺失 |
| 1.4.3 表观遗传学及转录后修饰 |
| 1.4.4 线粒体DNA |
| 1.4.4.1 精子mtDNA基因突变与男性不育的关系 |
| 1.4.4.2 精子mtDNA大片段缺失与男性不育的关系 |
| 1.4.4.3 精子mtDNA拷贝数与男性不育的关系 |
| 1.4.5 基因突变 |
| 1.4.5.1 X染色体基因突变 |
| 1.4.5.2 Y染色体基因突变 |
| 1.4.5.3 常染色体基因突变 |
| 1.4.6 基因拷贝数变异 |
| 1.4.7 DNA损伤和氧化应激 |
| 1.5 精子 |
| 1.5.1 精子的结构 |
| 1.5.2 精子的生命周期 |
| 1.5.3 精子缺陷 |
| 1.6 国内外研究现状 |
| 1.7 本论文研究内容及意义 |
| 2 材料,方法和技术 |
| 2.1 文献的查询 |
| 2.2 数据的抽提,整合和管理 |
| 2.2.1 患者信息的抽提 |
| 2.2.2 患者信息的标准化和补充 |
| 2.2.3 表型的标准化,分类和定义 |
| 2.3 统计方法 |
| 2.4 功能注释 |
| 2.5 基因和表型的富集分析 |
| 2.5.1 表型→基因富集分析 |
| 2.5.2 基因→表型富集分析 |
| 2.6 网页构建所需技术 |
| 2.7 相关数据库 |
| 3 实验结果 |
| 3.1 数据的收集和整理 |
| 3.2 男性不育相关的主要表型分类 |
| 3.3 在不同表型中基因的分布 |
| 3.4 基因及突变的多样性 |
| 3.5 基因对男性不育的专一性 |
| 3.6 非外显子对男性不育的作用不容忽视 |
| 3.7 基因在染色体上分布可能存在一定的偏向性 |
| 3.8 基因和表型的富集分析 |
| 3.9 MIgene数据库可视化 |
| 3.9.1 MIgene数据库的界面 |
| 3.9.2 MIgene数据库的功能 |
| 3.9.3 MIgene数据库的使用 |
| 3.9.3.1 Gene symbol的使用 |
| 3.9.3.2 Phenotype的使用 |
| 3.9.3.3 rs_ID的使用 |
| 3.9.3.4 Mutant的使用 |
| 4 讨论 |
| 4.1 基因和突变体功能的多样性 |
| 4.2 非外显子对男性不育的关系 |
| 4.3 基因在染色体的差异分布 |
| 4.4 种族对男性不育的影响 |
| 5 总结 |
| 第四部分 前列腺癌数据库的开发与应用 |
| 1 前列腺癌 |
| 1.1 前列腺癌的关联因素 |
| 1.1.1 前列腺癌与Gleason评分系统 |
| 1.1.2 前列腺癌与前列腺特异性抗原 |
| 1.1.3 前列腺癌与年龄 |
| 1.1.4 前列腺癌与种族 |
| 1.1.5 前列腺癌与遗传性 |
| 1.1.6 前列腺癌与饮食 |
| 1.1.7 前列腺癌与其它关联因素 |
| 1.2 前列腺癌与转移性前列腺癌 |
| 1.3 前列腺癌与分期 |
| 1.4 前列腺癌与基因异常 |
| 1.5 前列腺癌与miRNA |
| 1.6 国内外研究现状 |
| 1.7 研究内容及意义 |
| 2 PCIP设计思路 |
| 3 材料和方法 |
| 3.1 数据来源 |
| 3.1.1 TCGA数据库 |
| 3.1.2 GEO数据库 |
| 3.1.3 cBioPortal数据库 |
| 3.2 数据的收集 |
| 3.3 数据的解析 |
| 3.4 数据的清洗和整合 |
| 3.5 前列腺癌亚类型的确定 |
| 3.6 统计分析方法 |
| 3.7 技术支持 |
| 4 结果 |
| 4.1 数据库的结构 |
| 4.2 基因功能注释 |
| 4.3 突变体分析 |
| 4.3.1 Oncoprint |
| 4.3.2 突变体注释 |
| 4.3.3 生存分析 |
| 4.4 转录表达分析 |
| 4.4.1 差异表达分析 |
| 4.4.2 生存分析 |
| 4.4.3 共表达分析 |
| 4.4.4 单细胞RNA测序分析 |
| 4.5 免疫浸润沉淀分析 |
| 4.6 miRNA-靶基因关联分析 |
| 5 讨论 |
| 6 总结 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 附录1 搜索时用到的关键词组合列表 |
| 附录2 表型的标准化,分类,同义词和定义 |
| 附录3 基因对男性不育专一性在不同表型的分布 |
| 附录4 PCIP数据集 |
| 附录5 缩写词汇 |
| 文献综述 男性不育的病因及遗传因素的研究进展 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 个人简历 |
（5）三维基因组结构变异促进肝癌发生机制的研究（论文提纲范文）
| 学位论文数据集 |
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 符号与缩略词说明 |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 肝癌概述 |
| 1.1.1 流行病学 |
| 1.1.2 肝癌的致病因素及相关分子机制 |
| 1.1.2.1 乙型肝炎病毒(HBV) |
| 1.1.2.2 丙型肝炎病毒(HCV) |
| 1.1.2.3 过量酒精摄入与吸烟 |
| 1.1.2.4 黄曲霉毒素 |
| 1.1.2.5 非酒精性脂肪肝 |
| 1.1.2.6 血色素沉着症 |
| 1.1.3 肝癌的病理特征 |
| 1.1.4 肝癌的诊断 |
| 1.1.4.1 影像学检查 |
| 1.1.4.2 血液学检查 |
| 1.1.4.3 组织学检查 |
| 1.1.5 肝癌的治疗 |
| 1.1.5.1 手术切除 |
| 1.1.5.2 肝移植 |
| 1.1.5.3 局部消融治疗 |
| 1.1.5.4 介入治疗 |
| 1.1.5.5 放疗与综合化疗 |
| 1.1.5.6 靶向治疗 |
| 1.1.5.7 免疫治疗 |
| 1.1.6 临床问题及原因 |
| 1.2 三维基因组学 |
| 1.2.1 三维基因组结构 |
| 1.2.1.1 染色质疆域 |
| 1.2.1.2 染色体区室 |
| 1.2.1.3 拓扑关联结构域 |
| 1.2.1.4 染色质环 |
| 1.2.2 三维基因组学研究技术 |
| 1.2.2.1 染色质构象捕获技术(3C) |
| 1.2.2.2 环状染色质构象捕获技术(4C) |
| 1.2.2.3 染色质构象捕获碳拷贝技术(5C) |
| 1.2.2.4 高通量染色质构象捕获技术(Hi-C) |
| 1.2.3 三维基因组学的应用(基于Hi-C技术) |
| 1.2.3.1 机体生长发育的相关研究 |
| 1.2.3.2 疾病发生机制的相关研究 |
| 1.3 本课题的研究内容和意义 |
| 1.3.1 研究内容 |
| 1.3.2 研究意义 |
| 第二章 原代肝癌细胞的分离与Hi-C测序 |
| 2.1 引言 |
| 2.2 实验材料与仪器 |
| 2.2.1 主要实验试剂 |
| 2.2.2 实验耗材 |
| 2.2.3 实验仪器 |
| 2.2.4 实验分析软件 |
| 2.2.5 实验样本 |
| 2.3 原代细胞基因组提取的实验方法 |
| 2.3.1 实验试剂的配制 |
| 2.3.2 肝癌组织及癌旁正常组织中原代细胞的分离与固定 |
| 2.3.3 癌细胞与正常细胞的固定及基因组提取 |
| 2.4 建库测序的实验方法 |
| 2.4.1 Hi-C文库的构建 |
| 2.4.2 测序及生物信息分析 |
| 2.5 测序数据分析具体方法及结果 |
| 2.5.1 测序数据质量评估 |
| 2.5.2 测序数据的对比分析 |
| 2.5.3 测序数据分析结果汇总 |
| 2.6 结论 |
| 第三章 全基因组互作图谱的构建与分析 |
| 3.1 引言 |
| 3.2 实验数据分析流程及方法 |
| 3.2.1 构建观测互作矩阵 |
| 3.2.2 观测互作矩阵标准化 |
| 3.2.3 染色体间互作热图 |
| 3.2.4 差异互作图谱分析 |
| 3.3 实验数据分析结果 |
| 3.3.1 全基因组标准化互作热图分析 |
| 3.3.2 染色体间相互作用分析 |
| 3.3.3 差异互作图谱分析 |
| 3.3.3.1 HCC1与PHCC1的差异互作分析 |
| 3.3.3.2 HCC2与PHCC2的差异互作分析 |
| 3.3.3.3 HCC3与PHCC3的差异互作分析 |
| 3.3.4 结论 |
| 第四章 三维基因组结构变异分析 |
| 4.1 引言 |
| 4.2 实验数据分析流程及方法 |
| 4.2.1 染色质区室鉴定及其与标准化互作矩阵关系热图构建 |
| 4.2.1.1 相关系数矩阵的构建 |
| 4.2.1.2 A/B compartments的鉴定 |
| 4.2.2 拓扑关联结构域(TADs)检测 |
| 4.2.3 TAD边界检测 |
| 4.3 实验数据分析结果 |
| 4.3.1 A/B Compa rtm ent分析 |
| 4.3.1.1 A/B Compartment分布情况 |
| 4.3.1.2 特异性互作区域的Compartment分析 |
| 4.3.2 TADs分析 |
| 4.3.2.1 PHCC1、HCC1 的 TADs分析 |
| 4.3.2.2 PHCC2、HCC2的TADs分析 |
| 4.3.2.3 PHCC3、HCC3的TADs分析 |
| 4.3.3 TAD边界分析 |
| 4.3.3.1 PHCC1、HCC1的TAD边界分析 |
| 4.3.3.2 PHCC2、HCC2的TAD边界分析 |
| 4.3.3.3 PHCC3、HCC3的TAD边界分析 |
| 4.3.4 结论 |
| 第五章 三维基因组结构区基因表达分析 |
| 5.1 引言 |
| 5.2 实验流程及方法 |
| 5.2.1 RNA-seq文库构建与数据检测 |
| 5.2.2 测序数据分析 |
| 5.2.2.1 测序数据的质量检测及对比分析 |
| 5.2.2.2 测序数据定量分析 |
| 5.2.2.3 基因表达的差异分析 |
| 5.2.2.4 差异基因的富集分析 |
| 5.2.2.5 变异位点分析 |
| 5.2.2.6 融合基因分析 |
| 5.3 实验结果分析 |
| 5.3.1 差异基因检测结果分析 |
| 5.3.1.1 PHCC1、HCC1的差异基因检测结果 |
| 5.3.1.2 PHCC3、HCC3的差异基因检测结果 |
| 5.3.2 三维基因组结构变化区域基因表达情况分析 |
| 5.3.2.1 差异互作区域的基因表达情况 |
| 5.3.2.2 A/B Compartment转变与基因表达关系 |
| 5.3.2.3 显着差异互作区域的差异基因分析 |
| 5.3.2.4 癌细胞特异性TAD边界的基因表达分析 |
| 5.3.3 结论 |
| 第六章 课题总结及展望 |
| 6.1 课题的创新点与难点 |
| 6.1.1 本课题的创新之处 |
| 6.1.2 本课题的难点 |
| 6.2 研究结果的总结与展望 |
| 6.2.1 研究结果总结 |
| 6.2.2 展望 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 附录一: PHCC1、HCC1的差异表达基因聚类热图 |
| 附录二: PHCC3、HCC3的差异表达基因聚类热图 |
| 致谢 |
| 硕士期间发表的论文及科研成果 |
| 作者及导师简介 |
| 附件 |
（6）胰腺癌预后相关调控型遗传变异的系统识别与机制研究（论文提纲范文）
| 全文缩写词 |
| 摘要 |
| Abstract |
| 前言 |
| 1 材料和方法 |
| 1.1 研究设计 |
| 1.2 研究对象的信息收集及随访 |
| 1.3 主要仪器设备及试剂耗材 |
| 1.4 生物信息学分析 |
| 1.5 分子生物学实验 |
| 1.6 统计学方法 |
| 2 结果 |
| 2.1 全基因组范围内基因表达与胰腺癌预后关联的荟萃分析结果 |
| 2.2 调控胰腺癌预后相关基因表达的遗传变异的挖掘 |
| 2.3 RFWD3基因表达水平与胰腺癌预后的关联 |
| 2.4 rs4887783遗传变异的功能研究 |
| 2.5 RFWD3基因的功能研究 |
| 3 讨论 |
| 4 结论 |
| 创新点与局限性 |
| 参考文献 |
| 综述 基因组变异与胰腺癌研究进展 |
| 1. 引言 |
| 2. 基因组变异的类型 |
| 3. 基因组不稳定性对胰腺癌发生发展的贡献 |
| 4 基因组变异与胰腺癌的诊断及预后的关联 |
| 5 结语 |
| 参考文献 |
| 附录 研究生期间工作总结 |
| 致谢 |
（7）LSD1与互作蛋白Ku80靶向FOXF2影响结肠癌细胞侵袭迁移机制的研究（论文提纲范文）
| 缩略词表 |
| 摘要 |
| Abstract |
| 第一章 结肠癌细胞中LSD1互作蛋白Ku80的筛选鉴定 |
| 1.1 .前言 |
| 1.2 .实验材料 |
| 1.2.1 .实验主要仪器 |
| 1.2.2 .实验主要试剂配制 |
| 1.3 .实验方法 |
| 1.3.1 .细胞培养 |
| 1.3.2 .实时荧光定量PCR |
| 1.3.3 .细胞蛋白的提取 |
| 1.3.4 .蛋白含量的测定(BCA法) |
| 1.3.5 .免疫沉淀(磁珠免疫法) |
| 1.3.6 .SDS-PAGE电泳和蛋白免疫印迹分析 |
| 1.3.7 .Western blot(蛋白免疫印迹) |
| 1.3.8 .免疫荧光细胞化学 |
| 1.3.9 .高效液相色谱质谱分析仪分析蛋白成分 |
| 1.3.10 .在线预测Ku80与LSD1相互作用 |
| 1.3.11 .统计分析 |
| 1.4 .实验结果 |
| 1.4.1 .LSD1在4株结肠癌细胞系中的表达 |
| 1.4.2 .Ku80在4 株结肠癌细胞中蛋白、m RNA的表达及与LSD1 表达的相关性 |
| 1.4.3.免疫沉淀联合质谱检测LSD1的互作蛋白Ku80 |
| 1.4.4 .结肠癌细胞中LSD1与Ku80免疫荧光亚细胞定位 |
| 1.5 .讨论 |
| 1.6 .小结 |
| 第二章 Ku80、FOXF2 表达水平与结肠癌细胞侵袭迁移的相关性分析 |
| 2.1 .前言 |
| 2.2 .材料 |
| 2.2.1 .仪器设备 |
| 2.2.2 .主要试剂、耗材、试剂盒 |
| 2.2.3 主要溶液配制: |
| 2.3 .实验方法 |
| 2.3.1 .细胞系及培养条件: |
| 2.3.2 .Realtime quantitative PCR实验 |
| 2.3.3 .细胞Western blot实验 |
| 2.3.4 .Transwell体外细胞侵袭实验 |
| 2.3.5 .划痕实验 |
| 2.3.6 .统计分析 |
| 2.4 .结果 |
| 2.4.1 .Realtime quantitative PCR实验结果 |
| 2.4.2 .Wersten blot实验结果 |
| 2.4.3 .Ku80与FOXF2在4 株结肠癌细胞中的表达相关性分析 |
| 2.4.4 .Transwell细胞体外侵袭实验结果 |
| 2.4.5 .细胞划痕实验结果 |
| 2.4.6 .Ku80、FOXF2 的表达与结肠癌细胞侵袭能力的相关性分析 |
| 2.4.7 .Ku80、FOXF2 的表达与结肠癌细胞迁移能力的相关性分析 |
| 2.5 .讨论 |
| 2.6 .小结 |
| 第三章 Ku80、FOXF2 蛋白在结肠癌组织中的表达及意义 |
| 3.1 .前言 |
| 3.2 .材料 |
| 3.2.1 .实验标本 |
| 3.2.2 .仪器设备 |
| 3.2.3 主要试剂及试剂盒 |
| 3.3 .实验方法 |
| 3.3.1 .免疫组织化学 |
| 3.3.2 .生物信息学分析 |
| 3.3.3 .统计分析 |
| 3.4 .结果 |
| 3.4.1 .Ku80、FOXF2 在结肠癌及对照组织中的表达 |
| 3.4.2 .Ku80、FOXF2 的表达与结肠癌临床病理特征的关系 |
| 3.4.3 .在线分析TCGA结肠癌数据集中LSD1、Ku80、FOXF2 的表达及相关性 |
| 3.5 .讨论 |
| 3.6 .小结 |
| 第四章 干扰Ku80联合抑制LSD1活性对结肠癌细胞的影响及机制研究 |
| 4.1 .前言 |
| 4.2 .实验材料 |
| 4.2.1 .实验主要仪器 |
| 4.2.2 .实验主要试剂及试剂盒 |
| 4.2.3 .实验主要试剂配制 |
| 4.3 .实验方法 |
| 4.3.1 .细胞培养 |
| 4.3.2 .细胞蛋白的提取 |
| 4.3.3 .蛋白含量的测定(BCA法) |
| 4.3.4 .SDS-PAGE电泳和蛋白免疫印迹分析 |
| 4.3.5 .总RNA的提取及纯度鉴定 |
| 4.3.6 .细胞转染 |
| 4.3.7 .MTT细胞增殖实验 |
| 4.3.8 .Edu检测增殖 |
| 4.3.9 .流式细胞细胞仪检测调亡 |
| 4.3.10 .细胞克隆形成 |
| 4.3.11 .裸鼠皮下成瘤实验 |
| 4.3.12 .染色质免疫沉淀 |
| 4.3.13 .统计学方法 |
| 4.4 .结果 |
| 4.4.1 .sh RNA对结肠癌Ku80 的干扰作用及最有效靶序列的筛选 |
| 4.4.2 .MTT细胞增殖实验检测不同浓度RN-1对HCT116 细胞生长的影响 |
| 4.4.3.MTT、Edu检测shKu80#2、RN-1对HCT116 细胞增殖的影响 |
| 4.4.4.Transwell侵袭实验检测shKu80#2、RN-1对HCT116 细胞侵袭能力的影响 |
| 4.4.5.划痕实验检测shKu80#2、RN-1对HCT116 细胞迁移能力的影响 |
| 4.4.6.流式细胞仪检测shKu80#2、RN-1对HCT116 细胞凋亡的影响 |
| 4.4.7 .细胞克隆形成实验检测Ku80-sh RNA、RN-1对HCT116 细胞克隆形成的影响 |
| 4.4.8.检测shKu80#2、RN-1对HCT116 细胞中LSD1、Ku80、FOXF2 表达影响 |
| 4.4.9.成瘤实验检测shKu80#2、RN-1对HCT116 细胞成瘤能力的影响 |
| 4.4.10 .CHIP-PCR检测ku80 结合FOXF2 启动子区的丰度 |
| 4.4.11 .Western bolt检测FOXF2 基因启动子区域H3K4me2 的表达水平 |
| 4.4.12 .Wnt/β-catenin信号通路下游基因在结肠癌中的表达 |
| 4.5 .讨论 |
| 4.6 .小结 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 附录 Ⅰ:综述 结肠癌中组蛋白去甲基化酶的作用研究进展 |
| 1.1 .组蛋白修饰 |
| 1.2 .组蛋白赖氨酸脱甲基酶的分类及反应机理 |
| 1.3 .LSD1/ KDM1A的结构及作用机制 |
| 1.3.1 .LSD1/KDM1A与结肠癌 |
| 1.4 .JmjC家族作用机制 |
| 1.5 .含JmjC结构域家族蛋白与结肠癌 |
| 1.5.1 .KDM3亚家族 |
| 1.5.2 .KDM4亚家族 |
| 1.5.3 .KDM5亚家族 |
| 1.5.4 .KDM6亚家族 |
| 参考文献 |
| 附录Ⅱ 攻读学位期间的主要研究成果 |
（8）妇女早孕期有机磷农药暴露与胎儿发育的相关性研究（论文提纲范文）
| 缩略词表（以字母顺序排列） |
| 中文摘要 |
| ABSTRACT |
| 前言 |
| 第一部分 妇女早孕期有机磷农药暴露与自然流产的相关性研究 |
| 引言 |
| 研究对象与研究方法 |
| 统计分析 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 结论 |
| 第二部分 早孕期有机磷农药暴露与胚胎染色体畸变的相关性研究 |
| 引言 |
| 研究对象与研究方法 |
| 统计分析 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 结论 |
| 第三部分 妇女早孕期有机磷农药暴露对胎儿出生结局的影响 |
| 引言 |
| 研究对象与研究方法 |
| 统计分析 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 全文总结 |
| 附录 |
| 综述 早孕期有机磷农药暴露胎儿发育的相关性研究进展 |
| 参考文献 |
| 攻读学位期间获得的学术成果 |
| 致谢 |
（9）候选基因单核苷酸多态性与HBV慢性肝病发生发展的关联性分析及其生物学功能研究（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| 英文摘要 |
| 英文缩写 |
| 引言 |
| 第一部分 候选基因单核苷酸多态性及其交互作用与HBV慢性肝病发生发展的关联性分析 |
| 前言 |
| 材料与方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 小结 |
| 参考文献 |
| 第二部分 lnc-RP11-150O12.3多态性位点rs2275959 C与 miR-6739-3p结合对肝细胞癌发生发展的影响 |
| 前言 |
| 材料与方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 小结 |
| 参考文献 |
| 结论 |
| 综述 宿主基因多态性对乙型肝炎病毒慢性感染易感性及疾病进展的影响 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 个人简历 |
（10）microRNA-575作为电离辐射损伤生物标志的可行性（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 英文缩略语词表 |
| 1 引言 |
| 2 材料和方法 |
| 2.1 材料 |
| 2.1.1 实验对象 |
| 2.1.2 实验仪器与耗材 |
| 2.1.3 实验试剂 |
| 2.1.4 主要试剂配制 |
| 2.2 研究方法 |
| 2.2.1 研究对象一般情况调查 |
| 2.2.2 研究对象血液样本的收集 |
| 2.2.3 放射工作人员个人剂量监测 |
| 2.2.4 X射线离体照射血样后的miR-575相对表达量测定 |
| 2.2.5 血常规检查 |
| 2.2.6 miR-575相对表达量的检测 |
| 2.2.7 外周血淋巴细胞微核分析 |
| 2.2.8 数据统计分析 |
| 2.3 实验室质量控制 |
| 3 结果 |
| 3.1 放射工作人员的一般情况 |
| 3.2 各组放射工作人员外周血象测定结果 |
| 3.3 放射工作人员个人剂量监测结果 |
| 3.4 放射工作人员外周血淋巴细胞微核检测 |
| 3.5 放射工作人员白细胞MIR-575相对表达量检测结果 |
| 3.5.1 232例放射工作人员白细胞miR-575相对表达量水平 |
| 3.5.2 年有效剂量与白细胞miR-575相对表达量的关系 |
| 3.5.3 放射工龄与白细胞miR-575相对表达量的关系 |
| 3.5.4 放射工作人员白细胞miR-575的影响因素 |
| 3.6 X射线离体照射人外周血白细胞MIR-575相对表达量变化 |
| 4 讨论 |
| 4.1 长期低剂量电离辐射的生物学效应 |
| 4.2 个人剂量监测和外周血遗传学指标在辐射效应评价中的作用 |
| 4.3 电离辐射诱导MICRORNA的表达变化 |
| 4.4 电离辐射离体照射与MIR-575表达量的剂量-效应关系 |
| 5 结论 |
| 参考文献 |
| 练述 microRNA作为电离辐射生物标志物的研究现状 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 个人简历、在学期间发表的学术论文与研究成果 |
四、胃良恶性疾病染色体畸变位点数据库的建立与应用（论文参考文献）
- [1]伴有额外染色体异常的Ph+慢性粒细胞性白血病患者基因组改变的研究[D]. 刘梦. 中国医科大学, 2021(02)
- [2]基于微阵列比较基因组杂交技术对喉鳞癌全基因组染色体拷贝数变异的整合分析[D]. 李东杰. 吉林大学, 2021(01)
- [3]FUS-ERG融合基因阳性AML的分子特征和发病机制研究[D]. 许小宇. 苏州大学, 2020(06)
- [4]男性不育和前列腺癌系统医学信息化平台的建设与研究[D]. 彭福军. 北京协和医学院, 2020(05)
- [5]三维基因组结构变异促进肝癌发生机制的研究[D]. 张富涵. 北京化工大学, 2020(02)
- [6]胰腺癌预后相关调控型遗传变异的系统识别与机制研究[D]. 彭霞婷. 华中科技大学, 2020(01)
- [7]LSD1与互作蛋白Ku80靶向FOXF2影响结肠癌细胞侵袭迁移机制的研究[D]. 刘振华. 贵州大学, 2020(02)
- [8]妇女早孕期有机磷农药暴露与胎儿发育的相关性研究[D]. 徐庆华. 昆明医科大学, 2020
- [9]候选基因单核苷酸多态性与HBV慢性肝病发生发展的关联性分析及其生物学功能研究[D]. 马宁. 河北医科大学, 2020(01)
- [10]microRNA-575作为电离辐射损伤生物标志的可行性[D]. 王兆男. 郑州大学, 2020(02)